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Ewing-Sarkom - eine Enhancer-gesteuerte Krankheit?

Ewing sarcoma – an enhancer disease?

Eleni Marina Tomazou (ORCID: 0000-0002-7497-4567)
  • Grant-DOI 10.55776/V506
  • Förderprogramm Elise Richter
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.04.2016
  • Projektende 31.01.2021
  • Bewilligungssumme 356.202 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Informatik (20%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (80%)

Keywords

    Epigenomics, Cancer Epigenetics, Ewing sarcoma, Enhancers

Abstract Endbericht

Krebs ist eine der häufigsten Todesursachen für Kinder in Österreich. Fortschritte in der Forschung und Therapie haben die Überlebensrate von krebskranken Kindern zwar auf 80% und mehr erhöht. Allerdings gibt es eine Reihe von seltenen Krebsarten, die sehr aggressiv sind und für die es keine vielversprechenden Therapien gibt. Die Entdeckung von epigenetischen Defekten in einigen dieser Krebsarten das sind Veränderungen in der Art, wie die DNA in einer Zelle verpackt ist bietet interessante neue Ansatzpunkte für die Krebsforschung. Denn epigenetische Defekte können mit geeigneten epigenetischen Medikamenten zumindest theoretisch rückgängig gemacht werden. In unserer Forschung konnten wir zeigen, dass Krebszellen des Ewing-Sarkoms viele epigenetische Defekte haben und insbesondere die sogenannten Enhancer betroffen sind, welche die Aktivität von Genen steuern. In diesem Projekt werden wir daher überprüfen, ob das Ewing-Sarkom eine Enhancer- Krankheit ist. Diese Forschungen tragen zu unserem Verständnis von Krebs bei und können mittelfristig die Entwicklung epigenetischer Therapien für schwer zu behandelnde Krebsarten bei Kindern voranbringen. Das Forschungsprojekt Ewing-Sarkom - eine Enhancer-gesteuerte Krankheit? wird in der Arbeitsgruppe von Professor Heinrich Kovar im CCRI Forschungsinstitut (St. Anna Kinderkrebsforschung) in Wien durchgeführt werden. Das CCRI ist das führende Zentrum für die Kinderkrebsforschung in Österreich und mit der Medizinischen Universität Wien assoziiert. Die geplanten Forschungsarbeiten umfassen Kooperationen mit führenden Krebsforschern in Österreich, Frankreich und Großbritannien.

Krebs ist eine der häufigsten Todesursachen für Kinder in Österreich. Fortschritte in der Forschung und Therapie haben die Überlebensrate von krebskranken Kindern zwar auf 80% und mehr erhöht. Allerdings gibt es eine Reihe von seltenen Krebsarten, die sehr aggressiv sind und für die es keine vielversprechenden Therapien gibt. Die Entdeckung von epigenetischen Defekten in einigen dieser Krebsarten (als "epigenetisch" bezeichnen wir Veränderungen in der Art, wie die DNA in einer Zelle verpackt ist) bietet interessante neue Ansatzpunkte für die Krebsforschung. Denn epigenetische Defekte können mit geeigneten epigenetischen Medikamenten zumindest theoretisch rückgängig gemacht werden. In unserer Forschung konnten wir zeigen, dass Krebszellen des Ewing-Sarkoms viele epigenetische Defekte haben und insbesondere die sogenannten Enhancer betroffen sind - das sind genomische Regionen, die die Aktivität von Genen steuern. In diesem Projekt haben wir daher untersucht, ob das Ewing-Sarkom als eine Krankheit falsch regulierter Enhancer betrachtet werden sollte. Diese Forschungen tragen zu unserem Verständnis von Krebs bei und können mittelfristig die Entwicklung epigenetischer Therapien für schwer zu behandelnde Krebsarten bei Kindern voranbringen. Das Forschungsprojekt "Ewing-Sarkom - eine Enhancer-gesteuerte Krankheit?" wurde in der Arbeitsgruppe von Eleni Tomazou im CCRI Forschungsinstitut (St. Anna Kinderkrebsforschung) in Wien durchgeführt. Das CCRI ist das führende Zentrum für die Kinderkrebsforschung in Österreich und mit der Medizinischen Universität Wien assoziiert. Die Forschungsarbeiten umfassten Kooperationen mit führenden Krebsforschern in Österreich, Frankreich, Deutschland und Großbritannien.

