Theorie und Simulation gestaltbarer modularer bionischer Proteine
Theory and simulations of designable modular bionic proteins
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (40%); Informatik (5%); Nanotechnologie (50%); Physik, Astronomie (5%)
Keywords
-
Self-assembling,
Protein Design,
Patchy particles,
Computer Simulations,
Protein Folding
Selbstassemblierung ist ein Strukturbildungsprozess, in dem eine Substanz spontan langlebige definierte Strukturen bildet. Aufgrund eines leicht zugänglichen Grundzustands sind selbstassemblierende Materialien oft weitestgehend defektfrei und zeigen eine hohe Anpassungsfähigkeit an ihre Umgebung. Wegen ihrer zahlreichen potentiellen Anwendungen ist Selbstassemblierung ein vielbeachtetes Thema der aktuellen Materialforschung. Die Erzeugung von Materialien, die sich spontan in frei wählbare Zielstrukturen anordnen, ist jedoch sowohl experimentell als auch theoretisch eine große Herausforderung, da die meisten chemischen Substanzen bevorzugt stark geordnete, kristalline oder ungeordnete, glasartige Strukturen bilden. Dieses Forschungsprojekt zielt darauf ab, einen theoretischen Rahmen zu definieren, der es ermöglicht, neue, experimentell realisierbare Materialen mit steuerbaren Eigenschaften zu entwickeln. Diese selbstassemblierenden Systeme werden aus einem kleinen Satz modularer Untereinheiten bestehen, die in wohldefinierte Strukturen falten, sobald sie in geeigneter Weise zu Ketten gebunden werden. Die gefalteten Ketten sollen dann ihrerseits selbstassemblieren und komplexe Superstrukturen bilden. Mit einem sorgfältig ausgewählten Satz von Teilchen, welche mit den modernen Methoden der Nanotechnologie erzeugt und manipuliert werden können, wird es möglich sein, unsere theoretischen Vorhersagen direkt in Experimente zu übersetzen. Dazu haben wir bereits eine Zusammenarbeit mit der Gruppe von Prof. Erik Reimhult, einem Experten in der Synthese und Manipulation von Nanoteilchen an der Universität für Bodenkultur in Wien, initiiert. Das primäre Ziel des Projekts besteht darin, die Faltungsprinzipien natürlicher Proteine auf künstliche Kolloidketten zu übertragen und ihre Faltung durch die Wahl der Teilchensequenz gezielt zu steuern. Die Realisierung dieses Ansatzes wäre ein wichtiger Schritt in der Synthese neuartiger Materialien, da die praktisch unendliche Anzahl von Kombinationsmöglichkeiten einiger weniger Teilchensorten die Erzeugung eines breiten Spektrums von Strukturen erlaubt. Künstliche, modulare und selbstassemblierende Systeme sind zur Zeit nicht verfügbar und das von uns vorgeschlagene System würde somit Neuland erschließen. Die Anwendungen für selbstassemblierende Materialien sind sehr vielfältig und umfassen Katalyse, photovoltaische Materialien oder sogar die Erzeugung spezifischer dreidimensionaler Strukturen, welche die Möglichkeiten der modernen, auf Oberflächenlithographie beruhender Elektronik bedeutend erweitern könnten.
Selbstassemblierung ist der Prozess, bei dem eine Substanz spontan eine spezifische langlebige Konfiguration mit einer wohldefinierten Struktur erreicht. Solche Strukturen können stark inhomogen sein, typischerweise unterscheiden sie sich jedoch von amorphen Materialien, welche dynamisch gehemmt sind. Selbstassemblierende Materialien bilden typischerweise wenige Defekte und haben oft die Fähigkeit sich an ihre Umgebung anzupassen. Die Vielzahl von möglichen Anwendungen macht selbstassemblierende Systeme für die Materialwissenschaften interessant. Sowohl im Experiment als auch in der Theorie ist es eine Herausforderung solche Systeme zu entwickeln, da die meisten Substanzen dazu neigen entweder Kristalle oder amorphe Strukturen zu bilden. Unter Verwendung von Computersimulationen haben wir in diesem Projekt untersucht, wie künstliche Proteine entwickelt werden können, die in spezifische Strukturen falten. Dabei haben wir besonderes Augenmerk auf die grundlegenden Eigenschaften von Proteinen gelegt, welche es ihnen erlauben effizient komplexe Strukturen zu bilden. Unsere Untersuchungen haben allgemeine Gesetzmäßigkeiten für die Faltung von Heteropolymeren aufgezeigt, die es uns ermöglicht haben künstliche biomimetische Heteropolymere zu entwerfen, die mit hoher Genauigkeit sogar verknotete Strukturen bilden können. Wir konnten außerdem zeigen, dass die selben Grundprinzipien auch für natürliche Proteine gelten. Unsere Forschungsergebnisse sind für die Synthese von neuen Materialien bedeutsam, weil sie gezeigt haben, wie mit einer kleinen Anzahl von Bausteinen komplexe Strukturen gebildet werden können. Künstliche modulare selbst-assemblierende Systeme sind zur Zeit nicht verfügbar, unsere theoretische Untersuchungen zeigen aber auf, wie man solche Materialien herstellen könnte. Mögliche zukünftige Anwendungen umfassen Katalyse, photovoltaische Materialien und dreidimensionale Elektronik.
