Persistente Homologie fuer mehrere Parameter
Multi-parameter Persistent Homology
Wissenschaftsdisziplinen
Informatik (45%); Mathematik (55%)
Keywords
-
Persistent Homology,
Topological Data Analysis,
Representation Theory,
Algorithm engineering,
Computational Topology
Eine große Herausforderung der heutigen Zeit ist die Untersuchung von komplexen Daten, deren Inhalt oftmals im Verborgenen liegt. Stellen Sie sich zum Beispiel vor, Sie haben eine Gruppe von Corona-Infizierten und wissen, ob und wie lange je zwei Infizierte Kontakt zueinander hatten. Zur Nachverfolgung der Infektionen wollen Sie nun Cluster von Infizierten bilden. Dafür könnten Sie z.B. sagen, dass zwei Personen im gleichen Cluster sind, falls sie mindestens 10 Minuten Kontakt hatten. Allerdings könnte sich das Ergebnis deutlich unterscheiden, wenn Sie statt 10 Minuten 20 oder auch nur 5 Minuten als Mindestkontaktzeit nehmen. Die Kontaktzeit ist ein Beispiel für einen Parameter: ein Wert, welcher das Gesamtergebnis beeinflusst und welchen wir frei wählen können. Es ist sinnvoll, alle möglichen Parameterwerte in Betracht zu ziehen und zu untersuchen, wie sich die Cluster verändern, wenn man den Parameter ändert. Anstatt Cluster zu bilden, können wir auch andere Eigenschaften untersuchen, zum Beispiel das Vorkommen von "Löchern" in den Daten. Die persistente Homologie ist eine mathematische Theorie, die untersucht, wie sich topologische Eigenschaften (z.B. Cluster oder Löcher) ändern, wenn sich der Parameter ändert. Bei der Untersuchung von Daten ist man jedoch nicht auf einen einzelnen Parameter beschänkt. Um im Beispiel zu bleiben, kann man vielleicht weitere Rückschlüsse aus den Daten herauslesen, wenn man nur symptomatische oder schwer erkrankte Personen in Betracht zieht. Wir haben nun also zwei Parameter: Schwere der Erkrankung und Dauer des Kontaktes, und bekommen für jede Wahl andere Cluster. Auch hier stellt sich die Frage, wie sich diese Cluster entwickeln, wenn wir die Parameter ändern. Diese Erweiterung nennt sich persistente Homologie mit mehreren Parametern. Beim Übergang von einem auf mehrere Parameter entsteht ein Problem: Die mathematische Beschreibung des Analyseobjektes (im Beispiel oben: die Gesamtheit aller Cluster über alle Wahlen von Kontaktzeiten und Schwere der Erkrankung) erlaubt keine einfache Darstellung, was die Interpretation erschwert. Dennoch wurden in den letzten Jahren einige Durchbrüche erzielt, die eine Untersuchung von Daten mit mehreren Parametern in Aussicht stellen. Oftmals beschränken sich diese Arbeiten jedoch auf eine rein mathematische Sichtweise und vernachlässigen den Aspekt der praktischen Durchführbarkeit auf einem Computer. Das Ziel dieses Projektes ist die Entwicklung von Werkzeugen (d.h. Computerprogrammen), um diese Multiparameteruntersuchung auf großen Datensätzen durchführen zu können. Dafür wird neben der Erstellung und Implementierung schneller Algorithmen auch die mathematische Struktur der untersuchten Objekte eine Rolle spielen. Wir erwarten, dass die Ergebnisse des Projektes Verwendung in der anwendungsorientierten Forschung finden werden.
