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Funktionelle Prinzipien der Legumain-Macrocypin Interaktion

Functional principles of legumain inhibition by macrocypin

Elfriede Dall (ORCID: 0000-0002-0823-8983)
  • Grant-DOI 10.55776/P31867
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.07.2019
  • Projektende 30.06.2023
  • Bewilligungssumme 343.644 €

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (50%); Chemie (30%); Informatik (20%)

Keywords

    Reactive Center Loop, Activity Regulation, Inhibitor, Cysteine Protease, Crystal Structure

Abstract Endbericht

Das Leben fordert von uns täglich Entscheidungen, die oftmals nicht rückgängig gemacht werden können. Auch auf der für uns unsichtbaren mikroskopischen Ebene des Lebens müssen Entscheidungen getroffen werden, die weitreichende Konsequenzen nach sich ziehen. Auf zellulärer Ebene sind Enzyme zentrale Wegweiser für die biologische Signalverarbeitung. Enzyme sind regulatorische Moleküle, die eine entscheidende Funktion in allen biologischen Prozessen in allen lebenden Organismen haben. Innerhalb der enormen Palette an Enzyme repräsentieren die Proteasen eine besonders wichtige Subspezies. Proteasen funktionieren als molekulare Scheren, die ein Zielprotein an einer spezifischen Stelle schneiden und so eine wichtige Rolle als Schaltstellen in der biologischen Signalverarbeitung spielen. Um sicher zu stellen, dass das richtige Signal zur richtigen Zeit weitergegeben wird, muss dieser Prozess streng reguliert und kontrolliert werden. Falsche Signale können sich in schweren Krankheiten wie Krebs und Alzheimer manifestieren. Ein Paradebeispiel für eine Protease mit besonders wichtiger Funktion fürs Immunsystem ist das Legumain. Legumain spaltet fremde Proteine, z.B. von einem bakteriellen Erreger, in einer bestimmten Art und Weise, so dass sie von unserem Immunsystem als fremd erkannt werden können. Idealerweise bewirkt das, dass eine Immunreaktion ausgelöst wird, um uns vor fremden Gefahren zu schützen. Andererseits ist es allerdings auch so, dass ein Zuwenig oder Zuviel an Legumain mit schwerwiegenden Erkrankungen wie Multiple Sklerose und Krebs assoziiert ist. Daher ist es wichtig, Legumain in seiner Aktivität streng zu regulieren/kontrollieren um pathologische Fehlfunktionen zu verhindern. Die Natur hat sich eine Reihe verschiedener Strategien überlegt, um das zu ermöglichen. Eine effiziente Strategie ist die Entwicklung von Molekülen, die spezifisch ans Legumain binden und so verhindern, dass es andere Proteine schneiden kann. Für Legumain sind von diesen regulatorischen Molekülen, sogenannten Inhibitoren, bis heute nur zwei Arten bekannt. Eine davon sind die Macrocypine aus dem Parasol. Macrocypine sind besonders interessant für uns, da sie sehr resistent gegen äußere Einflüsse wie extreme Säurestärke oder hohe Temperaturen sind. Diese speziellen Eigenschaften machen sie zu einem attraktiven Ausgangspunkt für biotechnologische Anwendungen wie z.B. die Entwicklung bioaktiver Moleküle. Innerhalb des Projekts Funktionelle Prinzipien der Legumain-Macrocypin Interaktion untersuchen wir, wie Macrocypine auf atomarer Ebene ans Legumain binden und welche mechanistischen Konsequenzen diese Bindung hat. Um diese Fragen zu untersuchen, kombinieren wir eine breite Palette an biochemischen, biophysikalischen und strukturbiologischen Methoden um ein detailliertes Verständnis für diese Wechselwirkung zu erhalten. Die Ergebnisse dieser Studie werden es uns ermöglichen, neue legumain-reaktive Substanzen zu entwickeln, die auch in der medizinischen und biotechnologischen Forschung Anwendung finden werden.

