Informationsmaße zur Charakterisierung von Netzwerken
Information Measures to Characterize Networks
Wissenschaftsdisziplinen
Chemie (25%); Mathematik (75%)
Keywords
-
Information Measures,
Complex Networks,
Chemical Graph Theory,
Structural Complexity,
Chemometrics,
Information Theory
Für die Modellierung von komplexen realen Systemen sind netzwerk-basierte Ansätze zur Zeit allgegenwärtig. Da sich herausgestellt hat das komplexe Netzwerke oft charakteristische Strukturmuster aufweisen, sind nicht nur reine Zufallsgraphenmodelle für die Modellierung solcher Systeme von Bedeutung. Weiter folgt daraus das Methoden zur strukturellen Analyse von Netzwerken eine große Wichtigkeit besitzen. Der Schwerpunkt dieses Forschungsantrags liegt auf der Charakterisierung von Graphen. Allgemein wird darunter die Beschreibung der strukturellen Graphkomplexität auf Basis bestimmter Eigenschaften oder graphen-theoretischer Maße verstanden. Eine Möglichkeit zur Graph-Charakterisierung besteht in der Anwendung von Shannon-Informationsmaßen, wobei zunächst eine Wahrscheinlichkeitsverteilung basierend auf strukturellen Grapheigenschaften inferiert wird. Solche Informationsmaße für Netzwerke charakterisieren die Graphtopologie als strukturellen Informationsinhalt welche auch oft als Komplexitätsmaße für Graphen interpretiert werden. Jedoch wirkt sich die ungünstige Berechnungskomplexität einiger klassischer Informationsmaße oft negativ auf die Realisierung potentieller Anwendungen aus. Abgesehen von der Herausforderung effiziente Maße zu entwickeln, besteht ein großes Interesse mathematische Eigenschaften und Beziehungen solcher Komplexitätsmaße zu untersuchen. Bezüglich der bekannten Informationsmaße, die oft in der mathematischen Chemie zur Charakterisierung chemischer Strukturen eingesetzt werden, sind solche Eigenschaften noch fast gänzlich unbekannt. Das geplante Forschungsprojekt verfolgt zwei wesentliche Ziele: Zunächst sollen mathematische Eigenschaften von netzwerk-basierten Informationsmaßen untersucht werden. Die Resultate werden dann verwendet um bestehende Anwendungen zur Untersuchung von Beziehungen zwischen einer charakteristischen Eigenschaft einer Substanz mit seiner chemischen Struktur zu verbessern. Hierbei liegt das Hauptziel in der Anwendung neuer und bekannter Informationsmaße auf große Datenbanken um chemische Strukturen aussagekräftig zu charakterisieren.
Dieses Projekt behandelt die strukturelle Netzwerk-Charakterisierung mit informations-theoretischen Maßen. Quantitative Netzwerk-Charakterisierung kann generell als das Problem der Ableitung charakteristischer (struktureller) Eigenschaften verstanden werden. In unserem Fall verwendeten wir entropische Maße wie verschiedene Graph-Entropien. Unter Verwendung von informations-theoretischen Methoden erhält man eine Wahrscheinlichkeitsverteilung für die Struktur eines Netzwerks. Eine immer noch eine komplizierte Frage ist, welche Art von struktureller Komplexität ein gegebenes Maß erfasst. Dieses Projekt hatte zwei wesentliche Ziele: Erstens die Erforschung des mathematischen Apparates und zweitens, (idealerweise) diese Ergebnisse in der Chemieinformatik und für QSPR (Quantitative Struktur-Eigenschafts Beziehungen) anzuwenden.Der erste Teil befasste sich mit dem Beweisen neuer Beziehungen zwischen informations-theoretischen Maßen. Da sehr viele Maße entwickelt worden sind, ist diese Fragestellung nicht trivial. Es wurde auch ein Framework für probabilistische Ungleichungen (für Graphen) entwickelt, welches faszinierende Ergebnisse brachte. Zusätzlich wurden extremale Eigenschaften von informations-theoretischen Graph-Maßen untersucht was sehr schwierig war. Zusammengefasst haben wir neue Erkenntnisse für die Bestimmung der strukturellen Komplexität von Graphen erhalten. Das Problem ist für viele Anwendungsgebiete (z.B. Internet, Biologie, Chemie, etc.) relevant.Ein weiteres Problem in diesem Projekt betraf die Eindeutigkeit dieser informations-theoretischen Graph-Maße. Mit anderen Worten erforschten wir die Fähigkeit der Maße um Graphen strukturell zu unterscheiden. Das Ergebnis ist, dass die meisten bekannten Maße nicht eindeutig auf erschöpfend