Forschungsstätte(n)
  • St. Anna Kinderkrebsforschung GmbH - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Olivier Delattre, Institut Curie - Frankreich
  • Stephan Beck, University College London - Vereinigtes Königreich

Research Output

  • 1450 Zitationen
  • 13 Publikationen
  • 1 Künstlerischer Output
  • 1 Datasets & Models
  • 1 Disseminationen
  • 3 Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 8 Weitere Förderungen
Publikationen
  • 2021
    Titel Seeking commonalities in fusion proteins of NUP98.
    DOI 10.1038/s41594-021-00558-w
    Typ Journal Article
    Autor Slape Ci
    Journal Nature structural & molecular biology
    Seiten 123-124
  • 2021
    Titel Multimodal analysis of cell-free DNA whole-genome sequencing for pediatric cancers with low mutational burden
    DOI 10.5167/uzh-212397
    Typ Other
    Autor Peneder
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Multimodal analysis of cell-free DNA whole-genome sequencing for pediatric cancers with low mutational burden
    DOI 10.1038/s41467-021-23445-w
    Typ Journal Article
    Autor Peneder P
    Journal Nature Communications
    Seiten 3230
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Biomolecular condensation of NUP98 fusion proteins drives leukemogenic gene expression
    DOI 10.1038/s41594-020-00550-w
    Typ Journal Article
    Autor Terlecki-Zaniewicz S
    Journal Nature Structural & Molecular Biology
    Seiten 190-201
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Chapter 31 Epigenetic heterogeneity in primary bone cancers
    DOI 10.1016/b978-0-12-821666-8.00039-6
    Typ Book Chapter
    Autor Peneder P
    Verlag Elsevier
    Seiten 431-445
  • 2022
    Titel High-content drug screening in zebrafish xenografts reveals high efficacy of dual MCL-1/BCL-XL inhibition against Ewing sarcoma
    DOI 10.1016/j.canlet.2022.216028
    Typ Journal Article
    Autor Grissenberger S
    Journal Cancer Letters
    Seiten 216028
    Link Publikation
  • 2019
    Titel EWS–FLI1 modulated alternative splicing of ARID1A reveals novel oncogenic function through the BAF complex
    DOI 10.1093/nar/gkz699
    Typ Journal Article
    Autor Selvanathan S
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 9619-9636
    Link Publikation
  • 2016
    Titel High-throughput RNAi screen in Ewing sarcoma cells identifies leucine rich repeats and WD repeat domain containing 1 (LRWD1) as a regulator of EWS-FLI1 driven cell viability
    DOI 10.1016/j.gene.2016.10.021
    Typ Journal Article
    Autor He T
    Journal Gene
    Seiten 137-146
  • 2018
    Titel Ewing sarcoma
    DOI 10.1038/s41572-018-0003-x
    Typ Journal Article
    Autor Grünewald T
    Journal Nature Reviews Disease Primers
    Seiten 5
  • 2018
    Titel MIRA: an R package for DNA methylation-based inference of regulatory activity
    DOI 10.1093/bioinformatics/bty083
    Typ Journal Article
    Autor Lawson J
    Journal Bioinformatics
    Seiten 2649-2650
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Sarcoma treatment in the era of molecular medicine
    DOI 10.15252/emmm.201911131
    Typ Journal Article
    Autor Grünewald T
    Journal EMBO Molecular Medicine
    Link Publikation
  • 2017
    Titel DNA methylation heterogeneity defines a disease spectrum in Ewing sarcoma
    DOI 10.1038/nm.4273
    Typ Journal Article
    Autor Sheffield N
    Journal Nature Medicine
    Seiten 386-395
    Link Publikation
  • 2017
    Titel EWS-FLI1 perturbs MRTFB/YAP-1/TEAD target gene regulation inhibiting cytoskeletal autoregulatory feedback in Ewing sarcoma
    DOI 10.1038/onc.2017.202
    Typ Journal Article
    Autor Katschnig A
    Journal Oncogene
    Seiten 5995-6005
    Link Publikation
Künstlerischer Output
  • 2020 Link
    Titel Art4Science
    Typ Artwork
    Link Link
Datasets & Models
  • 2017 Link
    Titel Bulk genome wide profiling of Ewing sarcoma tumor tissues
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Disseminationen
  • 2018 Link
    Titel The Sohn Conference: Accelerating Translation of Pediatric Cancer Research
    Typ A talk or presentation
    Link Link
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2018
    Titel Sohn Conference: Accelerating Translation of Pediatric Cancer Research
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2018
    Titel Research award for best publication
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2017
    Titel German Sarcoma Conference Prize for best paper in the field of sarcoma tumors
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
Weitere Förderungen
  • 2024
    Titel HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF EngineeringSARCOMAs
    Typ Fellowship
    Förderbeginn 2024
  • 2023
    Titel ERC-2022-CoG SARCOMAkids
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2023
  • 2018
    Titel Austrian National Bank (OeNB) Jubilaeumsfonds
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2018
  • 2019
    Titel WWTF Life Sciences 2018
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2019
  • 2021
    Titel WWTF Life Sciences 2020
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2021
  • 2021
    Titel FWF
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2021
  • 2021
    Titel FWF
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2021
  • 2022
    Titel Cracking the ribosome code of drug resistance in sarcomas
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2022

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