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GENOMIT - Globales Register, Genomik, hin zu Therapie

GENOMIT - Global registry, genomics, toward clinical trials

Johannes Mayr (ORCID: 0000-0001-6970-336X)
  • Grant-DOI 10.55776/I4695
  • Förderprogramm International - Multilaterale Initiativen
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.08.2020
  • Projektende 31.07.2024
  • Bewilligungssumme 281.480 €

ERA-NET: Rare Diseases

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (70%); Klinische Medizin (30%)

Keywords

    Oxidative Phosphorylation, Pathomechanism, Mitochondria, Global Registry, Energy Metabolism, RNA sequencing

Abstract Endbericht

Mitochondriale Erkrankungen sind eine genetisch heterogene Gruppe von jeweils seltenen Defekten, für die es bisher kaum ursächliche Behandlung gibt. Das GENOMIT Konsortium bringt nationale Netzwerke aus Deutschland, Italien, Großbritannien und Japan sowie die Zentren für mitochondriale Erkrankungen aus Österreich und Frankreich zusammen, die gemeinsam mehr als 6000 Patienten betreuen. GENOMIT arbeitet eng mit nationalen Patientenorganisationen zusammen, um Diagnose und Betreuung von Patienten mit mitochondrialen Erkrankungen zu verbessern. GENOMIT wird i) ein globales Patientenregister und krankheitsspezifische Verlaufsparameter entwickeln, um klinische Studien vorzubereiten; ii) Genom-weite Diagnostik vorantreiben durch Verwendung von mehr als 3000 Exom-Daten sowie RNA-Sequenzierung und Proteom-Daten; und iii) funktionelle Tests für neue genetische Varianten, Gene und Stoffwechselwege bei mitochondrialen Krankheiten kreieren. Die GENOMIT Partner sind etablierte nationale Zentren für bestmögliche, moderne Diagnose und Patientenversorgung. Dieses Konsortium ermöglicht die Entwicklung eines globalen Patientenregisters sowie die weltweit größte Sammlung an Genom- Daten für mitochondriale Krankheiten. Jeder Partner hat einzigartige Expertise, deren Zusammenführen im GENOMIT Konsortium einzigartige Synergien schafft. Damit sollte in mehreren Bereichen eine kritische Masse erreicht werden, damit natürliche Krankheitsverläufe besser standen werden können, damit neue krankheitsrelevante Gene gefunden werden könne und damit Krankheitsmechanismen besser verstanden werden und damit eine unschätzbare Ressource für klinische Studien geschaffen wird.

Mitochondrien sind ein zentrales Organell der Energieversorgung der Zelle. Bisher wurden Defekte in mehr als 370 Genen gefunden, die zu Krankheiten führen. Das klinische Bild ist sehr heterogen. Im multizentrischen European Joint Programme on Rare Diseases Projekt GENOMIT konnten wir (1) neun neue Gene entdecken, die Krankheiten beim Menschen verursachen, (2) den Krankheitsverlauf in Patientenkohorten einzelner Gendefekte beschreiben, (3) den Pathomechanismus von verschieden genetischen Defekten ergründen und (4) darauf aufbauend Therapieoptionen untersuchen. Insgesamt konnten 27 Publikationen in Fachzeitschriften verfasst, neue wissenschaftliche Kollaborationen eingegangen und Labormethoden entwickelt werden. Vier Studierende konnten eine akademische Ausbildung abschließen. Bei den neu entdeckten Gendefekten sind z.B. ATP5MC3 und ATP5PO hervorzuheben, die beide zu einer Verminderung der ATP Synthase führen, dem zentralen Enzym der ATP-Bildung in Mitochondrien. Während Varianten in ATP5MC3 in monoallelischer, heterozygoter Form bereits krankheitsrelevant sind, werden biallelische Varianten in ATP5O autosomal rezessiv vererbt. Beim Defekt von PPA1, der Pyrophosphatase außerhalb der Mitochondrien, kommt es zu einer gestörten Metabolisierung von Galaktose, die bereits im Neugeborenen-Screening zu sehen ist. Das klinische Bild der Betroffenen war trotz deutlichem Funktionsverlust mild. Dies war überraschend, da die Funktion von PPA1 im Tiermodell als essentiell für das Leben gezeigt worden war. Die Therapie von genetischen Defekten und insbesondere auch von mitochondrialen Störungen sind häufig sehr limitiert und oft auf Milderung von Symptomen beschränkt. Dennoch gibt es auch Beispiele von sehr einfachen und preiswerten Behandlungsmöglichkeiten, wie etwa beim PPA2 Defekt, bei dem die mitochondriale Pyrophosphatase betroffen ist. Diese Krankheit wurde in einem früheren Projekt von unserer Gruppe erstmals beschrieben und in einer internationalen Übersichtsarbeit konnten wir bei 34 Betroffenen aus 20 Familien den klinischen Phänotyp weiter präzisieren. Eine Gruppe von Betroffenen erkrankte im Säuglings- oder Kleinkindalter im Zuge von fieberhaften Infekten, wobei viele dieser Kinder mit kardialen Symptomen verstarben. Der andere Teil erreichte das Jugendlichenalter, wobei 4 dieser Betroffenen nach dem Konsum von kleinen Mengen an Alkohol durch plötzlichen Herztod verstarben. PPA2 wird für die Metabolisierung von Alkohol benötigt und ein Vermeiden von Alkohol stellt eine einfache und wirksame Therapiemaßnahme dar. Ein Screening auf einen Gendefekt in PPA2 wäre daher sehr sinnvoll und die Therapie wäre sogar kostenlos.

