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Untersuchung einer Lp(a) Mutation mittels RNA und Organoide

Studying an Lp(a) mutation in human RNA and liver organoids

Stefan Coassin (ORCID: 0000-0001-5677-8979)
  • Grant-DOI 10.55776/P31458
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.11.2018
  • Projektende 31.10.2023
  • Bewilligungssumme 345.914 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (40%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (60%)

Keywords

    Lp(a) mutation, Lp(a), Apo(A) Isoforms, Lipoprotein(a), Lipoproteins

Abstract Endbericht

Hintergrund: Ungefähr ein Fünftel der Bevölkerung weist erhöhte Lipoprotein(a) [Lp(a)]-Spiegel und somit ein bis zu 2-3-fach erhöhtes Risiko für kardiovaskuläre Erkrankungen auf. Trotzdem sind viele Merkmale des Lp(a) Spiegels in der Bevölkerung noch rätselhaft. Wir konnten kürzlich eine sehr häufige Mutation im Lp(a) Gen (4925G>A) beschreiben, welche trotz genetisch ungünstiger Voraussetzungen die Lp(a)-Spiegel um 70% verringert. Diese Mutation ist möglicherweise für viele Auffälligkeiten der Lp(a)-Spiegel in der Bevölkerung verantwortlich. Die genauen Effekte dieser Mutation auf die Lp(a)-Produktion in der Zelle konnten jedoch noch nicht bestimmt werden, da es zurzeit kein optimales Zellkultursystem für die Erforschung von Lp(a) gibt. Lp(a) wird ausschließlich in der Leber produziert und existiert nur bei Menschen und Affen. Zudem gibt es in der Bevölkerung über 40 verschiedene Lp(a) Subtypen (sogenannte Isoformen). Kürzlich wurden sogenannte Organoide als neue Form der Zellkultur entwickelt. Diese versprechen erstmals die Funktion eines echten Organs möglichst realistisch widerzuspiegeln und stellen daher ein vielversprechendes System zur Erforschung von Lp(a) dar. Ziele: Dieses Projekt verfolgt zwei Ziele: Die Effekte von 4925G>A auf die Lp(a)-Produktion zu untersuchen und eine umfassende Sammlung von Organoiden mit verschiedensten Lp(a)-Merkmalen und Isoformen zu erstellen. Methoden: Von freiwilligen Spendern, die aus medizinischen Gründen einer Leberresektion unterzogen werden, werden wir eine kleine Menge Lebergewebe gewinnen. Wir erwarten, dass ungefähr 20% der Spender die 4925G>A Mutation tragen. In diesen werden wir mithilfe neuester Sequenzierungsmethoden, welche unter anderem sämtliche Genprodukte in der Zelle gleichzeitig erfassen, die Effekte von 4925G>A auf die Lp(a)-Produktion untersuchen. Zusätzlich werden wir das Auftreten von sogenannten Transkript-null Allelen, also Genkopien, die kein Lp(a) produzieren, untersuchen. Schließlich werden wir eine umfangreiche Sammlung von Leberorganoiden mit genau definierten Lp(a) Merkmalen anlegen und Bedingungen entwickeln, um in den Organoiden Lp(a) zu produzieren und zu erforschen. Chancen: Aus dem Verständnis, wie die 4925G>A Mutation die Lp(a) Spiegel senkt bzw. warum manche Genkopien gar kein Lp(a) produzieren, ergeben sich neue Ansätze für Lp(a)-senkende Therapien. Gleichzeitig werden Lp(a)-produzierende Organoidkulturen mit genau definierten Lp(a)- Merkmalen erstmals ein realistisches Modell zur Erforschung des Lp(a)-Stoffwechsels und zur Erprobung von Therapien liefern. Es existiert derzeit kein vergleichbares Forschungs-Modell.

