Untersuchung von CLL - Immun-Interaktionen
Studying CLL-immune interactions
Wissenschaftsdisziplinen
Informatik (20%); Klinische Medizin (20%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (60%)
Keywords
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CLL and TCL1 mouse model,
Immune Interactions,
Clonal Dynamics,
Tumor-Specific T Cells,
Immune Checkpoint Therapies,
Anti-Cancer Immunity
Tumorzellen und Immunzellen interagieren miteinander und können ihr Wachstum gegenseitig behindern oder fördern. Innerhalb eines Tumors sind nicht alle Tumorzellen gleich beschaffen, sondern können unterschiedliche Eigenschaften, zB DNS Mutationen oder unterschiedliche Proteine besitzen. Alle Krebszellen mit diesen besonderen Eigenschaften werden als Tumorklone bezeichnet und können einen Wachstumsvorteil oder -nachteil gegenüber anderen Tumorklonen besitzen. Dies kann dadurch zustande kommen, dass diese Veränderungen der Krebszellen von den köpereigenen Immunzellen als schädlich erkannt werden und diese die Krebszellen abtöten. Es kann aber auch sein, dass eine Mutation einen Vorteil für die Krebszelle bringt zB wenn die Mutation ein Gen betrifft, welches für die Aktivierung von Abwehrzellen wichtig ist, und in der mutierten Form nicht mehr funktioniert. Somit kann sich der Tumorsubklon vermehren und wird nicht vom körpereigenen Immunsystem eliminiert. Tumorzellen können verschiedene Mechanismen nutzen, um sich vor einer Erkennung durch Immunzellen zu schützen. Dies können sie entweder durch sich verstecken vor dem Immunsystem oder durch Unterdrückung der Immunzellen erreichen. Tumorklone, die so einen Mechanismus erfolgreich einsetzen, haben einen evolutionären Vorteil gegenüber den anderen Tumorzellen. Es wird sich dieser Tumorklon vermehren, der es schafft sich optimal gegen das Abtöten durch Immunzellen zu wehren. Eine Veränderung der Zusammensetzung der Tumorklone spiegelt sich somit auch in der Immunantwort wieder, welche für das Auswachsen bestimmter Klone verantwortlich ist. In diesem Projekt wird diese klonale Tumor Evolution und die Veränderungen der Immunzellen (im Besonderen der T- Zellen) erforscht. Es soll untersucht werden, wie das Stilllegen und das Entkommen der Immunantwort funktioniert und welche Eigenschaften von Tumorzellen für den Einfluss auf T- Zellen verantwortlich sind. Mit diesem Wissen können neue Ansatzpunkte, die auf die Sichtbarmachung des Tumors oder Aktivierung der T-Zellen abzielen, für eine Behandlung gewonnen werden.
Immunoediting beschreibt die dynamische Interaktion zwischen Krebszellen und dem Immunsystem, bei dem Krebszellen letztendlich die körpereigene Immunabwehr überlisten, die Immunzellen - vor allem T-Zellen - stilllegen und ungehindert auswachsen können. Obwohl Immune-Checkpoint Therapien das Immunsystem bei manchen Krebsarten erfolgreich reaktivieren können und somit Patienten in Remission bringen, sprechen viele Krebsarten, darunter auch die chronisch lymphatische Leukämie (CLL), nicht darauf an. Für verbesserte Therapien ist es wichtig zu verstehen, warum sich in vielen Fällen das Immunsystem nicht, zum Zweck der Krebsabwehr, reaktivieren lässt. Mit Hilfe des gegenständlichen Forschungsprojekts konnten wir uns dieser Frage eingehend widmen. So konnten wir mit Hilfe entsprechender Mausmodelle zeigen, dass nach der Entwicklung einer CLL auch die nicht-CLL-spezifischen T-Zellen stillgelegt wurden, was von der Anwesenheit (tumor-)antigenspezifischer T-Zellen abhängig ist. Transkriptomanalysen bestätigten den Erschöpfungsphänotyp von nicht-CLL-spezifischen T-Zellen in diesem Modell. Unsere Ergebnisse deuten darauf hin, dass im CLL-Mausmodell ein erheblicher Teil der nicht-CLL-spezifischen T-Zellen