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Antikörper gegen das Mikrobiom

Antibody repertoires against the microbiome

Thomas Vogl (ORCID: 0000-0002-3892-1740)
  • Grant-DOI 10.55776/J4256
  • Förderprogramm Erwin Schrödinger
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.11.2018
  • Projektende 31.07.2022
  • Bewilligungssumme 156.563 €
  • E-Mail

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (50%); Informatik (25%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (25%)

Keywords

    Antigens, Eptitopes, Microbiome, Humoral Immune Response, Microbiota, Antibodies

Abstract Endbericht

Der menschliche Körper ist übersät mit Mikroorganismen (Bakterien, Hefen etc.), die unter anderem auf der Haut und im Verdauungstrakt leben und als Mikrobiom bezeichnet werden. Diese Mikroorganismen erfüllen zum Teil als Symbionten wichtige Aufgaben und helfen bei der Verdauung, synthetisieren zusätzliche Nährstoffe, schützen gegen Krankheitserregern und regulieren das menschliche Immunsystem. Ein Ungleichgewicht in der Mikrobiom Zusammensetzung kann autoimmun oder autoinflammatorische Erkrankungen auslösen (also Reaktionen des Immunsystems, die irrtümlicherweise gegen den menschlichen Körper gerichtet sind). Trotz wachsender Anstrengungen die Interaktionen zwischen dem Mikrobiom und dem menschlichen Immunsystem zu untersuchen, gibt es gegenwärtig in Ermangelung potenter experimenteller Systeme wenige systematische Studien dazu. Als wichtiger Teil des Immunsystems spielen Antikörper eine wesentliche Rolle den menschlichen Körper vor Infektionen zu schützen. Immunoglobulin A (IgA) Antikörper sind eine bedeutende Komponente des Immunsystems in Schleimhäuten wie z.B. der Darm Mucosa. Abgesehen vom Darm, gibt es aber auch im Blut Antikörper gegen Mikrobiom Mitglieder, die aus dem Gastrointestinaltrakt in das Blut entkommen sind. Unlängst wurde gezeigt, dass auch IgG Antikörper im Blut gegen Darm-Mikrobiom Bakterien den menschlichen Körper vor Infektionen schützen. Dieses Forschungsergebnis unterstreicht, dass das Mikrobiom das Immunsystem auch außerhalb des Gastrointestinaltrakts formt. Hier wird ein neues experimentelles System verwendet um die Interaktion zwischen dem Mikrobiom und dem Immunsystem zu charakterisieren. Bis zu einer Million mikrobieller Elemente werden in hohem Durchsatz analysiert, basierend auf Systemen, die typischerweise im Biotechnologiesektor Anwendung finden. Die Kombination von komplementären Biotechnologie und DNA-Sequenziermethoden wird neue Möglichkeiten eröffnen die Interaktionen zwischen dem Mikrobiom und dem Immunsystem zu erforschen. Die Etablierung dieses Systems wird das Fundament legen um breitgefächerte Forschung bezüglich verschiedener biologischer Fragestellungen durchzuführen. Nebst Erkenntnissen zu grundlegenden biologischen Prozessen, werden diese Bestrebungen auch neue Biomarker identifizieren und den Weg für die Entwicklung neuartiger therapeutischer Zugänge ebnen.

Der menschliche Körper ist übersät mit Mikroorganismen, die vor allem auf der Haut und im Verdauungstrakt leben und als Mikrobiom bezeichnet werden. Ein Ungleichgewicht in der Mikrobiom Zusammensetzung kann autoimmun oder autoinflammatorische Erkrankungen auslösen (also Reaktionen des Immunsystems, die irrtümlicherweise gegen den menschlichen Körper gerichtet sind). Trotz wachsender Anstrengungen die Interaktionen zwischen dem Mikrobiom und dem menschlichen Immunsystem zu verstehen, gibt es gegenwärtig in Ermangelung geeigneter experimenteller Systeme kaum systematische Studien dazu. Mit konventionellen Methoden (wie Antikörper Tests für Corona) werden meist nur Immunantworten gegen eine exemplarische Struktur gemessen. Das Mikrobiom besteht aber aus tausenden Mikroorganismen und hunderttausenden Strukturen, die noch nie analysiert wurden. In dieser Arbeit, haben wir eine neue Technologie angewandt um Immunantworten gegen 244000 mikrobielle Strukturen gleichzeitig zu analysieren. Wir haben gezeigt, dass auch gesunde Menschen verschiedene Antiköroper gegen ihr eigenes Mikrobiom bilden, die diemenschliche Gesundheit beeinflussen.DieseTechnologie hat breite Anwendungsmöglichkeiten um autoimmun oder autoinflammatorische Erkrankungen besser zu verstehen und neue Therapien zu entwickeln.