generierten Graphen sind. Einige waren jedoch hoch diskriminierend. Diese Erkenntnis kann verwendet werden um Graph-Isomorphie zu bestimmen oder eindeutige Fingerprints von Graphen zu erstellen. Zusammengefasst haben die Ergebnisse signifikant dazu beigetragen haben, eine Informationstheorie für Netzwerke zu entwickeln.Die erzielten Ergebnisse verwendeten wir um die Maße für die Anwendung in der Chemoinformatik und Chemometrik zu untersuchen. Wir fanden interessante und wichtige Eigenschaften von Deskriptoren, welche dazu verwendet werden können um effizientere Anwendungen in den genannten Gebieten zu designen. Eine wichtige Entdeckung ist, dass die meisten der verfügbaren molekularen Deskriptoren (insb. strukturelle Deskriptoren) strukturelle Information sehr ähnlich abbilden und damit überflüssig sein könnten. Dieses Ergebnis brachte die Frage auf, wie nützlich molekulare Deskriptoren sind.
- Kurt Varmuza, Technische Universität Wien , assoziierte:r Forschungspartner:in
Research Output
- 738 Zitationen
- 39 Publikationen
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2010
Titel Network analysis using a novel highly discriminating topological index DOI 10.1002/cplx.20363 Typ Journal Article Autor Diudea M Journal Complexity Seiten 32-39 -
2010
Titel A Symmetry Index for Graphs. Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Symmetry: Culture and Science -
2012
Titel Structural Discrimination of Networks by Using Distance, Degree and Eigenvalue-Based Measures DOI 10.1371/journal.pone.0038564 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2012
Titel On the number of transversals in random trees DOI 10.46298/dmtcs.2990 Typ Journal Article Autor Gittenberger B Journal Discrete Mathematics & Theoretical Computer Science Link Publikation -
2014
Titel The gene regulatory network for breast cancer: integrated regulatory landscape of cancer hallmarks DOI 10.3389/fgene.2014.00015 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal Frontiers in Genetics Seiten 15 Link Publikation -
2014
Titel Probabilistic inequalities for evaluating structural network measures DOI 10.1016/j.ins.2014.07.018 Typ Journal Article Autor Kraus V Journal Information Sciences Seiten 220-245 -
2014
Titel The Uniqueness of -Matrix Graph Invariants DOI 10.1371/journal.pone.0083868 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2012
Titel RMol: a toolset for transforming SD/Molfile structure information into R objects DOI 10.1186/1751-0473-7-12 Typ Journal Article Autor Grabner M Journal Source Code for Biology and Medicine Seiten 12 Link Publikation -
2012
Titel Uniquely Discriminating Molecular Structures Using Novel. Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal MATCH: Communications in Mathematical and in Computer Chemistry -
2012
Titel An efficient heuristic approach to detecting graph isomorphism based on combinations of highly discriminating invariants DOI 10.1007/s10444-012-9281-0 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Advances in Computational Mathematics Seiten 311-325 -
2012
Titel Entropy and the Complexity of Graphs Revisited DOI 10.3390/e14030559 Typ Journal Article Autor Mowshowitz A Journal Entropy Seiten 559-570 Link Publikation -
2012
Titel Location of Zeros of Wiener and Distance Polynomials DOI 10.1371/journal.pone.0028328 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2012
Titel Redundancy analysis for characterizing the correlation between groups of variables - Applied to molecular descriptors DOI 10.1016/j.chemolab.2011.05.013 Typ Journal Article Autor Varmuza K Journal Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems Seiten 31-41 -
2012
Titel On Extremal Properties of Graph Entropies. Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal MATCH: Communications in Mathematical and in Computer Chemistry -
2012
Titel Recent Developments in Quantitative Graph Theory: Information Inequalities for Networks DOI 10.1371/journal.pone.0031395 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2012
Titel Exploring Statistical and Population Aspects of Network Complexity DOI 10.1371/journal.pone.0034523 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal PLoS ONE Link Publikation -
