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SCORPION: Stem Cells, Tissues, Organoids – Dissecting Regulators of Potency and Pattern Formation

SCORPION: Stem Cells, Tissues, Organoids – Dissecting Regulators of Potency and Pattern Formation

Florian Raible (ORCID: 0000-0002-4515-6485)
  • Grant-DOI 10.55776/DOC72
  • Förderprogramm doc.funds
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.10.2019
  • Projektende 31.03.2024
  • Bewilligungssumme 1.712.361 €

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Stem Cells, Development, Regeneration, Evolution, Differentiation, Organoid

Endbericht

Das SCORPION-Kooperationsprogramm ermöglichte Doktoranden-Forschungsprojekte in verschiedenen Bereichen der Stammzellbiologie, die Einsichten in das Wachstum und die Regeneration von Geweben erlaubte. Dazu kamen verschiedene Modellsysteme zur Anwendung: Die Labore von Bücker und Leeb legten einen Schwerpunkt auf frühe Stammzellen in Säugern und ihren Übergang aus einem pluripotenten Zustand in die ersten Schritte der Differenzierung. Das Bücker-Labor identifizierte spezifische Marker, die entscheidend dafür sind, wann und wie sich Zellen auf einen bestimmten Entwicklungspfad festlegen. Darauf aufbauend machte das Leeb-Team Fortschritte beim Verständnis der genetischen Grundlagen, wie Stammzellen diese Entscheidungen treffen, und identifizierte mehrere Gene, die bei der Steuerung der Differenzierung eine Schlüsselrolle spielen. Durch funktionale Manipulation dieser erhielt das Team Einblick in die umfassenderen Mechanismen, die die frühe Festlegung der Abstammungslinie in embryonalen Stammzellen steuern. Bei den wirbellosen Modellen konzentrierte sich das Team von Technau auf die Seeanemone Nematostella vectensis. Das Team untersuchte den Selbstorganisationsprozess und die Regeneration in sogenannten Gastruloiden - Gewebe, das einen frühen Entwicklungsschritt in der Embryonalentwicklung der Seeanemonen abbildet. Dabei stand der Notch-Signal-Weg im Mittelpunkt. Raibles Forschung am Meeresborstenwurm Platynereis dumerilii zeigte, wie die Stammzellen, die dem postlarvalen Wachstum zugrunde liegen, wieder neu gebildet werden können, wenn sie experimentell entfernt werden. Das Team fand heraus, dass differenzierte Zellen in einen eher stammzellähnlichen Zustand zurückkehren, an dem auch das myc-Gen beteiligt ist. In einer weiteren Arbeit mit dem mexikanischen Salamander, dem Axolotl, verfolgte die Tanaka-Gruppe einzelne Zellen in den sich regenerierenden Gliedmaßen. Auch in diesem System kehren die Zellen in einen eher stammzellähnlichen Zustand zurück. Die Team von Urbn untersuchte, wie adulte neuronale Stammzellen durch Ernährung und Stoffwechsel beeinflusst werden. Anhand von Mausmodellen entdeckten das Team, dass bestimmte Stoffwechselbedingungen, wie sie beispielsweise durch Kalorienrestriktion oder fettreiche Ernährung hervorgerufen werden, die Aktivierung dieser Stammzellen entweder fördern oder hemmen können. Eine wichtige Innovation in der Organoid-Forschung kam aus Knoblichs Labor, wo das Team anspruchsvollere Modelle des menschlichen Gehirns entwickelte, indem es biotechnisch hergestellte Gerüste verwendete, die die Entwicklung von zerebralen Organoiden - kleinen, dreidimensionalen Modellen von Hirngewebe - unterstützen, so dass sie die Struktur und Funktion des menschlichen Gehirns genauer nachahmen. Gemeinsam mit der Mendjan-Gruppe untersuchten sie, wie sich verschiedene Arten von Fettgewebe und die dazugehörigen Blutgefäße gemeinsam entwickeln. Durch Ko-Kultivierung menschlicher Stammzellen zu Fett- und Gefäßzellen modellierten sie, wie diese Gewebe während der Entwicklung interagieren. Schließlich zeigte Koos Forschung, wie wichtig die Vielfalt der Stammzellen für die Erhaltung der Magenschleimhaut ist, und identifizierte zwei unterschiedliche Populationen von Stammzellen, die sich in verschiedenen Teilen des Magens befinden. Beide Zelltypen tragen zwar zur normalen Aufrechterhaltung des Gewebes bei, reagieren aber unterschiedlich auf Verletzungen, was zeigt, wie der Körper Gewebereparatur und Homöostase ausbalanciert.

