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Untersuchung von CLL - Immun-Interaktionen

Studying CLL-immune interactions

Nadja Zaborsky (ORCID: 0000-0002-9775-185X)
  • Grant-DOI 10.55776/P32762
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.10.2020
  • Projektende 30.09.2024
  • Bewilligungssumme 392.490 €

Wissenschaftsdisziplinen

Informatik (20%); Klinische Medizin (20%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (60%)

Keywords

    CLL and TCL1 mouse model, Immune Interactions, Clonal Dynamics, Tumor-Specific T Cells, Immune Checkpoint Therapies, Anti-Cancer Immunity

Abstract Endbericht

Tumorzellen und Immunzellen interagieren miteinander und können ihr Wachstum gegenseitig behindern oder fördern. Innerhalb eines Tumors sind nicht alle Tumorzellen gleich beschaffen, sondern können unterschiedliche Eigenschaften, zB DNS Mutationen oder unterschiedliche Proteine besitzen. Alle Krebszellen mit diesen besonderen Eigenschaften werden als Tumorklone bezeichnet und können einen Wachstumsvorteil oder -nachteil gegenüber anderen Tumorklonen besitzen. Dies kann dadurch zustande kommen, dass diese Veränderungen der Krebszellen von den köpereigenen Immunzellen als schädlich erkannt werden und diese die Krebszellen abtöten. Es kann aber auch sein, dass eine Mutation einen Vorteil für die Krebszelle bringt zB wenn die Mutation ein Gen betrifft, welches für die Aktivierung von Abwehrzellen wichtig ist, und in der mutierten Form nicht mehr funktioniert. Somit kann sich der Tumorsubklon vermehren und wird nicht vom körpereigenen Immunsystem eliminiert. Tumorzellen können verschiedene Mechanismen nutzen, um sich vor einer Erkennung durch Immunzellen zu schützen. Dies können sie entweder durch sich verstecken vor dem Immunsystem oder durch Unterdrückung der Immunzellen erreichen. Tumorklone, die so einen Mechanismus erfolgreich einsetzen, haben einen evolutionären Vorteil gegenüber den anderen Tumorzellen. Es wird sich dieser Tumorklon vermehren, der es schafft sich optimal gegen das Abtöten durch Immunzellen zu wehren. Eine Veränderung der Zusammensetzung der Tumorklone spiegelt sich somit auch in der Immunantwort wieder, welche für das Auswachsen bestimmter Klone verantwortlich ist. In diesem Projekt wird diese klonale Tumor Evolution und die Veränderungen der Immunzellen (im Besonderen der T- Zellen) erforscht. Es soll untersucht werden, wie das Stilllegen und das Entkommen der Immunantwort funktioniert und welche Eigenschaften von Tumorzellen für den Einfluss auf T- Zellen verantwortlich sind. Mit diesem Wissen können neue Ansatzpunkte, die auf die Sichtbarmachung des Tumors oder Aktivierung der T-Zellen abzielen, für eine Behandlung gewonnen werden.

