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Macro nicht-kodierende RNS als epigenetische Regulatoren menschlicher Krankheiten

Macro non-coding RNAs as epigenetic regulators in human disease

Michael F. Jantsch (ORCID: 0000-0003-1747-0853)
  • Grant-DOI 10.55776/F43
  • Förderprogramm Spezialforschungsbereiche
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.02.2011
  • Projektende 30.09.2019
  • Bewilligungssumme 9.035.750 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (80%); Mathematik (20%)

Keywords

    Ribosome profiling, Post-transcriptional regulation, PAR-CLIP, Regulatory motifs and structures, Drosophila ovary, RNAome

Abstract

Die klassische Sichtweise des genetischen Informationsflusses, "Gen - mRNA - Protein" hat sich in letzter Zeit zu "Gen - RNA - Funktion" gewandelt. Neben mRNAs, welche als Vorlage für dieProduktion von Proteinen dienen, existierteine ständig steigende Zahl anRNAs, die bereits selbständige Genprodukte sind. Diese RNAs können unterschiedliche Aktivitäten aufweisen: Durch Interaktion mit anderen RNAs oder Proteinen können sie deren Aktivitäten oder Lokalisation innerhalb der Zelle beeinflussen. Ebensokönnen diese nicht-kodierenden RNAschemische Reaktionen katalysieren, Chromosomenabschnitte stilllegen oder DNA-Fragmente definieren,welche aus Chromosomen eliminiert werden. RNA Moleküle stehen daher im Zentrum von Netzwerken, welche die Genexpression regulieren. Störungen in diesen genetischen Kreisläufen können zu Fehlern in der Entwicklung oder zur Entstehung von Krankheiten führen. Es ist daher das längerfristigeZiel dieses RNA-REG SFBs das RNA-Regulon zu definieren und zum Verständnis beizutragen, wie RNA Moleküle den genetischen Informationsfluss steuern und dabei selbst reguliert werden. Das übergeordnete Leitmotiv dieses SFBs ist es, die Funktionen von regulatorischen RNAs aufzuklären und die zugrunde liegenden Wirkmechanismen zu verstehen. Die gewonnen Erkenntnisse sollen es ermöglichen, die diversen RNA-gesteuerten Prozesse in einem Netzwerk zu verknüpfen und daraus beobachtete Phänotypen und Krankheitsbilder abzuleiten. Der Zeitpunkt für diesen RNA-REG SFB istideal:Der technische Fortschritt auf dem Gebiet der Sequenzierung und bioinformatischen Datenanalyse ermöglicht erstmals einen unvoreingenommenen und spezifischen Zugang zu umfangreichen Genexpressionsanalysen, wodurchdas Konzept der Genregulation eine neue Komplexitätsebene erlangt.

Konsortium
  • Alexander Stark, Institut für Molekulare Pathologie - IMP
    Konsortiumsmitglied (01.02.2011 - 30.09.2019)
  • Andrea Barta, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2011 - 31.01.2015)
  • Boris Görke, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2015 - 30.09.2019)
  • Denise P. Barlow, CeMM – Forschungszentrum für Molekulare Medizin GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.02.2011 - 31.01.2015)
  • Isabella Moll, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2011 - 30.09.2019)
  • Ivo Ludwig Hofacker, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2011 - 30.09.2019)
  • Julius Brennecke, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.02.2015 - 30.09.2019)
  • Kazufumi Mochizuki, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.02.2011 - 31.01.2015)
  • Maria Luisa Cochella, Institut für Molekulare Pathologie - IMP
    Konsortiumsmitglied (01.02.2015 - 30.09.2019)
  • Marjori Matzke, Österreichische Akademie der Wissenschaften
    Konsortiumsmitglied (01.02.2011 - 31.12.2012)
  • Michael D. Nodine, Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology
    Konsortiumsmitglied (01.02.2015 - 30.09.2019)
  • Michael Kiebler, Ludwig-Maximilians-Universität München
    Konsortiumsmitglied (01.02.2011 - 31.01.2015)
  • Pavel Kovarik, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2015 - 30.09.2019)
  • Renée Schroeder, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2011 - 30.09.2019)
  • Stefan L. Ameres, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.02.2015 - 30.09.2019)
  • Udo Bläsi, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2011 - 30.09.2019)
Forschungsstätte(n)
  • Medizinische Universität Wien
Internationale Projektbeteiligte
  • Markus Landtaler, Helmholtz-Gemeinschaft Deutscher Forschungszentren - Deutschland
  • Susanne Häussler, Helmholtz-Gemeinschaft Deutscher Forschungszentren - Deutschland
  • Patrick Cramer, Max-Planck-Institut für Biophysikalische Chemie - Deutschland
  • Knud H. Nierhaus, Max-Plank-Institut Berlin - Deutschland
  • Rolf Backofen, Universität Freiburg - Deutschland
  • P. F. Stadler*, Universität Leipzig - Deutschland
  • Dusan Bartsch, Zentralinstitut für Seelische Gesundheit - Deutschland
  • Jan Gorodkin, The Royal Veterinary and Agricultural University - Dänemark
  • Eric Westhof, Université de Strasbourg - Frankreich
  • Hanna Engelberg-Kulka, The Hebrew University of Jerusalem - Israel
  • Claudio Gualerzi, Universita di Camerino - Italien
  • Ronald Pearlman, York University - Kanada
  • Artur Jarmolowski, Adam Mickiewicz University - Polen
  • Mary E. Hatten, The Rockefeller University - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Luiz Penalva, The University of Texas at San Antonio - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Jennifer Kugel, University of Colorado Boulder - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Prasanth Kannanganattu, University of Illinois at Urbana-Champaign - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Martin A. Gorovsky, University of Rochester - Vereinigte Staaten von Amerika
  • John W. Brown, Scottish Crop Research Institute - Vereinigtes Königreich

Research Output

  • 23470 Zitationen
  • 182 Publikationen
Publikationen
  • 2020
    Titel An internal deletion of ADAR rescued by MAVS deficiency leads to a minute phenotype
    DOI 10.1093/nar/gkaa025
    Typ Journal Article
    Autor Bajad P
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 3286-3303
    Link Publikation
  • 2018
    Titel In silico design of ligand triggered RNA switches
    DOI 10.1016/j.ymeth.2018.04.003
    Typ Journal Article
    Autor Findeiß S
    Journal Methods
    Seiten 90-101
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Efficient computation of co-transcriptional RNA-ligand interaction dynamics
    DOI 10.1016/j.ymeth.2018.04.036
