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Gezielter Proteinabbau - von kleinen Molekülen zu komplexen Organellen

Targeted protein degradation - from small molecules to complex organelles

Sascha Martens (ORCID: 0000-0003-3786-8199)
  • Grant-DOI 10.55776/F79
  • Förderprogramm Spezialforschungsbereiche
  • Status Laufend
  • Projekt­beginn 01.03.2020
  • Projektende 29.02.2028
  • Bewilligungs­summe 10.479.628 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

  • Ubiquitin,
  • Proteasome,
  • Autophagy,
  • Protein Degradation,
  • PROTAC
Abstract

Der gezielte Abbau von Proteinen ist von größter Wichtigkeit für die Funktion unserer Zellen und damit des ganzen Organismus. Wenn Proteine sich entfalten, können sie Aggregate bilden, die schließlich zum Zelltod führen. Diese Proteine müssen daher rasch abgebaut werden. Außerdem müssen Proteine während einer Vielzahl von Signalwegen rasch entfernt werden, um das Anschalten von neuen Komponenten zu ermöglichen, aber auch um Signale wieder abzuschalten. Zudem spielt der Proteinabbau eine essentielle Rolle bei der Differenzierung von Zellen. Defekte im gezielten Proteinabbau können zu Erkrankungen wie z.B. Krebs oder Neurodegeneration führen. Aufgrund der großen Bedeutung des gezielten Proteinabbaus für die Funktion von Zellen haben sich komplexe Systeme entwickelt, die diesen vermitteln. Zu den bedeutendsten dieser Systeme gehört das Ubiquitin-Proteasom- System (UPS) sowie die Autophagie. Im UPS werden die abzubauenden Proteine mit dem kleinen Protein Ubiquitin markiert, vom Proteasom erkannt, entfaltet und schließlich innerhalb des Proteasoms abgebaut. In der Autophagie hingegen werden die Zielproteine von Rezeptoren erkannt, oft auch aufgrund ihrer Ubiquitylierung, anschließend von einer Doppelmembran umschlossen und letztendlich im Lysosom abgebaut. Wie genau die Zielproteine markiert werden und welche Signale entscheiden, ob ein Protein vom UPS oder über Autophagie abgebaut wird, ist unklar. Innerhalb dieses SFBs werden wir erforschen, wie Proteine markiert werden und wie sie dem UPS oder der Autophagie zugeführt werden. Wir werden außerdem untersuchen, wie Proteine im Zellkern abgebaut werden, wo die Autophagie nicht funktionell ist. Des Weiteren werden wir erforschen, wie sich die Abbauwege mit kleinen Molekülen umprogrammieren lassen und so möglicherweise therapeutische Eingriffe erlauben. Um diese Ziele zu erreichen, haben wir ein schlagkräftiges Team von Forscher*innen zusammengestellt, welches auf eine Vielzahl von Modellorganismen und Methoden zurückgreifen kann. Die so entstandenen Synergien werden international beachtete und biomedizinisch relevante Mechanismen zu Tage fördern.

Konsortium
  • Alwin Köhler, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Andreas Bachmair, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Christian F.W. Becker, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • David Haselbach, IMP - Forschungsinstitut für Molekulare Pathologie
    Konsortiumsmitglied (01.03.2024 -)
  • Georg Winter, CeMM – Forschungszentrum für Molekulare Medizin GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Georg Winter, AITHYRA GmbH - Research Institute for Biomedical Artificial Intelligence of the Austrian Academy of Sciences
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Gijsbert Adriaan Versteeg, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Gülsün Elif Karagöz, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Joanna Loizou, CeMM – Forschungszentrum für Molekulare Medizin GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Magnus Nordborg, GMI - Gregor Mendel Institut für Molekulare Pflanzenbiologie
    Konsortiumsmitglied (01.01.2026 -)
  • Noelia Urban Avellaneda, IMBA - Institut für Molekulare Biotechnologie
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Petra Beli, Institute of Molecular Biology Mainz
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Sascha Martens, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Silvia Ramundo, GMI - Gregor Mendel Institut für Molekulare Pflanzenbiologie
    Konsortiumsmitglied (01.03.2024 -)
  • Tim Clausen, IMP - Forschungsinstitut für Molekulare Pathologie
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
  • Yasin Dagdas, GMI - Gregor Mendel Institut für Molekulare Pflanzenbiologie
    Konsortiumsmitglied (01.03.2020 -)
Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien

