• Zum Inhalt springen (Accesskey 1)
  • Zur Suche springen (Accesskey 7)
FWF — Österreichischer Wissenschaftsfonds
  • Zur Übersichtsseite Entdecken

    • Forschungsradar
      • Historisches Forschungsradar 1974–1994
    • Entdeckungen
      • Emmanuelle Charpentier
      • Adrian Constantin
      • Monika Henzinger
      • Ferenc Krausz
      • Wolfgang Lutz
      • Walter Pohl
      • Christa Schleper
      • Elly Tanaka
      • Anton Zeilinger
    • Impact Stories
      • Verena Gassner
      • Wolfgang Lechner
      • Birgit Mitter
      • Oliver Spadiut
      • Georg Winter
    • scilog-Magazin
    • Austrian Science Awards
      • FWF-Wittgenstein-Preise
      • FWF-ASTRA-Preise
      • FWF-START-Preise
      • Auszeichnungsfeier
    • excellent=austria
      • Clusters of Excellence
      • Emerging Fields
    • Im Fokus
      • 40 Jahre Erwin-Schrödinger-Programm
      • Quantum Austria
      • Spezialforschungsbereiche
    • Dialog und Diskussion
      • think.beyond Summit
      • Am Puls
      • Was die Welt zusammenhält
      • FWF Women’s Circle
      • Science Lectures
    • Wissenstransfer-Events
    • E-Book Library
  • Zur Übersichtsseite Fördern

    • Förderportfolio
      • excellent=austria
        • Clusters of Excellence
        • Emerging Fields
      • Projekte
        • Einzelprojekte
        • Einzelprojekte International
        • Klinische Forschung
        • 1000 Ideen
        • Entwicklung und Erschließung der Künste
        • FWF-Wittgenstein-Preis
      • Karrieren
        • ESPRIT
        • FWF-ASTRA-Preise
        • Erwin Schrödinger
        • doc.funds
        • doc.funds.connect
      • Kooperationen
        • Spezialforschungsgruppen
        • Spezialforschungsbereiche
        • Forschungsgruppen
        • International – Multilaterale Initiativen
        • #ConnectingMinds
      • Kommunikation
        • Top Citizen Science
        • Wissenschaftskommunikation
        • Buchpublikationen
        • Digitale Publikationen
        • Open-Access-Pauschale
      • Themenförderungen
        • AI Mission Austria
        • Belmont Forum
        • ERA-NET HERA
        • ERA-NET NORFACE
        • ERA-NET QuantERA
        • Ersatzmethoden für Tierversuche
        • Europäische Partnerschaft BE READY
        • Europäische Partnerschaft Biodiversa+
        • Europäische Partnerschaft BrainHealth
        • Europäische Partnerschaft ERA4Health
        • Europäische Partnerschaft ERDERA
        • Europäische Partnerschaft EUPAHW
        • Europäische Partnerschaft FutureFoodS
        • Europäische Partnerschaft OHAMR
        • Europäische Partnerschaft PerMed
        • Europäische Partnerschaft Water4All
        • Gottfried-und-Vera-Weiss-Preis
        • LUKE – Ukraine
        • netidee SCIENCE
        • Projekte der Herzfelder-Stiftung
        • Quantum Austria
        • Rückenwind-Förderbonus
        • WE&ME Award
        • Zero Emissions Award
      • Länderkooperationen
        • Belgien/Flandern
        • Deutschland
        • Frankreich
        • Italien/Südtirol
        • Japan
        • Korea
        • Luxemburg
        • Polen
        • Schweiz
        • Slowenien
        • Taiwan
        • Tirol–Südtirol–Trentino
        • Tschechien
        • Ungarn
    • Schritt für Schritt
      • Förderung finden
      • Antrag einreichen
      • Internationales Peer-Review
      • Förderentscheidung
      • Projekt durchführen
      • Projekt beenden
      • Weitere Informationen
        • Integrität und Ethik
        • Inklusion
        • Antragstellung aus dem Ausland
        • Personalkosten
        • PROFI
        • Projektendberichte
        • Projektendberichtsumfrage
    • FAQ
      • Projektphase PROFI
      • Projektphase Ad personam
      • Auslaufende Programme
        • Elise Richter und Elise Richter PEEK
        • FWF-START-Preise
  • Zur Übersichtsseite Über uns

