Einfluss der Proteinfaltung auf Allergenität und Immunogenität
Influence of fold-stability on allergenicity and immunogenicity
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (20%); Klinische Medizin (30%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (50%)
Keywords
-
Allergy,
Molecular Dynamics,
Immune polarization,
Protein structure analysis,
Protein fold-stability,
Allergen remodeling
Im letzten Jahrzehnt gab es in der Immunforschung große Fortschritte bei der Untersuchung des Zusammenspiels zwischen dem angeborenen und dem erworbenen Immunsystem. Insbesondere die Mechanismen zur Erkennung von Pathogenen und die daraus resultierende Förderung von T-Helfer 1/T-Helfer 17 Immunantworten wurden im Detail untersucht. Sehr viel weniger ist bekannt über die Mechanismen, die der Aktivierung von regulatorischen T Zellen zu Grunde liegen und sogar noch weniger über T-Helfer 2 Zellen, die eine zentrale Rolle bei allergischen Immunreaktionen spielen. T- Helfer 2 Polarisierung findet auf unterschiedlichen Ebenen statt. Zellen und Rezeptoren des angeborenen Immunsystems spielen dabei eine wichtige Rolle, wobei dendritische Zellen entweder T-Helfer 2 Signale aus den Geweben erhalten oder selbst als Sensoren fungieren. Grundsätzlich scheint T-Helfer 2 Polarisierung genauso komplex zu sein wie die Initiierung von T-Helfer 1, T-Helfer 17, oder von regulatorischen Immunantworten und die Allergenizität der unterschiedlichen Allergene kann nicht an einer einzelnen Eigenschaft festgemacht werden. In aktuellen Publikationen konnte gezeigt werden, dass zur T-Helfer 2 Polarisierung auch Charakteristika der Proteine selbst, wie Protease-Aktivität, Nachahmung von Rezeptor/Ligand Interaktionen, oder die Bildung von Dimeren beitragen können. Außerdem gibt es mehr und mehr Daten, die für eine mögliche Rolle der Stabilität von Proteinen für ihre Immunogenität und den von ihnen induzierten Typus der Immunantwort sprechen. Dieses Projekt konzentriert sich auf den letztgenannten Aspekt. Basierend auf bereits bekannten Kristallstrukturen können Moleküle mit Hilfe von in silico Berechnungen und durch Simulation der Molekulardynamik identifiziert werden, die im Vergleich mit dem Wildtyp-Protein eine durch Einführung von Punktmutationen reduzierte oder gesteigerte Stabilität aufweisen. Ausgewählte Moleküle aus beiden Kategorien werden rekombinant hergestellt, biochemisch und biophysikalisch charakterisiert, und ihre Aufnahme und Degradation durch dendritische Zellen analysiert. Letzteres umfasst auch die Untersuchung der Peptide, die auf MHC-II Molekülen präsentiert werden. Zusätzlich werden mittels Röntgendiffraktometrie und Kernspinresonanzspektroskopie die in silico gewonnenen Daten mit empirischen Strukturdaten korreliert. Die Varianten mit unterschiedlicher Stabilität werden in vivo in Mausmodellen getestet, wobei ohne Verwendung von Adjuvanzien sensibilisiert wird, um den natürlichen Weg der Allergenaufnahme nachzuahmen. Mittels Analyse der Antikörper Subklassen, der T Zell Proliferation, der Zytokinprofile, und der Identifizierung der dominanten T Zell Epitope wird der Einfluss der Proteinstabilität auf die Immunogenität, Allergenizität und Immunpolarisierung untersucht. Das Projekt konzentriert sich auf die beiden klinisch relevanten Pollenallergene Bet v 1 und Phlp 6. Zusätzlich werden Lysozym und Ovalbumin aus Hühnereiweiß als Modellantigene verwendet, die beide immunologisch sehr gut charakterisiert sind. Transgene Mausmodelle mit T Zellen spezifisch für diese beiden Proteine ermöglichen die Untersuchung der frühen Schritte in der Aktivierung von T Zellen und in der Polarisierung von Immunantworten. Die zu erwartenden Resultate des Projektes werden ein umfassendes Bild darüber liefern, wie sich die Stabilität von Proteinen auf entscheidende Schritte im Verlauf einer Immunantwort und auf die allergische Sensibilisierung auswirkt.
