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Einfluss der Proteinfaltung auf Allergenität und Immunogenität

Influence of fold-stability on allergenicity and immunogenicity

Richard Weiss (ORCID: 0000-0003-3185-7253)
  • Grant-DOI 10.55776/P26997
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.11.2014
  • Projektende 31.10.2019
  • Bewilligungssumme 324.104 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (20%); Klinische Medizin (30%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (50%)

Keywords

    Allergy, Molecular Dynamics, Immune polarization, Protein structure analysis, Protein fold-stability, Allergen remodeling

Abstract Endbericht

Im letzten Jahrzehnt gab es in der Immunforschung große Fortschritte bei der Untersuchung des Zusammenspiels zwischen dem angeborenen und dem erworbenen Immunsystem. Insbesondere die Mechanismen zur Erkennung von Pathogenen und die daraus resultierende Förderung von T-Helfer 1/T-Helfer 17 Immunantworten wurden im Detail untersucht. Sehr viel weniger ist bekannt über die Mechanismen, die der Aktivierung von regulatorischen T Zellen zu Grunde liegen und sogar noch weniger über T-Helfer 2 Zellen, die eine zentrale Rolle bei allergischen Immunreaktionen spielen. T- Helfer 2 Polarisierung findet auf unterschiedlichen Ebenen statt. Zellen und Rezeptoren des angeborenen Immunsystems spielen dabei eine wichtige Rolle, wobei dendritische Zellen entweder T-Helfer 2 Signale aus den Geweben erhalten oder selbst als Sensoren fungieren. Grundsätzlich scheint T-Helfer 2 Polarisierung genauso komplex zu sein wie die Initiierung von T-Helfer 1, T-Helfer 17, oder von regulatorischen Immunantworten und die Allergenizität der unterschiedlichen Allergene kann nicht an einer einzelnen Eigenschaft festgemacht werden. In aktuellen Publikationen konnte gezeigt werden, dass zur T-Helfer 2 Polarisierung auch Charakteristika der Proteine selbst, wie Protease-Aktivität, Nachahmung von Rezeptor/Ligand Interaktionen, oder die Bildung von Dimeren beitragen können. Außerdem gibt es mehr und mehr Daten, die für eine mögliche Rolle der Stabilität von Proteinen für ihre Immunogenität und den von ihnen induzierten Typus der Immunantwort sprechen. Dieses Projekt konzentriert sich auf den letztgenannten Aspekt. Basierend auf bereits bekannten Kristallstrukturen können Moleküle mit Hilfe von in silico Berechnungen und durch Simulation der Molekulardynamik identifiziert werden, die im Vergleich mit dem Wildtyp-Protein eine durch Einführung von Punktmutationen reduzierte oder gesteigerte Stabilität aufweisen. Ausgewählte Moleküle aus beiden Kategorien werden rekombinant hergestellt, biochemisch und biophysikalisch charakterisiert, und ihre Aufnahme und Degradation durch dendritische Zellen analysiert. Letzteres umfasst auch die Untersuchung der Peptide, die auf MHC-II Molekülen präsentiert werden. Zusätzlich werden mittels Röntgendiffraktometrie und Kernspinresonanzspektroskopie die in silico gewonnenen Daten mit empirischen Strukturdaten korreliert. Die Varianten mit unterschiedlicher Stabilität werden in vivo in Mausmodellen getestet, wobei ohne Verwendung von Adjuvanzien sensibilisiert wird, um den natürlichen Weg der Allergenaufnahme nachzuahmen. Mittels Analyse der Antikörper Subklassen, der T Zell Proliferation, der Zytokinprofile, und der Identifizierung der dominanten T Zell Epitope wird der Einfluss der Proteinstabilität auf die Immunogenität, Allergenizität und Immunpolarisierung untersucht. Das Projekt konzentriert sich auf die beiden klinisch relevanten Pollenallergene Bet v 1 und Phlp 6. Zusätzlich werden Lysozym und Ovalbumin aus Hühnereiweiß als Modellantigene verwendet, die beide immunologisch sehr gut charakterisiert sind. Transgene Mausmodelle mit T Zellen spezifisch für diese beiden Proteine ermöglichen die Untersuchung der frühen Schritte in der Aktivierung von T Zellen und in der Polarisierung von Immunantworten. Die zu erwartenden Resultate des Projektes werden ein umfassendes Bild darüber liefern, wie sich die Stabilität von Proteinen auf entscheidende Schritte im Verlauf einer Immunantwort und auf die allergische Sensibilisierung auswirkt.

