Multilokus Modelle für Selektion und genetische Drift in strukturierten Populationen
Multilocus models of selection and genetic drift in subdivided populations
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (30%); Mathematik (70%)
Keywords
-
Invasion Probabilities,
Clines,
Local Adaptation,
Branching Processes,
Difussion Processes,
Partial Differential Equations
Viele Arten leben in räumlich strukturierten Verbreitungsgebieten und bilden daher örtliche Sub-Populationen, zwischen denen einzelne Individuen migrieren. Wenn sich die Umweltbedingungen entlang des Verbreitungsgebietes ändern, dann stehen solche Arten unter räumlich heterogener Selektion, welche typischerweise auf viele Gene wirkt. Einzelne Sub-Populationen können sich an die örtlichen Bedingungen anpassen, sofern dieser Prozess nicht durch Individuen beeinträchtigt wird, die von aussen einwandern und schlecht angepasste Gene mitbringen (Genfluss). Starker Genfluss oder kleine Populationsgrößen führen häufig zum Verlust von Variation und sogar zu weitgehender genetischer Homogenität. Da aber genetische Variation eine wichtige Rolle bei der adaptiven Evolution spielt, ist hohe genetische Diversität wesentlich für das Überleben von Arten unter sich ändernden Umweltbedingungen. Von besonderem Interesse ist ein quantitatives Verständnis davon, wie lokale Anpassung und genetische Divergenz zwischen Sub-Populationen von Art und Stärke der Migration, von Form und Intensität der Selektion, von genetischer Architektur der Merkmale unter Selektion, sowie von Populationsgröße und genetischer Drift abhängen. Im Hinblick auf genomische Daten und deren Auswertung ist es wichtig, die Konsequenzen von Selektion und Genfluss auf neutrale gelinkte Markergene zu quantifizieren. Mit Hilfe mathematischer Modelle soll studiert werden, wie sich die genetische Architektur auf die Erhaltung genetischer Variabilität, auf die Evolution von lokaler Anpassung, und auf den Fortschritt zunehmender genetischer Diversifizierung (wichtig für Speziation) auswirkt. Von besonderem Interesse sind dabei der Einfluss von Rekombination, die Größe und Verteilung der Geneffekte, und epistatische Wechselwirkungen zwischen den Genen. Von vergleichbarer Bedeutung, und eng damit verwandt, ist das Studium der genetischen Architektur, die durch diversifizierende Selektion evolviert. Daher soll die Evolution von Rekombinationsraten, von Chromosomeninversionen, und von genetischen Inkompatibilitäten zwischen Sub-Populationen durch mathematische Modelle analysiert werden. Das ist eine sehr anspruchsvolle Aufgabe, da dazu echte Multilokus- Modelle, und zwar sowohl deterministische als auch stochastische, behandelt werden müssen. Aus diesem Grund wird die mathematische Analyse durch umfangreiche Computersimulationen ergänzt werden. Eine Hauptstoßrichtung in diesem Forschungsvorhaben wird stochastischen Modellen gewidmet sein, welche die Evolution von Sub-Populationen mit endlicher Individuenzahl in diskreten Habitaten beschreiben. Für die oben angeführten Szenarien werden die Invasions- und Verweileigenschaften von lokal vorteilhaften Mutationen in einem genomischen Kontext untersucht, sowie die Signaturen, die Selektion und Genfluss an gelinkten neutralen Markergenen hinterlassen. Die Methoden werden der Theorie der Verzweigungsprozesse, der Markovketten, und der Diffusionsprozesse entnommen. Eine zweite Hauptstoßrichtung wird sich mit (unendlich großen) Populationen befassen, die eine stetige räumliche Verteilung aufweisen. Deren Evolution wird durch Systeme von semilinearen parabolischen Differentialgleichungen beschrieben. Ziel ist der Beweis von Existenz-, Konvergenz-, und Störungsresultaten über sogenannte Multilokus-Kline, also nicht-konstante stationäre Lösungen, die die räumliche Abhängigkeit der Genotyphäufigkeiten beschreiben. Insbesondere wird die Invasion von lokal vorteilhaften Allelen an gekoppelten Genorten und die Auswirkung von Rekombination auf die Existenz und die Form von Klinen studiert.
