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Bioorthogonale zeitgesteuerte Elimination in Mitochondrien

Bioorthogonal time-controlled intramitochondrial elimination

Hannes Mikula (ORCID: 0000-0002-9218-9722)
  • Grant-DOI 10.55776/I4623
  • Förderprogramm Einzelprojekte International
  • Status beendet
  • Projektbeginn 02.03.2020
  • Projektende 01.03.2024
  • Bewilligungssumme 340.935 €
  • Projekt-Website
  • E-Mail

Bilaterale Ausschreibung: Tschechien

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (10%); Chemie (90%)

Keywords

    Bioorthogonal Chemistry, Mitochondrial Dna, Reaction Kinetics, Fluorogenic Probes

Abstract Endbericht

Unter bioorthogonalen Reaktionen versteht man chemische Umsetzungen, die kontrolliert in biologischen Systemen durchgeführt werden können. Die miteinander reagierenden Stoffe müssen daher nicht nur biokompatibel sein und keinerlei Auswirkungen auf das biologische System haben, sondern unter diesen Bedingungen auch äußerst selektiv und schnell miteinander reagieren. Auf diese Weise können zum Beispiel zwei Verbindungen im Inneren einer lebenden Zelle miteinander verbunden und dadurch markiert werden. In den letzten Jahren ist es zudem möglich geworden, Verbindungen auch bioorthogonal zu spalten, wodurch Substanzen selektiv an bestimmten Orten eines lebenden Systems bzw. eines Organismus freigesetzt werden können. Dies wird zum Beispiel mehr und mehr für die selektive Freisetzung von Wirkstoffen in Krebszellen verwendet. Im Rahmen dieses Projektes sollen derartige Reaktionen zur Spaltung von Bindungen entwickelt und untersucht werden, die eine zeitkontrollierte Freisetzung von Verbindungen im Inneren von Zellen ermöglichen. Dadurch soll es erreicht werden, im Inneren von Mitochondrien, den Kraftwerken der Zelle, eine modifizierte Substanz selektiv in die mitochondriale DNA (mtDNA) einzubauen. Diese Substanz kann in weiterer Folge verwendet werden, um die mtDNA sichtbar zu machen und dieses wichtige Biomolekül damit besser untersuchen zu können. Die gezielte Freisetzung im Inneren der Mitochondrien verhindert den Einbau in die DNA im Zellkern, was in normalen Verfahren eine Visualisierung der mtDNA erheblich erschwert.

Im Rahmen dieses Projekts ist es gelungen, das Gebiet der bioorthogonalen Chemie entscheidend weiterzuentwickeln, insbesondere um chemische Spaltungsreaktionen präzise in lebenden Zellen durchführen zu können. Ausgehend von einer neuen Strategie zur effizienten Freisetzung von aromatischen Alkoholen, ausgelöst durch eine Click-Reaktion, konnte die kontrollierte Aktivierung von Wirkstoffvorstufen demonstriert werden. Darüber hinaus wurden neue bioorthogonale Werkzeuge entwickelt, insbesondere eine Reihe von Tetrazinen, die als äußerst wirksame chemische 'Scheren' fungieren. Dadurch konnten frühere Limitierungen bioorthogonaler Spaltungsreaktionen umgangen und somit die click-ausgelöste Freisetzung erheblich beschleunigt werden. Die gesteigerte Reaktivität und Effizienz dieser Tetrazine ermöglichen eine präzisere Kontrolle über chemische Reaktionen in lebenden Zellen und eröffnen neue Wege für die Forschung und zukünftige Anwendungen. Des Weiteren wurden neue Methoden zur Synthese von modifizierten trans-Cyclooctenen entwickelt. Diese click-spaltbaren Linker dienen als vielseitige Werkzeuge für verschiedene bioorthogonale Anwendungen. Neue Ansätze zur Einbindung von Strukturelementen, die nach Aktivierung in einer vorprogrammierten Zeit zerfallen, in bioorthogonal spaltbare Verbindungen ermöglichen die präzise, zeitgesteuerte Freisetzung von Molekülen nach einer click-ausgelösten Bindungsspaltung. Diese Kontrollebene ist für Anwendungen wie die Untersuchung dynamischer Zellprozesse von entscheidender Bedeutung. Darüber hinaus wurde eine gezielte bioorthogonale Click-Freisetzung innerhalb von Mitochondrien erreicht, wodurch die spezifische Aktivierung von Substanzen in diesen zellulären Kraftwerken ermöglicht wurde. Obwohl das Projekt erfolgreich abgeschlossen wurde, bauen laufende Studien unverändert auf den erzielten Resultaten und entwickelten Methoden auf. Derzeit wird der selektive Einbau von modifizierten Substanzen in die mitochondriale DNA (mtDNA) unter Verwendung einer zeitgesteuerten bioorthogonalen Freisetzung untersucht, um die Rolle der mtDNA in zellulären Prozessen weiter erforschen zu können. Zusammenfassend repräsentieren die erzielten Ergebnisse signifikante Fortschritte in der bioorthogonalen Chemie. Die entwickelten chemischen Werkzeuge und molekularen Strategien ermöglichen eine zeitgesteuerte chemische Bindungsspaltung, ausgelöst durch eine Click-Reaktion in lebenden Zellen. Dadurch konnte nicht nur das Repertoire an Techniken zur Untersuchung zellulärer Prozesse erweitert, sondern auch vielseitige Methoden für verschiedene Herausforderungen in den Bereichen der bioorthogonalen Chemie und chemischen Biologie realisiert werden.

