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Selektiver Membrane-Transport mittels DNA Nanopores

Cargo-selective membrane transport with DNA nanopores

Stefan Howorka (ORCID: 0000-0002-6527-2846)
  • Grant-DOI 10.55776/P30368
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.10.2017
  • Projektende 30.09.2021
  • Bewilligungssumme 403.039 €

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (20%); Chemie (50%); Nanotechnologie (30%)

Keywords

    Chemical Biology, Nucleic Acids Chemistry, Macromolecular Chemistry, Protein Chemistry, Bioaffinity, Single Molecule Biophysics

Abstract Endbericht

Dieses Projekt befasst sich mit molekularen Transportprozesse, die in der Biologie und der Biotechnologie eine wichtige Rolle spielen. Die Transportprozess helfen Membranbarrieren zu überwinden und Biomoleküle in biologischen Zellen einzuschleusen oder Medikamente in der pharmazeutischen Industrie aufzureinigen. Der im Projekt untersuchte Transportprozess basisert auf kleinen Poren mit einer Breite von wenigen Nanometern. Die Bewegung von Molekülen durch diese kleine Öffnungen ist in mehrfacher Hinsicht einzigartig und unterscheidet sich von makroskopischen Systemen. (i) Eine Pore mit einer schmalen Öffnung kann eine Größenbegrenzung für Molekül auferlegen. (ii) Ein Biomoleküle innerhalb der Pore is räumlich beschränkt und ist vorübergehend festgehalten. (iii) Die keline Längenskala kann zu häufigen Wechselwirkungen zwischen dem Biomolekül und der Porenwand führen. Der Transporttyp in diesem Projekt ist zudem besonders, da die Poren interne Bindungswege aufweisen. Diese kleine Transportwege erkennen spezifisch die molekulare Fracht und ermöglichen, dass nur die Zielmoleküle auf der anderen Porenseite ankommen. Unser Projekt wird das Verständnis dieses Transportprozesses drastisch verbessern. Derzeit gibt es nur geringes Wissen darüber, wie die Porenabmessungen die Geschwindigkeit oder die Spezifität des Transportes beeinflussen. Um das Projektziel zu erreichen, werden Experimente und mathematische Simulationen kombiniert. Wir erwarten, dass unsere wissenschaftlichen Erkentnisse es erleichtern, für die Biotechnologie effektivere nanoporöse Reinigungs-Membranen oder Biosensoren zu entwicklen.

Dieses Projekt befasste sich mit molekularen Transportprozesse, die in der Biologie und der Biotechnologie eine wichtige Rolle spielen. Die Transportprozess helfen Membranbarrieren zu überwinden und Biomoleküle in biologischen Zellen einzuschleusen oder Medikamente in der pharmazeutischen Industrie aufzureinigen. Der im Projekt untersuchte Transportprozess basisert auf kleinen Poren mit einer Breite von wenigen Nanometern. Die Bewegung von Molekülen durch diese kleine Öffnungen ist in mehrfacher Hinsicht einzigartig und unterscheidet sich von makroskopischen Systemen. (i) Eine Pore mit einer schmalen Öffnung kann eine Größenbegrenzung für Molekül auferlegen. (ii) Ein Biomoleküle innerhalb der Pore is räumlich beschränkt und ist vorübergehend festgehalten. (iii) Die keline Längenskala kann zu häufigen Wechselwirkungen zwischen dem Biomolekül und der Porenwand führen. Der Transporttyp in diesem Projekt ist zudem besonders, da die Poren interne Affinitätsspuren aufweisen. Diese kleine Transportwege erkennen spezifisch die molekulare Fracht und ermöglichen, dass nur die Zielmoleküle auf der anderen Porenseite ankommen. Um das Verständnis dieser Transportprozesse drastisch zu verbessern, hat unser Projekt nanoskalare Poren mit einstellbarer Größe geschaffen und mit Affinitätsspuren ausgestattet. Auch der Transport wurde mittels Einzelmolekülanalyse verfolgt. Darüber hinaus wurde ein mathematisches Modell des Frachttransports entwickelt, um die experimentellen Ergebnisse zu verallgemeinern. Unsere neuen wissenschaftlichen Erkenntnisse werden beim rationalen Design von nanoporösen Reinigungsmembranen oder auf Nanoporen basierenden Geräten wie Biosensoren helfen.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Linz - 86%
  • Technische Universität Wien - 14%
Nationale Projektbeteiligte
  • Clemens Heitzinger, Technische Universität Wien , assoziierte:r Forschungspartner:in

Research Output

  • 60 Zitationen
  • 7 Publikationen
Publikationen
  • 2025
    Titel Molecular Interactions within Nanoconfinement of Model DNA Nanostructures Controlled by Compensatory Kinetics as Revealed by Single-Molecule Fluorescence Analysis
    DOI 10.1021/jacsau.5c00774
    Typ Journal Article
    Autor Hagleitner-Ertug?Rul N
    Journal JACS Au
    Seiten 4427-4438
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Facilated cargo DNA transport studied with AFM
    Typ PhD Thesis
    Autor Saanfor Hubert Suh
  • 2023
    Titel Molecular Recognition in Confined Space Elucidated with DNA Nanopores and Single-Molecule Force Microscopy
    DOI 10.1021/acs.nanolett.3c00743
    Typ Journal Article
    Autor Suh S
    Journal Nano Letters
    Seiten 4439-4447
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Structural and Functional Stability of DNA Nanopores in Biological Media
    DOI 10.3390/nano9040490
    Typ Journal Article
    Autor Burns J
    Journal Nanomaterials
    Seiten 490
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Triggered Assembly of a DNA-Based Membrane Channel
    DOI 10.1021/jacs.1c06598
    Typ Journal Article
    Autor Lanphere C
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 4333-4344
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Protein Transport through Nanopores Illuminated by Long-Time-Scale Simulations
    DOI 10.1021/acsnano.1c01078
    Typ Journal Article
    Autor Mitscha-Baude G
    Journal ACS Nano
    Seiten 9900-9912
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Tunable DNA Hybridization Enables Spatially and Temporally Controlled Surface-Anchoring of Biomolecular Cargo
    DOI 10.1021/acs.langmuir.8b01942
    Typ Journal Article
    Autor Hager R
    Journal Langmuir
    Seiten 15021-15027
    Link Publikation

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