Wir entwarfen und analysierten mathematische Modelle, die unser Verständnis der Evolution von lokaler Anpassung und von genetischer Differenzierung in räumlich strukturierten biologischen Arten beträchtlich verbessern und erweitern. Die meisten Arten, Tiere wie Pflanzen, sind räumlich verteilt, wobei Individuen oder Samen zwischen lokalen Teilpopulationen migrieren. Da auch die Umweltbedingungen räumlich variieren, sind solche Arten räumlich heterogener Selektion ausgesetzt, die typischer Weise auf viele Gene wirkt. Lokale Anpassung an die jeweiligen Umweltbedingungen kann durch schädlichen Genfluss aus anderen Teilpopulationen, wenn sie sich genetisch stark unterscheiden, erschwert oder verhindert werden. Das ist insbesondere dann der Fall, wenn die Populationen klein sind oder die Migration stark. Diese Faktoren sowie ein Mangel an genetischer Diversität können die Arterhaltung bedrohen, insbesondere bei starken Umweltveränderungen. Andererseits kann gute lokale Anpassung auch zu starker genetischer Differenzierung führen und, letztendlich auch zur Bildung neuer Arten. Für ein genaues, daher quantitatives, Verständnis dieser Prozesse ist es erforderlich mathematische Modelle zu studieren, mit deren Hilfe das erwartete Ausmaß an Anpassung und Differenzierung in Abhängigkeit der genetischen Struktur, der Stärke und Art der Migration und Selektion, der Populationsgröße, und anderer Faktoren berechnet werden kann. Insbesondere braucht es auch Modelle, die die Häufigkeitsverteilungen von molekularen Markern entlang des Genoms liefern, die diese Mechanismen induzieren. Genau solche Modelle wurden ihm Rahmen dieses Projekts entwickelt und analysiert. Modelle dieser Art sind mathematisch sehr komplex und wurden, abhängig vom genauen Zweck, in Form von Systemen von Rekurrenzgleichungen, von Differentialgleichungen, oder mit Hilfe stochastischer Prozesse formuliert. Auch intensive Computersimulationen wurden durchgeführt. Die erzielten Resultate lieferten tatsächlich ein deutlich verbessertes Verständnis der ökologischen und evolutionären Prozesse, die lokale Anpassung und Artbildung begünstigen bzw. erschweren. Beispielhaft seien zwei Hauptresultate skizziert: (i) Wir zeigten wie bekannte Maße für genetische Differentiation entlang des Genoms variieren, wenn Migration lokaler Selektion entgegenwirkt. (ii) Im Gegensatz zu einer weit verbreiteten Meinung zeigten wir, dass sexuelle Selektion Artentstehung in räumlich strukturierten Populationen häufig nicht nur nicht begünstigt sondern sogar behindert, und teilweise getrennte Arten wieder zusammenführen kann.
- Universität Wien - 100%
- Yuan Lou, Ohio State University - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 808 Zitationen
- 33 Publikationen
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2019
Titel Eco-Evolutionary Feedbacks Between Predator’s Linkage Disequilibrium and Prey Densities Maintain Diversity DOI 10.1101/523720 Typ Preprint Autor Patel S Seiten 523720 Link Publikation -
2016
Titel Global Stability of Spatially Homogeneous Equilibria in Migration-Selection Models DOI 10.1137/15m1027504 Typ Journal Article Autor Hofbauer J Journal SIAM Journal on Applied Mathematics Seiten 578-597 -
2015
Titel Global stability in diallelic migration–selection models DOI 10.1016/j.jmaa.2015.03.034 Typ Journal Article Autor Hofbauer J Journal Journal of Mathematical Analysis and Applications Seiten 677-695 Link Publikation -
2018
Titel Two-locus clines maintained by diffusion and recombination in a heterogeneous environment DOI 10.48550/arxiv.1808.03665 Typ Preprint Autor Su L -
2018
Titel Partitioning the Effects of Eco-Evolutionary Feedbacks on Community Stability DOI 10.1086/695834 Typ Journal Article Autor Patel S Journal The American Naturalist Seiten 381-394 Link Publikation -
2017
Titel Robust permanence for ecological equations with internal and external feedbacks DOI 10.1007/s00285-017-1187-5 Typ Journal Article Autor Patel S Journal Journal of Mathematical Biology Seiten 79-105 Link Publikation -
2017
Titel Two-locus clines on the real line with a step environment DOI 10.48550/arxiv.1708.03499 Typ Preprint Autor Bürger R -
2017
Titel Partitioning the Effects of Eco-Evolutionary Feedbacks on Community Stability DOI 10.1101/104505 Typ Preprint Autor Patel S Seiten 104505 Link Publikation -
2017
Titel Two-locus clines on the real line with a step environment DOI 10.1016/j.tpb.2017.08.002 Typ Journal Article Autor Bürger R Journal Theoretical Population Biology Seiten 1-22 Link Publikation -
2017
Titel The Effects of Predator Evolution and Genetic Variation on Predator–Prey Population-Level Dynamics DOI 10.1007/s11538-017-0297-y Typ Journal Article Autor Cortez M Journal Bulletin of Mathematical Biology Seiten 1510-1538 -
2017