während des Krankheitsverlaufs durch einen Bystander-Effekt erschöpft wird. In diesem Zusammenhang konnten wir mittels kombiniertem Amplicon/Antikörper/scRNAseq Methoden die T-Zell Veränderungen die sich im Zuge der CLL Erkrankung in Abhängigkeit des klinischen Verlaufs manifestieren, auf Einzelzellebene in Bezug auf Klonalität und Genexpression charakterisieren. Weiters konnten wir im Zuge des Projekts zeigen, dass der Antigenrezeptor - das heißt die Spezifität - der CLL Zellen, den Schweregrad der Krankheit sowie damit verbundene Lymphadenopathien beeinflusst und, dass eine gesteigerte mTor vermittelte Signalkaskade mit Therapieresistenz der CLL verbunden sein kann. Letztendlich erlaubte die Förderung auch die Etablierung mehrerer bioinformatischer Auswerteplattformen. Dadurch konnten 1) die Mikroumgebung des Tumors und 2) der Tumor-Immun-Interaktion beziehungsweise der 3) klonalen Tumorevolution mittels bildgebender Einzelzell-Massenzytometrie und verschiedenen Einzellzell-DNA/RNA-Sequenziermethoden (NGS) untersucht werden. Die aus dem Projekt gewonnenen Erkenntnisse haben wichtige Auswirkungen auf das Verständnis des Immunoeditings und die Weiterentwicklung von Immuntherapien als vielversprechende Krebstherapie für Patienten.
- SCRI-LIMCR GmbH (Salzburg Cancer Research Institute) - 100%
- Alexander Egle, SCRI-LIMCR GmbH (Salzburg Cancer Research Institute) , nationale:r Kooperationspartner:in
- Richard Greil, SCRI-LIMCR GmbH (Salzburg Cancer Research Institute) , nationale:r Kooperationspartner:in
- Roland Geisberger, SCRI-LIMCR GmbH (Salzburg Cancer Research Institute) , nationale:r Kooperationspartner:in
- Daniel Hebenstreit, University of Warwick - Vereinigtes Königreich
Research Output
- 156 Zitationen
- 14 Publikationen
- 6 Datasets & Models
- 1 Medizinische Produkte
- 3 Weitere Förderungen
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2025
Titel Quantifying Inter-annotator Agreement and Generalist Model Limitations in Imaging Mass Cytometry Single Cell Segmentation DOI 10.1007/978-3-031-98694-9_11 Typ Book Chapter Autor Schuiki J Verlag Springer Nature Seiten 146-159 -
2025
Titel spatialgater: A Shiny webtool for in situ gating of cells in SpatialExperiments DOI 10.1101/2025.10.26.684544 Typ Preprint Autor Steiner M Seiten 2025.10.26.684544 Link Publikation -
2025
Titel C to U RNA editing of MFN1 is regulated by ADARB1 and associates with favourable prognosis in chronic lymphocytic leukemia DOI 10.1038/s41598-025-15666-6 Typ Journal Article Autor Gonzalez Martinez A Journal Scientific Reports Seiten 29856 Link Publikation -
2023
Titel Validation of genetic variants from NGS data using deep convolutional neural networks DOI 10.1186/s12859-023-05255-7 Typ Journal Article Autor Vaisband M Journal BMC Bioinformatics Seiten 158 Link Publikation -
2022
Titel Validation of genetic variants from NGS data using Deep Convolutional Neural Networks DOI 10.1101/2022.04.12.488021 Typ Preprint Autor Vaisband M Seiten 2022.04.12.488021 Link Publikation -
2022
Titel Detecting Bacterial–Human Lateral Gene Transfer in Chronic Lymphocytic Leukemia DOI 10.3390/ijms23031094 Typ Journal Article Autor Akimova E Journal International Journal of Molecular Sciences Seiten 1094 Link Publikation -
2021
Titel CAR T-Cell Therapy in Hematological Malignancies DOI 10.3390/ijms22168996 Typ Journal Article Autor Haslauer T Journal International Journal of Molecular Sciences Seiten 8996 Link Publikation -
2021
Titel A POLE Splice Site Deletion Detected in a Patient with Biclonal CLL and Prostate Cancer: A Case Report DOI 10.3390/ijms22179410 Typ Journal Article Autor Steiner M Journal International Journal of Molecular Sciences Seiten 9410 Link Publikation -
