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Nichthäm FeII Oxygenasen: Struktur-Reaktivitätsbeziehungen

Nonheme Fe(II) oxygenases: structure-activity relationships

Grit Straganz (ORCID: )
  • Grant-DOI 10.55776/P18828
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.04.2006
  • Projektende 31.03.2011
  • Bewilligungssumme 251.029 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Chemie (20%); Chemische Verfahrenstechnik (20%); Industrielle Biotechnologie (60%)

Keywords

    Nonheme Iron Dioxygenase, Ketoacid Dependent Oxygenase, Nonheme Metal Dioxygenase, Ketoglutarate Dioxygenase, C-C cleaving dioxygenase, Bioinorganic Chemistry

Abstract Endbericht

Nichthämeisenzentren spielen eine Schlüsselrolle bei der enzymatischen Oxidation von organischen Molekülen durch molekularen Sauerstoff. Sie übernehmen essentielle Aufgaben in physiologischen Stoffwechselwegen, etwa im menschlichen Aminosäuremetabolismus, und sind auch am mikrobiellen Abbau von diversen Xenobiotika beteiligt. Ihre komplexen Reaktionen lassen sich mit chemischen Modellen kaum nachzuahmen und ihre herausragenden Fähigkeiten, sehr verschiedenartige und komplexe sauerstoffabhängige Reaktionen zu katalysieren, angefangen bei der Spaltung von C-C Doppel- und Einfachbindungen, über stereospezifische Hydroxylierungen und Decarboxylierungen bis hin zu Bindungsbildungen zwischen Kohlenstoff und Heteroatomen, machen Nichthämeisenenzyme in den letzten Jahren zum Zentrum intensiver Forschung. 3-D-Strukturen zeigen, dass sich die Metallzentren dieser Nichthämeisen-Enzyme, trotz ihrer offenbaren katalytischen Vielfalt, auf ein paar immer wiederkehrende Architekturen beschränken. Eine Triade aus zwei Histidinen und einem Glutamat, welche Fe(II) binden, etwa, findet sich in einer Vielzahl scheinbar unterschiedlichster Enzyme, wobei in den letzten Jahren auch einige Dioxygenasen mit einer grundsätzlich gleichen Geometrie des Aktiven Zentrums aber leichten Variationen der metallbindenden Aminosäuren hinzugekommen sind. Dies wirft nun die Frage auf, welchen Einfluss diese erste Koordinationssphäre auf die Katalyse hat, vor allem was die Reaktivität des Metallzentrums gegenüber Sauerstoff betrifft. Die Nichthäm-Fe(II)-abhängigen Enzyme haben zunächst alle dasselbe grundsätzliche mechanistische Konzept gemeinsam, sie reduzieren molekularen Sauerstoff mit Hilfe des enzymgebundenen Fe(II)-Substratkomplexes. Dann aber bestimmt das Verhalten des intermediär entstandenen Peroxidates den weiteren Reaktionsverlauf und daraus ergibt sich im Weiteren die Vielfalt an Reaktionen, die diese Enzymgruppe hervorbringt. Die Reaktivität des Peroxidates wiederum wird zum einen von den Substrateigenschaften selbst bestimmt und zum anderen von der zweiten Koordinationssphäre. In diesem Projekt studieren wir die Mechanismen von Nichthäm-Fe(II)-abhängigen Dioxygenasen, die zwar starke strukturelle Ähnlichkeiten zeigen, aber unterschiedliche Reaktionen katalysieren, nämlich C-C Bindungsspaltungen bzw. stereospezifische Hydroxylierungen. Wir werden den Einfluss der Substratstruktur und der ersten und zweiten Koordinationssphäre auf den jeweiligen Reaktionsweg untersuchen. Diese Arbeit wird wesentlich dazu beitragen (i) das Reaktionsverhalten von Nichthäm-Fe(II)-Zentren gegenüber Sauerstoff aufzuklären - dies ist ein wichtiges Forschungsgebiet der Bioanorganischen Chemie - und (ii) die Auswirkung der Koordinationssphären auf die Reaktivität dieser faszinierenden Biokatalysatoren zu charakterisieren.

