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Funktionelle Bedeutung des Chromatin-Verpackungsfaktors CHD1

Chromatin Assembly: Role of chromodomain protein CHD1

Alexandra Lusser (ORCID: 0000-0002-2226-9081)
  • Grant-DOI 10.55776/Y275
  • Förderprogramm FWF-START-Preis
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.08.2005
  • Projektende 31.07.2013
  • Bewilligungssumme 1.200.000 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Chromatin assembly, Histones, Remodeling factors, Transcription elongation, Drosophila melanogaster, Histone chaperone

Abstract Endbericht

Die Trägerin der Erbinformation, die DNA, ist im Zellkern aller Organismen mit Ausnahme der Bakterien, mit kleinen, basischen Proteinen, den Histonen, in einer hochkomplexen Weise verpackt. Diese Struktur wird als Chromatin bezeichnet. Der Vorgang, durch den die Verpackung entsteht, ist ein fundamental wichtiger Prozeß, der für die Verdoppelung der Chromosomen und somit für Wachstum und Vermehrung der Zellen unbedingt notwendig ist. Mit unserer Forschungsarbeit wollen wir die Mechanismen und die funktionelle Bedeutung des DNA- Verpackungsprozesses ergründen. Im speziellen Fall wird die Wirkungsweise des Motorproteins und Chromatin- Verpackungsfaktors CHD1 untersucht und dessen Signifikanz für andere zelluläre Prozesse, wie das Ablesen der genetischen Information (Transkription), die Vervielfältigung der DNA (Replikation) oder die Reparatur von DNA Schäden, beleuchtet. Im Rahmen dieses Projektes werden wir einerseits die mechanistischen Aspekte des durch CHD1 katalysierten DNA Verpackungsprozesses untersuchen, andererseits sollen die biologischen Funktionen von CHD1 beleuchtet werden. Letzteres wird am Model von Fruchtfliegen (Drosophila) untersucht, die kein funktionsfähiges CHD1 Gen besitzen. Das Gebiet der Chromatinstrukturforschung hat in den letzten Jahren außerordentliche Fortschritte erfahren und starkes wissenschaftliches und medizinisches Interesse hervorgerufen. Dies ist nichtzuletzt darauf zurückzuführen, daß viele der Faktoren, die für die Modulation der Chromatinstruktur verantwortlich sind, auch bei der Entstehung einer großen Anzahl von Krebserkrankungen (z.B. Leukämien, Brust-und Lungenkrebs) aber auch Erbkrankheiten (z.B. Williams Syndrom) involviert sind. Die geplanten Untersuchungen sollten deshalb nicht nur unser Wissen über die molekularen Vorgänge bei der architektonischen Organisation der DNA vervollständigen, sondern auch zum besseren Verständnis der Ursachen sowie verbesserter Diagnose und Behandlung dieser häufigen Erkrankungen beitragen.

Im eukaryontischen Zellkern ist die Trägerin der Erbinformation, die DNA, in einer hochkomplexen Struktur mit basischen Proteinen, den Histonen, organisiert. Dieser Nukleoproteinkomplex wird als Chromatin bezeichnet. Der Vorgang, bei dem die DNA mit Histonen verpackt wird, ist ein fundamental wichtiger Prozess, der für die Verdopplung des Genoms und somit für Wachstum und Proliferation von Zellen und Organismen unumgänglich ist. Auch beim Ablesen der Gene oder bei der Reparatur von DNA Schäden muss das Chromatin ständig um-, ab- und wieder aufgebaut werden. Um- und Aufbau der Chromatinstruktur haben einen starken Einfluss auf den Aktivitätsstatus von Genen und größeren Genomabschnitten, welcher auch auf nachfolgende Generationen vererbt werden kann. Daher werden diese Vorgänge zu den sogenannten epigenetischen Mechanismen gezählt.Das langfristige Ziel unserer Forschungen ist es, ein tieferes Verständnis der Vorgänge und Faktoren zu erhalten, die am Um- und Aufbau der Chromatinstruktur beteiligt sind. Außerdem möchten wir verstehen, welchen Einfluss Veränderungen an der Chromatinstruktur auf den DNA Metabolismus im Allgemeinen und das Aktivieren und Inaktivieren der Gene im Besonderen haben. Die zentrale Forschungsfrage dieses Projekts war die Untersuchung des Chromatinaufbau-Faktors CHD1. Als Modelsystem diente die Fruchtfliege, Drosophila melanogaster, die aufgrund der starken Ähnlichkeiten in den fundamentalen zellulären Abläufen ein geeignetes Versuchssystem zur Aufklärung auch für den Menschen relevanter Fragestellungen darstellt.Eines der wichtigsten Ergebnisse unserer Untersuchungen war die Entdeckung, dass CHD1 ein unabkömmlicher Faktor während der Befruchtung ist. CHD1 ist notwendig, um das Chromatin des Spermiums komplett neu zu organisieren. Fehlt dieses Protein, kann der Zellkern des Spermiums nicht mit jenem der Eizelle verschmelzen und die Entwicklung des Embryos wird abgebrochen. Darüber hinaus ist uns die Aufklärung der Rolle von CHD1 während der Transkription unter Stressbedingungen (z.B. Hitzeschock) gelungen, und wir haben die Funktionen der unterschiedlichen Proteinabschnitte von CHD1 untersucht. Weitere Untersuchungen haben außerdem gezeigt, dass CHD1 für die Aufrechterhaltung der normalen Darmflora notwendig ist. In Abwesenheit von CHD1 kommt es zur krankhaften Vervielfältigung der Darmbakterien, und die davon betroffenen Fliegen sind in weiterer Folge verstärkt anfällig für Infektionen durch Bakterien in der Nahrung. Diese und weitere Befunde unterstreichen den profunden Einfluss des Um- und Aufbaus der Chromatinstruktur auf Entwicklung und Leben eines Organismus, und sie heben das Potential epigenetischer Mechanismen als Ansatzpunkte für Diagnose und Therapie menschlicher Erkrankungen hervor.