Forschungsstätte(n)
  • Paracelsus Med.-Priv.-Univ. Salzburg / SALK - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Holger Prokisch, Helmholtz Zentrum München - Deutschland
  • Thomas Klopstock, Ludwig-Maximilians-Universität München - Deutschland
  • Agnes Rötig, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale - Frankreich
  • Constanza Lamperti, National Neurological Institute "C. Besta" - Italien
  • Michelangelo Mancuso, University of Pisa - Italien
  • Kei Murayama, Chiba Children´s Hospital - Japan
  • Robert Mcfarland, University of Newcastle - Vereinigtes Königreich

Research Output

  • 515 Zitationen
  • 32 Publikationen
  • 11 Methoden & Materialien
  • 2 Disseminationen
Publikationen
  • 2023
    Titel Expanding the phenotypic and biochemical spectrum of NDUFAF3-related mitochondrial disease
    DOI 10.1016/j.ymgme.2023.107675
    Typ Journal Article
    Autor Van Der Ven A
    Journal Molecular Genetics and Metabolism
    Seiten 107675
  • 2023
    Titel Diagnosis, characterization and treatment of rare genetic diseases identified by whole- exome sequencing
    Typ PhD Thesis
    Autor Melanie Achleitner
  • 2022
    Titel A recurrent single-amino acid deletion (p.Glu500del) in the head domain of ß-cardiac myosin in two unrelated boys presenting with polyhydramnios, congenital axial stiffness and skeletal myopathy
    DOI 10.1186/s13023-022-02421-7
    Typ Journal Article
    Autor Bader I
    Journal Orphanet Journal of Rare Diseases
    Seiten 279
    Link Publikation
  • 2022
    Titel A TSHZ3 Frame-Shift Variant Causes Neurodevelopmental and Renal Disorder Consistent with Previously Described Proximal Chromosome 19q13.11 Deletion Syndrome
    DOI 10.3390/genes13122191
    Typ Journal Article
    Autor Feichtinger R
    Journal Genes
    Seiten 2191
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Ketogenic Diet Treatment of Defects in the Mitochondrial Malate Aspartate Shuttle and Pyruvate Carrier
    DOI 10.5167/uzh-224047
    Typ Other
    Autor Boltshauser
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Biallelic BUB1 mutations cause microcephaly, developmental delay, and variable effects on cohesion and chromosome segregation
    DOI 10.1126/sciadv.abk0114
    Typ Journal Article
    Autor Carvalhal S
    Journal Science Advances
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Genetic landscape of pediatric acute liver failure of indeterminate origin.
    DOI 10.48350/189117
    Typ Journal Article
    Autor Lenz
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Biallelic Cys141Tyr variant of SEL1L is associated with neurodevelopmental disorders, agammaglobulinemia and premature death
    DOI 10.1172/jci170882
    Typ Journal Article
    Autor Weis D
    Journal Journal of Clinical Investigation
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Variants in Mitochondrial ATP Synthase Cause Variable Neurologic Phenotypes
    DOI 10.1002/ana.26293
    Typ Journal Article
    Autor Zech M
    Journal Annals of Neurology
    Seiten 225-237
    Link Publikation
  • 2022
    Titel PPA2-associated sudden cardiac death: extending the clinical and allelic spectrum in 20 new families
    DOI 10.1016/j.gim.2022.02.002
    Typ Journal Article
    Autor Guimier A
    Journal Genetics in Medicine
    Seiten 967
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Pathogenic variants in GCSH encoding the moonlighting H-protein cause combined nonketotic hyperglycinemia and lipoate deficiency
    DOI 10.1093/hmg/ddac246
    Typ Journal Article
    Autor Arribas-Carreira L
    Journal Human Molecular Genetics
    Seiten 917-933
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Genotypic and phenotypic spectrum of infantile liver failure due to pathogenic TRMU variants
    DOI 10.1016/j.gim.2022.09.015
    Typ Journal Article
    Autor Vogel G
    Journal Genetics in Medicine
    Seiten 100314
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Ketogenic Diet Treatment of Defects in the Mitochondrial Malate Aspartate Shuttle and Pyruvate Carrier
    DOI 10.3390/nu14173605
    Typ Journal Article
    Autor Bölsterli B
    Journal Nutrients
    Seiten 3605
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Bi-Allelic COQ4 Variants Cause Adult-Onset Ataxia-Spasticity Spectrum Disease
    DOI 10.1002/mds.29167
    Typ Journal Article
    Autor Cordts I
    Journal Movement Disorders
    Seiten 2147-2153
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Mutations in HID1 Cause Syndromic Infantile Encephalopathy and Hypopituitarism
    DOI 10.1530/ey.19.1.5
    Typ Journal Article
    Autor A S
    Journal Yearbook of Paediatric Endocrinology
