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Polyoxoionen für die Proteinkristallisation

Polyoxoions for protein crystallization

Nadiia Gumerova (ORCID: 0000-0003-4375-0103)
  • Grant-DOI 10.55776/M2203
  • Förderprogramm Lise Meitner
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.04.2017
  • Projektende 31.03.2019
  • Bewilligungssumme 148.480 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (40%); Chemie (60%)

Keywords

    Polyoxometalates, Organic Functionalization, Protein Crystallization, Protein Interaction, Polyoxocations, Crystal Structure

Abstract Endbericht

Antragstellerin: Dr. Nadiia Gumerova (wissenschaftliche Mitarbeiterin, Fakultät für anorganische Chemie, Nationale Universität Donezk, Ukraine) Mitautorin: Prof. Annette Rompel (Vorständin des Instituts für Biophysikalische Chemie, Universität Wien, Österreich) Die Proteinkristallographie ist das produktivste und am weitesten verbreitete Verfahren, um strukturelle Informationen von Zielproteinen und Protein-Ligand-Komplexen auf atomarer Ebene zu erhalten. Diese Informationen sind für das Verständnis von Proteinen in Biologie, Chemie und Biochemie unerlässlich. In dieser Studie untersuchen wir die gegenwärtig bestehende Unvorhersehbarkeit der Kristallisation von Proteinen, die einen unumgänglichen Schritt in jeder strukturellen Studie zur Proteinkristallographie darstellt, und immer noch auf dem Prinzip von Versuch und Irrtum beruht, mehrere Jahre dauern kann und häufig Milligramm-Mengen von hochreinen und homogenen Proteinpräparaten erfordert. Es wurde mehrfach berichtet, dass Polyoxometallate (POMs), diskrete polynukleare Oxoanionen von Metallen mit einer faszinierenden Vielfalt an Strukturen und einzigartigen chemischen und physikalischen Eigenschaften das Kristallisationsverhalten von Proteinen positiv beeinflussen und als nützliches Instrument in den Studien zur Kristallisation und Kristallographie via Derivatisierung dienen. Das Hauptanliegen des vorliegenden Proposals ist die Synthese und Charakterisierung von anorganischen und hybriden organisch-anorganischen Oxo-Ionen von Metallen (Kationen und Anionen), um ihr Anwendungspotenzial im Bereich der Proteinkristallographie zu untersuchen. Die wissenschaftliche Innovation und der einmalige Charakter des Projektes bestehen in der Anwendung von anionischen und kationischen POMs zur Ko-Kristallisation mit Proteinen. Der positive Effekt, den die anionischen POMs bereits gezeigt haben, erfordert die Anwendung von kationischen POMs in der Kristallisation von Proteinen. Die Kombination von organischen Fragmenten, die unterschiedliche Konstellation annehmen können, mit anorganischen Polyanionen mit ziemlich starren gitterartigen Strukturen wird das Zusammenwirken der Makromoleküle verbessern, was die Basis für die erfolgreiche Kristallbildung ist. Die vorliegende Studie hat einen breiten intersektoralen Charakter von anorganischer Chemie über organische Derivate hin zur Biochemie unter Anwendung von biophysikalischen Charakterisierungsmethoden und wird im Erfolgsfall einen Durchbruch für künftige Studien im Bereich der makromolekularen Kristallographie schaffen. Die Antragstellerin (Dr. Nadiia Gumerova) untersuchte spezielle Aspekte von Anderson-Typ- Strukturen (mit anschließender Promotion an der Nationalen Universität Donezk, Ukraine) und hat daher Expertenkenntnisse im Bereich der Synthese der Polyoxometallate sowie deren Lösungsverhalten. Die Gastgeberin (Prof. Annette Rompel) ist führende Forscherin im Bereich der Kristallographie von Metalloproteinen. Die Kombination von Fachkompetenz und idealen Experimentiermöglichkeiten an der Universität Wien gibt dem Projekt die beste Chance auf Erfolg.