Immunoediting beschreibt die dynamische Interaktion zwischen Krebszellen und dem Immunsystem, bei dem Krebszellen letztendlich die körpereigene Immunabwehr überlisten, die Immunzellen - vor allem T-Zellen - stilllegen und ungehindert auswachsen können. Obwohl Immune-Checkpoint Therapien das Immunsystem bei manchen Krebsarten erfolgreich reaktivieren können und somit Patienten in Remission bringen, sprechen viele Krebsarten, darunter auch die chronisch lymphatische Leukämie (CLL), nicht darauf an. Für verbesserte Therapien ist es wichtig zu verstehen, warum sich in vielen Fällen das Immunsystem nicht, zum Zweck der Krebsabwehr, reaktivieren lässt. Mit Hilfe des gegenständlichen Forschungsprojekts konnten wir uns dieser Frage eingehend widmen. So konnten wir mit Hilfe entsprechender Mausmodelle zeigen, dass nach der Entwicklung einer CLL auch die nicht-CLL-spezifischen T-Zellen stillgelegt wurden, was von der Anwesenheit (tumor-)antigenspezifischer T-Zellen abhängig ist. Transkriptomanalysen bestätigten den Erschöpfungsphänotyp von nicht-CLL-spezifischen T-Zellen in diesem Modell. Unsere Ergebnisse deuten darauf hin, dass im CLL-Mausmodell ein erheblicher Teil der nicht-CLL-spezifischen T-Zellen während des Krankheitsverlaufs durch einen Bystander-Effekt erschöpft wird. In diesem Zusammenhang konnten wir mittels kombiniertem Amplicon/Antikörper/scRNAseq Methoden die T-Zell Veränderungen die sich im Zuge der CLL Erkrankung in Abhängigkeit des klinischen Verlaufs manifestieren, auf Einzelzellebene in Bezug auf Klonalität und Genexpression charakterisieren. Weiters konnten wir im Zuge des Projekts zeigen, dass der Antigenrezeptor - das heißt die Spezifität - der CLL Zellen, den Schweregrad der Krankheit sowie damit verbundene Lymphadenopathien beeinflusst und, dass eine gesteigerte mTor vermittelte Signalkaskade mit Therapieresistenz der CLL verbunden sein kann. Letztendlich erlaubte die Förderung auch die Etablierung mehrerer bioinformatischer Auswerteplattformen. Dadurch konnten 1) die Mikroumgebung des Tumors und 2) der Tumor-Immun-Interaktion beziehungsweise der 3) klonalen Tumorevolution mittels bildgebender Einzelzell-Massenzytometrie und verschiedenen Einzellzell-DNA/RNA-Sequenziermethoden (NGS) untersucht werden. Die aus dem Projekt gewonnenen Erkenntnisse haben wichtige Auswirkungen auf das Verständnis des Immunoeditings und die Weiterentwicklung von Immuntherapien als vielversprechende Krebstherapie für Patienten.

Forschungsstätte(n)
  • SCRI-LIMCR GmbH (Salzburg Cancer Research Institute) - 100%
Nationale Projektbeteiligte
  • Roland Geisberger, Gemeinnützige Salzburger Landeskliniken Betriebsgesellschaft mbH , nationale:r Kooperationspartner:in
  • Alexander Egle, SCRI-LIMCR GmbH (Salzburg Cancer Research Institute) , nationale:r Kooperationspartner:in
  • Richard Greil, SCRI-LIMCR GmbH (Salzburg Cancer Research Institute) , nationale:r Kooperationspartner:in
Internationale Projektbeteiligte
  • Daniel Hebenstreit, University of Warwick - Vereinigtes Königreich