Forschungsstätte(n)
  • The Weizmann Institute of Science - 100%

Research Output

  • 288 Zitationen
  • 27 Publikationen
Publikationen
  • 2021
    Titel Genetic, environmental and intrinsic determinants of the human antibody epitope repertoire
    DOI 10.1101/2021.12.07.471553
    Typ Preprint
    Autor Andreu-Sánchez S
    Seiten 2021.12.07.471553
    Link Publikation
  • 2021
    Titel In-depth characterization of the serum antibody epitope repertoire in inflammatory bowel disease using phage-displayed immunoprecipitation sequencing
    DOI 10.1101/2021.12.07.471581
    Typ Preprint
    Autor Bourgonje A
    Seiten 2021.12.07.471581
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Cross-reactive antibody responses against SARS-CoV-2 and seasonal common cold coronaviruses
    DOI 10.1101/2020.09.01.20182220
    Typ Preprint
    Autor Klompus S
    Seiten 2020.09.01.20182220
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Cross-reactive antibodies against human coronaviruses and the animal coronavirome suggest diagnostics for future zoonotic spillovers
    DOI 10.1126/sciimmunol.abe9950
    Typ Journal Article
    Autor Klompus S
    Journal Science Immunology
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Population-wide diversity and stability of serum antibody epitope repertoires against human microbiota
    DOI 10.1038/s41591-021-01409-3
    Typ Journal Article
    Autor Vogl T
    Journal Nature Medicine
    Seiten 1442-1450
  • 2023
    Titel Phage display sequencing reveals that genetic, environmental, and intrinsic factors influence variation of human antibody epitope repertoire
    DOI 10.1016/j.immuni.2023.04.003
    Typ Journal Article
    Autor Andreu-Sánchez S
    Journal Immunity
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Systemic antibody responses against human microbiota flagellins are overrepresented in chronic fatigue syndrome patients
    DOI 10.1126/sciadv.abq2422
    Typ Journal Article
    Autor Vogl T
    Journal Science Advances
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Phage-display immunoprecipitation sequencing of the antibody epitope repertoire in inflammatory bowel disease reveals distinct antibody signatures
    DOI 10.1016/j.immuni.2023.04.017
    Typ Journal Article
    Autor Bourgonje A
    Journal Immunity
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Antibody signatures in inflammatory bowel disease: current developments and future applications
    DOI 10.1016/j.molmed.2022.05.004
    Typ Journal Article
    Autor Bourgonje A
    Journal Trends in Molecular Medicine
    Seiten 693-705
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Allergenic food protein consumption is associated with systemic IgG antibody responses in non-allergic individuals
    DOI 10.1016/j.immuni.2022.11.004
    Typ Journal Article
    Autor Leviatan S
    Journal Immunity
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Synergistic optimisation of expression, folding, and secretion improves E. coli AppA phytase production in Pichia pastoris
    DOI 10.1186/s12934-020-01499-7
    Typ Journal Article
    Autor Navone L
    Journal Microbial Cell Factories
    Seiten 8
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.1186/s13068-021-01936-8
    Typ Journal Article
    Autor Navone L
    Journal Biotechnology for Biofuels
    Seiten 80
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 7 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355337.v1
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 1 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355319
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 1 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355319.v1
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 2 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355322
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 2 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355322.v1
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 3 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355325
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 3 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355325.v1
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 4 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355328
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 4 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355328.v1
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 5 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355331
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 5 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355331.v1
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 6 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355334
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 6 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355334.v1
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 7 of Disulfide bond engineering of AppA phytase for increased thermostability requires co-expression of protein disulfide isomerase in Pichia pastoris
    DOI 10.6084/m9.figshare.14355337
    Typ Other
    Autor Navone L
    Link Publikation
  • 2021
    Titel SARS-CoV-2 antibody testing for estimating COVID-19 prevalence in the population.
    DOI 10.1016/j.xcrm.2021.100191
    Typ Journal Article
    Autor Leviatan S
    Journal Cell reports. Medicine
    Seiten 100191

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