Eine grosse Herausforderung der heutigen Zeit ist die Untersuchung von komplexen Daten, deren Inhalt oftmals im Verborgenen liegt. Stellen Sie sich zum Beispiel vor, Sie haben eine Gruppe von Corona-Infizierten und wissen ob und wie lange je zwei Infizierte Kontakt zueinander hatten. Zur Nachverfolgung der Infektionen wollen Sie nun Cluster von Infizierten bilden. Dafuer koennten Sie z.B. sagen, dass zwei Personen im gleichen Cluster sind, falls sie mindestens 10 Minuten Kontakt hatten. Allerdings koennte sich das Ergebnis deutlich unterscheiden, wenn Sie statt 10 Minuten 20 oder auch nur 5 Minuten als Mindestkontaktzeit nehmen. Die Kontaktzeit ist ein Beispiel fuer einen Parameter: ein Wert, welcher das Gesamtergebnis beeinflusst, und welchen wir frei waehlen koennen. Es ist sinnvoll, alle moeglichen Parameterwerte in Betracht zu ziehen und zu untersuchen, wie sich die Cluster veraendern, wenn man den Parameter aendert. Anstatt Cluster zu bilden, koennen wir auch andere Eigenschaften untersuchen, zum Beispiel das Vorkommen von "Lochern" in den Daten. Die persistente Homologie ist eine mathematische Theorie, die untersucht, wie sich topologische Eigenschaften (z.B. Cluster oder Loecher) aendern, wenn sich der Parameter aendert. Bei der Untersuchung von Daten ist man jedoch nicht auf einen einzelnen Parameter beschraenkt. Um im Beispiel zu bleiben kann man vielleicht weitere Ruckschluessen aus den Daten herauslesen, wenn man nur symptomatische oder schwer erkrankte Personen in Betracht zieht. Wir haben nun also zwei Parameter: Schwere der Erkrankung und Dauer des Kontaktes und bekommen fuer jede Wahl andere Cluster. Auch hier stellt sich die Frage, wie sich diese Cluster entwickeln, wenn wir die Parameter aendern. Diese Erweiterung nennt sich persistente Homologie mit mehreren Parametern. Beim Uebergang von einem auf mehrere Parameter entsteht ein Problem: die mathematische Beschreibung des Analyseobjekts (im Beispiel oben: die Gesamtheit aller Cluster ueber allen Wahlen von Kontaktzeiten und Schwere der Erkrankung) erlaubt keine einfache Darstellung, was die Interpretation erschwert. Dennoch wurden in den letzten Jahren einige Durchbrueche erzielt, die eine Untersuchung von Daten mit mehreren Parametern in Aussicht stellen. Oftmals beschraenken sich diese Arbeiten jedoch auf eine rein mathematische Sichtweise und vernachlaessigen den Aspekt der praktischen Durchfuehrbarkeit auf einem Computer. Dieses Projektes entwickelte eine neue Generation von Werkzeugen (d.h. Computerprogrammen), um diese Multiparameteruntersuchung auf grossen Datensatzen durchfuehren zu koennen. Dafuer hat neben der Erstellung und Implementierung schneller Algorithmen auch die mathematische Struktur der untersuchten Objekte eine Rolle gespielt. Wir erwarten, dass die Ergebnisse des Projekts Verwendung in der answendungsorientierten Forschung finden werden.
