Elektronenwechselwirkung mit nanometergroßen Biomolekülen
Electron interaction with nano-sized biomolecular systems
Wissenschaftsdisziplinen
Physik, Astronomie (100%)
Keywords
-
Electron ionization,
Electron Attachment,
DNA damage,
Hydrated biomolecules
Die Auswirkungen der Bestrahlung von biologischem Gewebe sind sehr umfassend und beinhalten Prozesse von verschiedenster Natur, die in unterschiedlichen Zeitskalen ablaufen. Während zum Beispiel physikalische Prozesse wie die Wechselwirkung der Primärstrahlung mit Zellgewebe in <10-16 sec stattfinden, dauern Prozesse auf der biologischen Stufe bis zu Monate oder länger (beispielsweise das Wachstum von Tumoren). Die Primärstrahlung setzt durch die Wechselwirkung mit Zellkomponenten große Mengen von sekundären Teichen frei (Elektronen, Ionen und neutrale Radikale). Dabei spielen Sekundärelektronen mit einer maximalen kinetischen Energie von ca. einigen 10 eV aufgrund ihrer Häufigkeit eine sehr wichtige Rolle. Sekundärelektronen verlieren in einer Serie von inleastischen Streuprozessen ihre kinetische Energie bevor sie thermalisieren und mit im Zellgewebe vorhandenem Wasser einen gebundenen Zustand eingehen. In diesem Projekt werden wir den schädigenden Effekt von Elektronen mit kinetischen Energien von bis zu 50 eV in der Wechselwirkung mit komplexen DNA Bausteinen wie Nukleosiden und Nukleotiden, die von Wassermolekülen umgeben sind, untersuchen. Allgemein wird die Elektronenionisation als "harte" Ionisierungsmethode bezeichnet, da bei der Ionisierung eines isolierten Moleküls in der Gasphase häufig eine starke Fragmentierung auftritt. Unser Ziel ist herauszufinden, ob durch die Hydratisierung eine durch Elektronenstoß induzierte Fragmentierung von DNA Bausteinen durch eine rasche Energieabgabe an Wassermoleküle abgeschwächt werden kann. Dabei stellt sich die Frage welcher Grad der Hydratisierung für diesen Effekt benötigt wird. Durch eine Massentrennung der mittels Elektrospray erzeugten hydratisierten Biomolekülionen vor dem Elektronenstoß kann dieser hier bestimmt werden. Im zweiten Teil des Projektes verwenden wir Elektronen mit kinetischen Energien unterhalb der Ionisierungsschwelle, d.h. Elektronen können sich an Moleküle anlagern und temporäre negative Ionen bilden. Diese Anionen können durch Emission des Überschusselektrons wieder zerfallen; das Molekül kann aber auch dissoziieren. In einem früheren Experiment wurde eine schwerwiegende Schädigung eines Plasmid-DNA Films in Form von DNA-Strangbrüchen bei Bestrahlung mit niederenergetischen Elektronen festgestellt. Der Schädigungsprozess auf der molekularen Ebene ist bis heute noch nicht vollständig geklärt, wobei es aber einige theoretische Vorhersagen gibt, die experimentell zu verifizieren sind. Hier werden wir Elektronenanlagerung an Nukleotide als Funktion der kinetischen Energie der Elektronen untersuchen und die gebildeten Anionen detektieren. Durch eine Massenselektion mit einem doppelfokussierenden Massenspektrometer lässt sich dabei feststellen, mit welcher Effizienz die Bindung zwischen der Zucker- und Phosphateinheit im Nukleotid gebrochen wird, was dem Bruch eines DNA-Strangs gleichzusetzen ist.
