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Immunologie unter dem Nanoskop

Immunology at a Nanoscopic View: A Single-Molecule Approach

Gerhard J. Schütz (ORCID: 0000-0003-1542-1089)
  • Grant-DOI 10.55776/Y250
  • Förderprogramm FWF-START-Preis
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.11.2004
  • Projektende 31.10.2012
  • Bewilligungssumme 1.200.000 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (50%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (50%)

Keywords

    Single Molecule Microscopy, Lipid Rafts, Immunological Synapse, T cell activation, Resolution, Protein-Protein Interaction

Abstract Endbericht

Gegenwärtig zielt wissenschaftliche Forschung in so gut wie allen Gebieten der Naturwissenschaften auf eine Erforschung des Nanokosmos - des Kollektivs von Strukturen mit Abmessungen zwischen 1 und 100nm - ab. Es existiert gegenwärtig ein großer Bedarf an Technologien, die den Zugang zu diesen Dimensionen ermöglichen, um im Nanokosmos strukturieren, manipulieren, oder mit hoher Auflösung messen zu können. In den Lebenswissenschaften weckt die Mannigfaltigkeit dieses Nanokosmos bei immer mehr WissenschafterInnen - aber auch bei Investoren mit langen Planungshorizonten - das Interesse am aufstrebenden Bereich der Nanobiotechnologie, also der Biotechnologie auf oder für die nanoskopische Dimension. Der erfolgreiche Projektantrag zielt darauf ab, Einzelmolekül-Mikroskopie als ein neues Werkzeug für das Studium von Nanostrukturen und molekularen Dynamiken in lebenden biologischen Zellen zu etablieren. Die Methode ist allgemein, auf eine Vielzahl von biologischen Systemen, anwendbar. Für das vorliegende Projekt fiel die Themenwahl auf einen brandaktuellen Bereich in der Immunologie, der Formierung der immunologischen Synapse zur T Zell Aktivierung. Die korrekte Formierung dieser stabilen Kontaktzone zwischen antigen-präsentierender Zelle und T Zelle stellt einen wichtigen Schritt in der Aktivierung unseres Immunsystems dar. Die Aktivierung von T Zellen hängt in kritischer Weise von der anhaltenden und aufeinander abgestimmten Interaktion von Liganden (i.e. die einen Partner einer molekularen Wechselwirkung) und Rezeptoren (i.e. die zweiten Partner dieser Wechselwirkung) auf den beiden gegenüberliegenden Zellen ab. Gegenwärtig müssen sich ForscherInnen allerdings auf kinetische Parameter verlassen, die in hochgradig artifiziellen Experimenten an aufgereinigten Substanzen (das sind Substanzen, die nicht im zellulären Milieu, sondern in hochreiner Form gelöst vorliegen) gewonnen wurden. In diesem Projekt werden neue Techniken der Einzelmolekül-Mikroskopie verwendet, um Interaktionen zwischen zwei verschiedenen Proteinen direkt im zellulären Kontext zu bestimmen. Darüber hinaus werden Substrukturen in der sich entwickelnden Synapse auf einer Größenskala von wenigen zehn Nanometern untersucht, wobei die hervorragende Positionsgenauigkeit der Methode ausgenutzt wird. Auf diesem Weg soll es gelingen, endlich die Rolle von Lipid-Domänen in der Aktivierung von T Zellen aufklären zu können. Bis jetzt gibt es viele Hinweise darauf, dass solche nanoskopischen Lipid-Plattformen für die korrekte T Zell-Aktivierung relevant sind. Wegen ihrer geringen Größe von wenigen Nanometern entzogen sie sich jedoch bislang einer direkten Beobachtung. Es ist faszinierend zu erkennen, dass bereits einige wenige Antigen-Moleküle die Ausbildung einer immunologischen Synapse bewirken können. Die extreme Empfindlichkeit der T Zell-Aktivierung lässt ultrasensitive Mikroskopie als die geeignete Methode erscheinen, um die dabei ablaufenden molekularen Re-Arrangements zu beobachten.