Der Lipoprotein(a)-Spiegel im Blut ist einer der wichtigsten Risikofaktoren für Herz-Kreislauf-Erkrankungen in der Bevölkerung. Die Lp(a)-Werte variieren in der Bevölkerung um den Faktor 1000 und sind, im Gegensatz zu anderen Blutfetten wie LDL- oder HDL-Cholesterin, fast vollständig genetisch reguliert. Dies geschieht durch ein komplexes Zusammenspiel einer sogenannten copy number variation, der "KIV-2 Region", und vielen verschiedenen genetischen Mutationen ("genetischen Varianten"). Eine copy number variation ist eine Region im Genom, die bei jedem Menschen unterschiedlich häufig vorkommt. Die Anzahl der KIV-2-Elemente bestimmt etwa 30-70% der Varianz von Lp(a) im Blut. Es gibt jedoch eine ganze Reihe von häufigen genetischen Varianten in der Bevölkerung, die den Lp(a)-Wert zusätzlich beeinflussen und den Einfluss der Anzahl der KIV-2 Elemente verändern. Im vorliegenden Projekt konnten wir die beiden wichtigsten genetischen Varianten in der europäischen Bevölkerung beschreiben und insbesondere die sogenannte KIV-2 4925G>A Variante genauer untersuchen. Dabei konnten wir zeigen, dass die KIV-2 4925G>A Variante den Effekt von zwei anderen Varianten bedingt bzw. stark verändert. In früheren Arbeiten wurde ein Lp(a)-reduzierender Effekt der sogenannten "Pentanukleotid-Variante" gefunden, dessen Mechanismus jedoch nie aufgeklärt. Wir konnten zeigen, dass die Pentanukleotid-Variante nur den Effekt von 4925G>A widerspiegelt und alleine keinen Effekt hat. Darüber hinaus konnten wir zeigen, dass der Effekt der Thr3888Pro-Variante, einer anderen oft untersuchten Lp(a)-Variante, von der Anwesenheit von KIV-2 4925G>A abhängt. Wenn KIV-2 4925G>A vorhanden ist, ist Thr3888Pro mit einem niedrigeren Lp(a)-Wert verbunden. Ist Thr3888Pro jedoch allein vorhanden, erhöht es den Lp(a)-Wert. Letzteres war bisher nicht bekannt und wirft ein neues Licht auf die möglichen molekularen Effekte von Thr3888Pro. Zudem zeigt es wie komplex das Zusammenspiel der verschiedenen genetischen Varianten im Lp(a) sind. Die KIV-2 Variante 4925G>A spielt dabei eine besonders wichtige Rolle. Ein weiteres Ziel des Projektes war es, ein neues Leberzellmodell in Form von Organoiden zu züchten, um den Lp(a)-Metabolismus zu untersuchen. Im Laufe der Experimente haben wir festgestellt, dass es von außerordentlicher Bedeutung ist, dass die Organoidzellen nicht nur als Leberzellen gezüchtet werden, sondern auch die richtige "zonale Identität" haben. Die menschliche Leber ist in so genannte Leberläppchen ("Lobuli") unterteilt, die wiederum in verschiedene Zonen unterteilt sind. Jede Zone hat unterschiedliche Funktionen, aktiviert unterschiedliche Gene und produziert unterschiedliche Stoffe. In welcher dieser Zonen Lp(a) gebildet wird, war bisher unbekannt. Damit fehlte ein wichtiges Puzzleteil für die Etablierung neuer Zellkulturmodelle zur Untersuchung des Lp(a)-Metabolismus. In umfangreichen Experimenten mit unterschiedlichen Methoden konnten wir die Zone in der Lp(a) wahrscheinlich produziert genauer definieren. Dies liefert ein wichtiges neues Puzzleteil zum Verständnis des Lp(a)-Metabolismus.