Die Strahlenschädigung von biologischem Gewebe durch ionisierende Strahlung basiert auf Prozessen von verschiedenster Natur. Diese Prozesse laufen auf stark unterschiedlichen Zeitskalen ab. Während zum Beispiel auf der sogenannten physikalischen Ebene die Wechselwirkung der Primärstrahlung mit Zellgewebe in <10-16 s stattfindet, dauern Prozesse auf der biologischen Stufe bis zu Monate oder länger (beispielsweise der Wachstum von Tumoren). Die Primärstrahlung setzt durch die Wechselwirkung mit Zellkomponenten große Mengen von sekundären Teichen frei (Elektronen, Ionen und neutrale Radikale). Dabei spielen Sekundärelektronen mit einer maximalen kinetischen Energie von ca. einigen 10 Elektronenvolt aufgrund ihrer Häufigkeit eine sehr wichtige Rolle. Im diesem abgeschlossenen Projekt haben wir die Wechselwirkung zwischen Elektronen mit solchen kinetischen Energien und Biomolekülen untersucht.Dabei wurden im Laufe des Projektes im Wesentlichen zwei Gruppen von zellrelevanten Biomolekülen in der Gasphase untersucht, (i) Bausteine der DNA und (ii) Bausteine der Proteine. Dabei stellte sich heraus, daß mit der schrittweisen Erhöhung der Komplexität der Moleküle wertvolle Erkenntnisse hinsichtlich der Stabilität von Biomolekülen gegenüber niederenergetischen Elektronen gewonnen werden können. Dies wurde zum Beispiel im Fall von Aminosäuren ersichtlich, wo neben einzelnen Aminosäuren auch das Dipeptid Di-Alanin (zwei kondensierte Alaninmoleküle) und das Tripeptid Tri-alanin (drei kondensierte Alaninmoleküle) untersucht wurden. Dabei stellte sich heraus, daß die Messergebnisse bei den kondensierten Systemen durch die für die Einzelbausteine gewonnenen Erkenntnisse richtig interpretiert werden konnten. Generell konnten wir in diesem Projekt zeigen, daß der selektive Bruch von molekularen Bindungen durch niederenergetische Elektronen auch bei den komplexeren Systemen aufrecht erhalten bleibt, was für die Strahlenschädigung auf molekularer Ebene durch sekundäre Elektronen ein entscheidender Faktor ist. Andererseits wurden bei Nukleobasen auch Reaktionswege gefunden, die zwar hinsichtlich der Molekülphysik höchst bemerkenswert sind, aber aufgrund der beobachteten langen Reaktionsdauer keine effizienten Reaktionen bei der Strahlenschädigung darstellen. Zusammengefasst hat das Projekt ganz wesentlich zum Verständnis des Zerfalls von biomolekularen Ionen, die durch Elektronenwechselwirkung erzeugt wurden, beigetragen und der wichtige Schritt von isolierten Bausteinen zu kondensierten komplexeren Systemen konnte vollzogen werden.
- Universität Innsbruck - 100%
- Hans Eugen Illenberger, Freie Universität Berlin - Deutschland
- Steen Brøndsted Nielsen, Aarhus University - Dänemark
- Paulo Limao-Vieira, Universidade Nova de Lisboa - Portugal
Research Output
- 629 Zitationen
- 34 Publikationen
-
2022
Titel On the privacy of mental health apps DOI 10.1007/s10664-022-10236-0 Typ Journal Article Autor Iwaya L Journal Empirical Software Engineering Seiten 2 Link Publikation -
2015
Titel Reactions in Nitroimidazole and Methylnitroimidazole Triggered by Low-Energy (0–8 eV) Electrons DOI 10.1021/acs.jpca.5b02721 Typ Journal Article Autor Tanzer K Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 6668-6675 Link Publikation -
2015
Titel Low energy electron attachment to cyanamide (NH2CN) DOI 10.1063/1.4905500 Typ Journal Article Autor Tanzer K Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 034301 Link Publikation -
2015
Titel Decomposition of nitroimidazole ions: experiment and theory DOI 10.1039/c5cp01014d Typ Journal Article Autor Feketeová L Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 12598-12607 Link Publikation -