Research Output

  • 813 Zitationen
  • 68 Publikationen
Publikationen
  • 2021
    Titel Stem cell quiescence: the challenging path to activation
    DOI 10.1242/dev.165084
    Typ Journal Article
    Autor Urbán N
    Journal Development
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Identification and selectivity profiling of small-molecule degraders via multi-omics approaches
    DOI 10.1016/j.chembiol.2021.03.007
    Typ Journal Article
    Autor Scholes N
    Journal Cell Chemical Biology
    Seiten 1048-1060
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Functional E3 ligase hotspots and resistance mechanisms to small-molecule degraders
    DOI 10.1038/s41589-022-01177-2
    Typ Journal Article
    Autor Hanzl A
    Journal Nature Chemical Biology
    Seiten 323-333
    Link Publikation
  • 2022
    Titel SUMO Conjugation and SUMO Chain Formation by Plant Enzymes
    DOI 10.1007/978-1-0716-2784-6_7
    Typ Book Chapter
    Autor Tomanov K
    Verlag Springer Nature
    Seiten 83-92
  • 2022
    Titel Characterization of ATG8-Family Interactors by Isothermal Titration Calorimetry
    DOI 10.1007/978-1-0716-2784-6_12
    Typ Book Chapter
    Autor Picchianti L
    Verlag Springer Nature
    Seiten 149-176
  • 2022
    Titel Site-selective photocatalytic functionalization of peptides and proteins at selenocysteine
    DOI 10.1038/s41467-022-34530-z
    Typ Journal Article
    Autor Dowman L
    Journal Nature Communications
    Seiten 6885
    Link Publikation
  • 2022
    Titel POL? processes ssDNA gaps and promotes replication fork progression in BRCA1-deficient cells
    DOI 10.1016/j.celrep.2022.111716
    Typ Journal Article
    Autor Schrempf A
    Journal Cell Reports
    Seiten 111716
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Plant autophagosomes mature into amphisomes prior to their delivery to the central vacuole
    DOI 10.1083/jcb.202203139
    Typ Journal Article
    Autor Zhao J
    Journal Journal of Cell Biology
    Link Publikation
  • 2026
    Titel Structural dynamics of IRE1 and its interaction with unfolded peptides
    DOI 10.7554/elife.106716.3
    Typ Journal Article
    Autor Spinetti E
    Journal eLife
  • 2026
    Titel Structural Dynamics of IRE1 and its Interaction with Unfolded Peptides
    DOI 10.7554/elife.106716.2
    Typ Preprint
    Autor Spinetti E
  • 2024
    Titel Extrapolating Lessons from Targeted Protein Degradation to Other Proximity-Inducing Drugs.
    DOI 10.1021/acschembio.4c00191
    Typ Journal Article
    Autor Winter Ge
    Journal ACS chemical biology
    Seiten 2089-2102
  • 2024
    Titel Targeted protein degradation via intramolecular bivalent glues.
    DOI 10.1038/s41586-024-07089-6
    Typ Journal Article
    Autor Hsia O
    Journal Nature
    Seiten 204-211
  • 2022
    Titel A Yeast-Based Functional Assay to Study Plant N-Degron – N-Recognin Interactions
    DOI 10.3389/fpls.2021.806129
    Typ Journal Article
    Autor Kozlic A
    Journal Frontiers in Plant Science
    Seiten 806129
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Could a Different View of Quiescence Help Us Understand How Neurogenesis Is Regulated?
    DOI 10.3389/fnins.2022.878875
    Typ Journal Article
    Autor Urbán N
    Journal Frontiers in Neuroscience
    Seiten 878875
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Transcriptome, metabolome and suppressor analysis reveal an essential role for the ubiquitin-proteasome system in seedling chloroplast development
    DOI 10.1186/s12870-022-03536-6
    Typ Journal Article
    Autor Talloji P
    Journal BMC Plant Biology
    Seiten 183
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Autophagy promotes programmed cell death and corpse clearance in specific cell types of the Arabidopsis root cap
    DOI 10.1016/j.cub.2022.03.053
    Typ Journal Article
    Autor Feng Q
    Journal Current Biology
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Large-scale chemoproteomics expedites ligand discovery and predicts ligand behavior in cells.
    DOI 10.1126/science.adk5864
    Typ Journal Article
    Autor Offensperger F
    Journal Science (New York, N.Y.)
  • 2024
