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REKONSTRUKTION DES CRABTREE-PHÄNOTYPS IN HEFE

RE-BUILDING THE CRABTREE PHENOTYPE IN YEAST

Özge Ata Akyol (ORCID: )
  • Grant-DOI 10.55776/M2891
  • Förderprogramm Lise Meitner
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.11.2020
  • Projektende 31.10.2023
  • Bewilligungssumme 162.080 €

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Fermentation, Evolution, Komagataella phaffii, Yeast, Crabtree

Abstract Endbericht

Unsere Beziehung zu Hefen besteht seit Tausenden von Jahren. Wir verwenden Hefen dank ihrer Gärfähigkeit in den verschiedensten Bereichen: zum Backen, zum Bierbrauen und zur Weinproduktion. Während der Fermentation wandeln Hefen Zucker rasch in Alkohol und Kohlendioxid um, wodurch sie schneller als andere Mikroorganismen wachsen können. Diese Eigenschaft wird als Crabtree-Effekt bezeichnet. Während der Evolution des Crabtree-Effekts haben sich viele Schritte des Stoffwechsels der Hefen verändert. Diese Veränderungen, die zu einem stärkeren Crabtree-Effekt führten, sind bekannt; jedoch die anfänglichen molekularen Mechanismen, die die Entwicklung ermöglichten, sind unbekannt. Wir haben vor Kurzem gezeigt, dass ein einzelnes Gen den Crabtree-Effekt in Hefen auslösen kann, wodurch die Fermentationsfähigkeit angekurbelt wird. In diesem Projekt möchte ich nun testen, ob diese einzelne Genveränderung der einleitende Schritt im Zuge der Hefeevolution in Richtung eines fermentativen Stoffwechsels war. Es hat mehrere Millionen Jahre gedauert, bis Hefen den Crabtree- Effekt in der Natur entwickelt haben, aber jetzt kann der gesamte Prozess im Labor in viel kürzerer Zeit nachgebaut werden. Ich werde im Labor experimentell die Evolution des Crabtree-Effekts simulieren und den Prozess überwachen. Die Zellen werden charakterisiert und die Genome werden sequenziert und analysiert werden, um die mit dem Crabtree-Effekt verknüpften genomischen Veränderungen zu identifizieren. Die Ergebnisse dieses Projekts werden nicht nur unser Wissen über die genetischen Mechanismen des Crabtree-Effekts erweitern, sondern auch dessen evolutionären Ursprung beleuchten. Mit dem Wissen, welches wir in diesem Projekt gewinnen, wird es außerdem möglich sein, Hefen weiterzuentwickeln, die Ethanol und Milchsäure für industrielle Zwecke produzieren.

REKONSTRUKTION DES CRABTREE-PHENOTYPS IN HEFE Unsere Beziehung zu Hefe reicht Jahrtausende zurück. Dank ihrer Gärfähigkeit sind Hefen überall zu finden: beim Backen, Brauen und bei der Weinherstellung. Während der Gärung wandeln Hefen Zucker schnell in Alkohol und Kohlendioxid um, wodurch sie schneller wachsen als andere Mikroorganismen. Diese Funktion wird als Crabtree-Effekt bezeichnet. Während der Entwicklung des Crabtree-Effekts haben Hefen viele komplexe Stoffwechselveränderungen durchlaufen. Diese Veränderungen, die zu einem ausgeprägteren Crabtree-Effekt führten, sind allgemein bekannt; Die ursprünglichen molekularen Mechanismen, die seine Entstehung förderten, sind jedoch weiterhin unklar. In diesem Projekt haben wir Hefestämme geschaffen, die die genetischen Mutationen tragen, die während ihrer Evolution aufgetreten sind und zum Crabtree-Effekt beigetragen haben. Wir haben diese Stämme charakterisiert und ihre Fermentationsfähigkeit analysiert. Wir haben gezeigt, dass mehrere unabhängige Ereignisse den Crabtree-Effekt in Hefen auslösen und deren Fermentationsfähigkeit erhöhen können. Unsere Ergebnisse zeigen, dass entweder ein einzelnes Gen, das den zentralen Stoffwechsel dereguliert, oder Deletionen im aeroben Energiestoffwechsel zu einem Crabtree-Effekt führen. Kombinationen dieser Mutationen stärken die Fermentationsfähigkeit. Darüber hinaus haben wir auch die Funktionen zweier Gene im Zusammenhang mit dem Energiestoffwechsel charakterisiert und ihre Rolle bei der Energieversorgung aus verschiedenen Kohlenstoffquellen nachgewiesen, die mit dem Crabtree-Effekt verbunden ist. Die Ergebnisse dieses Projekts haben uns geholfen, unser Wissen über die genetischen Mechanismen des Crabtree-Effekts und des Hefe-Energiestoffwechsels zu erweitern. Zu den nächsten Schritten gehören die weitere Charakterisierung dieser Stämme und die weitere Entwicklung unter Laborbedingungen, um die anfänglichen Mechanismen des Crabtree-Effekts zu erforschen. Darüber hinaus wird es mit den Erkenntnissen, die wir in diesem Projekt gewinnen, möglich, Hefen weiterzuentwickeln, die Ethanol und Milchsäure für industrielle Zwecke produzieren können.

