Untersuchung von RNA-Ligand Bindungsspezifität mit FT-ICR-MS

Wechselwirkungen zwischen Ribonukleinsäuren (RNA) und verschiedenen Bindungspartnern (z. B. Proteinen oder Arzneimitteln) spielen in vielen biologischen Prozessen eine zentrale Rolle (z. B. in der Proteinbiosynthese und der Virusreplikation). Dementsprechend ist sowohl die RNA von Menschen als auch die von Viren ein vielversprechendes Ziel für die Entwicklung von Therapeutika gegen eine Vielzahl von Krankheiten. Ziel dieses Projekts ist es, besser zu verstehen, wie genau native Liganden und potenzielle Arzneimittel mit Ribonukleinsäuren interagieren, um Fortschritte in der RNA-Strukturbiologieforschung zu ermöglichen und die Entwicklung von Arzneimitteln zu fördern, die auf RNA abzielen. Um neue Erkenntnisse über die Erkennung und Bindung von Liganden and die RNA zu gewinnen, wird die Fourier- Transform Ionenzyklotron-Resonanz (FT-ICR) Massenspektrometrie (MS) eingesetzt werden. Anders als bei konventionellen Experimenten in Lösung können mit dieser Methode Bindungsstellen von RNA-Ligand Komplexen mit definierter Stöchiometrie (z. B. Komplexe bestehend aus einem RNA- und zwei Wirkstoff-Molekülen) bestimmt werden. Darüber hinaus werden wir Experimente durchführen, um die Lebensdauer von RNA-Ligand Komplexen mit unterschiedlichen Stöchiometrien zu untersuchen. Durch die Beobachtung des komplizierten Zusammenspiels von Stöchiometrie, Bindungsstellen und Lebenszeiten von RNA-Ligand Komplexen hoffen wir, bisher unbekannte Prinzipien der Wechselwirkung von Liganden mit RNA aufzudecken und die Spezifität von RNA-Ligand Wechselwirkungen besser zu verstehen.