Konsortium
  • Arndt Von Haeseler, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.10.2019 - 31.03.2024)
  • Bonkyoung Koo, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.10.2019 - 31.03.2024)
  • Christa Bücker, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.10.2019 - 31.03.2024)
  • Elly Margaret Tanaka, Institut für Molekulare Pathologie - IMP
    Konsortiumsmitglied (01.10.2019 - 31.03.2024)
  • Florian Raible, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.10.2019 - 31.03.2024)
  • Jürgen A. Knoblich, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.10.2019 - 31.03.2024)
  • Martin Leeb, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.10.2019 - 31.03.2024)
  • Noelia Urban Avellaneda, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.10.2019 - 31.03.2024)
  • Sasha Mendjan, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.10.2019 - 31.03.2024)
  • Ulrich Technau, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.10.2019 - 31.03.2024)
Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien

Research Output

  • 308 Zitationen
  • 29 Publikationen
  • 1 Methoden & Materialien
  • 1 Disseminationen
  • 8 Wissenschaftliche Auszeichnungen
Publikationen
  • 2024
    Titel Updated single cell reference atlas for the starlet anemone Nematostella vectensis.
    DOI 10.1186/s12983-024-00529-z
    Typ Journal Article
    Autor Cole Ag
    Journal Frontiers in zoology
    Seiten 8
  • 2024
    Titel Supplementary materials from Elongation capacity of polyunsaturated fatty acids in the annelid Platynereis dumerilii
    DOI 10.6084/m9.figshare.25943427
    Typ Other
    Autor Bainour K
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Elongation capacity of polyunsaturated fatty acids in the annelid Platynereis dumerilii
    DOI 10.1101/2024.03.15.584978
    Typ Preprint
    Autor Bainour K
  • 2024
    Titel Molecular profile, source and lineage restriction of stem cells in an annelid regeneration model
    DOI 10.1101/2024.07.09.602635
    Typ Preprint
    Autor Adelmann L
  • 2024
    Titel Developmentally guided specification of posterior lateral plate mesoderm
    Typ PhD Thesis
    Autor Leitner, Marie-Christin
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Letm1 as a potential bridge between mitochondrial ion homeostasis and diel rhythms in the zebrafish Danio rerio
    Typ PhD Thesis
    Autor Dao, Pauline
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Wnt/beta-catenin signalling is dispensable for adult neural stem cell homeostasis and activation
    DOI 10.1242/dev.199629
    Typ Journal Article
    Autor Austin S
    Journal Development
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Stem cell quiescence: the challenging path to activation
    DOI 10.1242/dev.165084
    Typ Journal Article
    Autor Urbán N
    Journal Development
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Genetic engineering in organoids
    DOI 10.1007/s00109-020-02029-z
    Typ Journal Article
    Autor Teriyapirom I
    Journal Journal of Molecular Medicine
    Seiten 555-568
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Cerebral organoids display dynamic clonal growth and tunable tissue replenishment.
    DOI 10.1038/s41556-024-01412-z
    Typ Journal Article
    Autor Haendeler S
    Journal Nature cell biology
    Seiten 710-718
  • 2024
    Titel Elongation capacity of polyunsaturated fatty acids in the annelid Platynereis dumerilii.
    DOI 10.1098/rsob.240069
    Typ Journal Article
    Autor Bainour K
    Journal Open biology
    Seiten 240069
  • 2024
    Titel ARID1B controls transcriptional programs of axon projection in an organoid model of the human corpus callosum.
    DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014
    Typ Journal Article
    Autor Martins-Costa C
    Journal Cell stem cell
  • 2024
    Titel FoxO transcription factors actuate the formative pluripotency specific gene expression programme.
    DOI 10.1038/s41467-024-51794-9
    Typ Journal Article
    Autor Kowald S
    Journal Nature communications
    Seiten 7879
  • 2024
    Titel Red2Flpe-SCON: a versatile, multicolor strategy for generating mosaic conditional knockout mice.
    DOI 10.1038/s41467-024-49382-y
    Typ Journal Article
    Autor Kim S
    Journal Nature communications
    Seiten 4963
  • 2023
    Titel Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism
    DOI 10.3929/ethz-b-000632667
    Typ Other
    Autor Fleck