    • Leitbild
    • FWF-Film
    • Werte
    • Zahlen und Daten
    • Jahresbericht
    • Aufgaben und Aktivitäten
      • Forschungsförderung
        • Matching-Funds-Förderungen
      • Internationale Kooperationen
      • Studien und Publikationen
      • Chancengleichheit und Diversität
        • Ziele und Prinzipien
        • Maßnahmen
        • Bias-Sensibilisierung in der Begutachtung
        • Begriffe und Definitionen
        • Karriere in der Spitzenforschung
      • Open Science
        • Open-Access-Policy
          • Open-Access-Policy für begutachtete Publikationen
          • Open-Access-Policy für begutachtete Buchpublikationen
          • Open-Access-Policy für Forschungsdaten
        • Forschungsdatenmanagement
        • Citizen Science
        • Open-Science-Infrastrukturen
        • Open-Science-Förderung
      • Evaluierungen und Qualitätssicherung
      • Wissenschaftliche Integrität
      • Wissenschaftskommunikation
      • Philanthropie
      • Nachhaltigkeit
    • Geschichte
    • Gesetzliche Grundlagen
    • Organisation
      • Gremien
        • Präsidium
        • Aufsichtsrat
        • Delegiertenversammlung
        • Kuratorium
        • Jurys
      • Geschäftsstelle
    • Arbeiten im FWF
  • Zur Übersichtsseite Aktuelles

    • News
    • Presse
      • Logos
    • Eventkalender
      • Veranstaltung eintragen
      • FWF-Infoveranstaltungen
    • Jobbörse
      • Job eintragen
    • Newsletter
  • Entdecken, 
    worauf es
    ankommt.

    FWF-Newsletter Presse-Newsletter Kalender-Newsletter Job-Newsletter scilog-Newsletter

    SOCIAL MEDIA

    • LinkedIn, externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
    • , externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
    • Facebook, externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
    • Instagram, externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
    • YouTube, externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster

    SCILOG

    • Scilog — Das Wissenschaftsmagazin des Österreichischen Wissenschaftsfonds (FWF)
  • elane-Login, externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
  • Scilog externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
  • en Switch to English

  

Theorie und Simulation gestaltbarer modularer bionischer Proteine

Theory and simulations of designable modular bionic proteins

Christoph Dellago (ORCID: 0000-0001-9166-6235)
  • Grant-DOI 10.55776/P26253
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 21.10.2013
  • Projektende 20.10.2018
  • Bewilligungssumme 303.566 €

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (40%); Informatik (5%); Nanotechnologie (50%); Physik, Astronomie (5%)

Keywords

    Self-assembling, Protein Design, Patchy particles, Computer Simulations, Protein Folding

Abstract Endbericht

Selbstassemblierung ist ein Strukturbildungsprozess, in dem eine Substanz spontan langlebige definierte Strukturen bildet. Aufgrund eines leicht zugänglichen Grundzustands sind selbstassemblierende Materialien oft weitestgehend defektfrei und zeigen eine hohe Anpassungsfähigkeit an ihre Umgebung. Wegen ihrer zahlreichen potentiellen Anwendungen ist Selbstassemblierung ein vielbeachtetes Thema der aktuellen Materialforschung. Die Erzeugung von Materialien, die sich spontan in frei wählbare Zielstrukturen anordnen, ist jedoch sowohl experimentell als auch theoretisch eine große Herausforderung, da die meisten chemischen Substanzen bevorzugt stark geordnete, kristalline oder ungeordnete, glasartige Strukturen bilden. Dieses Forschungsprojekt zielt darauf ab, einen theoretischen Rahmen zu definieren, der es ermöglicht, neue, experimentell realisierbare Materialen mit steuerbaren Eigenschaften zu entwickeln. Diese selbstassemblierenden Systeme werden aus einem kleinen Satz modularer Untereinheiten bestehen, die in wohldefinierte Strukturen falten, sobald sie in geeigneter Weise zu Ketten gebunden werden. Die gefalteten Ketten sollen dann ihrerseits selbstassemblieren und komplexe Superstrukturen bilden. Mit einem sorgfältig ausgewählten Satz von Teilchen, welche mit den modernen Methoden der Nanotechnologie erzeugt und manipuliert werden können, wird es möglich sein, unsere theoretischen Vorhersagen direkt in Experimente zu übersetzen. Dazu haben wir bereits eine Zusammenarbeit mit der Gruppe von Prof. Erik Reimhult, einem Experten in der Synthese und Manipulation von Nanoteilchen an der Universität für Bodenkultur in Wien, initiiert. Das primäre Ziel des Projekts besteht darin, die Faltungsprinzipien natürlicher Proteine auf künstliche Kolloidketten zu übertragen und ihre Faltung durch die Wahl der Teilchensequenz gezielt zu steuern. Die Realisierung dieses Ansatzes wäre ein wichtiger Schritt in der Synthese neuartiger Materialien, da die praktisch unendliche Anzahl von Kombinationsmöglichkeiten einiger weniger Teilchensorten die Erzeugung eines breiten Spektrums von Strukturen erlaubt. Künstliche, modulare und selbstassemblierende Systeme sind zur Zeit nicht verfügbar und das von uns vorgeschlagene System würde somit Neuland erschließen. Die Anwendungen für selbstassemblierende Materialien sind sehr vielfältig und umfassen Katalyse, photovoltaische Materialien oder sogar die Erzeugung spezifischer dreidimensionaler Strukturen, welche die Möglichkeiten der modernen, auf Oberflächenlithographie beruhender Elektronik bedeutend erweitern könnten.