- Technische Universität Wien - 100%
Research Output
- 480 Zitationen
- 22 Publikationen
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2017
Titel Computational protein design: a review DOI 10.1088/1361-648x/aa5c76 Typ Journal Article Autor Coluzza I Journal Journal of Physics: Condensed Matter Seiten 143001 -
2017
Titel Limiting the valence: advancements and new perspectives on patchy colloids, soft functionalized nanoparticles and biomolecules DOI 10.1039/c7cp03149a Typ Journal Article Autor Bianchi E Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 19847-19868 Link Publikation -
2018
Titel Heteropolymer Design and Folding of Arbitrary Topologies Reveals an Unexpected Role of Alphabet Size on the Knot Population DOI 10.1021/acs.macromol.8b01359 Typ Journal Article Autor Cardelli C Journal Macromolecules Seiten 8346-8356 -
2017
Titel How the stability of a folded protein depends on interfacial water properties and residue-residue interactions DOI 10.1016/j.molliq.2017.08.026 Typ Journal Article Autor Bianco V Journal Journal of Molecular Liquids Seiten 129-139 Link Publikation -
2017
Titel Role of Water in the Selection of Stable Proteins at Ambient and Extreme Thermodynamic Conditions DOI 10.1103/physrevx.7.021047 Typ Journal Article Autor Bianco V Journal Physical Review X Seiten 021047 Link Publikation -
2017
Titel Perspectives on the Future of Ice Nucleation Research: Research Needs and Unanswered Questions Identified from Two International Workshops DOI 10.3390/atmos8080138 Typ Journal Article Autor Coluzza I Journal Atmosphere Seiten 138 Link Publikation -
2017
Titel Multi-Scale Approach for Self-Assembly and Protein Folding DOI 10.1007/978-3-319-71578-0_5 Typ Book Chapter Autor Vilanova O Verlag Springer Nature Seiten 107-128 -
2016
Titel Non-monotonous polymer translocation time across corrugated channels: Comparison between Fick-Jacobs approximation and numerical simulations DOI 10.1063/1.4961697 Typ Journal Article Autor Bianco V Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 114904 Link Publikation -
2017
Titel Communication: Re-entrant limits of stability of the liquid phase and the Speedy scenario in colloidal model systems DOI 10.1063/1.4974830 Typ Journal Article Autor Rovigatti L Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 041103 Link Publikation -
2017
Titel The role of directional interactions in the designability of generalized heteropolymers DOI 10.1038/s41598-017-04720-7 Typ Journal Article Autor Cardelli C Journal Scientific Reports Seiten 4986 Link Publikation -
2018
Titel Design of Protein-Protein Binding Sites Suggests a Rationale for Naturally Occurring Contact Areas. DOI 10.1021/acs.jctc.8b00667 Typ Journal Article Autor Nerattini F Journal Journal of chemical theory and computation Seiten 1383-1392 -
2015
Titel Knots in soft condensed matter DOI 10.1088/0953-8984/27/35/350301 Typ Journal Article Autor Coluzza I Journal Journal of Physics: Condensed Matter Seiten 350301 Link Publikation -
2020
Titel Protein design under competing conditions for the availability of amino acids DOI 10.1038/s41598-020-59401-9 Typ Journal Article Autor Nerattini F Journal Scientific Reports Seiten 2684 Link Publikation -
2020
Titel Identification of Protein Functional Regions DOI 10.1002/cphc.201900898 Typ Journal Article Autor Nerattini F Journal ChemPhysChem Seiten 335-347 Link Publikation -
2020
Titel In Silico Evidence That Protein Unfolding is a Precursor of Protein Aggregation DOI 10.1002/cphc.201900904 Typ Journal Article Autor Bianco V Journal ChemPhysChem Seiten 377-384 Link Publikation -
2019
Titel Proteins are Solitary! Pathways of Protein Folding and Aggregation in Protein Mixtures DOI 10.1021/acs.jpclett.9b01753 Typ Journal Article Autor Bianco V Journal The Journal of Physical Chemistry Letters Seiten 4800-4804 Link Publikation -
2019
Titel General Methodology to Identify the Minimum Alphabet Size for Heteropolymer Design DOI 10.1002/adts.201900031 Typ Journal Article Autor Cardelli C Journal Advanced Theory and Simulations -
2015
Titel Constrained versus unconstrained folding free-energy landscapes DOI 10.1080/00268976.2015.1043031 Typ Journal Article Autor Coluzza I Journal Molecular Physics Seiten 2905-2912 Link Publikation -
2018
Titel Translocation of a globular polymer through a hairy pore DOI 10.1016/j.molliq.2018.06.009 Typ Journal Article Autor Mair A Journal Journal of Molecular Liquids Seiten 603-610 Link Publikation -
2018
Titel Protein design under competition for amino acids availability DOI 10.1101/331736 Typ Preprint Autor Nerattini F Seiten 331736 Link Publikation -
2018
Titel Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code? DOI 10.1140/epje/i2018-11694-7 Typ Journal Article Autor Tubiana L Journal The European Physical Journal E Seiten 87 Link Publikation -
2014
Titel Transferable Coarse-Grained Potential for De Novo Protein Folding and Design DOI 10.1371/journal.pone.0112852 Typ Journal Article Autor Coluzza I Journal PLoS ONE Link Publikation