Forschungsstätte(n)
  • Medizinische Universität Innsbruck - 100%

Research Output

  • 255 Zitationen
  • 14 Publikationen
  • 4 Datasets & Models
  • 15 Disseminationen
  • 4 Wissenschaftliche Auszeichnungen
Publikationen
  • 2020
    Titel Investigation of a nonsense mutation located in the complex KIV-2 copy number variation region of apolipoprotein(a) in 10,910 individuals
    DOI 10.1186/s13073-020-00771-0
    Typ Journal Article
    Autor Di Maio S
    Journal Genome Medicine
    Seiten 74
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Mechanistic insights into lipoprotein(a): from infamous to ‘inflammous’
    DOI 10.1093/eurheartj/ehaa420
    Typ Journal Article
    Autor Coassin S
    Journal European Heart Journal
    Seiten 2272-2274
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Lipoprotein(a) concentrations and cardiovascular disease in patients with chronic kidney disease: Results from the German Chronic Kidney Disease study
    DOI 10.1111/joim.20027
    Typ Journal Article
    Autor Gruber I
    Journal Journal of Internal Medicine
    Seiten 510-526
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Commutability Assessment of Candidate Reference Materials for Lipoprotein(a) by Comparison of a MS-based Candidate Reference Measurement Procedure with Immunoassays
    DOI 10.1093/clinchem/hvac203
    Typ Journal Article
    Autor Dikaios I
    Journal Clinical Chemistry
    Seiten 262-272
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Resolving intra-repeat variation in medically relevant VNTRs from short-read sequencing data using the cardiovascular risk gene LPA as a model
    DOI 10.1186/s13059-024-03316-5
    Typ Journal Article
    Autor Di Maio S
    Journal Genome Biology
    Seiten 167
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Lipoprotein(a) beyond the kringle IV repeat polymorphism: The complexity of genetic variation in the LPA gene
    DOI 10.1016/j.atherosclerosis.2022.04.003
    Typ Journal Article
    Autor Coassin S
    Journal Atherosclerosis
    Seiten 17-35
    Link Publikation
  • 2022
    Titel The effect of LPA Thr3888Pro on lipoprotein(a) and coronary artery disease is modified by the LPA KIV-2 variant 4925G>A
    DOI 10.1016/j.atherosclerosis.2022.04.023
    Typ Journal Article
    Autor Grüneis R
    Journal Atherosclerosis
    Seiten 151-159
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Additional file 1 of Investigation of a nonsense mutation located in the complex KIV-2 copy number variation region of apolipoprotein(a) in 10,910 individuals
    DOI 10.6084/m9.figshare.12845694
    Typ Other
    Autor Di Maio S
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Additional file 1 of Investigation of a nonsense mutation located in the complex KIV-2 copy number variation region of apolipoprotein(a) in 10,910 individuals
    DOI 10.6084/m9.figshare.12845694.v1
    Typ Other
    Autor Di Maio S
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Nanopore sequencing with unique molecular identifiers enables accurate mutation analysis and haplotyping in the complex Lipoprotein(a) KIV-2 VNTR
    DOI 10.1101/2024.03.01.582741
    Typ Preprint
    Autor Amstler S
    Seiten 2024.03.01.582741
    Link Publikation
  • 2022
    Titel The kringle IV type 2 domain variant 4925G>A causes the elusive association signal of the LPA pentanucleotide repeat
    DOI 10.1016/j.jlr.2022.100306
    Typ Journal Article
    Autor Grüneis R
    Journal Journal of Lipid Research
    Seiten 100306
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Genome-Wide Characterization of a Highly Penetrant Form of Hyperlipoprotein(a)emia Associated With Genetically Elevated Cardiovascular Risk
    DOI 10.1161/circgen.121.003489
    Typ Journal Article
    Autor Coassin S
    Journal Circulation: Genomic and Precision Medicine
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Frequent LPA KIV-2 Variants Lower Lipoprotein(a) Concentrations and Protect Against Coronary Artery Disease
    DOI 10.1016/j.jacc.2021.05.037
    Typ Journal Article
    Autor Schachtl-Riess J
    Journal Journal of the American College of Cardiology
    Seiten 437-449
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Investigation of an LPA KIV-2 nonsense mutation in 11,000 individuals: the importance of linkage disequilibrium structure in LPA genetics
    DOI 10.1101/848945
    Typ Preprint
    Autor Di Maio S
    Seiten 848945
    Link Publikation
Datasets & Models
  • 2023 Link
    Titel LPA nanopore UMI data analysis pipeline
    Typ Data analysis technique
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel VNTR WES variant calling pipeline (contributed)
    Typ Data analysis technique
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2020 Link
    Titel Additional file 2 of Investigation of a nonsense mutation located in the complex KIV-2 copy number variation region of apolipoprotein(a) in 10,910 individuals
    DOI 10.6084/m9.figshare.12845697.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2020 Link
    Titel Additional file 2 of Investigation of a nonsense mutation located in the complex KIV-2 copy number variation region of apolipoprotein(a) in 10,910 individuals
    DOI 10.6084/m9.figshare.12845697
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Disseminationen
  • 2020
    Titel Lp(a) update 2021
    Typ A talk or presentation
  • 2021
    Titel AHA Virtual 2021
    Typ A talk or presentation
  • 2022
    Titel EAS 2022
    DOI 10.1016/j.atherosclerosis.2022.06.399
    Typ A talk or presentation
  • 2022
    Titel ESHG 2019
    Typ A talk or presentation
  • 2019
    Titel EAS 2019
    DOI 10.1016/j.atherosclerosis.2019.06.164
    Typ A talk or presentation
  • 2021
    Titel Austrian Atherosclerosis Society (AAS) annual meeting 2021
    Typ A talk or presentation
  • 2019
    Titel Poster presentation at the Lp(a) satellite meeting to the EAS Congress 2019
    Typ A talk or presentation
  • 2023
    Titel Open lab days 2023
    Typ Participation in an open day or visit at my research institution
  • 2021
    Titel Virtual Poster AAS 2021
    Typ A talk or presentation
  • 2022
    Titel ÖGH 2022
    Typ A talk or presentation
  • 2021
    Titel Virtual Poster EAS 2021
    DOI 10.1016/j.atherosclerosis.2021.06.022
    Typ A talk or presentation
  • 2021
    Titel Virtual Poster at ESHG 2021 Virtual
    Typ A talk or presentation
  • 2021
    Titel DACH Leipzig 2021
    Typ A talk or presentation
  • 2022
    Titel Grainau 2022
    Typ A talk or presentation
  • 2023
    Titel Poster presentation EAS 2023
    DOI 10.1016/j.atherosclerosis.2023.06.202
    Typ A talk or presentation
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2025
    Titel Helmut-Sinzinger-Prize-2025
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2025
    Titel Best paper award 2025 of the Austrian Society for Human Genetics
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2021
    Titel Best Paper-award 2021 the Austrian Society for Atherosclerosis
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2021
    Titel Best Paper-award 2021 the Austrian Society of Human Genetics
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)

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