    Titel Endoplasmic reticulum: Monitoring and maintaining protein and membrane homeostasis in the endoplasmic reticulum by the unfolded protein response
    DOI 10.1016/j.biocel.2024.106598
    Typ Journal Article
    Autor Kettel P
    Journal The International Journal of Biochemistry & Cell Biology
  • 2025
    Titel Degradome analysis to identify direct protein substrates of small-molecule degraders.
    DOI 10.1016/j.chembiol.2024.10.007
    Typ Journal Article
    Autor Jochem M
    Journal Cell chemical biology
  • 2025
    Titel Convergent Assembly of Homo- and Heterotypic Ubiquitin Chains from Functionalized, Expressed Monomers via Thiol-Ene Chemistry.
    DOI 10.1002/anie.202502638
    Typ Journal Article
    Autor Urschbach M
    Journal Angewandte Chemie (International ed. in English)
  • 2025
    Titel TRIM52 maintains cellular fitness and is under tight proteolytic control by multiple giant E3 ligases.
    DOI 10.1038/s41467-025-59129-y
    Typ Journal Article
    Autor Shulkina A
    Journal Nature communications
    Seiten 3894
  • 2025
    Titel ATP functions as a pathogen-associated molecular pattern to activate the E3 ubiquitin ligase RNF213.
    DOI 10.1038/s41467-025-59444-4
    Typ Journal Article
    Autor Ahel J
    Journal Nature communications
    Seiten 4414
  • 2025
    Titel ERH regulates type II interferon immune signaling through post-transcriptional regulation of JAK2 mRNA.
    DOI 10.1093/nar/gkaf545
    Typ Journal Article
    Autor Soderholm A
    Journal Nucleic acids research
  • 2025
    Titel Orpinolide disrupts a leukemic dependency on cholesterol transport by inhibiting OSBP.
    DOI 10.1038/s41589-024-01614-4
    Typ Journal Article
    Autor Cigler M
    Journal Nature chemical biology
    Seiten 193-202
  • 2024
    Titel A RabGAP negatively regulates plant autophagy and immune trafficking.
    DOI 10.1016/j.cub.2024.04.002
    Typ Journal Article
    Autor Yuen Elh
    Journal Current biology : CB
  • 2024
    Titel Tau fibrils evade autophagy by excessive p62 coating and TAX1BP1 exclusion.
    DOI 10.1126/sciadv.adm8449
    Typ Journal Article
    Autor Ferrari L
    Journal Science advances
  • 2024
    Titel Disordered regions in the IRE1 ER lumenal domain mediate its stress-induced clustering.
    DOI 10.1038/s44318-024-00207-0
    Typ Journal Article
    Autor Kettel P
    Journal The EMBO journal
    Seiten 4668-4698
  • 2024
    Titel Recruitment of autophagy initiator TAX1BP1 advances aggrephagy from cargo collection to sequestration.
    DOI 10.1038/s44318-024-00280-5
    Typ Journal Article
    Autor Bauer B
    Journal The EMBO journal
    Seiten 5910-5940
  • 2024
    Titel Seipin governs phosphatidic acid homeostasis at the inner nuclear membrane.
    DOI 10.1038/s41467-024-54811-z
    Typ Journal Article
    Autor Romanauska A
    Journal Nature communications
    Seiten 10486
  • 2024
    Titel Alkylamine-tethered molecules recruit FBXO22 for targeted protein degradation.
    DOI 10.1038/s41467-024-49739-3
    Typ Journal Article
    Autor Kagiou C
    Journal Nature communications
    Seiten 5409
  • 2023
    Titel Analysis of higher plant N-degron pathway components and substrates via expression in S. cerevisiae.
    DOI 10.1016/bs.mie.2023.02.006
    Typ Journal Article
    Autor Böhm J
    Journal Methods in enzymology
    Seiten 221-233
  • 2023
    Titel Discovery of a Drug-like, Natural Product-Inspired DCAF11 Ligand Chemotype.
    DOI 10.1038/s41467-023-43657-6
    Typ Journal Article
    Autor Xue G
    Journal Nature communications
    Seiten 7908
  • 2023
    Titel SPOP targets the immune transcription factor IRF1 for proteasomal degradation
    DOI 10.7554/elife.89951
    Typ Journal Article
    Autor Schwartz I
    Journal eLife
  • 2023
    Titel HUWE1 controls tristetraprolin proteasomal degradation by regulating its phosphorylation.
    DOI 10.7554/elife.83159
    Typ Journal Article
    Autor Scinicariello S
    Journal eLife
  • 2023
    Titel Protein compactness and interaction valency define the architecture of a biomolecular condensate across scales.
    DOI 10.7554/elife.80038
    Typ Journal Article
    Autor Polyansky Aa
    Journal eLife
  • 2023
    Titel Discovery of Molecular Glue Degraders via Isogenic Morphological Profiling.