Polyoxometallate (POMs) sind diskrete mehrkernige Metall-Oxo-Anionen mit einer faszinierenden Strukturvielfalt und einzigartigen chemisch-physikalischen Eigenschaften. Ihr volles Potential kann durch Erhöhung der Biokompatibilität mittels organischer Funktionalisierung mit bioaktiven Gruppen optimiert werden. In den letzten Jahren haben sich POMs zu einer vielversprechenden Gruppe von Additiven zur Proteinkristallisation herausgebildet. Proteinkristallographie ist die am weitesten verbreitete Methode zur molekularen Strukturaufklärung von Proteinen und deren Wechselwirkungen mit Liganden auf atomarer Ebene. Organisch-anorganische Hybrid-Polyoxowolframate (POTs) können verschiedenste denkbare Interaktionsarten zwischen einem POM und einem Biomolekül eingehen. Die Möglichkeit, anorganische POMs, besonders den Anderson-Typ, mit organischen Gruppen auszustatten, eröffnet somit die Synthese maßgeschneiderter POMs. Während des Projekts wurden Cr-zentrierte Anderson-POTs zum ersten Mal von zwei Seiten organisch funktionalisiert. Die Ergebnisse zeigten, dass die Doppelfunktionalisierung sogar in dem Fall möglich ist, wenn das anorganische Ausgangsanion nur drei Protonen im kristallinen Zustand trägt. Es war allgemein akzeptiert, dass die chemische Konjugation von Triol-Liganden an Anderson-Anionen unmöglich ist, wenn sie unprotonierte 3-O-Atome laut Röntgenstrukturanalyse am Einkristall aufweisen. Die neu erhaltene POT-Verbindung kann zu einem Paradigmenwechsel der Alkoxylierung von A-Typ-Anderson-POTs mit neuen Eigenschaften führen, die sich von denen bereits bekannter Hybridstrukturen basierend auf dem protonierten Anderson-Archetyp unterscheiden. Der Weg zur Überwindung der Resistenz des A-Typs gegen Funktionalisierung ist eine temperaturgesteuerte hydrothermale Synthesestrategie, die zuvor noch nie für die Tris-Funktionalisierung des Anderson- Archetyps angewandt wurde. Mit der vorgestellten Methode können Anderson-POMs gemischten Typs mit einer protonierten und einer nicht protonierten Seite in zwei Schritten asymmetrisch funktionalisiert werden, wobei zwei verschiedene organische Gruppen selektiv an jeweils eine Seite des Clusters gekoppelt werden. Zumal die eingeführten organischen Liganden aktive funktionelle Gruppen darstellen, können Anderson-basierte Hybride als Vorläufer für die weitere Postfunktionalisierung via Imin-, Amid- oder Esterbindung zur Anwendung in der Proteinkristallisation eingesetzt werden. Komplementär zum Design von POMs für die Proteinkristallisation wurden die Projektinteressen auch auf andere höchst bedeutsame biologische Aktivitäten ausgeweitet, zu denen antibakterielle Aktivität sowie die enzymatische Inhibition von P-Typ-ATPase und Champignon-Tyrosinase zählen.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien - 100%