Hinter dem Titel meines Projektes Immunologie unter dem Nanoskop stand ein Wortspiel: Ich wollte klassische Mikroskopie welche aufgrund physikalischer Limitierungen nur für die Anwendungen auf einer Mikrometer-Skala oder darüber geeignet ist durch ein Verfahren ersetzen, welches durch die Beobachtung einzelner Moleküle auch in der Lage ist, auf der Nanometer-Skala Informationen zu gewinnen. Mittlerweile ist der englische Ausdruck Nanoscopy absolut üblich geworden, und die optische Abbildung auf einer Nanometer-Skala Stand der Forschung, zu der wir im Rahmen des Projektes auch maßgeblich beigetragen haben. In diesem Projekte ging es uns neben der Entwicklung der entsprechenden Mikroskopie-Methoden vor allem um deren Anwendung auf Fragen der Immunologie, speziell der antigen-spezifischen Aktivierung von CD4-positiven T-Zellen. Dazu bindet der T-Zell-Rezeptor das über MHCII präsentierte Antigen auf einer kontaktierten Antigen-präsentierenden Zelle (APZ). Uns gelang es gemeinsam mit unseren Partnern, diesen Zell-Zell Kontakt durch ein künstliches System nachzubauen, wobei die APZ durch eine künstliche Lipidmembran ersetzt wurde, welche mit den notwendigen aktivierenden Proteinen insbesondere antigen-beladenem MHCII ausgestattet wurde. Farbstoffmoleküle an den Proteinen ermöglichten es uns, gezielt den T-Zell-Rezeptor bei der Erkennung des Antigens zu beobachten. Dabei stellten wir fest, dass die Interaktionszeit drastisch verkürzt ist gegenüber bisherigen Annahmen; es zeigte sich, dass die Zelle an der Bindung zieht und somit die Zeitdauer des gebundenen Zustands verkürzt.Neben diesem zentralen Resultat des Projektes konnten noch zahlreiche weitere Erkenntnisse gewonnen werden. Vor allem beschäftigten wir uns mit der Untersuchung von Zellmembranstrukturen auf der Nanometerskala. Es gab Hinweise, dass sich Proteine und Lipide nicht frei in der Membran bewegen können, weil sie vom darunterliegenden Membranskelett behindert werden. Diese biophysikalisch höchst interessante Frage konnten wir durch eine spezielle Form der Mikroskopie mit extrem hoher Auflösung sowohl in der Zeit als auch im Ort klären: Beobachtungen einzelner lipidverankerter Proteine wiesen klar darauf hin, dass nur eine unwesentliche Beeinflussung von deren Beweglichkeit vorhanden sein kann. Spätere Messungen anderer Arbeitsgruppen bestätigten unsere Resultate.Darüber hinaus waren wir interessiert, ob lipid-mediierte Interaktionen von Proteinen in der Zellmembran existieren. Solche Effekte wurden im Rahmen der sogenannten Raft-Theorie aufgrund biochemischer Daten postuliert, jedoch konnten diese Strukturen nie beobachtet werden. Es wurde vermutet, dass sie entweder zu klein seien, zu kurzlebig, oder nicht vorhanden. Wir entwickelten eine Mikroskopiemethode basierend auf Einzelmolekülbeobachtungen, die speziell zur Lösung solcher Fragestellungen geeignet ist. Damit konnten wir nachweisen, dass Lipid-Plattformen in der Zellmembran existieren, welche allerdings sehr klein sind (<~20nm). Die Methode wurde in weiterer Folge für die Quantifizierung von lokalen Stöchiometrien in Proteinkomplexen verwendet.Zusammengefasst hat es das Start-Projekt ermöglicht, eine Vielzahl an maßgeschneiderten Einzelmolekül- Methoden zu entwickeln und auf das Studium von zentralen Membranprozessen anzuwenden.