    DOI 10.1021/acschembio.3c00598
    Typ Journal Article
    Autor Ng A
    Journal ACS chemical biology
    Seiten 2464-2473
  • 2023
    Titel Advancing Targeted Protein Degradation via Multiomics Profiling and Artificial Intelligence.
    DOI 10.1021/jacs.2c11098
    Typ Journal Article
    Autor Duran-Frigola M
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 2711-2732
  • 2023
    Titel Atg8 family proteins, LIR/AIM motifs and other interaction modes
    DOI 10.1080/27694127.2023.2188523
    Typ Journal Article
    Autor Rogov V
    Journal Autophagy Reports
  • 2023
    Titel E3-Specific Degrader Discovery by Dynamic Tracing of Substrate Receptor Abundance.
    DOI 10.1021/jacs.2c10784
    Typ Journal Article
    Autor Hanzl A
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 1176-1184
  • 2023
    Titel Light-Cleavable Auxiliary for Diselenide-Selenoester Ligations of Peptides and Proteins.
    DOI 10.1002/chem.202301253
    Typ Journal Article
    Autor Schrems M
    Journal Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
  • 2021
    Titel Reconstitution defines the roles of p62, NBR1 and TAX1BP1 in ubiquitin condensate formation and autophagy initiation
    DOI 10.1038/s41467-021-25572-w
    Typ Journal Article
    Autor Turco E
    Journal Nature Communications
    Seiten 5212
    Link Publikation
  • 2021
    Titel HUWE1 employs a giant substrate-binding ring to feed and regulate its HECT E3 domain
    DOI 10.1038/s41589-021-00831-5
    Typ Journal Article
    Autor Grabarczyk D
    Journal Nature Chemical Biology
    Seiten 1084-1092
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Decomposing the mutational landscape of cancer genomes with RepairSig
    DOI 10.1016/j.cels.2021.09.009
    Typ Journal Article
    Autor Bernardo S
    Journal Cell Systems
    Seiten 953-955
  • 2021
    Titel Proteasome and selective autophagy: Brothers-in-arms for organelle quality control
    DOI 10.1016/j.pbi.2021.102106
    Typ Journal Article
    Autor Clavel M
    Journal Current Opinion in Plant Biology
    Seiten 102106
  • 2021
    Titel Molecular mechanisms of endomembrane trafficking in plants
    DOI 10.1093/plcell/koab235
    Typ Journal Article
    Autor Aniento F
    Journal The Plant Cell
    Seiten 146-173
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Sequestration of translation initiation factors in p62 condensates.
    DOI 10.1016/j.celrep.2023.113583
    Typ Journal Article
    Autor Danieli A
    Journal Cell reports
    Seiten 113583
  • 2023
    Titel The membrane surface as a platform that organizes cellular and biochemical processes.
    DOI 10.1016/j.devcel.2023.06.001
    Typ Journal Article
    Autor Leonard Ta
    Journal Developmental cell
    Seiten 1315-1332
  • 2023
    Titel Aggrephagy at a glance.
    DOI 10.1242/jcs.260888
    Typ Journal Article
    Autor Bauer B
    Journal Journal of cell science
  • 2023
    Titel Structural basis for regulation of apoptosis and autophagy by the BIRC6/SMAC complex.
    DOI 10.1126/science.ade8873
    Typ Journal Article
    Autor Ehrmann Jf
    Journal Science (New York, N.Y.)
    Seiten 1117-1123
  • 2023
    Titel p62 and NBR1 functions are dispensable for aggrephagy in mouse ESCs and ESC-derived neurons.
    DOI 10.26508/lsa.202301936
    Typ Journal Article
    Autor Trapannone R
    Journal Life science alliance
  • 2023
    Titel Shuffled ATG8 interacting motifs form an ancestral bridge between UFMylation and autophagy.
    DOI 10.15252/embj.2022112053
    Typ Journal Article
    Autor Picchianti L
    Journal The EMBO journal
  • 2022
    Titel Orchestration of selective autophagy by cargo receptors
    DOI 10.1016/j.cub.2022.11.002
    Typ Journal Article
    Autor Adriaenssens E
    Journal Current Biology
    Link Publikation
  • 2025
    Titel The UBR Domain of Plant Ubr1 Homolog PRT6 Accommodates Basic and Hydrophobic Amino Termini for Substrate Recognition.
    DOI 10.1016/j.jmb.2025.168939
    Typ Journal Article
    Autor Rudi O
    Journal Journal of molecular biology
    Seiten 168939
  • 0
    DOI 10.2210/pdb7bii/pdb
    Typ Other

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