Ziel des FWF ist die Unterstützung nachhaltiger wissenschaftlicher Kooperationen über abgestimmte administrative Verfahren gemeinsam mit ausländischen Partnerorganisationen zur Koordinierung der Finanzierung transnationaler Forschungsprojekte.
In diesem Zusammenhang unterhält der FWF eine Reihe von Kooperationsabkommen mit internationalen Partnerorganisationen. Diese Abkommen zielen auf die gemeinsame Förderung von eng integrierten, in der Regel bilateralen, Forschungsprojekten ab, bei denen sowohl auf österreichischer Seite als auch im Partnerland eine gesicherte Finanzierung erforderlich ist. Im Zentrum steht dabei eine internationale Arbeitsteilung bei der alle Forschungspartner von den jeweiligen komplementären Expertisen profitieren. Der FWF strebt in diesem Zusammenhang im Sinne des „bottom-up“ Ansatzes möglichst breite bzw. themenoffene Ausschreibungen an, die großen Teilen der österreichischen Scientific Community die Beteiligung ermöglichen.