Forschungsstätte(n)
  • Technische Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Motomu Tanaka, Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg - Deutschland
  • Mark M. Davis, Stanford University School of Medicine - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 2212 Zitationen
  • 47 Publikationen
Publikationen
  • 2017
    Titel HDL particles incorporate into lipid bilayers – a combined AFM and single molecule fluorescence microscopy study
    DOI 10.1038/s41598-017-15949-7
    Typ Journal Article
    Autor Plochberger B
    Journal Scientific Reports
    Seiten 15886
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Improved Ligand Discrimination by Force-Induced Unbinding of the T Cell Receptor from Peptide-MHC
    DOI 10.1016/j.bpj.2013.03.023
    Typ Journal Article
    Autor Klotzsch E
    Journal Biophysical Journal
    Seiten 1670-1675
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Single Molecule Measurements in Membranes.
    Typ Book
    Autor Brameshuber M
  • 2009
    Titel Cell-to-cell variability in the diffusion constants of the plasma membrane proteins CD59 and CD147
    DOI 10.1039/b902266j
    Typ Journal Article
    Autor Wieser S
    Journal Soft Matter
    Seiten 3287-3294
  • 2009
    Titel Genetically Encoded Förster Resonance Energy Transfer Sensors for the Conformation of the Src Family Kinase Lck
    DOI 10.4049/jimmunol.0802639
    Typ Journal Article
    Autor Paster W
    Journal The Journal of Immunology
    Seiten 2160-2167
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Reply to “Uncoupling diffusion and binding in FRAP experiments”
    DOI 10.1038/nmeth0309-183b
    Typ Journal Article
    Autor Brameshuber M
    Journal Nature Methods
    Seiten 183-184
  • 2009
    Titel Direct Observation and Quantitative Analysis of Lck Exchange between Plasma Membrane and Cytosol in Living T Cells*
    DOI 10.1074/jbc.m109.025981
    Typ Journal Article
    Autor Zimmermann L
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 6063-6070
    Link Publikation
  • 2008
    Titel How the sum of its parts gets greater than the whole
    DOI 10.1038/nmeth0208-133
    Typ Journal Article
    Autor Brameshuber M
    Journal Nature Methods
    Seiten 133-134
  • 2008
    Titel Different Types of Cell-to-Cell Connections Mediated by Nanotubular Structures
    DOI 10.1529/biophysj.108.131375
    Typ Journal Article
    Autor Veranic P
    Journal Biophysical Journal
    Seiten 4416-4425
    Link Publikation
  • 2008
    Titel High throughput FRET screening of the plasma membrane based on TIRFM
    DOI 10.1002/cyto.a.20551
    Typ Journal Article
    Autor Paar C
    Journal Cytometry Part A
    Seiten 442-450
  • 2008
    Titel Versatile Analysis of Single-Molecule Tracking Data by Comprehensive Testing against Monte Carlo Simulations
    DOI 10.1529/biophysj.108.141655
    Typ Journal Article
    Autor Wieser S
    Journal Biophysical Journal
    Seiten 5988-6001
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Micropatterning for quantitative analysis of protein-protein interactions in living cells
    DOI 10.1038/nmeth.1268
    Typ Journal Article
    Autor Schwarzenbacher M
    Journal Nature Methods
    Seiten 1053-1060
  • 2008
    Titel Plasma Membrane Fluidity Affects Transient Immobilization of Oxidized Phospholipids in Endocytotic Sites for Subsequent Uptake*
    DOI 10.1074/jbc.m807591200
    Typ Journal Article
    Autor Rhode S
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 2258-2265
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Single Molecule Microarray Analysis.
    Typ Book Chapter
    Autor Hesse J
  • 2008
    Titel Tracking single molecules in the live cell plasma membrane—Do’s and Don’t’s
    DOI 10.1016/j.ymeth.2008.06.010
    Typ Journal Article
    Autor Wieser S
    Journal Methods
    Seiten 131-140
  • 2008
    Titel Implementation of alternating excitation schemes in a biochip-reader for quasi-simultaneous multi-color single-molecule detection
    DOI 10.1016/j.bios.2008.02.019
    Typ Journal Article