Research Output

  • 153 Zitationen
  • 12 Publikationen
  • 6 Datasets & Models
  • 1 Medizinische Produkte
  • 3 Weitere Förderungen
Publikationen
  • 2024
    Titel Combined DNA Analysis from Stool and Blood Samples Improves Tumor Tracking and Assessment of Clonal Heterogeneity in Localized Rectal Cancer Patients.
    DOI 10.1177/15330338241252706
    Typ Journal Article
    Autor Gassner Fj
    Journal Technology in cancer research & treatment
    Seiten 15330338241252706
  • 2025
    Titel C to U RNA editing of MFN1 is regulated by ADARB1 and associates with favourable prognosis in chronic lymphocytic leukemia.
    DOI 10.1038/s41598-025-15666-6
    Typ Journal Article
    Autor Gassner Fj
    Journal Scientific reports
    Seiten 29856
  • 2021
    Titel Evidence for Non-Cancer-Specific T Cell Exhaustion in the Tcl1 Mouse Model for Chronic Lymphocytic Leukemia
    DOI 10.3390/ijms22136648
    Typ Journal Article
    Autor Parigger T
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 6648
    Link Publikation
  • 2021
    Titel AID Contributes to Accelerated Disease Progression in the TCL1 Mouse Transplant Model for CLL
    DOI 10.3390/cancers13112619
    Typ Journal Article
    Autor Schubert M
    Journal Cancers
    Seiten 2619
    Link Publikation
  • 2021
    Titel CAR T-Cell Therapy in Hematological Malignancies
    DOI 10.3390/ijms22168996
    Typ Journal Article
    Autor Haslauer T
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 8996
    Link Publikation
  • 2021
    Titel A POLE Splice Site Deletion Detected in a Patient with Biclonal CLL and Prostate Cancer: A Case Report
    DOI 10.3390/ijms22179410
    Typ Journal Article
    Autor Steiner M
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 9410
    Link Publikation
  • 2021
    Titel miRNA-Based Therapeutics in the Era of Immune-Checkpoint Inhibitors
    DOI 10.3390/ph14020089
    Typ Journal Article
    Autor Huemer F
    Journal Pharmaceuticals
    Seiten 89
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Detecting Bacterial–Human Lateral Gene Transfer in Chronic Lymphocytic Leukemia
    DOI 10.3390/ijms23031094
    Typ Journal Article
    Autor Akimova E
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 1094
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Validation of genetic variants from NGS data using Deep Convolutional Neural Networks
    DOI 10.1101/2022.04.12.488021
    Typ Preprint
    Autor Vaisband M
    Seiten 2022.04.12.488021
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Validation of genetic variants from NGS data using deep convolutional neural networks.
    DOI 10.1186/s12859-023-05255-7
    Typ Journal Article
    Autor Schubert M
    Journal BMC bioinformatics
    Seiten 158
  • 2021
    Titel Immune editing and oncogenic signaling convey treatment resistance in chronic lymphocytic leukemia
    Typ PhD Thesis
    Autor Thomas Parigger
  • 2022
    Titel Tumour heterogeneity and immune skewing in chronic lymphocytic leukaemia
    Typ Postdoctoral Thesis
    Autor Zaborsky, Nadja
Datasets & Models
  • 2023 Link
    Titel Validation of genetic variants from NGS data using deep convolutional neural networks
    DOI 10.1186/s12859-023-05255-7
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2023 Link
    Titel Deep Convolutional Neural Networks - genetic variant analysis
    DOI 10.1186/s12859-023-05255-7
    Typ Computer model/algorithm
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Evidence for Non-Cancer-Specific T Cell Exhaustion in the Tcl1 Mouse Model for Chronic Lymphocytic Leukemia
    DOI 10.3390/ijms22136648
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel Oncogenic MTOR Signaling Axis Compensates BTK Inhibition in a Chronic Lymphocytic Leukemia Patient with Richter Transformation
    DOI 10.1159/000537791
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel sj-xlsx-1-tct-10.1177_15330338241252706 - Supplemental material for Combined DNA Analysis from Stool and Blood Samples Improves Tumor Tracking and Assessment of Clonal Heterogeneity in Localized Rectal Cancer Patients
    DOI 10.25384/sage.25868489
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel sj-xlsx-2-tct-10.1177_15330338241252706 - Supplemental material for Combined DNA Analysis from Stool and Blood Samples Improves Tumor Tracking and Assessment of Clonal Heterogeneity in Localized Rectal Cancer Patients
    DOI 10.25384/sage.25868492
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Medizinische Produkte
  • 2024 Link
    Titel Combined DNA Analysis from Stool and Blood Samples Improves Tumor Tracking and Assessment of Clonal Heterogeneity in Localized Rectal Cancer Patients
    Typ Diagnostic Tool - Non-Imaging
    Link Link
Weitere Förderungen
  • 2024
    Titel Smart Specialization Center, Immuno-oncology Strategies; Immuno-editing in cancer: Developing novel approaches to guide immune surveillance and immune escape
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2024
    Geldgeber Salzburg State
  • 2020
    Titel Studying CLL-immune interactions
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2020
    Geldgeber Austrian Science Fund (FWF)
  • 2020
    Titel Smart Specialization Center, Immuno-oncology Strategies; Immuno-editing in cancer: Developing novel approaches to guide immune surveillance and immune escape
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2020
    Geldgeber Salzburg State

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