Die hohen Qualitätsansprüche, die der FWF an seine Arbeitsweise und Verfahren stellt, müssen auch bei Aufträgen und im Rahmen von Partnerschaften gewahrt sein. Von den allgemeinen Grundsätzen des FWF (siehe Portrait des FWF) kommen bei Dienstleistungen/ Partnerschaften sinngemäß vor allem folgende zum Tragen:

• Exzellenz und Wettbewerb – die vom FWF durchgeführten Arbeiten/Verfahren müssen hohe wissenschaftliche Qualität und freien Wettbewerb sicherstellen.
• Internationalität – die vom FWF durchgeführten Arbeiten/Verfahren müssen sich ausschließlich an internationalen Qualitätsstandards orientieren können.
• Transparenz und Fairness (Vermeidung von Interessenskonflikten) – die vom FWF durchgeführten Arbeiten/Verfahren müssen darauf achten, Befangenheiten bei Beurteilungen und Entscheidungen zu vermeiden.
• Gender Mainstreaming - Gleichstellung von Frauen und Männern in der Forschung ist dem FWF ein Anliegen, das in allen seinen Wirkungsbereichen umgesetzt wird.
• Chancengleichheit – die vom FWF durchgeführten Arbeiten/Verfahren müssen jegliche Bevorzugungen/ Benachteiligungen (etwa nach Alter, Geschlecht, akademischer Position, Fachgebiet u.dgl.) vermeiden.

Daraus ergeben sich für Dienstleistungen des FWF Eckpunkte, die bei der Auftragserteilung außer Streit stehen müssen; diese sind vor allem:

• „FWF Qualität“ muss gewährleistet sein: in seinen Begutachtungen klassifiziert der FWF in der Regel nach den Kategorien A (positiv und finanzierbar), B (positiv, aber im Zusammenhang mit den Budgetmöglichkeiten zu diskutieren) und C (negativ). Die Kategorie C muss für die AuftraggeberInnen bindend sein. Der FWF kann es nicht zulassen, dass bei Nennung seiner Involvierung wissenschaftlich unzureichende Qualität finanziert wird. Hier stünde die FWF-Reputation auf dem Spiel.
• Internationalität: um diese bei den FWF Dienstleistungen zu gewährleisten, müssen sämtliche erforderliche Unterlagen (Anträge, Lebensläufe, Berichte u.dgl.) in englischer Sprache vorliegen, auch Hearings u.dgl. müssen auf Englisch durchgeführt werden können.
• Transparenz und Fairness: um Befangenheiten ggf. überprüfen zu können, müssen die entsprechenden Informationen (Lebensläufe, Publikationslisten u.dgl.) zur Verfügung stehen.
• Die  Zeitbudgets für die Auswahl- und Prüfverfahren müssen ausreichend sein; z.B.

Für GutachterInnen-Nominierungen: Zeitrahmen für die Bearbeitung von mindestens 3 Wochen ab Eingang der Unterlagen beim FWF;

• für Begutachtungen: Zeitrahmen für die Bearbeitung von mindestens 6 Monaten ab Eingang der Unterlagen beim FWF.

• Gender Mainstreaming und Chancengleichheit: die Verwertung der Ergebnise von FWF Arbeiten/ Verfahren muss diese Grundsätze berücksichtigen.

Je nach Umfang des FWF Auftrags ist seine Verantwortung für die Einhaltung der genannten Grundsätze unterschiedlich groß. Daran und an dem damit verbundenen Aufwand orientiert sich die Berechnung der Leistungen durch den FWF.