Forschungsstätte(n)
  • Medizinische Universität Innsbruck - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • James T. Kadonaga, University of California San Diego - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Dmitry V. Fyodorov, Yeshiva University - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 738 Zitationen
  • 19 Publikationen
Publikationen
  • 2016
    Titel Recent insights from in vitro single-molecule studies into nucleosome structure and dynamics
    DOI 10.1007/s12551-016-0212-z
    Typ Journal Article
    Autor Ordu O
    Journal Biophysical Reviews
    Seiten 33-49
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Impact of the Chromatin Remodeling Factor CHD1 on Gut Microbiome Composition of Drosophila melanogaster
    DOI 10.1371/journal.pone.0153476
    Typ Journal Article
    Autor Sebald J
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Modification of the histone tetramer at the H3-H3 interface impacts tetrasome conformations and dynamics
    DOI 10.1063/1.5009100
    Typ Journal Article
    Autor Ordu O
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 123323
    Link Publikation
  • 2008
    Titel ATP-dependent chromatin remodeling enzymes and their various roles in cell cycle control.
    DOI 10.2741/3096
    Typ Journal Article
    Autor Morettini S
    Journal Frontiers in bioscience : a journal and virtual library
    Seiten 5522-32
  • 2008
    Titel ATP-dependent chromatin remodeling enzymes and their various roles in cell cycle control
    Typ Journal Article
    Autor Morettini Stefano
    Journal FRONTIERS IN BIOSCIENCE-LANDMARK
    Seiten 5522-5532
  • 2007
    Titel CHD1 Motor Protein Is Required for Deposition of Histone Variant H3.3 into Chromatin in Vivo
    DOI 10.1126/science.1145339
    Typ Journal Article
    Autor Konev A
    Journal Science
    Seiten 1087-1090
    Link Publikation
  • 2011
    Titel ATP-Dependent Chromatin Remodeling Factors and Their Roles in Affecting Nucleosome Fiber Composition
    DOI 10.3390/ijms12106544
    Typ Journal Article
    Autor Piatti P
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 6544-6565
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Dynamics of Nucleosomal Structures Measured by High-Speed Atomic Force Microscopy
    DOI 10.1002/smll.201401318
    Typ Journal Article
    Autor Katan A
    Journal Small
    Seiten 976-984
  • 2015
    Titel A novel role for the histone acetyltransferase Hat1 in the CENP-A/CID assembly pathway in Drosophila melanogaster
    DOI 10.1093/nar/gkv1235
    Typ Journal Article
    Autor Boltengagen M
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 2145-2159
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Comparing the Assembly and Handedness Dynamics of (H3.3-H4)2 Tetrasomes to Canonical Tetrasomes
    DOI 10.1371/journal.pone.0141267
    Typ Journal Article
    Autor Vlijm R
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Nucleosome Assembly Dynamics Involve Spontaneous Fluctuations in the Handedness of Tetrasomes
    DOI 10.1016/j.celrep.2014.12.022
    Typ Journal Article
    Autor Vlijm R
    Journal Cell Reports
    Seiten 216-225
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Embryonic stem cell differentiation requires full length Chd1
    DOI 10.1038/srep08007
    Typ Journal Article
    Autor Piatti P
    Journal Scientific Reports
    Seiten 8007
    Link Publikation
  • 2010
    Titel CenH3/CID Incorporation Is Not Dependent on the Chromatin Assembly Factor CHD1 in Drosophila
    DOI 10.1371/journal.pone.0010120
    Typ Journal Article
    Autor Podhraski V
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Long non-coding RNAs as targets for cytosine methylation
    DOI 10.4161/rna.24454
    Typ Journal Article
    Autor Amort T
    Journal RNA Biology
    Seiten 1002-1008
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Non-destructive species identification of Drosophila obscura and D. subobscura (Diptera) using near-infrared spectroscopy
    DOI 10.4161/fly.21535
    Typ Journal Article
    Autor Fischnaller S
    Journal Fly
    Seiten 284-289
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Chromatin Dynamics and Higher Order Chromatin Organization.
    Typ Book Chapter
    Autor Book Chapter In Epigenetic Regulation And Epigenomics. Meyers
  • 2012
    Titel CHD1 Contributes to Intestinal Resistance against Infection by P. aeruginosa in Drosophila melanogaster
    DOI 10.1371/journal.pone.0043144
    Typ Journal Article
    Autor Sebald J
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2012
    Titel NAP1-Assisted Nucleosome Assembly on DNA Measured in Real Time by Single-Molecule Magnetic Tweezers
    DOI 10.1371/journal.pone.0046306
    Typ Journal Article
    Autor Vlijm R
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2010
    Titel The chromodomains of CHD1 are critical for enzymatic activity but less important for chromatin localization
    DOI 10.1093/nar/gkq1298
    Typ Journal Article
    Autor Morettini S
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 3103-3115
    Link Publikation

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