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Den Ribosomencode der Chemotherapie-Resistenz knacken

Cracking the ribosome code of drug resistance in sarcomas

Eleni Marina Tomazou (ORCID: 0000-0002-7497-4567)
  • Grant-DOI 10.55776/TAI592
  • Förderprogramm 1000 Ideen
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.01.2022
  • Projektende 31.12.2024
  • Bewilligungssumme 150.214 €

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (30%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (70%)

Keywords

    Ribosome Code, Drug Resistance, Pediatric Sarcomas, Functional Screens, Cell Plasticity, Mrna Translation

Abstract

Die Resistenz gegen Medikamente ist die größte Herausforderung in der Krebstherapie. Sie tritt bei allen Krebsarten und allen Behandlungsmethoden auf. Das Verständnis der zugrundeliegenden Mechanismen, durch die Krebszellen dem Zelltod entgehen, ist wichtig für die Entwicklung wirksamer und nachhaltiger therapeutischer Maßnahmen. Mit diesem Projekt soll die selektive Proteintranslation als neuer Mechanismus der Resistenz gegen Chemotherapeutika nachgewiesen werden. Das Projekt basiert auf der Hypothese, dass Heterogenität in der Zusammensetzung der Ribosomen (der "Ribosomen-Code") die Translation auf zellspezifische Weise beeinflusst und es einigen Krebszellen ermöglicht, sich schnell an die Chemotherapie anzupassen, indem sie einen metastabilen Phänotyp der Medikamententoleranz erwerben. Das vorläufige Konzept eines "Ribosomen-Codes", der die Proteintranslation steuert, bezieht sich auf aktuelle Beobachtungen, die darauf hindeuten, dass Unterschiede in der ribosomalen Proteinzusammensetzung bestimmte Ribosomen dazu veranlassen, bevorzugt bestimmte Gengruppen zu regulieren. Wir gehen davon aus, dass die Kontrolle der Proteintranslation einen Regulierungsmechanismus darstellt, der es bestimmten Krebszellen ermöglicht, ihre Proteinexpression sehr schnell anzupassen und dadurch eine kurzfristige Medikamententoleranz zu erlangen. Konkret schlagen wir vor, dass die Heterogenität des Ribosomen-Codes eine ausreichende Vielfalt bietet, um sicherzustellen, dass zumindest einige Krebszellen innerhalb eines bestimmten Tumors in der Lage sind, den ersten Angriff zu überleben. Diese Reaktion ist möglicherweise nicht nachhaltig genug für eine langfristige Arzneimittelresistenz, aber sie ermöglicht es einer Untergruppe von Krebszellen, der Toxizität der Chemotherapie vorübergehend zu entgehen. Diese "arzneimitteltoleranten persistenten Zellen" schaffen ein Zeitfenster für die Entwicklung dauerhafterer Formen der Arzneimittelresistenz (z. B. durch Anhäufung genetischer Mutationen) bei längerer Arzneimittelexposition. Wir versuchen, die Existenz eines Ribosomen-Codes nachzuweisen (oder zu widerlegen), der eine kurzfristige Arzneimitteltoleranz verleiht, die einen kritischen ersten Schritt für die Entwicklung einer genetischen Arzneimittelresistenz, das Versagen der Chemotherapie und oft den Tod des Patienten darstellen kann. Sollte sich unsere Hypothese bestätigen, würde dies einen neuen Resistenzmechanismus begründen und neue therapeutische Strategien zur Verhinderung einer genetischen Arzneimittelresistenz durch gezieltes Angreifen der toleranzverleihenden Ribosomen eröffnen. In dieser Proof-of-Concept-Studie werden wir uns auf pädiatrische Sarkome konzentrieren, die fast immer mit Chemotherapie behandelt werden und im Vergleich zu anderen pädiatrischen Krebserkrankungen relativ schlechte Therapieergebnisse aufweisen. Mit einer Kombination aus CRISPR-Aktivierungsscreens und einer detaillierten Untersuchung durch Ribosomen-Footprinting werden wir Ribosomenproteine identifizieren, die die Arzneimitteltoleranz vorantreiben und die möglicherweise Arzneimittelziele für Kombinationstherapien bei pädiatrischen Sarkomen darstellen. Dies ermöglicht eine funktionelle Verknüpfung der Ribosomenzusammensetzung mit der bevorzugten Translation von mRNAs, die für die Arzneimitteltoleranz relevant sind. Zusammenfassend verspricht dieses Projekt, die Translationskontrolle als Mechanismus der Arzneimitteltoleranz zu untersuchen und grundlegende biologische Mechanismen zu entschlüsseln. Gleichzeitig hat es ein hohes therapeutisches Potenzial, da es Kombinationstherapien aufzeigen kann, die auf den Ribosomencode ausgerichtet sind.

Forschungsstätte(n)
  • St. Anna Kinderkrebsforschung GmbH - 100%

Research Output

  • 10 Zitationen
  • 6 Publikationen
  • 1 Datasets & Models
  • 3 Weitere Förderungen
Publikationen
  • 2024
    Titel Multimodal learning of transcriptomes and text enables interactive single-cell RNA-seq data exploration with natural-language chats
    DOI 10.1101/2024.10.15.618501
    Typ Preprint
    Autor Peneder P
  • 2025
    Titel Integrative Machine Learning Approaches for Multimodal Biomedical Data: From Cell-Free DNA Fragments to Single-Cell Transcriptomes
    Typ PhD Thesis
    Autor Peter Peneder
  • 2023
    Titel Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis.
    DOI 10.1038/s41467-023-39210-0
    Typ Journal Article
    Autor Esser-Skala W
    Journal Nature communications
    Seiten 3620
  • 2022
    Titel High-content drug screening in zebrafish xenografts reveals high efficacy of dual MCL-1/BCL-XL inhibition against Ewing sarcoma
    DOI 10.1016/j.canlet.2022.216028
    Typ Journal Article
    Autor Grissenberger S
    Journal Cancer Letters
    Seiten 216028
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Chapter 31 Epigenetic heterogeneity in primary bone cancers
    DOI 10.1016/b978-0-12-821666-8.00039-6
    Typ Book Chapter
    Autor Peneder P
    Verlag Elsevier
    Seiten 431-445
  • 2022
    Titel LIQUORICE: detection of epigenetic signatures in liquid biopsies based on whole-genome sequencing data.
    DOI 10.1093/bioadv/vbac017
    Typ Journal Article
    Autor Bock C
    Journal Bioinformatics advances
Datasets & Models
  • 2023 Link
    Titel Supporting data for "Dissecting the cellular architecture of neuroblastoma bone marrow metastasis using single-cell transcriptomics and epigenomics unravels the role of monocytes at the metastatic niche"
    DOI 10.5281/zenodo.7707614
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Weitere Förderungen
  • 2022
    Titel Cracking the ribosome code of drug resistance in sarcomas
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2022
    Geldgeber Austrian Science Fund (FWF)
  • 2024
    Titel HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF EngineeringSARCOMAs
    Typ Fellowship
    Förderbeginn 2024
    Geldgeber Marie Sklodowska-Curie Actions
  • 2023
    Titel ERC-2022-CoG SARCOMAkids
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2023
    Geldgeber European Research Council (ERC)

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