2015
Titel Dissociative electron attachment to the gas-phase nucleobase hypoxanthine DOI 10.1063/1.4921388 Typ Journal Article Autor Dawley M Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 215101 Link Publikation -
2018
Titel Hydroperoxyl radical and formic acid formation from common DNA stabilizers upon low energy electron attachment DOI 10.1039/c7cp07697e Typ Journal Article Autor Ribar A Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 5578-5585 Link Publikation -
2017
Titel High-energy collision-induced dissociation of histidine ions [His + H]+ and [His - H]- and histidine dimer [His2 + H]+ DOI 10.1002/rcm.8027 Typ Journal Article Autor Khreis J Journal Rapid Communications in Mass Spectrometry Seiten 113-120 Link Publikation -
2017
Titel Stripping off hydrogens in imidazole triggered by the attachment of a single electron DOI 10.1039/c6cp08773f Typ Journal Article Autor Ribar A Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 6406-6415 -
2017
Titel Resonante Bildung von Strangbrüchen in sensibilisierten Oligonukleotiden induziert durch niederenergetische Elektronen (0.5–9.0 eV) DOI 10.1002/ange.201705504 Typ Journal Article Autor Schürmann R Journal Angewandte Chemie Seiten 11094-11098 -
2017
Titel Isomer Selectivity in Low-Energy Electron Attachment to Nitroimidazoles DOI 10.1002/chem.201702644 Typ Journal Article Autor Ribar A Journal Chemistry – A European Journal Seiten 12892-12899 Link Publikation -
2017
Titel Resonant Formation of Strand Breaks in Sensitized Oligonucleotides Induced by Low-Energy Electrons (0.5–9 eV) DOI 10.1002/anie.201705504 Typ Journal Article Autor Schürmann R Journal Angewandte Chemie International Edition Seiten 10952-10955 Link Publikation -
2020
Titel Inactivation-mimicking block of the epithelial calcium channel TRPV6 DOI 10.1126/sciadv.abe1508 Typ Journal Article Autor Bhardwaj R Journal Science Advances Link Publikation -
2019
Titel The Role of Low-Energy Electrons in DNA Radiation Damage DOI 10.1201/9780429058820-6 Typ Book Chapter Autor Bald I Verlag Taylor & Francis Seiten 285-340 -
2014
Titel Low-energy electron interactions with dimethyl disulphide DOI 10.1016/j.cplett.2014.05.016 Typ Journal Article Autor Matias C Journal Chemical Physics Letters Seiten 71-76 Link Publikation -
2014
Titel Low energy electron attachment to platinum(II) bromide (PtBr2) DOI 10.1016/j.ijms.2013.11.016 Typ Journal Article Autor Tanzer K Journal International Journal of Mass Spectrometry Seiten 152-156 -
2014
Titel Electron ionization of the nucleobases adenine and hypoxanthine near the threshold: a combined experimental and theoretical study DOI 10.1039/c4cp03452j Typ Journal Article Autor Dawley M Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 25039-25053 Link Publikation -
2012
Titel Hydrogen loss in aminobutanoic acid isomers by the s* resonance formed in electron capture DOI 10.1088/1367-2630/14/4/043017 Typ Journal Article Autor Vizcaino V Journal New Journal of Physics Seiten 043017 Link Publikation -
2012
Titel Formation and Decay of the Dehydrogenated Parent Anion upon Electron Attachment to Dialanine DOI 10.1002/chem.201102433 Typ Journal Article Autor Gschliesser D Journal Chemistry – A European Journal Seiten 4613-4619 Link Publikation -
2014
Titel Reaktionen in Nitroimidazol, ausgelöst durch niederenergetische (0–2 eV) Elektronen: Methylierung an N1-H blockiert die Reaktivität DOI 10.1002/ange.201407452 Typ Journal Article Autor Tanzer K Journal Angewandte Chemie Seiten 12437-12440 -