Research Output

  • 1075 Zitationen
  • 16 Publikationen
  • 8 Datasets & Models
Publikationen
  • 2019
    Titel Keggin-type polyoxotungstates as mushroom tyrosinase inhibitors - A speciation study
    DOI 10.1038/s41598-019-41261-7
    Typ Journal Article
    Autor Breibeck J
    Journal Scientific Reports
    Seiten 5183
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Direct Single- and Double-Side Triol-Functionalization of the Mixed Type Anderson Polyoxotungstate [Cr(OH)3W6O21]6.
    DOI 10.1021/acs.inorgchem.8b01740
    Typ Journal Article
    Autor Caldera Fraile T
    Journal Inorganic chemistry
    Seiten 106-113
  • 2021
    Titel Wells–Dawson phosphotungstates as mushroom tyrosinase inhibitors: a speciation study
    DOI 10.1038/s41598-021-96491-5
    Typ Journal Article
    Autor Lampl R
    Journal Scientific Reports
    Seiten 19354
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Speciation of Transition-Metal-Substituted Keggin-Type Silicotungstates Affected by the Co-crystallization Conditions with Proteinase K
    DOI 10.1021/acs.inorgchem.1c02005
    Typ Journal Article
    Autor Breibeck J
    Journal Inorganic Chemistry
    Seiten 15096-15100
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Polyoxometalates in solution: speciation under spotlight
    DOI 10.1039/d0cs00392a
    Typ Journal Article
    Autor Gumerova N
    Journal Chemical Society Reviews
    Seiten 7568-7601
    Link Publikation
  • 2020
    Titel The Aquaporin-3-Inhibiting Potential of Polyoxotungstates
    DOI 10.3390/ijms21072467
    Typ Journal Article
    Autor Pimpão C
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 2467
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Incorporation of CrIII into a Keggin Polyoxometalate as a Chemical Strategy to Stabilize a Labile {CrIIIO4} Tetrahedral Conformation and Promote Unattended Single-Ion Magnet Properties
    DOI 10.1021/jacs.9b12797
    Typ Journal Article
    Autor Gumerova N
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 3336-3339
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Aluminum-Substituted Keggin Germanotungstate [HAl(H2O)GeW11O39]4–: Synthesis, Characterization, and Antibacterial Activity
    DOI 10.1021/acs.inorgchem.0c03311
    Typ Journal Article
    Autor Tanuhadi E
    Journal Inorganic Chemistry
    Seiten 28-31
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Interweaving Disciplines to Advance Chemistry: Applying Polyoxometalates in Biology
    DOI 10.1021/acs.inorgchem.1c00125
    Typ Journal Article
    Autor Gumerova N
    Journal Inorganic Chemistry
    Seiten 6109-6114
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Synthesis, crystal structure and characterization of two new Cr(III)-substituted polyoxotungstates: [Cr((OCH2)3CCH2OH)2W6O18]3- and [H3Cr2W10O38(H2O)2]7 -
    DOI 10.1016/j.poly.2019.04.057
    Typ Journal Article
    Autor Gumerova N
    Journal Polyhedron
    Seiten 202-208
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Nanoscale Tungsten-Microbial Interface of the Metal Immobilizing Thermoacidophilic Archaeon Metallosphaera sedula Cultivated With Tungsten Polyoxometalate
    DOI 10.3389/fmicb.2019.01267
    Typ Journal Article
    Autor Milojevic T
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 1267
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Synthesis, structures and applications of electron-rich polyoxometalates
    DOI 10.1038/s41570-018-0112
    Typ Journal Article
    Autor Gumerova N
    Journal Nature Reviews Chemistry
    Seiten 0112
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Iron(II) and copper(II) paratungstates B: a single-crystal X-ray diffraction study
    DOI 10.1107/s2053229618010021
    Typ Journal Article
    Autor Gumerova N
    Journal Acta Crystallographica Section C: Structural Chemistry
    Seiten 1252-1259
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Synthesis and characterization of hybrid Anderson hexa­molybdoaluminates(III) functionalized with indometacin or cinnamic acid
    DOI 10.1107/s2053229618012536
    Typ Journal Article
    Autor Gumerova N
    Journal Acta Crystallographica Section C: Structural Chemistry
    Seiten 1378-1383
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Antibacterial Activity of Polyoxometalates Against Moraxella catarrhalis
    DOI 10.3389/fchem.2018.00336
    Typ Journal Article
    Autor Gumerova N
    Journal Frontiers in Chemistry
    Seiten 336
    Link Publikation
  • 2018
    Titel The P-type ATPase inhibiting potential of polyoxotungstates†
    DOI 10.1039/c7mt00279c
    Typ Journal Article
    Autor Gumerova N
    Journal Metallomics
    Seiten 287-295
    Link Publikation
Datasets & Models
  • 2021 Link
    Titel CSD 2039852: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.25505/fiz.icsd.cc26gmp0
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2020 Link
    Titel CSD 1913668: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.25505/fiz.icsd.cc227b7x
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2019 Link
    Titel CSD 1870211: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.25505/fiz.icsd.cc20s3db
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2018 Link
    Titel CSD 1843519: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.25505/fiz.icsd.cc1zwbck
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2018 Link
    Titel CSD 1843518: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.25505/fiz.icsd.cc1zwbbj
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2018 Link
    Titel CCDC 1847969: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.5517/ccdc.csd.cc200yxx
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2018 Link
    Titel CCDC 1847968: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.5517/ccdc.csd.cc200yww
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2018 Link
    Titel CCDC 1842742: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.5517/ccdc.csd.cc1zvj9n
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link

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