Strukturelle Unterschiede in retroviralen Capsiden
Structural conservation and diversity in retroviral capsid
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (35%); Gesundheitswissenschaften (35%); Physik, Astronomie (30%)
Keywords
-
Capsid,
Small Molecules,
Retrovirus,
Cryo-Electron Tomography,
Structure,
Cryo-electron microscopy
Eine Infektion mit Retroviren führt zu einer lebenslangen, nicht heilbaren Infektion. Zwei Mitglieder der Retrovirusfamilie, HIV-1 und HTLV-1, sind wichtige humane Pathogene. Aus diesem Grund ist es wichtig sowohl humane als auch nicht humane Retroviren zu studieren um gemeinsame Abläufe des viralen Lebenszyklus zu entdecken und zu verstehen. Dies kann dann zu Wegen führen, die virale Infektion zu verhindern oder möglicherweise sogar zu heilen. Im Laufe ihres Lebenszyklus existieren Retroviren in zwei Formen, einem unreifen und einem reifen Zustand. Die Viren verlassen eine infizierte Zelle in einem unreifen, nicht infektioesen Zustand und erst nach der Aktivierung eines viralen Enzyms und dem Durchlauf des Reifungsprozess, in welchem sich die strukturellen Bausteine des Virus rearrangieren, erlangen die Viren Infektioesitat. Es ist von großer Wichtigkeit diesen Vorgang zu verstehen, da ein Eingriff in diesen Prozess den Virus in einem ungefährlichem Zustand hält. Kuerzlich wurde auch die Wichtigkeit von natuerlich vorkommenden kleinen Molekuelen in der viralen Assemblierung und Reifung nachgewiesen. Mittels neuester Kryoelektronenmikroskopischer Methoden und Bildverarbeitungsmethoden versuchen wir neue hochaufloesende Einblicke in retrovirale Strukturen zu geben und zu verstehen welche Rolle diese kleinen Molekuele im viralen Lebenszyklus genau spielen. Indem wir die Strukturen von mehreren Retroviren miteinander vergleichen, koennen wir verstehen welche Abläufe und strukturelle Mechanismen fuer den Virus absolut essentiell sind um seine Infektioesitaet zu erlangen.
Retroviren sind wichtige Krankheitserreger in Menschen und Tieren. Sie verursachen lebenslange Infektionen, für die es keine Heilung gibt. Ein Beispiel für ein solches Virus ist HIV, der Hauptverursacher von AIDS. Retroviren existieren in zwei Formen, unreif und reif, wobei sich Retroviren anfänglich zu der unreifen, nicht-infektiösen Form zusammensetzen. Bei der Reifung durchläuft das Virus eine dramatische strukturelle Veränderung seiner inneren Bestandteile. Da eine Störung der Assemblierung und Reifung dazu führt, dass das Virus nicht infektiös ist sind diese Schritte relevante therapeutische Ziele. Deshalb ist es wichtig sie aus struktureller Sicht zu verstehen. In früheren Studien konnte gezeigt werden, dass Retroviren ähnlich geformte Bausteine, sogenannte Kapsidproteine, verwenden, um sich zusammenzusetzen. Verschiedene Retroviren verwenden diese Kapsidproteine allerdings nicht identisch. Stattdessen setzen sie diese Bausteine mit erheblichen Variationen zu unterschiedlichen Formen zusammen. Eine Hauptfragestellung dieses Projekts war es, die konservierten und unterschiedlichen Strukturmechanismen bei der Assemblierung und Reifung von Retroviren besser zu verstehen. Kürzlich wurde auch festgestellt, dass ein natürlich vorkommendes kleines Molekül namens Inositol-Hexakiphosphat (oder kurz IP6) den Zusammenbau und die Reifung von HIV-1 fördert. Wir wollten herausfinden, ob dieses Molekül neben HIV-1 auch bei anderen Retroviren eine Rolle spielt. Mittels Kryo-Elektronentomographie (Kryo-ET), einer Technik zur Betrachtung extrem kleiner Proben in ihrem natürlichen Zustand, konnten wir beispiellose Einblicke in die Struktur verschiedener retroviraler Anordnungen geben und die Rolle von IP6 genauer entschlüsseln. Insbesondere konnten wir zeigen, dass ein naher Verwandter von HIV-1, das Pferderetrovirus Equine Infectious Anemia Virus (EIAV), ähnliche Aufbaustrategien wie HIV-1 anwendet. Wir konnten klar abgrenzen, welche Bereiche des Kapsidproteins für beide Retroviren wichtig sind und daher im Laufe der Evolution identisch gehalten oder verändert wurden. Weiter konnten wir zeigen, dass die Rolle von IP6 in Lentiviren (der Gattung innerhalb der Retroviren, zu der sowohl HIV-1 als auch EIAV gehören) konserviert ist. In weiterer Folge analysierten wir Rous-Sarkom-Virus (RSV), mittels hochauflösender Kryo-ET untersucht und konnten zeigen, dass IP6 auch bei diesem Retrovirus, das weit entfernt mit HIV-1 verwandt ist, eine entscheidende Rolle in seinem Lebenszyklus spielt. Durch die Entwicklung neuer Bildverarbeitungsprogramme konnten wir ermitteln, dass RSV eine unerwartete Flexibilität in der Art und Weise zeigt, wie es sein Kapsid zusammenbaut, um eine schützende Hülle um seine genetischen Informationen zu bilden. Zusammenfassend liefern unsere Ergebnisse neue grundlegende Einblicke in wichtige Aufbau- und Reifungsmechanismen in Retroviren und zeigen erstmals, dass IP6 neben HIV-1 auch in anderen Retroviren eine wichtige Rolle spielt. Diese Arbeit legt den Grundstein um die Biologie von Retroviren besser zu verstehen und Mechanismen zu identifizieren, die die Infektiosität von Retroviren beeinträchtigen.