Titel Evolutionary dynamics in the two-locus two-allele model with weak selection DOI 10.1007/s00285-017-1140-7 Typ Journal Article Autor Pontz M Journal Journal of Mathematical Biology Seiten 151-203 Link Publikation -
2018
Titel The Effects on Parapatric Divergence of Linkage between Preference and Trait Loci versus Pleiotropy DOI 10.3390/genes9040217 Typ Journal Article Autor Servedio M Journal Genes Seiten 217 Link Publikation -
2019
Titel Two-locus clines maintained by diffusion and recombination in a heterogeneous environment DOI 10.1016/j.jde.2018.12.022 Typ Journal Article Autor Su L Journal Journal of Differential Equations Seiten 7909-7947 Link Publikation -
2019
Titel Antagonistic coevolution between multiple quantitative traits: Matching dynamics can arise from difference interactions DOI 10.1101/509885 Typ Preprint Autor Yamamichi M Seiten 509885 Link Publikation -
2019
Titel Antagonistic coevolution between multiple quantitative traits: Matching dynamics can arise from difference interactions DOI 10.1002/1438-390x.12022 Typ Journal Article Autor Yamamichi M Journal Population Ecology Seiten 362-370 Link Publikation -
2019
Titel Eco-evolutionary feedbacks between prey densities and linkage disequilibrium in the predator maintain diversity DOI 10.1111/evo.13785 Typ Journal Article Autor Patel S Journal Evolution Seiten 1533-1548 Link Publikation -
2014
Titel The Effect of Linkage on Establishment and Survival of Locally Beneficial Mutations DOI 10.1534/genetics.114.163477 Typ Journal Article Autor Aeschbacher S Journal Genetics Seiten 317-336 Link Publikation -
2014
Titel The consequences of dominance and gene flow for local adaptation and differentiation at two linked loci DOI 10.1016/j.tpb.2014.04.001 Typ Journal Article Autor Akerman A Journal Theoretical Population Biology Seiten 42-62 Link Publikation -
2014
Titel Clines with partial panmixia in an environmental pocket DOI 10.1016/j.tpb.2014.05.003 Typ Journal Article Autor Nagylaki T Journal Theoretical Population Biology Seiten 24-32 -
2014
Titel Epistasis and natural selection shape the mutational architecture of complex traits DOI 10.1038/ncomms4709 Typ Journal Article Autor Jones A Journal Nature Communications Seiten 3709 Link Publikation -
2014
Titel A survey of migration-selection models in population genetics DOI 10.3934/dcdsb.2014.19.883 Typ Journal Article Autor Bürger R Journal Discrete and Continuous Dynamical Systems - B Seiten 883-959 Link Publikation -
2014
Titel A two-locus model of spatially varying stabilizing or directional selection on a quantitative trait DOI 10.1016/j.tpb.2014.03.002 Typ Journal Article Autor Geroldinger L Journal Theoretical Population Biology Seiten 10-41 Link Publikation -
2014
Titel Clines in quantitative traits: The role of migration patterns and selection scenarios DOI 10.1016/j.tpb.2014.10.006 Typ Journal Article Autor Geroldinger L Journal Theoretical Population Biology Seiten 43-66 Link Publikation -
2016
Titel Robust permanence for ecological equations with internal and external feedbacks DOI 10.48550/arxiv.1612.06554 Typ Preprint Autor Patel S -
2016
Titel The evolution of genomic islands by increased establishment probability of linked alleles DOI 10.1111/mec.13611 Typ Journal Article Autor Yeaman S Journal Molecular Ecology Seiten 2542-2558 -
2015
Titel Clines with directional selection and partial panmixia in an unbounded unidimensional habitat DOI 10.3934/dcds.2015.35.1697 Typ Journal Article Autor Su L Journal Discrete and Continuous Dynamical Systems Seiten 1697-1741 Link Publikation -
2013
Titel A Survey on Migration-Selection Models in Population Genetics DOI 10.48550/arxiv.1309.2576 Typ Preprint Autor Bürger R -
2013
Titel The consequences of gene flow for local adaptation and differentiation: A two-locus two-deme model DOI 10.48550/arxiv.1303.1374 Typ Preprint Autor Akerman A -
2013
Titel The effect of linkage on establishment and survival of locally beneficial mutations DOI 10.48550/arxiv.1311.6326 Typ Preprint Autor Aeschbacher S -
2013
Titel The consequences of gene flow for local adaptation and differentiation: a two-locus two-deme model DOI 10.1007/s00285-013-0660-z Typ Journal Article Autor Akerman A Journal Journal of Mathematical Biology Seiten 1135-1198 Link Publikation -
2015
Titel Catch Me if You Can: Adaptation from Standing Genetic Variation to a Moving Phenotypic Optimum DOI 10.1534/genetics.115.178574 Typ Journal Article Autor Matuszewski S Journal Genetics Seiten 1255-1274 Link Publikation -
2015
Titel The effects of sexual selection on trait divergence in a peripheral population with gene flow DOI 10.1111/evo.12762 Typ Journal Article Autor Servedio M Journal Evolution Seiten 2648-2661 Link Publikation -
2014
Titel The counterintuitive role of sexual selection in species maintenance and speciation DOI 10.1073/pnas.1316484111 Typ Journal Article Autor Servedio M Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Seiten 8113-8118 Link Publikation