Warum einige ubiquitär vorkommende Proteine als Allergene wirken, während der Großteil der Proteine aus denselben Quellen nicht das Potenzial zur allergischen Sensibilisierung besitzt, ist bisher nicht geklärt. Wir wollten in unserem Projekt herausfinden, ob die Faltungsstabilität von Proteinen zu ihrer Allergenizität beiträgt. Zu diesem Zweck haben wir einen Algorithmus verwendet, der es ermöglicht, die Auswirkung einer Punktmutation innerhalb einer Proteinsequenz auf die Stabilität des Proteins vorherzusagen. Ausgewählte Kandidatenmoleküle mit erhöhter oder verringerter Strukturstabilität wurden rekombinant hergestellt und im Detail charakterisiert. Wir analysierten die Proteine anschließend in vitro bezüglich Eigenschaften wie Resistenz gegenüber Proteasen, ihrer Prozessierung, der dabei generierten Epitope und ihres Potenzials, T-Zellen zu aktivieren und zu polarisieren. Schließlich wurden die neu generierten Moleküle durch Immunisierung von Mäusen hinsichtlich ihrer Immunogenität und Allergenizität untersucht. Vor etwa 10 Jahren entstand das Paradigma, dass durch Erhöhung der Stabilität eines Proteins auch dessen Immunogenität hinsichtlich der Produktion von Antikörpern gesteigert wird, allerdings nur bis zu einem bestimmten Grenzwert. Oberhalb dieser Stabilitätsgrenze sollte demnach die Immunogenität wiederum sinken. Wir konnten im Gegensatz dazu zeigen, dass auch Proteine mit einer Stabilität weit über diesem Grenzwert hoch immunogen sein können und dass dafür nicht alleine die thermodynamische Stabilität eines Proteins, sondern vielmehr seine pH Stabilität während der Passage durch das Endolysosom ausschlaggebend ist. Wir postulieren daher, dass ein Protein stabil genug sein muss, um im frühen Endosom zu überleben, aber im späten Endosom entfaltet vorliegen muss, um für den Verdau durch Proteasen zugänglich zu werden und so eine effiziente Prozessierung von Peptiden für die MHC-II Präsentation zu ermöglichen. Bisher wurden die Peptide, die tatsächlich von Antigen-präsentierenden Zellen präsentiert werden, durch Ablösen von den MHC-II Molekülen von in vitro generierten dendritischen Zellen und anschließender Massenspektroskopie identifiziert. Auf diese Weise entdeckten wir jedoch nur endogene Peptide der dendritischen Zellen, aber keine Peptide der exogen zugeführten Proteine. Da dies auf ein Sensitivitätsproblem der Methode hinweist, generierten wir als Alternative T Zell-Hybridome spezifisch für immundominante Peptide, die auf Interaktion mit ihrem Peptid-MHC-II Komplex mit der Produktion von Interleukin-2 reagieren. Durch Verwendung dieser Methode konnten wir erstmals zeigen, dass in Abhängigkeit von der Faltungsstabilität des umgebenden Proteins Peptide mit stark unterschiedlicher Effizienz prozessiert und präsentiert werden können. Außerdem konnten wir zeigen, dass eine Veränderung der Stabilität eines Proteins durch eine einzelne Punktmutation in der Proteinsequenz die T-Zell Polarisierung stark verändern kann. Die Ergebnisse unsere Studie sind nicht nur für die Entwicklung maßgeschneiderter Therapien gegen allergische Erkrankungen, sondern für das Design verbesserter Vakzine im Allgemeinen von Bedeutung.