    Typ Journal Article
    Autor Wolfinger M
    Journal Methods
    Seiten 70-76
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Live-cell imaging reveals the dynamics and function of single-telomere TERRA molecules in cancer cells
    DOI 10.1080/15476286.2018.1456300
    Typ Journal Article
    Autor Avogaro L
    Journal RNA Biology
    Seiten 787-796
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Primary transcriptome analysis reveals importance of IS elements for the shaping of the transcriptional landscape of Bordetella pertussis
    DOI 10.1080/15476286.2018.1462655
    Typ Journal Article
    Autor Amman F
    Journal RNA Biology
    Seiten 967-975
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Interaction of lipoprotein QseG with sensor kinase QseE in the periplasm controls the phosphorylation state of the two-component system QseE/QseF in Escherichia coli
    DOI 10.1371/journal.pgen.1007547
    Typ Journal Article
    Autor Göpel Y
    Journal PLOS Genetics
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Staufen2 deficiency leads to impaired response to novelty in mice
    DOI 10.1016/j.nlm.2018.02.027
    Typ Journal Article
    Autor Popper B
    Journal Neurobiology of Learning and Memory
    Seiten 107-115
  • 2016
    Titel Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells
    DOI 10.1038/srep34589
    Typ Journal Article
    Autor Hölzer M
    Journal Scientific Reports
    Seiten 34589
    Link Publikation
  • 2016
    Titel RNASeq Based Transcriptional Profiling of Pseudomonas aeruginosa PA14 after Short- and Long-Term Anoxic Cultivation in Synthetic Cystic Fibrosis Sputum Medium
    DOI 10.1371/journal.pone.0147811
    Typ Journal Article
    Autor Tata M
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Transcriptome-wide effects of inverted SINEs on gene expression and their impact on RNA polymerase II activity
    DOI 10.1186/s13059-016-1083-0
    Typ Journal Article
    Autor Tajaddod M
    Journal Genome Biology
    Seiten 220
    Link Publikation
  • 2016
    Titel The RNA ligase RtcB reverses MazF-induced ribosome heterogeneity in Escherichia coli
    DOI 10.1093/nar/gkw1018
    Typ Journal Article
    Autor Temmel H
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 4708-4721
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Rapid and dynamic transcriptome regulation by RNA editing and RNA modifications
    DOI 10.1083/jcb.201511041
    Typ Journal Article
    Autor Licht K
    Journal Journal of Cell Biology
    Seiten 15-22
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Genetic and mechanistic diversity of piRNA 3'-end formation
    DOI 10.1038/nature20162
    Typ Journal Article
    Autor Hayashi R
    Journal Nature
    Seiten 588-592
    Link Publikation
  • 2015
    Titel piRNA-guided slicing specifies transcripts for Zucchini-dependent, phased piRNA biogenesis
    DOI 10.1126/science.aaa1039
    Typ Journal Article
    Autor Mohn F
    Journal Science
    Seiten 812-817
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Forna (force-directed RNA): Simple and effective online RNA secondary structure diagrams
    DOI 10.1093/bioinformatics/btv372
    Typ Journal Article
    Autor Kerpedjiev P
    Journal Bioinformatics
    Seiten 3377-3379
    Link Publikation
  • 2020
    Titel RNA polymerase II-binding aptamers in human ACRO1 satellites disrupt transcription in cis
    DOI 10.1080/21541264.2020.1790990
    Typ Journal Article
    Autor Boots J
    Journal Transcription
    Seiten 217-229
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Enhancing the Cell-Free Expression of Native Membrane Proteins by In Silico Optimization of the Coding Sequence—An Experimental Study of the Human Voltage-Dependent Anion Channel
    DOI 10.3390/membranes11100741
    Typ Journal Article
    Autor Zayni S
    Journal Membranes
    Seiten 741
    Link Publikation
  • 2014
    Titel TSSAR: TSS annotation regime for dRNA-seq data
    DOI 10.1186/1471-2105-15-89
    Typ Journal Article
    Autor Amman F
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 89
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Memory-efficient RNA energy landscape exploration
    DOI 10.1093/bioinformatics/btu337
    Typ Journal Article
    Autor Mann M
    Journal Bioinformatics
    Seiten 2584-2591
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Imprinted silencing is extended over broad chromosomal domains in mouse extra-embryonic lineages
    DOI 10.1016/j.ceb.2013.02.012
    Typ Journal Article
    Autor Kulinski T
    Journal Current Opinion in Cell Biology
    Seiten 297-304
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Spatio-temporal profiling of Filamin A RNA-editing reveals ADAR preferences and high editing levels outside neuronal tissues
    DOI 10.4161/rna.26216
    Typ Journal Article
    Autor Stulic M
    Journal RNA Biology
    Seiten 1611-1617
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Drosophila Gtsf1 is an essential component of the Piwi-mediated transcriptional silencing complex
    DOI 10.1101/gad.221150.113
    Typ Journal Article
    Autor Dönertas D
    Journal Genes & Development
    Seiten 1693-1705
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Asymmetric Segregation of the Double-Stranded RNA Binding Protein Staufen2 during Mammalian Neural Stem Cell Divisions Promotes Lineage Progression
    DOI 10.1016/j.stem.2012.06.006
    Typ Journal Article
    Autor Kusek G
    Journal Cell Stem Cell
    Seiten 505-516
    Link Publikation
  • 2012
    Titel An Asymmetrically Localized Staufen2-Dependent RNA Complex Regulates Maintenance of Mammalian Neural Stem Cells
    DOI 10.1016/j.stem.2012.06.010
    Typ Journal Article
    Autor Vessey J
    Journal Cell Stem Cell
    Seiten 517-528
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Modelling Translation Initiation under the Influence of sRNA
    DOI 10.3390/ijms131216223
    Typ Journal Article
    Autor Amman F
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 16223-16240
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Involvement of a GHKL ATPase in RNA-Directed DNA Methylation in Arabidopsis thaliana
    DOI 10.1016/j.cub.2012.03.061
    Typ Journal Article
    Autor Lorkovic Z
    Journal Current Biology
    Seiten 933-938