Nichthämeisenzentren spielen eine Schlüsselrolle bei der enzymatischen Oxidation von organischen Molekülen durch molekularen Sauerstoff. Sie übernehmen essentielle Aufgaben in physiologischen Stoffwechselwegen, etwa im menschlichen Aminosäuremetabolismus, und sind auch am mikrobiellen Abbau von diversen Xenobiotika beteiligt. Ihre komplexen Reaktionen lassen sich mit chemischen Modellen kaum nachzuahmen und ihre herausragenden Fähigkeiten, sehr verschiedenartige und komplexe sauerstoffabhängige Reaktionen zu katalysieren, angefangen bei der Spaltung von C-C Doppel- und Einfachbindungen, über stereospezifische Hydroxylierungen und Decarboxylierungen bis hin zu Bindungsbildungen zwischen Kohlenstoff und Heteroatomen, machen Nichthämeisenenzyme in den letzten Jahren zum Zentrum intensiver Forschung. 3-D-Strukturen zeigen, dass sich die Metallzentren dieser Nichthämeisen-Enzyme, trotz ihrer offenbaren katalytischen Vielfalt, auf ein paar immer wiederkehrende Architekturen beschränken. Eine Triade aus zwei Histidinen und einem Glutamat, welche Fe(II) binden, etwa, findet sich in einer Vielzahl scheinbar unterschiedlichster Enzyme, wobei in den letzten Jahren auch einige Dioxygenasen mit einer grundsätzlich gleichen Geometrie des Aktiven Zentrums aber leichten Variationen der metallbindenden Aminosäuren hinzugekommen sind. Dies wirft nun die Frage auf, welchen Einfluss diese erste Koordinationssphäre auf die Katalyse hat, vor allem was die Reaktivität des Metallzentrums gegenüber Sauerstoff betrifft. Die Nichthäm-Fe(II)-abhängigen Enzyme haben zunächst alle dasselbe grundsätzliche mechanistische Konzept gemeinsam, sie reduzieren molekularen Sauerstoff mit Hilfe des enzymgebundenen Fe(II)-Substratkomplexes. Dann aber bestimmt das Verhalten des intermediär entstandenen Peroxidates den weiteren Reaktionsverlauf und daraus ergibt sich im Weiteren die Vielfalt an Reaktionen, die diese Enzymgruppe hervorbringt. Die Reaktivität des Peroxidates wiederum wird zum einen von den Substrateigenschaften selbst bestimmt und zum anderen von der zweiten Koordinationssphäre. In diesem Projekt studieren wir die Mechanismen von Nichthäm-Fe(II)-abhängigen Dioxygenasen, die zwar starke strukturelle Ähnlichkeiten zeigen, aber unterschiedliche Reaktionen katalysieren, nämlich C-C Bindungsspaltungen bzw. stereospezifische Hydroxylierungen. Wir werden den Einfluss der Substratstruktur und der ersten und zweiten Koordinationssphäre auf den jeweiligen Reaktionsweg untersuchen. Diese Arbeit wird wesentlich dazu beitragen (i) das Reaktionsverhalten von Nichthäm-Fe(II)-Zentren gegenüber Sauerstoff aufzuklären - dies ist ein wichtiges Forschungsgebiet der Bioanorganischen Chemie - und (ii) die Auswirkung der Koordinationssphären auf die Reaktivität dieser faszinierenden Biokatalysatoren zu charakterisieren.