2012
Titel The Discrimination Power of Molecular Identication Numbers Revisited. Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal MATCH: Communications in Mathematical and in Computer Chemistry -
2012
Titel Network-Based Methods for Computational Diagnostics by Means of R DOI 10.1007/978-3-7091-0947-2_11 Typ Book Chapter Autor Mueller L Verlag Springer Nature Seiten 185-197 -
2014
Titel Netmes: Assessing Gene Network Inference Algorithms by Network-Based Measures DOI 10.4137/ebo.s13481 Typ Journal Article Autor Altay G Journal Evolutionary Bioinformatics Link Publikation -
2013
Titel MULTIVARIATE LINEAR QSPR/QSAR MODELS: RIGOROUS EVALUATION OF VARIABLE SELECTION FOR PLS DOI 10.5936/csbj.201302007 Typ Journal Article Autor Varmuza K Journal Computational and Structural Biotechnology Journal Seiten 1-10 Link Publikation -
2013
Titel Enhancing systems medicine beyond genotype data by dynamic patient signatures: having information and using it too DOI 10.3389/fgene.2013.00241 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal Frontiers in Genetics Seiten 241 Link Publikation -
2013
Titel On Sphere-Regular Graphs and the Extremality of Information-Theoretic Network Measures. Typ Journal Article Autor Kraus V Journal MATCH: Communications in Mathematical and in Computer Chemistry -
2013
Titel [COMMODE] a large-scale database of molecular descriptors using compounds from PubChem DOI 10.1186/1751-0473-8-22 Typ Journal Article Autor Dander A Journal Source Code for Biology and Medicine Seiten 22 Link Publikation -
2013
Titel The Discrimination Power of Structural SuperIndices DOI 10.1371/journal.pone.0070551 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2013
Titel Large-scale analysis of structural branching measures DOI 10.1007/s10910-013-0294-9 Typ Journal Article Autor Schutte M Journal Journal of Mathematical Chemistry Seiten 805-819 -
2014
Titel A computational approach to construct a multivariate complete graph invariant DOI 10.1016/j.ins.2013.11.008 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Information Sciences Seiten 200-208 -
2012
Titel Towards Information Inequalities for Generalized Graph Entropies DOI 10.1371/journal.pone.0038159 Typ Journal Article Autor Sivakumar L Journal PLoS ONE Link Publikation -
2012
Titel Information Indices with High Discriminative Power for Graphs DOI 10.1371/journal.pone.0031214 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2011
Titel Generalized graph entropies DOI 10.1002/cplx.20379 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Complexity Seiten 45-50 -
2011
Titel Connections between Classical and Parametric Network Entropies DOI 10.1371/journal.pone.0015733 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2011
Titel On Distance-Based Entropy Measures. Typ Book Chapter Autor Dehmer M -
2011
Titel Structural Measures for Network Biology Using QuACN DOI 10.1186/1471-2105-12-492 Typ Journal Article Autor Mueller L Journal BMC Bioinformatics Seiten 492 Link Publikation -
2011
Titel Quantifying Structural Complexity of Graphs: Information Measures in Mathematical Chemistry. Typ Book Chapter Autor Dehmer M -
2011
Titel Information Theory of Networks DOI 10.3390/sym3040767 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Symmetry Seiten 767-779 Link Publikation -
2013
Titel B-cell lymphoma gene regulatory networks: biological consistency among inference methods DOI 10.3389/fgene.2013.00281 Typ Journal Article Autor De Matos Simoes R Journal Frontiers in Genetics Seiten 281 Link Publikation -
2013
Titel Quantitative Network Measures as Biomarkers for Classifying Prostate Cancer Disease States: A Systems Approach to Diagnostic Biomarkers DOI 10.1371/journal.pone.0077602 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2013
Titel Large-Scale Evaluation of Molecular Descriptors by Means of Clustering DOI 10.1371/journal.pone.0083956 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
0
Titel Advances in Network complexity. Typ Other Autor Dehmer M -
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Titel Statistical Modeling of Molecular Descriptors in QSAR/QSPR. Typ Other Autor Bonchev D Et Al