- Universität Innsbruck - 15%
- Universität Salzburg - 85%
- Klaus R. Liedl, Universität Innsbruck , assoziierte:r Forschungspartner:in
- Claus-Michael Lehr, Universität des Saarlandes - Deutschland
Research Output
- 572 Zitationen
- 21 Publikationen
- 1 Datasets & Models
- 3 Wissenschaftliche Auszeichnungen
-
2019
Titel An unexpected switch in peptide binding mode: from simulation to substrate specificity DOI 10.6084/m9.figshare.5844705 Typ Other Autor Fuchs J Link Publikation -
2019
Titel An unexpected switch in peptide binding mode: from simulation to substrate specificity DOI 10.6084/m9.figshare.5844705.v2 Typ Other Autor Fuchs J Link Publikation -
2016
Titel MAESTROweb: a web server for structure-based protein stability prediction DOI 10.1093/bioinformatics/btv769 Typ Journal Article Autor Laimer J Journal Bioinformatics Seiten 1414-1416 -
2019
Titel Multiple roles of Bet v 1 ligands in allergen stabilization and modulation of endosomal protease activity DOI 10.1111/all.13948 Typ Journal Article Autor Soh W Journal Allergy Seiten 2382-2393 Link Publikation -
0
DOI 10.2210/pdb6trk/pdb Typ Other -
0
DOI 10.2210/pdb4z3l/pdb Typ Other -
2016
Titel Localization of Millisecond Dynamics: Dihedral Entropy from Accelerated MD DOI 10.1021/acs.jctc.6b00231 Typ Journal Article Autor Kamenik A Journal Journal of Chemical Theory and Computation Seiten 3449-3455 Link Publikation -
2016
Titel Kinetic barriers in the isomerization of substituted ureas: implications for computer-aided drug design DOI 10.1007/s10822-016-9913-4 Typ Journal Article Autor Loeffler J Journal Journal of Computer-Aided Molecular Design Seiten 391-400 Link Publikation -
2014
Titel Ligand Binding Modulates the Structural Dynamics and Compactness of the Major Birch Pollen Allergen DOI 10.1016/j.bpj.2014.10.062 Typ Journal Article Autor Grutsch S Journal Biophysical Journal Seiten 2972-2981 Link Publikation -
2015
Titel Matched Peptides: Tuning Matched Molecular Pair Analysis for Biopharmaceutical Applications DOI 10.1021/acs.jcim.5b00476 Typ Journal Article Autor Fuchs J Journal Journal of Chemical Information and Modeling Seiten 2315-2323 Link Publikation -
2015
Titel Fold stability during endolysosomal acidification is a key factor for allergenicity and immunogenicity of the major birch pollen allergen DOI 10.1016/j.jaci.2015.09.026 Typ Journal Article Autor Machado Y Journal Journal of Allergy and Clinical Immunology Seiten 1525-1534 Link Publikation -
2015
Titel Characterizing Protease Specificity: How Many Substrates Do We Need? DOI 10.1371/journal.pone.0142658 Typ Journal Article Autor Schauperl M Journal PLOS ONE Link Publikation -
2017
Titel Influence of protein fold stability on immunogenicity and its implications for vaccine design DOI 10.1080/14760584.2017.1306441 Typ Journal Article Autor Scheiblhofer S Journal Expert Review of Vaccines Seiten 479-489 Link Publikation -
2017
Titel Conformational Flexibility Differentiates Naturally Occurring Bet v 1 Isoforms DOI 10.3390/ijms18061192 Typ Journal Article Autor Grutsch S Journal International Journal of Molecular Sciences Seiten 1192 Link Publikation -
2017
Titel Determinants of Macromolecular Specificity from Proteomics-Derived Peptide Substrate Data DOI 10.2174/1389203717666160724211231 Typ Journal Article Autor Fuchs J Journal Current Protein & Peptide Science Seiten 905-913 Link Publikation -
2018
Titel An unexpected switch in peptide binding mode: from simulation to substrate specificity DOI 10.6084/m9.figshare.5844705.v1 Typ Other Autor Fuchs J Link Publikation -
2020
Titel In silico Design of Phl p 6 Variants With Altered Fold-Stability Significantly Impacts Antigen Processing, Immunogenicity and Immune Polarization DOI 10.3389/fimmu.2020.01824 Typ Journal Article Autor Winter P Journal Frontiers in Immunology Seiten 1824 Link Publikation -
2020
Titel In silico design of Phl p 6 variants with altered folding stability significantly impacts antigen processing, immunogenicity and immune polarization DOI 10.1101/2020.02.26.967265 Typ Preprint Autor Winter P Seiten 2020.02.26.967265 Link Publikation -
2020
Titel Effect of structural stability on endolysosomal degradation and T-cell reactivity of major shrimp allergen tropomyosin DOI 10.1101/2020.02.17.919845 Typ Preprint Autor Kamath S Seiten 2020.02.17.919845 Link Publikation -
2018
Titel An unexpected switch in peptide binding mode: from simulation to substrate specificity DOI 10.1080/07391102.2017.1407674 Typ Journal Article Autor Kahler U Journal Journal of Biomolecular Structure and Dynamics Seiten 4072-4084 Link Publikation -
2020
Titel Effect of structural stability on endolysosomal degradation and T-cell reactivity of major shrimp allergen tropomyosin DOI 10.1111/all.14410 Typ Journal Article Autor Kamath S Journal Allergy Seiten 2909-2919 Link Publikation
-
2017
Titel Dissertation Award of the Austrian Society of Allergology and Immunology Typ Research prize Bekanntheitsgrad National (any country) -
2017
Titel EAACI poster prize 2017 Typ Poster/abstract prize Bekanntheitsgrad Continental/International -
2015
Titel Oral Presentations of Selected Abstracts Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International