Forschungsstätte(n)
  • Technische Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Milan Vrabel, Academy of Sciences of the Czech Republic - Tschechien
  • Jiri Neuzil, Czech Academy of Sciences - Tschechien

Research Output

  • 29 Zitationen
  • 16 Publikationen
  • 1 Methoden & Materialien
  • 4 Datasets & Models
  • 1 Disseminationen
  • 1 Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2 Weitere Förderungen
Publikationen
  • 2024
    Titel Transforming Aryl-Tetrazines into Bioorthogonal Scissors for Systematic Cleavage of trans-Cyclooctenes
    DOI 10.26434/chemrxiv-2024-gh8fz-v2
    Typ Preprint
    Autor Wilkovitsch M
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Sulfonated Hydroxyaryl-Tetrazines with Increased pKa for Accelerated Bioorthogonal Click-to-Release Reactions in Cells
    DOI 10.1002/anie.202411713
    Typ Journal Article
    Autor Rahm M
    Journal Angewandte Chemie International Edition
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Transforming Aryl-Tetrazines into Bioorthogonal Scissors for Systematic Cleavage of trans-Cyclooctenes
    DOI 10.26434/chemrxiv-2024-gh8fz
    Typ Preprint
    Autor Wilkovitsch M
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Transforming Aryl-Tetrazines into Bioorthogonal Scissors for Systematic Cleavage of trans-Cyclooctenes
    DOI 10.26434/chemrxiv-2024-gh8fz-v3
    Typ Preprint
    Autor Wilkovitsch M
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Transforming Aryl-Tetrazines into Bioorthogonal Scissors for Systematic Cleavage of trans-Cyclooctenes
    DOI 10.1002/anie.202411707
    Typ Journal Article
    Autor Wilkovitsch M
    Journal Angewandte Chemie International Edition
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Sulfonated Hydroxyaryl-Tetrazines with Increased pKa for Accelerated Bioorthogonal Click-to-Release Reactions in Cells
    DOI 10.1002/ange.202411713
    Typ Journal Article
    Autor Rahm M
    Journal Angewandte Chemie
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Hydroxylierte Aryl-Tetrazine als bioorthogonale Scheren zur systematischen Spaltung von trans-Cyclooctenen
    DOI 10.1002/ange.202411707
    Typ Journal Article
    Autor Wilkovitsch M
    Journal Angewandte Chemie
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Faster, Higher, Stronger: Molecular Tools for Ultra-Efficient Bioorthogonal Chemistry
    Typ PhD Thesis
    Autor Martin Wilkovitsch
  • 2022
    Titel Tetrazine-Triggered Bioorthogonal Cleavage of trans-Cyclooctene-Caged Phenols Using a Minimal Self-Immolative Linker Strategy
    DOI 10.26434/chemrxiv-2022-nt32f
    Typ Preprint
    Autor Keppel P
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Oxidative Desymmetrization Enables the Concise Synthesis of a trans-Cyclooctene Linker for Bioorthogonal Bond Cleavage
    DOI 10.1002/chem.202203069
    Typ Journal Article
    Autor Kuba W
    Journal Chemistry – A European Journal
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Front Cover: Tetrazine-Triggered Bioorthogonal Cleavage of trans-Cyclooctene-Caged Phenols Using a Minimal Self-Immolative Linker Strategy (ChemBioChem 20/2022)
    DOI 10.1002/cbic.202200542
    Typ Journal Article
    Autor Keppel P
    Journal ChemBioChem
  • 2022
    Titel Tetrazine-Triggered Bioorthogonal Cleavage of trans-Cyclooctene-Caged Phenols Using a Minimal Self-Immolative Linker Strategy**
    DOI 10.1002/cbic.202200363
    Typ Journal Article
    Autor Keppel P
    Journal ChemBioChem
    Link Publikation
  • 2020
    Titel When the Chemistry is Right - Towards Bioorthogonal Prodrug Activation
    Typ PhD Thesis
    Autor Barbara Sohr
  • 2022
    Titel Click Chemistry & Bioorthogonal Reactions: Molecular Tools for Diagnostics and Therapeutics
    Typ Postdoctoral Thesis
    Autor Hannes Mikula
  • 2022
    Titel The Perfect Match: Chemical Tools for Next-Level Bioorthogonal Bond-Cleavage
    Typ PhD Thesis
    Autor Walter Kuba
  • 2022
    Titel Readily Accessible Strained Difunctionalized trans-Cyclooctenes with Fast Click and Release Capabilities
    DOI 10.26434/chemrxiv-2022-klj4d
    Typ Preprint
    Autor Maartense L
Methoden & Materialien
  • 2024 Link
    Titel Bioorthogonal Tetrazine Scissors
    Typ Technology assay or reagent
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Datasets & Models
  • 2024 Link
    Titel Fluorescence microscopy data
    DOI 10.48436/mdh8d-77d32
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel NMR and fluorescence microscopy data
    DOI 10.48436/ff85m-pj092
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2023 Link
    Titel CCDC 2108332: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.5517/ccdc.csd.cc28rwqn
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2023 Link
    Titel CCDC 2108333: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.5517/ccdc.csd.cc28rwrp
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Disseminationen
  • 2022
    Titel European Researchers' Night
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2023
    Titel Elisabeth Lutz Award
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
Weitere Förderungen
  • 2023
    Titel bioTARGET
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2023
    Geldgeber European Research Council (ERC)
  • 2021
    Titel Bioorthogonal Cascade-Targeting
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2021
    Geldgeber Austrian Science Fund (FWF)

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