Enzyme sind wichtige Moleküle, die entscheidende Funktionen in allen lebenden Organismen erfüllen. Proteasen sind eine spezielle Art von Enzymen, die als Signalmoleküle wirken, indem sie andere Proteine zerschneiden. Die Signalübertragung muss auf verschiedenen Ebenen reguliert werden, um sicherzustellen, dass die richtige Reaktion zur richtigen Zeit stattfindet. Falsche Signale können zu schweren Erkrankungen wie Krebs oder neurodegenerativen Krankheiten führen. Ein Beispiel für eine Protease, die besonders wichtig für unser Immunsystem ist, ist Legumain. Legumain spaltet fremde Proteine auf eine Weise, dass sie von unserem Immunsystem erkannt werden können. Infolgedessen wird eine Immunreaktion ausgelöst, um uns vor fremden Gefahren wie Bakterien zu schützen. Allerdings wurden zu hohe Mengen an Legumain oder eine falsche Lokalisation mit Störungen wie Brustkrebs und der Alzheimer-Krankheit in Verbindung gebracht. Es ist klar, dass die Aktivität von Legumain sorgfältig reguliert werden muss, um pathologische Störungen zu verhindern. Die Natur hat verschiedene Möglichkeiten entwickelt, um die Funktion von Legumain zu kontrollieren, und eine effektive Methode besteht darin, spezifische Proteine namens "Inhibitoren" einzusetzen. Diese Inhibitoren binden an Legumain und verhindern, dass es andere Proteine zerschneidet. Eine interessante Gruppe von Inhibitoren stammt aus dem Parasolpilz und wird als "Macrocypine" bezeichnet. Sie sind auch unter extremen Bedingungen stabil, was sie zu attraktiven Ausgangspunkten für biotechnologische Anwendungen macht. Das Forschungsprojekt "Funktionelle Prinzipien der Legumain-Macrocypin Interaktion" konzentrierte sich darauf zu untersuchen, wie Macrocypine auf molekularer Ebene mit Legumain interagieren. Im Rahmen dieses Projekts haben wir erfolgreich die dreidimensionale Struktur von Legumain im Komplex mit verschiedenen Macrocypinen bestimmt, wodurch wir einen detaillierten Plan ihrer Interaktion erhalten haben. Die Ergebnisse enthüllten den genauen Mechanismus, durch den Macrocypine an Legumain binden und sie von Substraten (Proteinen, die typischerweise von Enzymen gespalten werden) in wirksame Inhibitoren umwandeln. Bemerkenswerterweise bilden einige Macrocypine kovalente Wechselwirkungen mit Legumain, eine starke und stabile Art von Bindung, die ihre hemmende Aktivität weiter verstärkt. Darüber hinaus fanden wir heraus, dass bestimmte Isoformen von Macrocypinen andere Cysteinproteasen hemmen, was darauf hindeutet, dass sie möglicherweise bisher unbekannte Breitspektrum-Inhibitoren sind. Zusammenfassend haben unsere Studien das Potenzial von Macrocypinen als neues Gerüst für die Arzneimittelentwicklung aufgedeckt und bieten die Grundlage für das Design von spezifischen Legumain-Inhibitoren.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Salzburg - 100%

Research Output

  • 54 Zitationen
  • 10 Publikationen
  • 2 Datasets & Models
  • 3 Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 3 Weitere Förderungen
Publikationen
  • 2021
    Titel The Peptide Ligase Activity of Human Legumain Depends on Fold Stabilization and Balanced Substrate Affinities
    DOI 10.1021/acscatal.1c02057
    Typ Journal Article
    Autor Dall E
    Journal ACS Catalysis
    Seiten 11885-11896
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Arabidopsis thaliana Phytocystatin 6 Forms Functional Oligomer and Amyloid Fibril States.
    DOI 10.1021/acs.biochem.3c00530
    Typ Journal Article
    Autor Brandstetter H
    Journal Biochemistry
    Seiten 3420-3429
  • 2020
    Titel Structural and functional studies of Arabidopsis thaliana legumain beta reveal isoform specific mechanisms of activation and substrate recognition
    DOI 10.1074/jbc.ra120.014478
    Typ Journal Article
    Autor Dall E
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 13047-13064
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Arabidopsis thaliana phytocystatin 6 forms functional oligomer and amyloid fibril states
    DOI 10.1101/2023.09.25.559285
    Typ Preprint
    Autor Brandstetter H
  • 2022
    Titel Production of Functional Plant Legumain Proteases Using the Leishmania tarentolae Expression System
    DOI 10.1007/978-1-0716-2079-3_4
    Typ Book Chapter
    Autor Dall E
    Verlag Springer Nature
    Seiten 35-51
  • 2023
    Titel Phytocystatin 6 is a context-dependent, tight-binding inhibitor of Arabidopsis thaliana legumain isoform .
    DOI 10.1111/tpj.16458
    Typ Journal Article
    Autor Santos Np
    Journal The Plant journal : for cell and molecular biology
    Seiten 1681-1695
  • 2022
    Titel Structural and functional studies of legumain–mycocypin complexes revealed a competitive, exosite-regulated mode of interaction
    DOI 10.1016/j.jbc.2022.102502
    Typ Journal Article
    Autor Elamin T
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 102502
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Legumain Functions as a Transient TrkB Sheddase.
    DOI 10.3390/ijms24065394
    Typ Journal Article
    Autor Böttinger K
    Journal International journal of molecular sciences
  • 2022
    Titel Legumain Activity Is Controlled by Extended Active Site Residues and Substrate Conformation
    DOI 10.3390/ijms232012548
    Typ Journal Article
    Autor Elamin T
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 12548
    Link Publikation
  • 0
    DOI 10.2210/pdb6ysa/pdb
    Typ Other
Datasets & Models
  • 2022
    Titel Crystal structure of human legumain in complex with Clitocypin 2
    DOI 10.2210/pdb8ae4/pdb
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
  • 2022
    Titel Crystal structure of human legumain in complex with macrocypin 1a
    DOI 10.2210/pdb8ae5/pdb
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2022
    Titel FWF START prize
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2022
    Titel Invited speaker at Plant Protease Meeting 2022 in Ljubljana
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2021
    Titel Prize for best poster presentation at the Winterschool on Proteinases and their Inhibitors 2021
    Typ Poster/abstract prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
Weitere Förderungen
  • 2021
    Titel Poster Prize to NPS
    Typ Travel/small personal
    Förderbeginn 2021
    Geldgeber Henner Graeff Foundation
  • 2022
    Titel Ready to use Legumain
    Typ Capital/infrastructure (including equipment)
    Förderbeginn 2022
    Geldgeber Jena Bioscience
  • 2022
    Titel Travel grant to NPS for the participation at the Plant Proteases meeting 2022 in Ljubljana, Slovenia
    Typ Travel/small personal
    Förderbeginn 2022
    Geldgeber University of Ljubljana

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