Warum einige ubiquitär vorkommende Proteine als Allergene wirken, während der Großteil der Proteine aus denselben Quellen nicht das Potenzial zur allergischen Sensibilisierung besitzt, ist bisher nicht geklärt. Wir wollten in unserem Projekt herausfinden, ob die Faltungsstabilität von Proteinen zu ihrer Allergenizität beiträgt. Zu diesem Zweck haben wir einen Algorithmus verwendet, der es ermöglicht, die Auswirkung einer Punktmutation innerhalb einer Proteinsequenz auf die Stabilität des Proteins vorherzusagen. Ausgewählte Kandidatenmoleküle mit erhöhter oder verringerter Strukturstabilität wurden rekombinant hergestellt und im Detail charakterisiert. Wir analysierten die Proteine anschließend in vitro bezüglich Eigenschaften wie Resistenz gegenüber Proteasen, ihrer Prozessierung, der dabei generierten Epitope und ihres Potenzials, T-Zellen zu aktivieren und zu polarisieren. Schließlich wurden die neu generierten Moleküle durch Immunisierung von Mäusen hinsichtlich ihrer Immunogenität und Allergenizität untersucht. Vor etwa 10 Jahren entstand das Paradigma, dass durch Erhöhung der Stabilität eines Proteins auch dessen Immunogenität hinsichtlich der Produktion von Antikörpern gesteigert wird, allerdings nur bis zu einem bestimmten Grenzwert. Oberhalb dieser Stabilitätsgrenze sollte demnach die Immunogenität wiederum sinken. Wir konnten im Gegensatz dazu zeigen, dass auch Proteine mit einer Stabilität weit über diesem Grenzwert hoch immunogen sein können und dass dafür nicht alleine die thermodynamische Stabilität eines Proteins, sondern vielmehr seine pH Stabilität während der Passage durch das Endolysosom ausschlaggebend ist. Wir postulieren daher, dass ein Protein stabil genug sein muss, um im frühen Endosom zu überleben, aber im späten Endosom entfaltet vorliegen muss, um für den Verdau durch Proteasen zugänglich zu werden und so eine effiziente Prozessierung von Peptiden für die MHC-II Präsentation zu ermöglichen. Bisher wurden die Peptide, die tatsächlich von Antigen-präsentierenden Zellen präsentiert werden, durch Ablösen von den MHC-II Molekülen von in vitro generierten dendritischen Zellen und anschließender Massenspektroskopie identifiziert. Auf diese Weise entdeckten wir jedoch nur endogene Peptide der dendritischen Zellen, aber keine Peptide der exogen zugeführten Proteine. Da dies auf ein Sensitivitätsproblem der Methode hinweist, generierten wir als Alternative T Zell-Hybridome spezifisch für immundominante Peptide, die auf Interaktion mit ihrem Peptid-MHC-II Komplex mit der Produktion von Interleukin-2 reagieren. Durch Verwendung dieser Methode konnten wir erstmals zeigen, dass in Abhängigkeit von der Faltungsstabilität des umgebenden Proteins Peptide mit stark unterschiedlicher Effizienz prozessiert und präsentiert werden können. Außerdem konnten wir zeigen, dass eine Veränderung der Stabilität eines Proteins durch eine einzelne Punktmutation in der Proteinsequenz die T-Zell Polarisierung stark verändern kann. Die Ergebnisse unsere Studie sind nicht nur für die Entwicklung maßgeschneiderter Therapien gegen allergische Erkrankungen, sondern für das Design verbesserter Vakzine im Allgemeinen von Bedeutung.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Salzburg - 85%
  • Universität Innsbruck - 15%
Nationale Projektbeteiligte
  • Klaus R. Liedl, Universität Innsbruck , assoziierte:r Forschungspartner:in
Internationale Projektbeteiligte
  • Claus-Michael Lehr, Universität des Saarlandes - Deutschland