2014
Titel Dissociative electron attachment and dipolar dissociation in ethylene DOI 10.1016/j.ijms.2014.01.006 Typ Journal Article Autor Szymanska E Journal International Journal of Mass Spectrometry Seiten 356-364 Link Publikation -
2014
Titel Bond cleavage reactions in the tripeptide trialanine upon free electron capture DOI 10.1140/epjd/e2014-40815-2 Typ Journal Article Autor Puschnigg B Journal The European Physical Journal D Seiten 119 -
2014
Titel Reactions in Nitroimidazole Triggered by Low-Energy (0–2 eV) Electrons: Methylation at N1-H Completely Blocks Reactivity DOI 10.1002/anie.201407452 Typ Journal Article Autor Tanzer K Journal Angewandte Chemie International Edition Seiten 12240-12243 Link Publikation -
2016
Titel Dissociative Electron Attachment to the Nitroamine HMX (Octahydro-1,3,5,7-Tetranitro-1,3,5,7-Tetrazocine) DOI 10.48550/arxiv.1605.00374 Typ Preprint Autor Postler J -
2013
Titel Formation of cations and anions upon electron interaction with (doped) helium droplets DOI 10.1140/epjst/e2013-01984-x Typ Journal Article Autor Denifl S Journal The European Physical Journal Special Topics Seiten 2017-2033 -
2013
Titel Electron attachment to the dipeptide dialanine: influence of methylation on site selective dissociation reactions DOI 10.1039/c3cp44230f Typ Journal Article Autor Puschnigg B Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 3834-3840 -
2013
Titel Radiation damage of biomolecules (RADAM) database development: current status DOI 10.1088/1742-6596/438/1/012016 Typ Journal Article Autor Denifl S Journal Journal of Physics: Conference Series Seiten 012016 Link Publikation -
2013
Titel NCO–, a Key Fragment Upon Dissociative Electron Attachment and Electron Transfer to Pyrimidine Bases: Site Selectivity for a Slow Decay Process DOI 10.1007/s13361-013-0715-9 Typ Journal Article Autor Da Silva F Journal Journal of The American Society for Mass Spectrometry Seiten 1787-1797 Link Publikation -
2013
Titel Dissociative Electron Attachment to the Nitroamine HMX (Octahydro-1,3,5,7-Tetranitro-1,3,5,7-Tetrazocine) DOI 10.1007/s13361-013-0588-y Typ Journal Article Autor Postler J Journal Journal of The American Society for Mass Spectrometry Seiten 744-752 Link Publikation -
2013
Titel N-site de-methylation in pyrimidine bases as studied by low energy electrons and ab initio calculations DOI 10.1039/c3cp50548k Typ Journal Article Autor Almeida D Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 11431-11440 Link Publikation -
2018
Titel Dissociation of methyl formate (HCOOCH3) molecules upon low-energy electron attachment DOI 10.1051/0004-6361/201732293 Typ Journal Article Autor Feketeová L Journal Astronomy & Astrophysics Link Publikation -
2011
Titel Bond dissociation of the dipeptide dialanine and its derivative alanine anhydride induced by low energy electrons DOI 10.1063/1.3544217 Typ Journal Article Autor Alizadeh E Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 054305 Link Publikation -
2011
Titel Dissociative Electron Attachment to ß-Alanine DOI 10.1002/cphc.201001014 Typ Journal Article Autor Vizcaino V Journal ChemPhysChem Seiten 1272-1279 Link Publikation -
2011
Titel The Role of Secondary Electrons in Radiation Damage DOI 10.1007/978-94-007-2564-5_2 Typ Book Chapter Autor Denifl S Verlag Springer Nature Seiten 45-58 -
1972
Titel Lack of relationship between the degree of induced gingival hyperplasia and the concentration of diphenylhydantoin in various tissues of ferrets. DOI 10.1177/00220345720510026801 Typ Journal Article Autor Alvarez J Journal Journal of dental research Seiten 657-62