Selbstassemblierung ist der Prozess, bei dem eine Substanz spontan eine spezifische langlebige Konfiguration mit einer wohldefinierten Struktur erreicht. Solche Strukturen können stark inhomogen sein, typischerweise unterscheiden sie sich jedoch von amorphen Materialien, welche dynamisch gehemmt sind. Selbstassemblierende Materialien bilden typischerweise wenige Defekte und haben oft die Fähigkeit sich an ihre Umgebung anzupassen. Die Vielzahl von möglichen Anwendungen macht selbstassemblierende Systeme für die Materialwissenschaften interessant. Sowohl im Experiment als auch in der Theorie ist es eine Herausforderung solche Systeme zu entwickeln, da die meisten Substanzen dazu neigen entweder Kristalle oder amorphe Strukturen zu bilden. Unter Verwendung von Computersimulationen haben wir in diesem Projekt untersucht, wie künstliche Proteine entwickelt werden können, die in spezifische Strukturen falten. Dabei haben wir besonderes Augenmerk auf die grundlegenden Eigenschaften von Proteinen gelegt, welche es ihnen erlauben effizient komplexe Strukturen zu bilden. Unsere Untersuchungen haben allgemeine Gesetzmäßigkeiten für die Faltung von Heteropolymeren aufgezeigt, die es uns ermöglicht haben künstliche biomimetische Heteropolymere zu entwerfen, die mit hoher Genauigkeit sogar verknotete Strukturen bilden können. Wir konnten außerdem zeigen, dass die selben Grundprinzipien auch für natürliche Proteine gelten. Unsere Forschungsergebnisse sind für die Synthese von neuen Materialien bedeutsam, weil sie gezeigt haben, wie mit einer kleinen Anzahl von Bausteinen komplexe Strukturen gebildet werden können. Künstliche modulare selbst-assemblierende Systeme sind zur Zeit nicht verfügbar, unsere theoretische Untersuchungen zeigen aber auf, wie man solche Materialien herstellen könnte. Mögliche zukünftige Anwendungen umfassen Katalyse, photovoltaische Materialien und dreidimensionale Elektronik.

