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Elektronenfluß beim oxidativen Zelluloseabbau

Electron flow during oxidative cellulose degradation

Daniel Kracher (ORCID: 0000-0002-3856-3170)
  • Grant-DOI 10.55776/J4154
  • Förderprogramm Erwin Schrödinger
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.04.2018
  • Projektende 31.12.2019
  • Bewilligungssumme 88.578 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (25%); Chemie (50%); Physik, Astronomie (25%)

Keywords

    Cellulose Degradation, Fast Spectroscopy, Electron Transfer, Oxidoreductases, domain mobility

Abstract Endbericht

Pflanzliche Biomasse ist der größte Energiespeicher der Erde. Holzabbauende Pilze machen sich diesen riesigen Energievorrat zunutze, indem sie die widerstandsfähigen Biopolymere im Holz durch Enzyme in verdauliche Zuckermoleküle umwandeln. Ein kürzlich entdecktes Enzymsystem spielt dabei eine entscheidende Rolle: Es bricht die dichte Struktur der Biomasse auf und macht sie damit für andere Enzyme leichter abbaubar. Sog. lytische Polysaccharidmonooxygenasen (kurz LPMOs) sind hierbei Schlüsselenzyme, da sie gezielt die kristallinen Oberflächen in der Biomasse angreifen. LPMOs können aber nicht alleine arbeiten, sondern müssen über Hilfsenzyme (sog. Zellobiosedehydrogenasen, CDHs) aktiviert werden. Ein Schlüsselmechanismus bei diesem Vorgang ist eine gerichtete Elektronentransportkette, die letzlich zur Aktivierung der LPMO führt. Dieser Elektronentransfer führt über mehrere reaktive Zentren von der CDH zur LPMO, was eine ausgesprochen hohen Dynamik dieser Enzyme vorraussetzt. Ziel dieses Projektes ist es, diese Dynamik mit zeitlich und räumlich hochauflösenden Methoden darzustellen. Dieses Ziel soll durch ein kollaboratives Projekt, dass die Arbeitsgruppen von Dr. Roland Ludwig (BOKU Universität, Wien) und von Prof. Nigel Scrutton (University of Manchester) einschließt, erreicht werden. Durch hochspezialisierte Methoden, die in Manchester zur Verfügung stehen, können einzelne Reaktionsschritte der Enzyme bis in den Pikosekunden-Bereich aufgelöst werden, und somit gerichtete Enzymbewegungen dargestellt werden. Komplementär dazu soll in Wien die Verteilung und Interaktion der Enzyme auf Oberflächen, wie sie in der Natur vorkommen, untersucht werden. Dazu wird ein elektrochemisches Elektronenmikroskop verwendet werden, dass es erlaubt Enzyme aufgrund ihrer katalytischen Aktivität zu identifizerien. Erkenntnisse, die aus dieser Arbeit hervorgehen, könnten somit wesentlich zum Verständis der Physiologie von Pilzen beitragen, sind zugleich aber auch die conditio sine qua non für die kommerzielle Anwendung der Enzyme, um z.B. aus dem Rohstoff Holz schonend und nachhaltig Energie oder energiereiche Kohlenwasserstoffe zu erzeugen.