    Link Publikation
  • 2023
    Titel It takes two to untangle: Combined stimulation of adult neurogenesis reverts AD symptoms.
    DOI 10.1016/j.stem.2023.03.012
    Typ Journal Article
    Autor Gabarró-Solanas R
    Journal Cell stem cell
    Seiten 333-334
  • 2023
    Titel Acquired epithelial WNT secretion drives niche independence of developing gastric cancer
    DOI 10.1101/2023.02.24.529854
    Typ Preprint
    Autor Kim J
  • 2022
    Titel The cation exchanger Letm1, circadian rhythms, and NAD(H) levels interconnect in diurnal zebrafish
    DOI 10.26508/lsa.202101194
    Typ Journal Article
    Autor Dao P
    Journal Life Science Alliance
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Could a Different View of Quiescence Help Us Understand How Neurogenesis Is Regulated?
    DOI 10.3389/fnins.2022.878875
    Typ Journal Article
    Autor Urbán N
    Journal Frontiers in Neuroscience
    Seiten 878875
    Link Publikation
  • 2022
    Titel SHInE - Simultaneous HCR, Immunohistochemistry, Nuclear staining and EdU v1
    DOI 10.17504/protocols.io.5qpvobnyzl4o/v1
    Typ Preprint
    Autor Coric A
  • 2023
    Titel A Fast And Versatile Method for Simultaneous HCR, Immunohistochemistry And Edu Labeling (SHInE).
    DOI 10.1093/icb/icad007
    Typ Journal Article
    Autor Stockinger Aw
    Journal Integrative and comparative biology
    Seiten 372-381
  • 2023
    Titel Morphogenesis and development of human telencephalic organoids in the absence and presence of exogenous extracellular matrix.
    DOI 10.15252/embj.2022113213
    Typ Journal Article
    Autor Martins-Costa C
    Journal The EMBO journal
  • 2023
    Titel Adult neural stem cells and neurogenesis are resilient to intermittent fasting.
    DOI 10.15252/embr.202357268
    Typ Journal Article
    Autor Davaatseren A
    Journal EMBO reports
  • 2023
    Titel Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism.
    DOI 10.1038/s41586-023-06473-y
    Typ Journal Article
    Autor Fleck Js
    Journal Nature
    Seiten 373-380
  • 2023
    Titel From neuroepithelial morphogenesis to circuit formation: using organoid technologies to understand human brain development.
    Typ PhD Thesis
    Autor Da Cunha E Silva Martins Costa, Catarina
    Link Publikation
  • 2023
    Titel The role of MAPK and WNT in tumorigenesis of gastric and liver cancer
    Typ PhD Thesis
    Autor Teriyapirom, Isaree
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Single-cell transcriptomics identifies conserved regulators of neuroglandular lineages
    DOI 10.1016/j.celrep.2022.111370
    Typ Journal Article
    Autor Steger J
    Journal Cell Reports
    Seiten 111370
    Link Publikation
  • 2022
    Titel A fast and versatile method for simultaneous HCR, immunohistochemistry and EdU labeling (SHInE)
    DOI 10.1101/2022.10.13.512152
    Typ Preprint
    Autor Coric A
    Seiten 2022.10.13.512152
    Link Publikation
  • 2022
    Titel NMD is required for timely cell fate transitions by fine-tuning gene expression and regulating translation
    DOI 10.1101/gad.347690.120
    Typ Journal Article
    Autor Huth M
    Journal Genes & Development
    Seiten 348-367
    Link Publikation
Methoden & Materialien
  • 2024
    Titel Time-resolved single-cell RNA sequencing
    Typ Technology assay or reagent
    Öffentlich zugänglich
Disseminationen
  • 2022 Link
    Titel Research Meeting report
    Typ A magazine, newsletter or online publication
    Link Link
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2024
    Titel EMBO-Regeneration and tissue repair
    Typ Poster/abstract prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2023
    Titel SYSTEM
    Typ Poster/abstract prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2023
    Titel Impact Award from the city of Vienna
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad Regional (any country)
  • 2023
    Titel Leonie Adelmann
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2023
    Titel ISRB Inaugural Meeting
    Typ Poster/abstract prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2023
    Titel VBC PhD Award
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad Regional (any country)
  • 2021
    Titel OEAW Doc fellowship
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2019
    Titel Matthias Lauwers award
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad Regional (any country)

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