    Autor Hesch C
    Journal Biosensors and Bioelectronics
    Seiten 1891-1895
  • 2007
    Titel Single-molecule microscopy reveals heterogeneous dynamics of lipid raft components upon TCR engagement
    DOI 10.1093/intimm/dxm032
    Typ Journal Article
    Autor Drbal K
    Journal International Immunology
    Seiten 675-684
    Link Publikation
  • 2007
    Titel Single molecule diffusion analysis on cellular nanotubules: Implications on plasma membrane structure below the diffraction limit
    DOI 10.1063/1.2822890
    Typ Journal Article
    Autor Wieser S
    Journal Applied Physics Letters
    Seiten 233901
    Link Publikation
  • 2007
    Titel Lateral diffusion of receptor-ligand bonds in membrane adhesion zones: Effect of thermal membrane roughness
    DOI 10.1209/0295-5075/78/38003
    Typ Journal Article
    Autor Krobath H
    Journal EPL (Europhysics Letters)
    Seiten 38003
    Link Publikation
  • 2007
    Titel Single molecule fluorescence microscopy for ultra-sensitive RNA expression profiling
    DOI 10.1117/12.700244
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Hesse J
  • 2007
    Titel (Un)Confined Diffusion of CD59 in the Plasma Membrane Determined by High-Resolution Single Molecule Microscopy
    DOI 10.1529/biophysj.106.095398
    Typ Journal Article
    Autor Wieser S
    Journal Biophysical Journal
    Seiten 3719-3728
    Link Publikation
  • 2007
    Titel Single Molecule Bioanalysis
    DOI 10.2174/157341207781369358
    Typ Journal Article
    Autor Jan Hesse
    Journal Current Pharmaceutical Analysis
    Seiten 186-194
  • 2006
    Titel RNA expression profiling at the single molecule level
    DOI 10.1101/gr.4999906
    Typ Journal Article
    Autor Hesse J
    Journal Genome Research
    Seiten 1041-1045
    Link Publikation
  • 2005
    Titel Thinning out clusters while conserving stoichiometry of labeling
    DOI 10.1063/1.2158031
    Typ Journal Article
    Autor Moertelmaier M
    Journal Applied Physics Letters
    Seiten 263903
  • 2012
    Titel Determination of Interaction Kinetics between the T Cell Receptor and Peptide-Loaded MHC Class II via Single-Molecule Diffusion Measurements
    DOI 10.1016/j.bpj.2012.06.019
    Typ Journal Article
    Autor Axmann M
    Journal Biophysical Journal
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Chapter nine Detection and Quantification of Biomolecular Association in Living Cells using Single-Molecule Microscopy
    DOI 10.1016/b978-0-12-388448-0.00017-6
    Typ Book Chapter
    Autor Brameshuber M
    Verlag Elsevier
    Seiten 159-186
  • 2012
    Titel Structure, Regulation and Biophysics of ICRAC, STIM/Orai1
    DOI 10.1007/978-94-007-2888-2_16
    Typ Book Chapter
    Autor Derler I
    Verlag Springer Nature
    Seiten 383-410
  • 2011
    Titel Membrane-Lipid Therapy in Operation: The HSP Co-Inducer BGP-15 Activates Stress Signal Transduction Pathways by Remodeling Plasma Membrane Rafts
    DOI 10.1371/journal.pone.0028818
    Typ Journal Article
    Autor Gombos I
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Cationic amphipathic peptides accumulate sialylated proteins and lipids in the plasma membrane of eukaryotic host cells
    DOI 10.1016/j.bbamem.2011.06.007
    Typ Journal Article
    Autor Weghuber J
    Journal Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes
    Seiten 2581-2590
    Link Publikation
  • 2011
    Titel What can we learn from single molecule trajectories?
    DOI 10.2174/138920311798841753
    Typ Journal Article
    Autor Ruprecht V
    Journal Current protein & peptide science
    Seiten 714-24
  • 2013
    Titel Expression analysis of multiple myeloma CD138 negative progenitor cells using single molecule microarray readout
    DOI 10.1016/j.jbiotec.2013.01.027
    Typ Journal Article
    Autor Jacak J
    Journal Journal of Biotechnology
    Seiten 525-530
    Link Publikation
  • 2010
    Titel TCR–peptide–MHC interactions in situ show accelerated kinetics and increased affinity
    DOI 10.1038/nature08746
    Typ Journal Article
    Autor Huppa J