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Transcript Diversification in the Nervous System: A to I RNA Editing in CNS Function and Disease Development
    DOI 10.3389/fnins.2012.00099
    Typ Journal Article
    Autor Tariq A
    Journal Frontiers in Neuroscience
    Seiten 99
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Alternative splicing in plants – coming of age
    DOI 10.1016/j.tplants.2012.06.001
    Typ Journal Article
    Autor Syed N
    Journal Trends in Plant Science
    Seiten 616-623
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Folding RNA/DNA hybrid duplexes
    DOI 10.1093/bioinformatics/bts466
    Typ Journal Article
    Autor Lorenz R
    Journal Bioinformatics
    Seiten 2530-2531
  • 2012
    Titel Atypical DNA methylation of genes encoding cysteine-rich peptides in Arabidopsis thaliana
    DOI 10.1186/1471-2229-12-51
    Typ Journal Article
    Autor You W
    Journal BMC Plant Biology
    Seiten 51
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Selective translation during stress in Escherichia coli
    DOI 10.1016/j.tibs.2012.07.007
    Typ Journal Article
    Autor Moll I
    Journal Trends in Biochemical Sciences
    Seiten 493-498
    Link Publikation
  • 2015
    Titel piRNA-guided slicing of transposon transcripts enforces their transcriptional silencing via specifying the nuclear piRNA repertoire
    DOI 10.1101/gad.267252.115
    Typ Journal Article
    Autor Senti K
    Journal Genes & Development
    Seiten 1747-1762
    Link Publikation
  • 2015
    Titel A human haploid gene trap collection to study lncRNAs with unusual RNA biology
    DOI 10.1080/15476286.2015.1110676
    Typ Journal Article
    Autor Kornienko A
    Journal RNA Biology
    Seiten 196-220
    Link Publikation
  • 2014
    Titel The multifunctional Staufen proteins: conserved roles from neurogenesis to synaptic plasticity
    DOI 10.1016/j.tins.2014.05.009
    Typ Journal Article
    Autor Heraud-Farlow J
    Journal Trends in Neurosciences
    Seiten 470-479
    Link Publikation
  • 2014
    Titel The Rhino-Deadlock-Cutoff Complex Licenses Noncanonical Transcription of Dual-Strand piRNA Clusters in Drosophila
    DOI 10.1016/j.cell.2014.04.031
    Typ Journal Article
    Autor Mohn F
    Journal Cell
    Seiten 1364-1379
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Genome-scale functional characterization of Drosophila developmental enhancers in vivo
    DOI 10.1038/nature13395
    Typ Journal Article
    Autor Kvon E
    Journal Nature
    Seiten 91-95
  • 2014
    Titel The HERMIT in the stream
    DOI 10.1145/2543728.2543736
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Farmer A
    Seiten 97-108
  • 2014
    Titel Impact of Hfq on the Bacillus subtilis Transcriptome
    DOI 10.1371/journal.pone.0098661
    Typ Journal Article
    Autor Hämmerle H
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2014
    Titel A bimodular nuclear localization signal assembled via an extended double-stranded RNA-binding domain acts as an RNA-sensing signal for transportin 1
    DOI 10.1073/pnas.1323698111
    Typ Journal Article
    Autor Barraud P
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Drosha protein levels are translationally regulated during Xenopus oocyte maturation
    DOI 10.1091/mbc.e13-07-0386
    Typ Journal Article
    Autor Muggenhumer D
    Journal Molecular Biology of the Cell
    Seiten 2094-2104
    Link Publikation
  • 2014
    Titel The double-stranded transcriptome of Escherichia coli
    DOI 10.1073/pnas.1315974111
    Typ Journal Article
    Autor Lybecker M
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 3134-3139
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Dissection of thousands of cell type-specific enhancers identifies dinucleotide repeat motifs as general enhancer features
    DOI 10.1101/gr.169243.113
    Typ Journal Article
    Autor Yáñez-Cuna J
    Journal Genome Research
    Seiten 1147-1156
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Revisiting the coding potential of the E. coli genome through Hfq co-immunoprecipitation
    DOI 10.4161/rna.29299
    Typ Journal Article
    Autor Bilusic I
    Journal RNA Biology
    Seiten 641-654
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Regulation of Hfq by the RNA CrcZ in Pseudomonas aeruginosa Carbon Catabolite Repression
    DOI 10.1371/journal.pgen.1004440
    Typ Journal Article
    Autor Sonnleitner E
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Transcriptional enhancers: from properties to genome-wide predictions
    DOI 10.1038/nrg3682
    Typ Journal Article
    Autor Shlyueva D
    Journal Nature Reviews Genetics
    Seiten 272-286
  • 2012
    Titel Adenosine deaminases that act on RNA induce reproducible changes in abundance and sequence of embryonic miRNAs
    DOI 10.1101/gr.133025.111
    Typ Journal Article
    Autor Vesely C
    Journal Genome Research
    Seiten 1468-1476
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Transcriptional regulation of nitrate assimilation in Pseudomonas aeruginosa occurs via transcriptional antitermination within the nirBD–PA1779–cobA operon
    DOI 10.1099/mic.0.053850-0
    Typ Journal Article
    Autor Romeo A
    Journal Microbiology
    Seiten 1543-1552
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Mechanisms of long range silencing by imprinted macro non-coding RNAs
    DOI 10.1016/j.gde.2012.02.005
    Typ Journal Article
    Autor Pauler F
    Journal Current Opinion in Genetics & Development
    Seiten 283-289
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Airn Transcriptional Overlap, But Not Its lncRNA Products, Induces Imprinted Igf2r Silencing
    DOI 10.1126/science.1228110
    Typ Journal Article
    Autor Latos P
    Journal Science
    Seiten 1469-1472
  • 2012
    Titel Use of Forward Genetic Screens to Identify Genes Required for RNA-Directed DNA Methylation in Arabidopsis thaliana
    DOI 10.1101/sqb.2012.77.015099
    Typ Journal Article
    Autor Eun C
    Journal Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology
    Seiten 195-204
  • 2012
    Titel Transcriptome survey reveals increased complexity of the alternative splicing landscape in Arabidopsis
    DOI 10.1101/gr.134106.111
    Typ Journal Article
    Autor Marquez Y
    Journal Genome Research
    Seiten 1184-1195