Research Output

  • 572 Zitationen
  • 19 Publikationen
  • 1 Datasets & Models
  • 3 Wissenschaftliche Auszeichnungen
Publikationen
  • 2017
    Titel Conformational Flexibility Differentiates Naturally Occurring Bet v 1 Isoforms
    DOI 10.3390/ijms18061192
    Typ Journal Article
    Autor Grutsch S
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 1192
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Determinants of Macromolecular Specificity from Proteomics-Derived Peptide Substrate Data
    DOI 10.2174/1389203717666160724211231
    Typ Journal Article
    Autor Fuchs J
    Journal Current Protein & Peptide Science
    Seiten 905-913
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Influence of protein fold stability on immunogenicity and its implications for vaccine design
    DOI 10.1080/14760584.2017.1306441
    Typ Journal Article
    Autor Scheiblhofer S
    Journal Expert Review of Vaccines
    Seiten 479-489
    Link Publikation
  • 2018
    Titel An unexpected switch in peptide binding mode: from simulation to substrate specificity
    DOI 10.1080/07391102.2017.1407674
    Typ Journal Article
    Autor Kahler U
    Journal Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
    Seiten 4072-4084
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Effect of structural stability on endolysosomal degradation and T-cell reactivity of major shrimp allergen tropomyosin
    DOI 10.1111/all.14410
    Typ Journal Article
    Autor Kamath S
    Journal Allergy
    Seiten 2909-2919
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Localization of Millisecond Dynamics: Dihedral Entropy from Accelerated MD
    DOI 10.1021/acs.jctc.6b00231
    Typ Journal Article
    Autor Kamenik A
    Journal Journal of Chemical Theory and Computation
    Seiten 3449-3455
    Link Publikation
  • 2016
    Titel MAESTROweb: a web server for structure-based protein stability prediction
    DOI 10.1093/bioinformatics/btv769
    Typ Journal Article
    Autor Laimer J
    Journal Bioinformatics
    Seiten 1414-1416
  • 2020
    Titel In silico design of Phl p 6 variants with altered folding stability significantly impacts antigen processing, immunogenicity and immune polarization
    DOI 10.1101/2020.02.26.967265
    Typ Preprint
    Autor Winter P
    Seiten 2020.02.26.967265
    Link Publikation
  • 2018
    Titel An unexpected switch in peptide binding mode: from simulation to substrate specificity
    DOI 10.6084/m9.figshare.5844705.v1
    Typ Other
    Autor Fuchs J
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Kinetic barriers in the isomerization of substituted ureas: implications for computer-aided drug design
    DOI 10.1007/s10822-016-9913-4
    Typ Journal Article
    Autor Loeffler J
    Journal Journal of Computer-Aided Molecular Design
    Seiten 391-400
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Matched Peptides: Tuning Matched Molecular Pair Analysis for Biopharmaceutical Applications
    DOI 10.1021/acs.jcim.5b00476
    Typ Journal Article
    Autor Fuchs J
    Journal Journal of Chemical Information and Modeling
    Seiten 2315-2323
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Fold stability during endolysosomal acidification is a key factor for allergenicity and immunogenicity of the major birch pollen allergen
    DOI 10.1016/j.jaci.2015.09.026
    Typ Journal Article
    Autor Machado Y
    Journal Journal of Allergy and Clinical Immunology
    Seiten 1525-1534
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Ligand Binding Modulates the Structural Dynamics and Compactness of the Major Birch Pollen Allergen
    DOI 10.1016/j.bpj.2014.10.062
    Typ Journal Article
    Autor Grutsch S
    Journal Biophysical Journal
    Seiten 2972-2981
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Effect of structural stability on endolysosomal degradation and T-cell reactivity of major shrimp allergen tropomyosin
    DOI 10.1101/2020.02.17.919845
    Typ Preprint
    Autor Kamath S
    Seiten 2020.02.17.919845
    Link Publikation
  • 2020
    Titel In silico Design of Phl p 6 Variants With Altered Fold-Stability Significantly Impacts Antigen Processing, Immunogenicity and Immune Polarization
    DOI 10.3389/fimmu.2020.01824
    Typ Journal Article
    Autor Winter P
    Journal Frontiers in Immunology
    Seiten 1824
    Link Publikation
  • 2019
    Titel An unexpected switch in peptide binding mode: from simulation to substrate specificity
    DOI 10.6084/m9.figshare.5844705
    Typ Other
    Autor Fuchs J
    Link Publikation
  • 2019
    Titel An unexpected switch in peptide binding mode: from simulation to substrate specificity
    DOI 10.6084/m9.figshare.5844705.v2
    Typ Other
    Autor Fuchs J
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Characterizing Protease Specificity: How Many Substrates Do We Need?
    DOI 10.1371/journal.pone.0142658
    Typ Journal Article
    Autor Schauperl M
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Multiple roles of Bet v 1 ligands in allergen stabilization and modulation of endosomal protease activity
    DOI 10.1111/all.13948
    Typ Journal Article
    Autor Soh W
    Journal Allergy
    Seiten 2382-2393
    Link Publikation
Datasets & Models
  • 2016 Link
    Titel MAESTRO Algorithm Web Tool
    Typ Computer model/algorithm
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2017
    Titel Dissertation Award of the Austrian Society of Allergology and Immunology
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2017
    Titel EAACI poster prize 2017
    Typ Poster/abstract prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2015
    Titel Oral Presentations of Selected Abstracts
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International

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