Forschungsstätte(n)
  • Technische Universität Graz - 100%

Research Output

  • 527 Zitationen
  • 14 Publikationen
Publikationen
  • 2011
    Titel Identification of Human Fumarylacetoacetate Hydrolase Domain-containing Protein 1 (FAHD1) as a Novel Mitochondrial Acylpyruvase*
    DOI 10.1074/jbc.m111.264770
    Typ Journal Article
    Autor Pircher H
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 36500-36508
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Dke1—structure, dynamics, and function: a theoretical and experimental study elucidating the role of the binding site shape and the hydrogen-bonding network in catalysis
    DOI 10.1007/s00775-012-0898-8
    Typ Journal Article
    Autor Brkic H
    Journal JBIC Journal of Biological Inorganic Chemistry
    Seiten 801-815
  • 2011
    Titel Spectroscopic and Computational Studies of a-Keto Acid Binding to Dke1: Understanding the Role of the Facial Triad and the Reactivity of ß-Diketones
    DOI 10.1021/ja203005j
    Typ Journal Article
    Autor Diebold A
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 15979-15991
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Exploring the catalytic potential of the 3-His mononuclear nonheme Fe(II) center: Discovery and characterization of an unprecedented maltol cleavage activity
    DOI 10.1016/j.jinorgbio.2011.05.018
    Typ Journal Article
    Autor Di Giuro C
    Journal Journal of Inorganic Biochemistry
    Seiten 1204-1211
  • 2010
    Titel Kinetic and CD/MCD Spectroscopic Studies of the Atypical, Three-His-Ligated, Non-Heme Fe2+ Center in Diketone Dioxygenase: The Role of Hydrophilic Outer Shell Residues in Catalysis
    DOI 10.1021/bi901339n
    Typ Journal Article
    Autor Straganz G
    Journal Biochemistry
    Seiten 996-1004
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Biochemical characterization and mutational analysis of the mononuclear non-haem Fe2+ site in Dke1, a cupin-type dioxygenase from Acinetobacter johnsonii
    DOI 10.1042/bj20081161
    Typ Journal Article
    Autor Leitgeb S
    Journal Biochemical Journal
    Seiten 403-411
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Functional characterization of an orphan cupin protein from Burkholderia xenovorans reveals a mononuclear nonheme Fe2+-dependent oxygenase that cleaves ß-diketones
    DOI 10.1111/j.1742-4658.2009.07308.x
    Typ Journal Article
    Autor Leitgeb S
    Journal The FEBS Journal
    Seiten 5983-5997
    Link Publikation
  • 2010
    Titel The Three-His Triad in Dke1: Comparisons to the Classical Facial Triad
    DOI 10.1021/bi100892w
    Typ Journal Article
    Autor Diebold A
    Journal Biochemistry
    Seiten 6945-6952
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Chiral Hydroxylation at the Mononuclear Nonheme Fe(II) Center of 4-(S) Hydroxymandelate Synthase – A Structure-Activity Relationship Analysis
    DOI 10.1371/journal.pone.0068932
    Typ Journal Article
    Autor Di Giuro C
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Inversion of Enantioselectivity of a Mononuclear Non-Heme Iron(II)-dependent Hydroxylase by Tuning the Interplay of Metal-Center Geometry and Protein Structure
    DOI 10.1002/ange.201304633
    Typ Journal Article
    Autor Pratter S
    Journal Angewandte Chemie
    Seiten 9859-9863
  • 2013
    Titel Structure and function of atypically coordinated enzymatic mononuclear non-heme-Fe(II) centers
    DOI 10.1016/j.ccr.2012.04.028
    Typ Journal Article
    Autor Buongiorno D
    Journal Coordination Chemistry Reviews
    Seiten 541-563
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Inversion of Enantioselectivity of a Mononuclear Non-Heme Iron(II)-dependent Hydroxylase by Tuning the Interplay of Metal-Center Geometry and Protein Structure
    DOI 10.1002/anie.201304633
    Typ Journal Article
    Autor Pratter S
    Journal Angewandte Chemie International Edition
    Seiten 9677-9681
  • 2006
    Titel Exploring the cupin-type metal-coordinating signature of acetylacetone dioxygenase Dke1 with site-directed mutagenesis: Catalytic reaction profile and Fe2+ binding stability of Glu-69?Gln mutant
    DOI 10.1016/j.molcatb.2006.01.019
    Typ Journal Article
    Autor Straganz G
    Journal Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic
    Seiten 171-178
  • 2006
    Titel Variations of the 2-His-1-carboxylate Theme in Mononuclear Non-Heme FeII Oxygenases
    DOI 10.1002/cbic.200600152
    Typ Journal Article
    Autor Straganz G
    Journal ChemBioChem
    Seiten 1536-1548

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