    Link Publikation
  • 2012
    Titel A zipcode unzipped
    DOI 10.1101/gad.184945.111
    Typ Journal Article
    Autor Doyle M
    Journal Genes & Development
    Seiten 110-113
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Sneaking around concatMap
    DOI 10.1145/2364527.2364559
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Siederdissen C
    Seiten 215-226
  • 2012
    Titel Transcriptional Silencing of Transposons by Piwi and Maelstrom and Its Impact on Chromatin State and Gene Expression
    DOI 10.1016/j.cell.2012.10.040
    Typ Journal Article
    Autor Sienski G
    Journal Cell
    Seiten 964-980
    Link Publikation
  • 2012
    Titel RNA-interacting proteins act as site-specific repressors of ADAR2-mediated RNA editing and fluctuate upon neuronal stimulation
    DOI 10.1093/nar/gks1353
    Typ Journal Article
    Autor Tariq A
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 2581-2593
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Small regulatory RNAs in Pseudomonas aeruginosa
    DOI 10.4161/rna.19231
    Typ Journal Article
    Autor Sonnleitner E
    Journal RNA Biology
    Seiten 364-371
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Macro lncRNAs
    DOI 10.4161/rna.19985
    Typ Journal Article
    Autor Guenzl P
    Journal RNA Biology
    Seiten 731-741
  • 2012
    Titel RNA Folding Algorithms with G-Quadruplexes
    DOI 10.1007/978-3-642-31927-3_5
    Typ Book Chapter
    Autor Lorenz R
    Verlag Springer Nature
    Seiten 49-60
  • 2012
    Titel Biased transcription and selective degradation of small RNAs shape the pattern of DNA elimination in Tetrahymena
    DOI 10.1101/gad.196493.112
    Typ Journal Article
    Autor Schoeberl U
    Journal Genes & Development
    Seiten 1729-1742
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Developmentally programmed, RNA-directed genome rearrangement in Tetrahymena
    DOI 10.1111/j.1440-169x.2011.01305.x
    Typ Journal Article
    Autor Mochizuki K
    Journal Development, Growth & Differentiation
    Seiten 108-119
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Independent localization of MAP2, CaMKIIa and ß-actin RNAs in low copy numbers
    DOI 10.1038/embor.2011.149
    Typ Journal Article
    Autor Mikl M
    Journal The EMBO Reports
    Seiten 1077-1084
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Developmental control of imprinted expression by macro non-coding RNAs
    DOI 10.1016/j.semcdb.2011.02.018
    Typ Journal Article
    Autor Santoro F
    Journal Seminars in Cell & Developmental Biology
    Seiten 328-335
  • 2011
    Titel Animal snoRNAs and scaRNAs with exceptional structures
    DOI 10.4161/rna.8.6.16603
    Typ Journal Article
    Autor Marz M
    Journal RNA Biology
    Seiten 938-946
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Functional repeat-derived RNAs often originate from retrotransposon-propagated ncRNAs
    DOI 10.1002/wrna.1243
    Typ Journal Article
    Autor Matylla-Kulinska K
    Journal Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA
    Seiten 591-600
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Genomic Imprinting in Mammals
    DOI 10.1101/cshperspect.a018382
    Typ Journal Article
    Autor Barlow D
    Journal Cold Spring Harbor Perspectives in Biology
    Link Publikation
  • 2014
    Titel ADAR2 induces reproducible changes in sequence and abundance of mature microRNAs in the mouse brain
    DOI 10.1093/nar/gku844
    Typ Journal Article
    Autor Vesely C
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 12155-12168
    Link Publikation
  • 2014
    Titel A Chloroplast Retrograde Signal Regulates Nuclear Alternative Splicing
    DOI 10.1126/science.1250322
    Typ Journal Article
    Autor Petrillo E
    Journal Science
    Seiten 427-430
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Development of Giant Bacteriophage ?KZ Is Independent of the Host Transcription Apparatus
    DOI 10.1128/jvi.01347-14
    Typ Journal Article
    Autor Ceyssens P
    Journal Journal of Virology
    Seiten 10501-10510
    Link Publikation
  • 2014
    Titel The exon junction complex is required for definition and excision of neighboring introns in Drosophila
    DOI 10.1101/gad.245738.114
    Typ Journal Article
    Autor Hayashi R
    Journal Genes & Development
    Seiten 1772-1785
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Heterogeneity of the translational machinery: Variations on a common theme
    DOI 10.1016/j.biochi.2014.12.011
    Typ Journal Article
    Autor Sauert M
    Journal Biochimie
    Seiten 39-47
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Hormone-Responsive Enhancer-Activity Maps Reveal Predictive Motifs, Indirect Repression, and Targeting of Closed Chromatin
    DOI 10.1016/j.molcel.2014.02.026
    Typ Journal Article
    Autor Shlyueva D
    Journal Molecular Cell
    Seiten 180-192
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Enhancer–core-promoter specificity separates developmental and housekeeping gene regulation
    DOI 10.1038/nature13994
    Typ Journal Article
    Autor Zabidi M
    Journal Nature
    Seiten 556-559
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Quantitative genome-wide enhancer activity maps for five Drosophila species show functional enhancer conservation and turnover during cis-regulatory evolution
    DOI 10.1038/ng.3009
    Typ Journal Article
    Autor Arnold C
    Journal Nature Genetics
    Seiten 685-692
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Imaging of Endogenous Messenger RNA Splice Variants in Living Cells Reveals Nuclear Retention of Transcripts Inaccessible to Nonsense-Mediated Decay in Arabidopsis
    DOI 10.1105/tpc.113.118075
    Typ Journal Article
    Autor Göhring J
    Journal The Plant Cell
    Seiten 754-764
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Keeping the Soma Free of Transposons: Programmed DNA Elimination in Ciliates*
    DOI 10.1074/jbc.r111.276964
    Typ Journal Article
    Autor Schoeberl U
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 37045-37052
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Programmed DNA Elimination in Tetrahymena: A Small RNA-Mediated Genome Surveillance Mechanism
    DOI 10.1007/978-1-4614-0332-6_10
    Typ Book Chapter
    Autor Kataoka K