- Technische Universität Graz - 100%
- Herbert Edelsbrunner, Institute of Science and Technology Austria - ISTA , nationale:r Kooperationspartner:in
- Peter Grabner, Technische Universität Graz , nationale:r Kooperationspartner:in
- Robert Tichy, Technische Universität Graz , nationale:r Kooperationspartner:in
- Jean-Daniel Boissonnat, INRIA Sophia Antipolis - Frankreich
- Siddharth Pritam, Inria - Frankreich
- Claudia Landi, Universita di Modena e Reggio Emilia - Italien
- Emerson Escolar, RIKEN Center for Advanced Intelligence Project - Japan
- Tamal Dey, Purdue University - Vereinigte Staaten von Amerika
- Michael Lesnick, SUNY Albany - Vereinigte Staaten von Amerika
- Matthew Wright, University of Minnesota - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 24 Zitationen
- 35 Publikationen
- 4 Datasets & Models
- 4 Software
- 3 Wissenschaftliche Auszeichnungen
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2025
Titel Persistent Cosheaved Spaces: Foundations, Algorithms, and Applications in Topological Data Analysis Typ PhD Thesis Autor Florian Russold Link Publikation -
2025
Titel Computation and structure of bifiltrations in multiparameter persistence Typ PhD Thesis Autor Angel Alonso Link Publikation -
2025
Titel Decomposing Multiparameter Persistence Modules DOI 10.4230/lipics.socg.2025.41 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Dey T Konferenz LIPIcs, Volume 332, SoCG 2025 Seiten 41:1 - 41:19 Link Publikation -
2025
Titel A Sparse Multicover Bifiltration of Linear Size DOI 10.4230/lipics.socg.2025.6 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Alonso � Konferenz LIPIcs, Volume 332, SoCG 2025 Seiten 6:1 - 6:18 Link Publikation -
2025
Titel Decomposition of Zero-Dimensional Persistence Modules via Rooted Subsets. DOI 10.1007/s00454-024-00700-7 Typ Journal Article Autor Alonso Áj Journal Discrete & computational geometry Seiten 818-838 -
2024
Titel Decomposing the Persistent Homology Transform of Star-Shaped Objects DOI 10.48550/arxiv.2408.14995 Typ Preprint Autor Arya S Link Publikation -
2024
Titel Graphcode: Learning from multiparameter persistent homology using graph neural networks DOI 10.52202/079017-1300 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Kerber M Seiten 41103-41131 -
2024
Titel Sparse Higher Order Čech Filtrations DOI 10.1145/3666085 Typ Journal Article Autor B Dornelas B Journal Journal of the ACM -
2025
Titel Decomposing Multiparameter Persistence Modules DOI 10.48550/arxiv.2504.08119 Typ Preprint Autor Dey T Link Publikation -
2025
Titel Tight quasi-universality of Reeb graph distances. DOI 10.1007/s41468-025-00203-1 Typ Journal Article Autor Bauer U Journal Journal of applied and computational topology Seiten 7 -
2025
Titel Expected Complexity of Barcode Reduction. DOI 10.1007/s41468-025-00218-8 Typ Journal Article Autor Giunti B Journal Journal of applied and computational topology Seiten 29 -
2024
Titel On the scanning map and the space of smooth complex projective hypersurfaces DOI 10.1093/qmath/haae056 Typ Journal Article Autor Alonso Á Journal The Quarterly Journal of Mathematics -
2024
Titel Delaunay Bifiltrations of Functions on Point Clouds; In: Proceedings of the 2024 Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA) DOI 10.1137/1.9781611977912.173 Typ Book Chapter Verlag Society for Industrial and Applied Mathematics -
2024
Titel Probabilistic Analysis of Multiparameter Persistence Decompositions into Intervals DOI 10.4230/lipics.socg.2024.6 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Alonso � Konferenz LIPIcs, Volume 293, SoCG 2024 Seiten 6:1 - 6:19 Link Publikation -
2022
Titel Average Complexity of Matrix Reduction for Clique Filtrations DOI 10.1145/3476446.3535474 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Giunti B Seiten 187-196 Link Publikation -
2022
Titel A Unified View on the Functorial Nerve Theorem and its Variations DOI 10.48550/arxiv.2203.03571 Typ Preprint Autor Bauer U -
2021
Titel Tight quasi-universality of Reeb graph distances DOI 10.48550/arxiv.2112.00720 Typ Preprint Autor Bauer U -
2022
