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Die Rolle der DNA-Replikation in B Zell Genominstabilität

The role of DNA replication in B cell genome instability

Rushad Pavri (ORCID: 0000-0002-6191-6333)
  • Grant-DOI 10.55776/P29163
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.10.2016
  • Projektende 30.09.2021
  • Bewilligungssumme 342.820 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (75%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (25%)

Keywords

    B cells, DNA replication, Chromosomal Translocations, Activation Induced Deaminase (Aid), Genome Instability

Abstract

Antikörper bilden die Grundlage für alle langanhaltende Serumimmunität. Erfolgreiche Immunantworten auf Pathogene, wie Viren und Bakterien, beinhalten fast immer auch die Erzeugung von hochaffinen Antikörpern welche die Pathogene binden und neutralisieren. Der Prozess durch den ein umfangreiches Repertoire von Antikörpern erzeugt wird als Antikörper-Diversifizierung bezeichnet und steht im Mittelpunkt der vorgeschlagenen Forschung. Antikörper Diversifizierung ist ein einzigartiges genomisches Phänomen das ausschließlich an den Immunglobulin (Ig) Loci in B- Lymphozyten auftritt. Der Hauptregler für dieses Phänomen ist das Enzym Activation Induced Deaminase (AID), das Mutationen an bestimmten Stellen innerhalb der Ig-Loci einführt. Dieser essentielle immunologische Prozess ist von Kollateralschäden im Genom begleitet da AID ein nicht- spezifisches Enzym ist das nicht-Ig Gene mutieren kann. Dies kann zu Genominstabilität führen die sich durch das Auftreten von schädlichen chromosomalen Translokationen auszeichnen die zu B-Zell- Krebserkrankungen, wie beispielsweise Burkitt-Lymphoma führen können. Daher ist es von großer klinischer und biologischer Bedeutung zu verstehen wie AID-Aktivität und die damit verbundenen genomischen Prozesse zu solchen Malignitäten führen. In diesem Zusammenhang haben wir vor kurzem die DNA-Replikation als einen wichtigen Akteur bei der Antikörper Diversifizierung identifiziert und vorläufige Ergebnisse zeigen deutlich eine Rolle für die DNA-Replikation in AID- vermittelten Translokationen. Auf dieser Basis stellen wir die Hypothese auf, dass die DNA- Replikation eine wichtige Rolle bei der B-Zell-Tumorgenese hat. Die vorgeschlagene Forschung zielt darauf ab, dieses wie folgt zu ermitteln: Ziel 1: Aufklärung der DNA-Replikation Landschaft in B Zellen, die Antikörper-Diversifikation durchlaufen: Hier werden wir eine genomweite Karte erhalten die zeigt wo die DNA-Replikation in B-Zellen, die AID exprimieren und Antikörper Diversifizierung durchführen, initiiert wird und bestimmen wie deren Häufigkeit und Verteilung von dem Verlust der Replikationsfaktoren beeinflusst wird. Dies wird zu vorher identifizierten Stellen von AID-Aktivität im Genom verglichen um festzustellen ob Replikationsinitiationsstellen mit AID-Aktivität korrelieren. Ziel 2: Feststellen ob die DNA-Replikation benötigt wird für AID vermittelte Translokationen: In diesem Ziel werden wir feststellen, ob der Verlust von Replikationsfaktoren die Frequenz und Verteilung der AID-vermittelten Translokationen in B-Zellen verändert. In Kombination mit Daten von Ziel 1 wird uns das ermöglichen festzustellen ob Translokationen an Stellen von AID-Aktivität und/oder DNA-Replikationsinitiation auftreten. Zusammenfassend erwarten wir dass diese Studien neue Erkenntnisse über die Rolle der DNA- Replikation in der Genese der AID-vermittelte Genominstabilität liefern, von der wir annehmen dass sie wichtige Auswirkungen auf die B-Zell-Lymphomaforschung sowie auf dem Gebiet der Genomintegrität im Allgemeinen hat.

Forschungsstätte(n)
  • Institut für Molekulare Pathologie - IMP - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Davide F. Robbiani, Universita della Svizzera italiana - Schweiz

Research Output

  • 161 Zitationen
  • 10 Publikationen
Publikationen
  • 2023
    Titel RIF1 regulates early replication timing in murine B cells
    DOI 10.1038/s41467-023-43778-y
    Typ Journal Article
    Autor Malzl D
    Journal Nature Communications
    Seiten 8049
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Specific origin selection and excess functional MCM2-7 loading in ORC-deficient cells
    DOI 10.1101/2024.10.30.621095
    Typ Preprint
    Autor Shibata Y
    Seiten 2024.10.30.621095
    Link Publikation
  • 2023
    Titel RIF1 regulates replication origin activity and early replication timing in B cells
    DOI 10.1101/2023.03.31.535086
    Typ Preprint
    Autor Malzl D
    Seiten 2023.03.31.535086
    Link Publikation
  • 2021
    Titel DNA replication timing directly regulates the frequency of oncogenic chromosomal translocations
    DOI 10.1101/2021.05.29.446276
    Typ Preprint
    Autor Peycheva M
    Seiten 2021.05.29.446276
  • 2025
    Titel Regulation of somatic hypermutation by higher-order chromatin structure
    DOI 10.1016/j.molcel.2025.06.003
    Typ Journal Article
    Autor Schoeberl U
    Journal Molecular Cell
    Link Publikation
  • 2025
    Titel Specific origin selection and excess functional MCM2–7 loading in ORC-deficient cells
    DOI 10.1093/nar/gkaf518
    Typ Journal Article
    Autor Shibata Y
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2022
    Titel DNA replication timing directly regulates the frequency of oncogenic chromosomal translocations
    DOI 10.1126/science.abj5502
    Typ Journal Article
    Autor Peycheva M
    Journal Science
    Link Publikation
  • 2022
    Titel A de novo transcription-dependent TAD boundary underpins critical multiway interactions during antibody class switch recombination
    DOI 10.1101/2022.04.26.489407
    Typ Preprint
    Autor Costea J
    Seiten 2022.04.26.489407
    Link Publikation
  • 2017
    Titel R Loops in the Regulation of Antibody Gene Diversification
    DOI 10.3390/genes8060154
    Typ Journal Article
    Autor Pavri R
    Journal Genes
    Seiten 154
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Spt5-mediated enhancer transcription directly couples enhancer activation with physical promoter interaction
    DOI 10.1038/s41588-020-0605-6
    Typ Journal Article
    Autor Fitz J
    Journal Nature Genetics
    Seiten 505-515

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