    Verlag Springer Nature
    Seiten 156-173
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Selective Translation of Leaderless mRNAs by Specialized Ribosomes Generated by MazF in Escherichia coli
    DOI 10.1016/j.cell.2011.07.047
    Typ Journal Article
    Autor Vesper O
    Journal Cell
    Seiten 147-157
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Genomic Imprinting: A Mammalian Epigenetic Discovery Model
    DOI 10.1146/annurev-genet-110410-132459
    Typ Journal Article
    Autor Barlow D
    Journal Annual review of genetics
    Seiten 379-403
  • 2011
    Titel Finding aptamers and small ribozymes in unexpected places
    DOI 10.1002/wrna.105
    Typ Journal Article
    Autor Matylla-Kulinska K
    Journal Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA
    Seiten 73-91
  • 2011
    Titel ViennaRNA Package 2.0
    DOI 10.1186/1748-7188-6-26
    Typ Journal Article
    Autor Lorenz R
    Journal Algorithms for Molecular Biology
    Seiten 26
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Mechanisms of dendritic mRNA transport and its role in synaptic tagging
    DOI 10.1038/emboj.2011.278
    Typ Journal Article
    Autor Doyle M
    Journal The EMBO Journal
    Seiten 3540-3552
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Tristetraprolin Limits Inflammatory Cytokine Production in Tumor-Associated Macrophages in an mRNA Decay–Independent Manner
    DOI 10.1158/0008-5472.can-15-0205
    Typ Journal Article
    Autor Kratochvill F
    Journal Cancer Research
    Seiten 3054-3064
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Unmasking alternative splicing inside protein-coding exons defines exitrons and their role in proteome plasticity
    DOI 10.1101/gr.186585.114
    Typ Journal Article
    Autor Marquez Y
    Journal Genome Research
    Seiten 995-1007
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Targeted Gene Disruption by Ectopic Induction of DNA Elimination in Tetrahymena
    DOI 10.1534/genetics.115.178525
    Typ Journal Article
    Autor Hayashi A
    Journal Genetics
    Seiten 55-64
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Lost in Translation: Pitfalls in Deciphering Plant Alternative Splicing Transcripts
    DOI 10.1105/tpc.15.00572
    Typ Journal Article
    Autor Brown J
    Journal The Plant Cell
    Seiten 2083-2087
    Link Publikation
  • 2015
    Titel A Tetrahymena Hsp90 co-chaperone promotes siRNA loading by ATP-dependent and ATP-independent mechanisms
    DOI 10.15252/embj.201490062
    Typ Journal Article
    Autor Woehrer S
    Journal The EMBO Journal
    Seiten 559-577
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Pitfalls of Mapping High-Throughput Sequencing Data to Repetitive Sequences: Piwi’s Genomic Targets Still Not Identified
    DOI 10.1016/j.devcel.2015.01.013
    Typ Journal Article
    Autor Marinov G
    Journal Developmental Cell
    Seiten 765-771
    Link Publikation
  • 2015
    Titel The spliceosome-associated protein Nrl1 suppresses homologous recombination-dependent R-loop formation in fission yeast
    DOI 10.1093/nar/gkv1473
    Typ Journal Article
    Autor Aronica L
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 1703-1717
    Link Publikation
  • 2015
    Titel The dynamic epitranscriptome: A to I editing modulates genetic information
    DOI 10.1007/s00412-015-0526-9
    Typ Journal Article
    Autor Tajaddod M
    Journal Chromosoma
    Seiten 51-63
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Product Grammars for Alignment and Folding
    DOI 10.1109/tcbb.2014.2326155
    Typ Journal Article
    Autor Siederdissen C
    Journal IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
    Seiten 507-519
    Link Publikation
  • 2015
    Titel SHAPE directed RNA folding
    DOI 10.1093/bioinformatics/btv523
    Typ Journal Article
    Autor Lorenz R
    Journal Bioinformatics
    Seiten 145-147
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Pseudoknots in RNA folding landscapes
    DOI 10.1093/bioinformatics/btv572
    Typ Journal Article
    Autor Kucharík M
    Journal Bioinformatics
    Seiten 187-194
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Processed Small RNAs in Archaea and BHB Elements
    DOI 10.18547/gcb.2015.vol1.iss1.e18
    Typ Journal Article
    Autor Berkemer S
    Journal Genomics and Computational Biology
    Seiten 18
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Silencio/CG9754 connects the Piwi–piRNA complex to the cellular heterochromatin machinery
    DOI 10.1101/gad.271908.115
    Typ Journal Article
    Autor Sienski G
    Journal Genes & Development
    Seiten 2258-2271
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Alterations of the Transcriptome of Sulfolobus acidocaldarius by Exoribonuclease aCPSF2
    DOI 10.1371/journal.pone.0076569
    Typ Journal Article
    Autor Märtens B
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Computational design of RNAs with complex energy landscapes
    DOI 10.1002/bip.22337
    Typ Journal Article
    Autor Siederdissen C
    Journal Biopolymers
    Seiten 1124-1136
  • 2013
    Titel Transposon Domestication versus Mutualism in Ciliate Genome Rearrangements
    DOI 10.1371/journal.pgen.1003659
    Typ Journal Article
    Autor Vogt A
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2013
    Titel The Pseudomonas aeruginosa Catabolite Repression Control Protein Crc Is Devoid of RNA Binding Activity
    DOI 10.1371/journal.pone.0064609
    Typ Journal Article
    Autor Milojevic T
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Predicting RNA Structure: Advances and Limitations
    DOI 10.1007/978-1-62703-667-2_1
    Typ Book Chapter
    Autor Hofacker I
    Verlag Springer Nature
    Seiten 1-19
  • 2013
    Titel Imprinted Igf2r silencing depends on continuous Airn lncRNA expression and is not restricted to a developmental window
    DOI 10.1242/dev.088849
    Typ Journal Article
    Autor Santoro F
    Journal Development
    Seiten 1184-1195
  • 2013
    Titel Interplay among RNA polymerases II, IV and V in RNA-directed DNA methylation at a low copy transgene locus in Arabidopsis thaliana
    DOI 10.1007/s11103-013-0041-4
    Typ Journal Article
    Autor You W
    Journal Plant Molecular Biology
    Seiten 85-96
    Link Publikation
  • 2013