Titel Keeping it sparse: Computing Persistent Homology revisited DOI 10.48550/arxiv.2211.09075 Typ Preprint Autor Bauer U -
2021
Titel Compression for 2-Parameter Persistent Homology DOI 10.48550/arxiv.2107.10924 Typ Preprint Autor Fugacci U -
2023
Titel Abelian and model structures on tame functors DOI 10.48550/arxiv.2301.04079 Typ Preprint Autor Chachólski W Link Publikation -
2023
Titel Sparse Higher Order Čech Filtrations DOI 10.48550/arxiv.2303.06666 Typ Preprint Autor Buchet M Link Publikation -
2023
Titel The Localized Union-of-Balls Bifiltration DOI 10.48550/arxiv.2303.07002 Typ Preprint Autor Kerber M Link Publikation -
2021
Titel $\ell^p$-Distances on Multiparameter Persistence Modules DOI 10.48550/arxiv.2106.13589 Typ Preprint Autor Bjerkevik H Link Publikation -
2021
Titel Asymptotic Improvements on the Exact Matching Distance for 2-parameter Persistence DOI 10.48550/arxiv.2111.10303 Typ Preprint Autor Bjerkevik H Link Publikation -
2023
Titel A unified view on the functorial nerve theorem and its variations DOI 10.1016/j.exmath.2023.04.005 Typ Journal Article Autor Bauer U Journal Expositiones Mathematicae -
2023
Titel Asymptotic improvements on the exact matching distance for $2$-parameter persistence DOI 10.20382/jocg.v14i1a12 Typ Journal Article Autor Bjerkevik H Journal Journal of Computational Geometry Link Publikation -
2023
Titel The Localized Union-Of-Balls Bifiltration DOI 10.4230/lipics.socg.2023.45 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Kerber M Konferenz LIPIcs, Volume 258, SoCG 2023 Seiten 45:1 - 45:19 Link Publikation -
2023
Titel Sparse Higher Order Čech Filtrations DOI 10.4230/lipics.socg.2023.20 Typ Conference Proceeding Abstract Autor B. Dornelas B Konferenz LIPIcs, Volume 258, SoCG 2023 Seiten 20:1 - 20:17 Link Publikation -
2023
Titel Decomposing filtered chain complexes: Geometry behind barcoding algorithms DOI 10.1016/j.comgeo.2022.101938 Typ Journal Article Autor Chachólski W Journal Computational Geometry -
2023
Titel Compression for 2-parameter persistent homology DOI 10.1016/j.comgeo.2022.101940 Typ Journal Article Autor Fugacci U Journal Computational Geometry Link Publikation -
2023
Titel k-fold covers, sparsifications and simplicial collapses Typ PhD Thesis Autor Bianca Dornelas Link Publikation -
2023
Titel Filtration-Domination in Bifiltered Graphs; In: 2023 Proceedings of the Symposium on Algorithm Engineering and Experiments (ALENEX) DOI 10.1137/1.9781611977561.ch3 Typ Book Chapter Verlag Society for Industrial and Applied Mathematics -
2023
Titel Pruning vineyards: updating barcodes and representative cycles by removing simplices DOI 10.48550/arxiv.2312.03925 Typ Preprint Autor Giunti B Link Publikation -
2023
Titel Topological Data Analysis in smart manufacturing: State of the art and futuredirections DOI 10.48550/arxiv.2310.09319 Typ Other Autor Giunti B Link Publikation -
2022
Titel On interval decomposability of 2D persistence modules DOI 10.1016/j.comgeo.2022.101879 Typ Journal Article Autor Asashiba H Journal Computational Geometry Seiten 101879 Link Publikation
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2022
Link
Titel Benchmark Dataset for Compression for 2-Parameter Persistent Homology DOI 10.3217/xcs8c-hjm53 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link -
2025
Link
Titel Benchmark data sets of minimal presentations of 2-parameter persistence modules DOI 10.3217/rxedk-qyq77 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link -
2025
Link
Titel Aida benchmarks SoCG 2025 DOI 10.3217/ag750-fq560 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link -
2024
Link
Titel Benchmark datasets for Keeping it sparse: Computing Persistent Homology revisited DOI 10.3217/hht7z-8ek20 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich Link Link
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2025
Titel SoCG Best Student Paper Award Typ Research prize Bekanntheitsgrad Continental/International -
2023
Titel SoCG Best Paper Award Typ Research prize Bekanntheitsgrad Continental/International -
2022
Titel Distinguished Student Author Award of ISSAC 2022 Typ Research prize Bekanntheitsgrad Continental/International