Forschungsstätte(n)
  • Technische Universität Wien - 100%

Research Output

  • 480 Zitationen
  • 22 Publikationen
Publikationen
  • 2018
    Titel Heteropolymer Design and Folding of Arbitrary Topologies Reveals an Unexpected Role of Alphabet Size on the Knot Population
    DOI 10.1021/acs.macromol.8b01359
    Typ Journal Article
    Autor Cardelli C
    Journal Macromolecules
    Seiten 8346-8356
  • 2018
    Titel Design of Protein-Protein Binding Sites Suggests a Rationale for Naturally Occurring Contact Areas.
    DOI 10.1021/acs.jctc.8b00667
    Typ Journal Article
    Autor Nerattini F
    Journal Journal of chemical theory and computation
    Seiten 1383-1392
  • 2020
    Titel Protein design under competing conditions for the availability of amino acids
    DOI 10.1038/s41598-020-59401-9
    Typ Journal Article
    Autor Nerattini F
    Journal Scientific Reports
    Seiten 2684
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Translocation of a globular polymer through a hairy pore
    DOI 10.1016/j.molliq.2018.06.009
    Typ Journal Article
    Autor Mair A
    Journal Journal of Molecular Liquids
    Seiten 603-610
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Protein design under competition for amino acids availability
    DOI 10.1101/331736
    Typ Preprint
    Autor Nerattini F
    Seiten 331736
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code?
    DOI 10.1140/epje/i2018-11694-7
    Typ Journal Article
    Autor Tubiana L
    Journal The European Physical Journal E
    Seiten 87
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Computational protein design: a review
    DOI 10.1088/1361-648x/aa5c76
    Typ Journal Article
    Autor Coluzza I
    Journal Journal of Physics: Condensed Matter
    Seiten 143001
  • 2017
    Titel Multi-Scale Approach for Self-Assembly and Protein Folding
    DOI 10.1007/978-3-319-71578-0_5
    Typ Book Chapter
    Autor Vilanova O
    Verlag Springer Nature
    Seiten 107-128
  • 2019
    Titel Proteins are Solitary! Pathways of Protein Folding and Aggregation in Protein Mixtures
    DOI 10.1021/acs.jpclett.9b01753
    Typ Journal Article
    Autor Bianco V
    Journal The Journal of Physical Chemistry Letters
    Seiten 4800-4804
    Link Publikation
  • 2019
    Titel General Methodology to Identify the Minimum Alphabet Size for Heteropolymer Design
    DOI 10.1002/adts.201900031
    Typ Journal Article
    Autor Cardelli C
    Journal Advanced Theory and Simulations
  • 2015
    Titel Knots in soft condensed matter
    DOI 10.1088/0953-8984/27/35/350301
    Typ Journal Article
    Autor Coluzza I
    Journal Journal of Physics: Condensed Matter
    Seiten 350301
    Link Publikation
  • 2017
    Titel The role of directional interactions in the designability of generalized heteropolymers
    DOI 10.1038/s41598-017-04720-7
    Typ Journal Article
    Autor Cardelli C
    Journal Scientific Reports
    Seiten 4986
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Limiting the valence: advancements and new perspectives on patchy colloids, soft functionalized nanoparticles and biomolecules
    DOI 10.1039/c7cp03149a
    Typ Journal Article
    Autor Bianchi E
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 19847-19868
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Communication: Re-entrant limits of stability of the liquid phase and the Speedy scenario in colloidal model systems
    DOI 10.1063/1.4974830
    Typ Journal Article
    Autor Rovigatti L
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 041103
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Transferable Coarse-Grained Potential for De Novo Protein Folding and Design
    DOI 10.1371/journal.pone.0112852
    Typ Journal Article
    Autor Coluzza I
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Role of Water in the Selection of Stable Proteins at Ambient and Extreme Thermodynamic Conditions
    DOI 10.1103/physrevx.7.021047
    Typ Journal Article
    Autor Bianco V
    Journal Physical Review X
    Seiten 021047
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Perspectives on the Future of Ice Nucleation Research: Research Needs and Unanswered Questions Identified from Two International Workshops
    DOI 10.3390/atmos8080138
    Typ Journal Article
    Autor Coluzza I
    Journal Atmosphere
    Seiten 138
    Link Publikation
  • 2017
    Titel How the stability of a folded protein depends on interfacial water properties and residue-residue interactions
    DOI 10.1016/j.molliq.2017.08.026
    Typ Journal Article
    Autor Bianco V
    Journal Journal of Molecular Liquids
    Seiten 129-139
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Constrained versus unconstrained folding free-energy landscapes
    DOI 10.1080/00268976.2015.1043031
    Typ Journal Article
    Autor Coluzza I
    Journal Molecular Physics
    Seiten 2905-2912
    Link Publikation
  • 2020
    Titel In Silico Evidence That Protein Unfolding is a Precursor of Protein Aggregation
    DOI 10.1002/cphc.201900904
    Typ Journal Article
    Autor Bianco V
    Journal ChemPhysChem
    Seiten 377-384
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Identification of Protein Functional Regions
    DOI 10.1002/cphc.201900898
    Typ Journal Article
    Autor Nerattini F
    Journal ChemPhysChem
    Seiten 335-347
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Non-monotonous polymer translocation time across corrugated channels: Comparison between Fick-Jacobs approximation and numerical simulations
    DOI 10.1063/1.4961697
    Typ Journal Article
    Autor Bianco V
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 114904
    Link Publikation

Entdecken, 
worauf es
ankommt.

Newsletter

FWF-Newsletter Presse-Newsletter Kalender-Newsletter Job-Newsletter scilog-Newsletter

Kontakt

Österreichischer Wissenschaftsfonds FWF
Georg-Coch-Platz 2
(Eingang Wiesingerstraße 4)
1010 Wien

office(at)fwf.ac.at
+43 1 505 67 40

Allgemeines

  • Jobbörse
  • Arbeiten im FWF
  • Presse
  • Philanthropie
  • scilog
  • Geschäftsstelle
  • Social Media Directory
  • LinkedIn, externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
  • , externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
  • Facebook, externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
  • Instagram, externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
  • YouTube, externe URL, öffnet sich in einem neuen Fenster
  • Cookies
  • Hinweisgeber:innensystem
  • Barrierefreiheitserklärung
  • Datenschutz
  • Impressum
  • IFG-Formular
  • Social Media Directory
  • © Österreichischer Wissenschaftsfonds FWF
© Österreichischer Wissenschaftsfonds FWF