    Titel 2D Meets 4G: G-Quadruplexes in RNA Secondary Structure Prediction
    DOI 10.1109/tcbb.2013.7
    Typ Journal Article
    Autor Lorenz R
    Journal IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
    Seiten 832-844
  • 2013
    Titel False positive RNA binding activities after Ni-affinity purification from Escherichia coli
    DOI 10.4161/rna.25195
    Typ Journal Article
    Autor Milojevic T
    Journal RNA Biology
    Seiten 1066-1069
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Duplex formation between the sRNA DsrA and rpoS mRNA is not sufficient for efficient RpoS synthesis at low temperature
    DOI 10.4161/rna.27100
    Typ Journal Article
    Autor Hämmerle H
    Journal RNA Biology
    Seiten 1834-1841
    Link Publikation
  • 2013
    Titel How to Multiply Dynamic Programming Algorithms
    DOI 10.1007/978-3-319-02624-4_8
    Typ Book Chapter
    Autor Höner Zu Siederdissen C
    Verlag Springer Nature
    Seiten 82-93
  • 2013
    Titel Ribosome heterogeneity: another level of complexity in bacterial translation regulation
    DOI 10.1016/j.mib.2013.01.009
    Typ Journal Article
    Autor Byrgazov K
    Journal Current Opinion in Microbiology
    Seiten 133-139
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Loading and pre-loading processes generate a distinct siRNA population in Tetrahymena
    DOI 10.1016/j.bbrc.2013.05.133
    Typ Journal Article
    Autor Mochizuki K
    Journal Biochemical and Biophysical Research Communications
    Seiten 497-502
    Link Publikation
  • 2013
    Titel A high-throughput screen to identify enhancers of ADAR-mediated RNA-editing
    DOI 10.4161/rna.23208
    Typ Journal Article
    Autor Garncarz W
    Journal RNA Biology
    Seiten 192-204
    Link Publikation
  • 2013
    Titel A Domesticated PiggyBac Transposase Interacts with Heterochromatin and Catalyzes Reproducible DNA Elimination in Tetrahymena
    DOI 10.1371/journal.pgen.1004032
    Typ Journal Article
    Autor Vogt A
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Genome-Wide Quantitative Enhancer Activity Maps Identified by STARR-seq
    DOI 10.1126/science.1232542
    Typ Journal Article
    Autor Arnold C
    Journal Science
    Seiten 1074-1077
  • 2013
    Titel Epigenetics of Ciliates
    DOI 10.1101/cshperspect.a017764
    Typ Journal Article
    Autor Chalker D
    Journal Cold Spring Harbor Perspectives in Biology
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Silencing by the imprinted Airn macro lncRNA
    DOI 10.4161/cc.23860
    Typ Journal Article
    Autor Santoro F
    Journal Cell Cycle
    Seiten 711-712
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Automated identification of RNA 3D modules with discriminative power in RNA structural alignments
    DOI 10.1093/nar/gkt795
    Typ Journal Article
    Autor Theis C
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 9999-10009
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Bacterial helicases in post-transcriptional control
    DOI 10.1016/j.bbagrm.2012.12.005
    Typ Journal Article
    Autor Kaberdin V
    Journal Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms
    Seiten 878-883
  • 2013
    Titel Systematic analysis and evolution of 5S ribosomal DNA in metazoans
    DOI 10.1038/hdy.2013.63
    Typ Journal Article
    Autor Vierna J
    Journal Heredity
    Seiten 410-421
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Gene regulation by the act of long non-coding RNA transcription
    DOI 10.1186/1741-7007-11-59
    Typ Journal Article
    Autor Kornienko A
    Journal BMC Biology
    Seiten 59
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Interactome of Two Diverse RNA Granules Links mRNA Localization to Translational Repression in Neurons
    DOI 10.1016/j.celrep.2013.11.023
    Typ Journal Article
    Autor Fritzsche R
    Journal Cell Reports
    Seiten 1749-1762
    Link Publikation
  • 2013
    Titel CMCompare webserver: comparing RNA families via covariance models
    DOI 10.1093/nar/gkt329
    Typ Journal Article
    Autor Eggenhofer F
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Complexity of the Alternative Splicing Landscape in Plants
    DOI 10.1105/tpc.113.117523
    Typ Journal Article
    Autor Reddy A
    Journal The Plant Cell
    Seiten 3657-3683
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Staufen2 Regulates Neuronal Target RNAs
    DOI 10.1016/j.celrep.2013.11.039
    Typ Journal Article
    Autor Heraud-Farlow J
    Journal Cell Reports
    Seiten 1511-1518
    Link Publikation
  • 2012
    Titel A Downstream CpG Island Controls Transcript Initiation and Elongation and the Methylation State of the Imprinted Airn Macro ncRNA Promoter
    DOI 10.1371/journal.pgen.1002540
    Typ Journal Article
    Autor Koerner M
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Posttranscriptional regulation of cytokine expression
    DOI 10.1016/j.cyto.2015.11.007
    Typ Journal Article
    Autor Kovarik P
    Journal Cytokine
    Seiten 21-26
  • 2015
    Titel Lamarckian Illusions
    DOI 10.1016/j.tree.2015.08.003
    Typ Journal Article
    Autor Weiss A
    Journal Trends in Ecology & Evolution
    Seiten 566-568
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Domain swapping between homologous bacterial small RNAs dissects processing and Hfq binding determinants and uncovers an aptamer for conditional RNase E cleavage
    DOI 10.1093/nar/gkv1161
    Typ Journal Article
    Autor Göpel Y
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 824-837
    Link Publikation
  • 2015
    Titel RNA 3D Modules in Genome-Wide Predictions of RNA 2D Structure
    DOI 10.1371/journal.pone.0139900
    Typ Journal Article
    Autor Theis C
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Predicting RNA 3D structure using a coarse-grain helix-centered model
    DOI 10.1261/rna.047522.114
    Typ Journal Article
    Autor Kerpedjiev P
    Journal RNA
    Seiten 1110-1121
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Soups & SELEX for the origin of life
    DOI 10.1261/rna.050559.115
    Typ Journal Article
    Autor Schroeder R
    Journal RNA
    Seiten 729-732
    Link Publikation
  • 2015
    Titel ViennaNGS: A toolbox for building efficient next- generation sequencing analysis pipelines
    DOI 10.12688/f1000research.6157.2