2021
Titel miRNA-Based Therapeutics in the Era of Immune-Checkpoint Inhibitors DOI 10.3390/ph14020089 Typ Journal Article Autor Huemer F Journal Pharmaceuticals Seiten 89 Link Publikation -
2021
Titel AID Contributes to Accelerated Disease Progression in the TCL1 Mouse Transplant Model for CLL DOI 10.3390/cancers13112619 Typ Journal Article Autor Schubert M Journal Cancers Seiten 2619 Link Publikation -
2024
Titel Combined DNA Analysis from Stool and Blood Samples Improves Tumor Tracking and Assessment of Clonal Heterogeneity in Localized Rectal Cancer Patients DOI 10.1177/15330338241252706 Typ Journal Article Autor Parigger T Journal Technology in Cancer Research & Treatment Seiten 15330338241252706 Link Publikation -
2022
Titel Tumour heterogeneity and immune skewing in chronic lymphocytic leukaemia Typ Postdoctoral Thesis Autor Zaborsky, Nadja -
2021
Titel Evidence for Non-Cancer-Specific T Cell Exhaustion in the Tcl1 Mouse Model for Chronic Lymphocytic Leukemia DOI 10.3390/ijms22136648 Typ Journal Article Autor Parigger T Journal International Journal of Molecular Sciences Seiten 6648 Link Publikation -
2021
Titel Immune editing and oncogenic signaling convey treatment resistance in chronic lymphocytic leukemia Typ PhD Thesis Autor Thomas Parigger
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2024
Link
Titel Oncogenic MTOR Signaling Axis Compensates BTK Inhibition in a Chronic Lymphocytic Leukemia Patient with Richter Transformation DOI 10.1159/000537791 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link -
2024
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Titel sj-xlsx-2-tct-10.1177_15330338241252706 - Supplemental material for Combined DNA Analysis from Stool and Blood Samples Improves Tumor Tracking and Assessment of Clonal Heterogeneity in Localized Rectal Cancer Patients DOI 10.25384/sage.25868492 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link -
2024
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Titel sj-xlsx-1-tct-10.1177_15330338241252706 - Supplemental material for Combined DNA Analysis from Stool and Blood Samples Improves Tumor Tracking and Assessment of Clonal Heterogeneity in Localized Rectal Cancer Patients DOI 10.25384/sage.25868489 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link -
2023
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Titel Validation of genetic variants from NGS data using deep convolutional neural networks DOI 10.1186/s12859-023-05255-7 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link -
2023
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Titel Deep Convolutional Neural Networks - genetic variant analysis DOI 10.1186/s12859-023-05255-7 Typ Computer model/algorithm Öffentlich zugänglich Link Link -
2021
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Titel Evidence for Non-Cancer-Specific T Cell Exhaustion in the Tcl1 Mouse Model for Chronic Lymphocytic Leukemia DOI 10.3390/ijms22136648 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link
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2024
Titel Smart Specialization Center, Immuno-oncology Strategies; Immuno-editing in cancer: Developing novel approaches to guide immune surveillance and immune escape Typ Research grant (including intramural programme) Förderbeginn 2024 Geldgeber Salzburg State -
2020
Titel Smart Specialization Center, Immuno-oncology Strategies; Immuno-editing in cancer: Developing novel approaches to guide immune surveillance and immune escape Typ Research grant (including intramural programme) Förderbeginn 2020 Geldgeber Salzburg State -
2020
Titel Studying CLL-immune interactions Typ Research grant (including intramural programme) Förderbeginn 2020