Forschungsstätte(n)
  • Universität für Bodenkultur Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Markus Ralser, Charité - Universitätsmedizin Berlin - Deutschland

Research Output

  • 199 Zitationen
  • 16 Publikationen
  • 3 Datasets & Models
  • 1 Disseminationen
Publikationen
  • 2025
    Titel Synthetic autotrophic yeast enables high itaconic acid production from CO 2 via integrated pathway and process design
    DOI 10.1039/d5gc03149d
    Typ Journal Article
    Autor Ata Ö
    Journal Green Chemistry
    Seiten 12715-12726
    Link Publikation
  • 2023
    Titel A native phosphoglycolate salvage pathway of the synthetic autotrophic yeast Komagataella phaffii
    DOI 10.1101/2023.09.30.560291
    Typ Preprint
    Autor Baumschabl M
    Seiten 2023.09.30.560291
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Single carbon metabolism – A new paradigm for microbial bioprocesses?
    DOI 10.1016/j.synbio.2024.03.003
    Typ Journal Article
    Autor Baumschabl M
    Journal Synthetic and Systems Biotechnology
    Seiten 322-329
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Fermenting the future – on the benefits of a bioart collaboration
    DOI 10.1093/femsyr/foae004
    Typ Journal Article
    Autor Mattanovich D
    Journal FEMS Yeast Research
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Into the metabolic wild: Unveiling hidden pathways of microbial metabolism
    DOI 10.1111/1751-7915.14548
    Typ Journal Article
    Autor Ata Ö
    Journal Microbial Biotechnology
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Carbon efficient production of chemicals with yeasts
    DOI 10.1002/yea.3909
    Typ Journal Article
    Autor Castro E
    Journal Yeast
    Seiten 583-593
    Link Publikation
  • 2023
    Titel A native phosphoglycolate salvage pathway of the synthetic autotrophic yeast Komagataella phaffii
    DOI 10.1093/femsml/uqad046
    Typ Journal Article
    Autor Baumschabl M
    Journal microLife
    Link Publikation
  • 2023
    Titel The potential of CO2-based production cycles in biotechnology to fight the climate crisis
    DOI 10.1038/s41467-023-42790-6
    Typ Journal Article
    Autor Bachleitner S
    Journal Nature Communications
    Seiten 6978
    Link Publikation
  • 2025
    Titel Synthetic autotrophic yeast enables high itaconic acid production from CO2 via integrated pathway and process design
    DOI 10.1101/2025.06.16.659842
    Typ Preprint
    Autor Ata Ö
    Seiten 2025.06.16.659842
  • 2022
    Titel Conversion of CO2 into organic acids by engineered autotrophic yeast
    DOI 10.1073/pnas.2211827119
    Typ Journal Article
    Autor Baumschabl M
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Additional file 1 of Genotypic and phenotypic diversity among Komagataella species reveals a hidden pathway for xylose utilization
    DOI 10.6084/m9.figshare.19654453.v1
    Typ Other
    Autor Dohm J
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Additional file 1 of Genotypic and phenotypic diversity among Komagataella species reveals a hidden pathway for xylose utilization
    DOI 10.6084/m9.figshare.19654453
    Typ Other
    Autor Dohm J
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Conversion of CO2 into organic acids by engineered autotrophic yeast
    DOI 10.3929/ethz-b-000583892
    Typ Other
    Autor Ata
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Genotypic and phenotypic diversity among Komagataella species reveals a hidden pathway for xylose utilization
    DOI 10.3929/ethz-b-000545722
    Typ Other
    Autor Dohm
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Genotypic and phenotypic diversity among Komagataella species reveals a hidden pathway for xylose utilization
    DOI 10.1186/s12934-022-01796-3
    Typ Journal Article
    Autor Heistinger L
    Journal Microbial Cell Factories
    Seiten 70
    Link Publikation
  • 2021
    Titel What makes Komagataella phaffii non-conventional?
    DOI 10.1093/femsyr/foab059
    Typ Journal Article
    Autor Ata Ö
    Journal FEMS Yeast Research
    Link Publikation
Datasets & Models
  • 2025 Link
    Titel Replication data for "A native phosphoglycolate salvage pathway of the synthetic autotrophic yeast Komagataella phaffii"
    DOI 10.34810/data1937
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Additional file 2 of Genotypic and phenotypic diversity among Komagataella species reveals a hidden pathway for xylose utilization
    DOI 10.6084/m9.figshare.19654459.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Additional file 2 of Genotypic and phenotypic diversity among Komagataella species reveals a hidden pathway for xylose utilization
    DOI 10.6084/m9.figshare.19654459
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Disseminationen
  • 2022 Link
    Titel BioArt Exhibition
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
    Link Link

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