    Typ Journal Article
    Autor Wolfinger M
    Journal F1000Research
    Seiten 50
    Link Publikation
  • 2015
    Titel AREsite2: an enhanced database for the comprehensive investigation of AU/GU/U-rich elements
    DOI 10.1093/nar/gkv1238
    Typ Journal Article
    Autor Fallmann J
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Genome-wide assessment of sequence-intrinsic enhancer responsiveness at single-base-pair resolution
    DOI 10.1038/nbt.3739
    Typ Journal Article
    Autor Arnold C
    Journal Nature Biotechnology
    Seiten 136-144
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Tristetraprolin binding site atlas in the macrophage transcriptome reveals a switch for inflammation resolution
    DOI 10.15252/msb.20156628
    Typ Journal Article
    Autor Sedlyarov V
    Journal Molecular Systems Biology
    Link Publikation
  • 2016
    Titel In vivo expression technology and 5? end mapping of the Borrelia burgdorferi transcriptome identify novel RNAs expressed during mammalian infection
    DOI 10.1093/nar/gkw1180
    Typ Journal Article
    Autor Adams P
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 775-792
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Cross-regulation by CrcZ RNA controls anoxic biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa
    DOI 10.1038/srep39621
    Typ Journal Article
    Autor Pusic P
    Journal Scientific Reports
    Seiten 39621
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Electron microscopy analysis of flash-annealed CuZr based bulk metallic glass
    DOI 10.1002/9783527808465.emc2016.6322
    Typ Book Chapter
    Autor Müller C
    Verlag Wiley
    Seiten 754-755
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Neuron type-specific miRNA represses two broadly expressed genes to modulate an avoidance behavior in C. elegans
    DOI 10.1101/gad.287904.116
    Typ Journal Article
    Autor Drexel T
    Journal Genes & Development
    Seiten 2042-2047
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Genome-Wide Ultrabithorax Binding Analysis Reveals Highly Targeted Genomic Loci at Developmental Regulators and a Potential Connection to Polycomb-Mediated Regulation
    DOI 10.1371/journal.pone.0161997
    Typ Journal Article
    Autor Shlyueva D
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2016
    Titel RNAlien – Unsupervised RNA family model construction
    DOI 10.1093/nar/gkw558
    Typ Journal Article
    Autor Eggenhofer F
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 8433-8441
    Link Publikation
  • 2016
    Titel sRNA-Mediated Control of Transcription Termination in E. coli
    DOI 10.1016/j.cell.2016.09.004
    Typ Journal Article
    Autor Sedlyarova N
    Journal Cell
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Long non-coding RNAs display higher natural expression variation than protein-coding genes in healthy humans
    DOI 10.1186/s13059-016-0873-8
    Typ Journal Article
    Autor Kornienko A
    Journal Genome Biology
    Seiten 14
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Regulatory Enhancer–Core-Promoter Communication via Transcription Factors and Cofactors
    DOI 10.1016/j.tig.2016.10.003
    Typ Journal Article
    Autor Zabidi M
    Journal Trends in Genetics
    Seiten 801-814
    Link Publikation
  • 2017
    Titel A framework for understanding the roles of miRNAs in animal development
    DOI 10.1242/dev.146613
    Typ Journal Article
    Autor Alberti C
    Journal Development
    Seiten 2548-2559
    Link Publikation
  • 2017
    Titel NMR Structural Profiling of Transcriptional Intermediates Reveals Riboswitch Regulation by Metastable RNA Conformations
    DOI 10.1021/jacs.6b10429
    Typ Journal Article
    Autor Helmling C
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 2647-2656
  • 2017
    Titel Temperature-dependent sRNA transcriptome of the Lyme disease spirochete
    DOI 10.1186/s12864-016-3398-3
    Typ Journal Article
    Autor Popitsch N
    Journal BMC Genomics
    Seiten 28
    Link Publikation
  • 2017
    Titel RIsearch2: suffix array-based large-scale prediction of RNA–RNA interactions and siRNA off-targets
    DOI 10.1093/nar/gkw1325
    Typ Journal Article
    Autor Alkan F
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Combinatorial function of transcription factors and cofactors
    DOI 10.1016/j.gde.2016.12.007
    Typ Journal Article
    Autor Reiter F
    Journal Current Opinion in Genetics & Development
    Seiten 73-81
  • 2017
    Titel RNA in Disease and development
    DOI 10.1080/15476286.2017.1316929
    Typ Journal Article
    Autor Barta A
    Journal RNA Biology
    Seiten 457-459
    Link Publikation
  • 2017
    Titel RNAblueprint: flexible multiple target nucleic acid sequence design
    DOI 10.1093/bioinformatics/btx263
    Typ Journal Article
    Autor Hammer S
    Journal Bioinformatics
    Seiten 2850-2858
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Roles of Regulatory RNAs for Antibiotic Resistance in Bacteria and Their Potential Value as Novel Drug Targets
    DOI 10.3389/fmicb.2017.00803
    Typ Journal Article
    Autor Dersch P
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 803
    Link Publikation
  • 2017
    Titel A to I editing in disease is not fake news
    DOI 10.1080/15476286.2017.1306173
    Typ Journal Article
    Autor Bajad P
    Journal RNA Biology
    Seiten 1223-1231
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Probing the canonicity of the Wnt/wingless signaling pathway
    DOI 10.1371/journal.pgen.1006700
    Typ Journal Article
    Autor Franz A
    Journal PLOS Genetics
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Accurate mapping of tRNA reads
    DOI 10.1093/bioinformatics/btx756
    Typ Journal Article
    Autor Hoffmann A
    Journal Bioinformatics
    Seiten 1116-1124
    Link Publikation
  • 2017
    Titel SLAM-ITseq: Sequencing cell type-specific transcriptomes without cell sorting
    DOI 10.1101/235093
    Typ Preprint
    Autor Matsushima W
    Seiten 235093
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Small RNAs are trafficked from the epididymis to developing mammalian sperm
    DOI 10.1101/194522
    Typ Preprint
    Autor Sharma U
    Seiten 194522
    Link Publikation
  • 2017
    Titel RNA structure prediction: from 2D to 3D.