Holzabbauende Pilze spielen eine wesentliche Rolle im globalen Kohlenstoffkreislauf. Sie sind in der Lage, widerstandsfähige Bestandteile von Pflanzenzellen, wie z. B. Zellulose, durch spezialisierte Enzyme abzubauen und zu verwerten. Eine kürzlich entdeckte Klasse von Zellulose-abbauenden Enzymen spielt bei diesem Prozess eine entscheidende Rolle. Die Aktivierung dieser Enzyme bedarf einer gezielten und gerichteten Übertragung von Elektronen. Dieser komplexe Elektronentransfer führt über mehrere reaktive Zentren und setzt eine ausgesprochen hohe Dynamik der involvierten Enzyme voraus. In diesem Projekt wurden diese Elektronentransferschritte mit zeitlich hochauflösenden Methoden erfasst und mit den dynamischen Bewegungen der Enzyme korreliert. Unter Zuhilfenahme eines breiten Methodenspektrums, das vorwiegend biochemische aber auch molekularbiologische und computergestützte Techniken beinhaltete, wurde die Interaktion zwischen den untersuchten Enzymen auf molekularer Ebene analysiert und aufgeschlüsselt. Dieses Ziel wurde durch ein gemeinschaftliches Projekt, das die Arbeitsgruppen von Dr. Roland Ludwig (BOKU Universität, Wien) und von Prof. Nigel Scrutton (University of Manchester) einschließt, erreicht. Des Weiteren wurde im Zuge dieses Projektes eine Methode entwickelt und angewandt, die es erlaubt den Abbau von Zellulose durch die untersuchten Enzyme in Echtzeit und ohne aufwendige Analyseverfahren zu verfolgen. Resultate, die aus diesem Projekt hervorgegangen sind, tragen somit nicht nur zum Verständnis der Physiologie von Pilzen bei, sondern leisten auch einen wichtigen Beitrag zur kommerziellen Anwendung von Pilzenzymen, um z. B. aus dem Rohstoff Holz schonend und nachhaltig Energie oder energiereiche Kohlenwasserstoffe zu erzeugen.

Forschungsstätte(n)
  • University of Manchester - 100%
  • Universität für Bodenkultur Wien - 100%

Research Output

  • 222 Zitationen
  • 10 Publikationen
  • 1 Methoden & Materialien
  • 2 Disseminationen
Publikationen
  • 2020
    Titel Protein Conformational Change Is Essential for Reductive Activation of Lytic Polysaccharide Monooxygenase by Cellobiose Dehydrogenase
    DOI 10.1021/acscatal.0c00754
    Typ Journal Article
    Autor Breslmayr E
    Journal ACS Catalysis
    Seiten 4842-4853
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Structural Dynamics of Lytic Polysaccharide Monooxygenase during Catalysis
    DOI 10.3390/biom10020242
    Typ Journal Article
    Autor Filandr F
    Journal Biomolecules
    Seiten 242
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Characterization of pyranose oxidase variants for bioelectrocatalytic applications
    DOI 10.60692/ef0dw-21127
    Typ Other
    Autor Annabelle T. Abrera
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Characterization of pyranose oxidase variants for bioelectrocatalytic applications
    DOI 10.60692/jeq16-j8y50
    Typ Other
    Autor Annabelle T. Abrera
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Additional file 1 of The H2O2-dependent activity of a fungal lytic polysaccharide monooxygenase investigated with a turbidimetric assay
    DOI 10.6084/m9.figshare.11945853
    Typ Other
    Autor Frantisek Filandr
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Additional file 1 of The H2O2-dependent activity of a fungal lytic polysaccharide monooxygenase investigated with a turbidimetric assay
    DOI 10.6084/m9.figshare.11945853.v1
    Typ Other
    Autor Frantisek Filandr
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Insights into the H2O2-driven catalytic mechanism of fungal lytic polysaccharide monooxygenases
    DOI 10.1111/febs.15704
    Typ Journal Article
    Autor Hedison T
    Journal The FEBS Journal
    Seiten 4115-4128
    Link Publikation
  • 2020
    Titel The H2O2-dependent activity of a fungal lytic polysaccharide monooxygenase investigated with a turbidimetric assay
    DOI 10.1186/s13068-020-01673-4
    Typ Journal Article
    Autor Filandr F
    Journal Biotechnology for Biofuels
    Seiten 37
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Characterization of pyranose oxidase variants for bioelectrocatalytic applications
    DOI 10.1016/j.bbapap.2019.140335
    Typ Journal Article
    Autor Abrera A
    Journal Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics
    Seiten 140335
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Polysaccharide oxidation by lytic polysaccharide monooxygenase is enhanced by engineered cellobiose dehydrogenase
    DOI 10.1111/febs.15067
    Typ Journal Article
    Autor Kracher D
    Journal The FEBS Journal
    Seiten 897-908
    Link Publikation
Methoden & Materialien
  • 2020 Link
    Titel LPMO assay
    Typ Technology assay or reagent
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Disseminationen
  • 2018 Link
    Titel Contribution to cazypedia.org
    Typ Engagement focused website, blog or social media channel
    Link Link
  • 2020 Link
    Titel Contribution to online magazine scilog
    Typ A magazine, newsletter or online publication
    Link Link

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