    Journal Nature
    Seiten 963-967
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Cholesterol Slows down the Lateral Mobility of an Oxidized Phospholipid in a Supported Lipid Bilayer
    DOI 10.1021/la1026202
    Typ Journal Article
    Autor Plochberger B
    Journal Langmuir
    Seiten 17322-17329
    Link Publikation
  • 2010
    Titel In-vivo Detection of Protein-protein Interactions on Micro-patterned Surfaces
    DOI 10.3791/1969
    Typ Journal Article
    Autor Weghuber J
    Journal Journal of Visualized Experiments : JoVE
    Seiten 1969
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Chapter Two Measuring Colocalization by Dual Color Single Molecule Imaging Thresholds, Error Rates, and Sensitivity
    DOI 10.1016/b978-0-12-381266-7.00002-x
    Typ Book Chapter
    Autor Ruprecht V
    Verlag Elsevier
    Seiten 21-40
  • 2010
    Titel Two-color single molecule tracking combined with photobleaching for the detection of rare molecular interactions in fluid biomembranes
    DOI 10.1039/b916734j
    Typ Journal Article
    Autor Ruprecht V
    Journal Soft Matter
    Seiten 568-581
  • 2010
    Titel In-vivo Detection of Protein-protein Interactions on Micro-patterned Surfaces
    DOI 10.3791/1969-v
    Typ Journal Article
    Autor Weghuber J
    Journal Journal of Visualized Experiments
  • 2010
    Titel Identification of Immobile Single Molecules Using Polarization-Modulated Asynchronous Time Delay and Integration-Mode Scanning
    DOI 10.1021/ac100302s
    Typ Journal Article
    Autor Jacak J
    Journal Analytical Chemistry
    Seiten 4288-4292
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Two-stage focus-hold system for rapid ultra-sensitive read-out of large-area biochips
    DOI 10.1111/j.1365-2818.2009.03165.x
    Typ Journal Article
    Autor Hesch C
    Journal Journal of Microscopy
    Seiten 251-254
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Uncoupling diffusion and binding in FRAP experiments
    DOI 10.1038/nmeth0309-183a
    Typ Journal Article
    Autor Lambert N
    Journal Nature Methods
    Seiten 183-183
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Single-Molecule Analysis of Biomembranes
    DOI 10.1007/978-0-387-76497-9_2
    Typ Book Chapter
    Autor Schmidt T
    Verlag Springer Nature
    Seiten 19-42
  • 2013
    Titel A critical survey of methods to detect plasma membrane rafts
    DOI 10.1098/rstb.2012.0033
    Typ Journal Article
    Autor Klotzsch E
    Journal Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences
    Seiten 20120033
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Spot Variation Fluorescence Correlation Spectroscopy Allows for Superresolution Chronoscopy of Confinement Times in Membranes
    DOI 10.1016/j.bpj.2011.04.035
    Typ Journal Article
    Autor Ruprecht V
    Journal Biophysical Journal
    Seiten 2839-2845
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Temporal resolution of protein–protein interactions in the live-cell plasma membrane
    DOI 10.1007/s00216-010-3854-x
    Typ Journal Article
    Autor Weghuber J
    Journal Analytical and Bioanalytical Chemistry
    Seiten 3339-3347
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Chapter 8 Detection of Protein–Protein Interactions in the Live Cell Plasma Membrane by Quantifying Prey Redistribution upon Bait Micropatterning
    DOI 10.1016/s0076-6879(10)72012-7
    Typ Book Chapter
    Autor Weghuber J
    Verlag Elsevier
    Seiten 133-151
  • 2010
    Titel Resting State Orai1 Diffuses as Homotetramer in the Plasma Membrane of Live Mammalian Cells*
    DOI 10.1074/jbc.m110.177881
    Typ Journal Article
    Autor Madl J
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 41135-41142
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Imaging of Mobile Long-lived Nanoplatforms in the Live Cell Plasma Membrane*
    DOI 10.1074/jbc.m110.182121
    Typ Journal Article
    Autor Brameshuber M
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 41765-41771
    Link Publikation

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