- Robert Dick, Cornell University - Vereinigte Staaten von Amerika
- Volker Vogt, Cornell University - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 156 Zitationen
- 13 Publikationen
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2025
Titel Distinct stabilization of the human T cell leukemia virus type 1 immature Gag lattice. DOI 10.1038/s41594-024-01390-8 Typ Journal Article Autor Obr M Journal Nature structural & molecular biology Seiten 268-276 -
2023
Titel The phenuivirus Toscana virus makes an atypical use of vacuolar acidity to enter host cells. DOI 10.1371/journal.ppat.1011562 Typ Journal Article Autor Koch J Journal PLoS pathogens -
2023
Titel Unconventional stabilization of the human T-cell leukemia virus type 1 immature Gag lattice. DOI 10.1101/2023.07.24.548988 Typ Journal Article Autor Obr M Journal bioRxiv : the preprint server for biology -
2024
Titel Elucidating the structural determinants of the poxvirus core using multi-modal cryo-EM DOI 10.15479/at:ista:18766 Typ Other Autor Datler J Link Publikation -
2024
Titel Multi-modal cryo-EM reveals trimers of protein A10 to form the palisade layer in poxvirus cores. DOI 10.1038/s41594-023-01201-6 Typ Journal Article Autor Datler J Journal Nature structural & molecular biology Seiten 1114-1123 -
2020
Titel Structures of immature EIAV Gag lattices reveal a conserved role for IP6 in lentivirus assembly DOI 10.1371/journal.ppat.1008277 Typ Journal Article Autor Dick R Journal PLOS Pathogens Link Publikation -
2019
Titel Structural analysis of pleomorphic and asymmetric viruses using cryo-electron tomography and subtomogram averaging DOI 10.1016/bs.aivir.2019.07.008 Typ Book Chapter Autor Obr M Verlag Elsevier Seiten 117-159 -
2021
Titel Structure of the mature Rous sarcoma virus lattice reveals a role for IP6 in the formation of the capsid hexamer DOI 10.1038/s41467-021-23506-0 Typ Journal Article Autor Obr M Journal Nature Communications Seiten 3226 Link Publikation -
2021
Titel A Structural Perspective of the Role of IP6 in Immature and Mature Retroviral Assembly DOI 10.3390/v13091853 Typ Journal Article Autor Obr M Journal Viruses Seiten 1853 Link Publikation -
2022
Titel The Orthobunyavirus Germiston Enters Host Cells from Late Endosomes DOI 10.1128/jvi.02146-21 Typ Journal Article Autor Windhaber S Journal Journal of Virology Link Publikation -
2022
Titel Exploring high-resolution cryo-ET and subtomogram averaging capabilities of contemporary DEDs DOI 10.1101/2022.01.10.475481 Typ Preprint Autor Obr M Seiten 2022.01.10.475481 Link Publikation -
2022
Titel Exploring high-resolution cryo-ET and subtomogram averaging capabilities of contemporary DEDs DOI 10.1016/j.jsb.2022.107852 Typ Journal Article Autor Obr M Journal Journal of Structural Biology Seiten 107852 Link Publikation -
2020
Titel Structure of the mature Rous sarcoma virus lattice reveals a role for IP6 in the formation of the capsid hexamer DOI 10.1101/2020.12.03.410175 Typ Preprint Autor Obr M Seiten 2020.12.03.410175 Link Publikation