    DOI 10.1042/etls20160027
    Typ Journal Article
    Autor Thiel B
    Journal Emerging topics in life sciences
    Seiten 275-285
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Structural insights into RapZ-mediated regulation of bacterial amino-sugar metabolism
    DOI 10.1093/nar/gkx732
    Typ Journal Article
    Autor Gonzalez G
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 10845-10860
    Link Publikation
  • 2017
    Titel A heterochromatin-dependent transcription machinery drives piRNA expression
    DOI 10.1038/nature23482
    Typ Journal Article
    Autor Andersen P
    Journal Nature
    Seiten 54-59
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Forebrain-specific, conditional silencing of Staufen2 alters synaptic plasticity, learning, and memory in rats
    DOI 10.1186/s13059-017-1350-8
    Typ Journal Article
    Autor Berger S
    Journal Genome Biology
    Seiten 222
    Link Publikation
  • 2017
    Titel The Anaerobically Induced sRNA PaiI Affects Denitrification in Pseudomonas aeruginosa PA14
    DOI 10.3389/fmicb.2017.02312
    Typ Journal Article
    Autor Tata M
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 2312
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Pumilio2-deficient mice show a predisposition for epilepsy
    DOI 10.1242/dmm.029678
    Typ Journal Article
    Autor Follwaczny P
    Journal Disease Models & Mechanisms
    Seiten 1333-1342
    Link Publikation
  • 2017
    Titel HuR Small-Molecule Inhibitor Elicits Differential Effects in Adenomatosis Polyposis and Colorectal Carcinogenesis
    DOI 10.1158/0008-5472.can-15-1726
    Typ Journal Article
    Autor Lang M
    Journal Cancer Research
    Seiten 2424-2438
    Link Publikation
  • 2017
    Titel The RNA-binding protein tristetraprolin schedules apoptosis of pathogen-engaged neutrophils during bacterial infection
    DOI 10.1172/jci80631
    Typ Journal Article
    Autor Ebner F
    Journal Journal of Clinical Investigation
    Seiten 2051-2065
    Link Publikation
  • 2018
    Titel The cyclin-dependent kinase G group defines a thermo-sensitive alternative splicing circuit modulating the expression of Arabidopsis ATU2AF65A
    DOI 10.1111/tpj.13914
    Typ Journal Article
    Autor Cavallari N
    Journal The Plant Journal
    Seiten 1010-1022
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Nascent RNA signaling to yeast RNA Pol II during transcription elongation
    DOI 10.1371/journal.pone.0194438
    Typ Journal Article
    Autor Klopf E
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Carbohydrate Utilization in Bacteria: Making the Most Out of Sugars with the Help of Small Regulatory RNAs
    DOI 10.1128/microbiolspec.rwr-0013-2017
    Typ Journal Article
    Autor Durica-Mitic S
    Journal Microbiology Spectrum
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Advances in Light-Directed Synthesis of High-Density Microarrays and Extension to RNA and 2'F-ANA Chemistries
    DOI 10.1002/9783527812103.ch11
    Typ Book Chapter
    Autor Lietard J
    Verlag Wiley
    Seiten 291-312
  • 2018
    Titel CMV: visualization for RNA and protein family models and their comparisons
    DOI 10.1093/bioinformatics/bty158
    Typ Journal Article
    Autor Eggenhofer F
    Journal Bioinformatics
    Seiten 2676-2678
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Cell-type specific sequencing of microRNAs from complex animal tissues
    DOI 10.1038/nmeth.4610
    Typ Journal Article
    Autor Alberti C
    Journal Nature Methods
    Seiten 283-289
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Assessing sufficiency and necessity of enhancer activities for gene expression and the mechanisms of transcription activation
    DOI 10.1101/gad.310367.117
    Typ Journal Article
    Autor Catarino R
    Journal Genes & Development
    Seiten 202-223
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Autoregulation of mazEF expression underlies growth heterogeneity in bacterial populations
    DOI 10.1093/nar/gky079
    Typ Journal Article
    Autor Nikolic N
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2018
    Titel SLAM-seq defines direct gene-regulatory functions of the BRD4-MYC axis
    DOI 10.1126/science.aao2793
    Typ Journal Article
    Autor Muhar M
    Journal Science
    Seiten 800-805
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Positioning Europe for the EPITRANSCRIPTOMICS challenge
    DOI 10.1080/15476286.2018.1460996
    Typ Journal Article
    Autor Jantsch M
    Journal RNA Biology
    Seiten 829-831
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Interplay between the catabolite repression control protein Crc, Hfq and RNA in Hfq-dependent translational regulation in Pseudomonas aeruginosa
    DOI 10.1093/nar/gkx1245
    Typ Journal Article
    Autor Sonnleitner E
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2017
    Titel The Other Face of an Editor: ADAR1 Functions in Editing-Independent Ways
    DOI 10.1002/bies.201700129
    Typ Journal Article
    Autor Licht K
    Journal BioEssays
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Thiol-linked alkylation of RNA to assess expression dynamics
    DOI 10.1038/nmeth.4435
    Typ Journal Article
    Autor Herzog V
    Journal Nature Methods
    Seiten 1198-1204
    Link Publikation
  • 2017
    Titel MazF activation promotes translational heterogeneity of the grcA mRNA in Escherichia coli populations
    DOI 10.7717/peerj.3830
    Typ Journal Article
    Autor Nikolic N
    Journal PeerJ
    Link Publikation
  • 2019
    Titel iRAPs curb antisense transcription in E. coli
    DOI 10.1093/nar/gkz791
    Typ Journal Article
    Autor Magán A
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 10894-10905
    Link Publikation
  • 2018
    Titel TERribly Difficult: Searching for Telomerase RNAs in Saccharomycetes
    DOI 10.3390/genes9080372
    Typ Journal Article
    Autor Waldl M
    Journal Genes
    Seiten 372
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Organ-wide profiling in mouse reveals high editing levels of Filamin B mRNA in the musculoskeletal system
    DOI 10.1080/15476286.2018.1480252
    Typ Journal Article
    Autor Czermak P
    Journal RNA Biology
    Seiten 877-885
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Novel small RNA spike-in oligonucleotides enable absolute normalization of small RNA-Seq data
    DOI 10.1038/s41598-017-06174-3
    Typ Journal Article
    Autor Lutzmayer S
    Journal Scientific Reports
    Seiten 5913
    Link Publikation
  • 2016
    Titel The MazF-regulon: a toolbox for the post-transcriptional stress response in Escherichia coli
    DOI 10.1093/nar/gkw115
    Typ Journal Article
    Autor Sauert M
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 6660-6675
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Insights into the Stress Response Triggered by Kasugamycin in Escherichia coli
    DOI 10.3390/antibiotics5020019
    Typ Journal Article
    Autor Müller C
    Journal Antibiotics
    Seiten 19
    Link Publikation
  • 2016
    Titel RNA folding with hard and soft constraints
    DOI 10.1186/s13015-016-0070-z
    Typ Journal Article
    Autor Lorenz R
    Journal Algorithms for Molecular Biology
    Seiten 8
    Link Publikation

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