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Characterising a homozygous two-exon deletion in UQCRH: comparing human and mouse phenotypes
    DOI 10.15252/emmm.202114397
    Typ Journal Article
    Autor Vidali S
    Journal EMBO Molecular Medicine
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Pathogenic variants in MRPL44 cause infantile cardiomyopathy due to a mitochondrial translation defect
    DOI 10.1016/j.ymgme.2021.06.001
    Typ Journal Article
    Autor Friederich M
    Journal Molecular Genetics and Metabolism
    Seiten 362-371
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Mutations in HID1 Cause Syndromic Infantile Encephalopathy and Hypopituitarism
    DOI 10.1002/ana.26127
    Typ Journal Article
    Autor Schänzer A
    Journal Annals of Neurology
    Seiten 143-158
    Link Publikation
  • 2021
    Titel A novel cryptic splice site mutation in COL1A2 as a cause of osteogenesis imperfecta
    DOI 10.1016/j.bonr.2021.101110
    Typ Journal Article
    Autor El-Gazzar A
    Journal Bone Reports
    Seiten 101110
    Link Publikation
  • 2021
    Titel PPA2-associated sudden cardiac death: extending the clinical and allelic spectrum in 20 new families
    DOI 10.1038/s41436-021-01296-6
    Typ Journal Article
    Autor Guimier A
    Journal Genetics in Medicine
    Seiten 2415-2425
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Anaplerotic Therapy Using Triheptanoin in Two Brothers Suffering from Aconitase 2 Deficiency
    DOI 10.3390/metabo14040238
    Typ Journal Article
    Autor Penkl M
    Journal Metabolites
    Seiten 238
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Treatment of Mitochondrial Phenylalanyl-tRNa-Synthetase Deficiency (FARS2) with Oral Phenylalanine
    DOI 10.1055/a-2008-4230
    Typ Journal Article
    Autor Oswald S
    Journal Neuropediatrics
    Seiten 351-355
  • 2023
    Titel De novo variants in RNF213 are associated with a clinical spectrum ranging from Leigh syndrome to early-onset stroke
    DOI 10.1016/j.gim.2023.101013
    Typ Journal Article
    Autor Brunet T
    Journal Genetics in Medicine
    Seiten 101013
  • 2023
    Titel PPA1 Deficiency Causes a Deranged Galactose Metabolism Recognizable in Neonatal Screening
    DOI 10.3390/metabo13111141
    Typ Journal Article
    Autor Achleitner M
    Journal Metabolites
    Seiten 1141
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Genetic landscape of pediatric acute liver failure of indeterminate origin
    DOI 10.1097/hep.0000000000000684
    Typ Journal Article
    Autor Lenz D
    Journal Hepatology
    Seiten 1075-1087
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Investigating the role of ASCC1 in the causation of bone fragility
    DOI 10.3389/fendo.2023.1137573
    Typ Journal Article
    Autor Voraberger B
    Journal Frontiers in Endocrinology
    Seiten 1137573
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Case Report—An Inherited Loss-of-Function NRXN3 Variant Potentially Causes a Neurodevelopmental Disorder with Autism Consistent with Previously Described 14q24.3-31.1 Deletions
    DOI 10.3390/genes14061217
    Typ Journal Article
    Autor Feichtinger R
    Journal Genes
    Seiten 1217
    Link Publikation
  • 2023
    Titel PSMC3 proteasome subunit variants are associated with neurodevelopmental delay and type I interferon production
    DOI 10.1126/scitranslmed.abo3189
    Typ Journal Article
    Autor Ebstein F
    Journal Science Translational Medicine
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Impaired complex I repair causes recessive Leber’s hereditary optic neuropathy
    DOI 10.1172/jci138267
    Typ Journal Article
    Autor Stenton S
    Journal Journal of Clinical Investigation
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Case Report and Review of the Literature: A New and a Recurrent Variant in the VARS2 Gene Are Associated With Isolated Lethal Hypertrophic Cardiomyopathy, Hyperlactatemia, and Pulmonary Hypertension in Early Infancy
    DOI 10.3389/fped.2021.660076
    Typ Journal Article
    Autor Kušíková K
    Journal Frontiers in Pediatrics
    Seiten 660076
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Defective metabolic programming impairs early neuronal morphogenesis in neural cultures and an organoid model of Leigh syndrome
    DOI 10.1038/s41467-021-22117-z
    Typ Journal Article
    Autor Inak G
    Journal Nature Communications
    Seiten 1929
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Mutations in HID1 Cause Syndromic Infantile Encephalopathy and Hypopituitarism
    DOI 10.22029/jlupub-9160
    Typ Journal Article
    Autor Achleitner M
    Link Publikation
Methoden & Materialien
  • 2024 Link
    Titel Oxford Nanopore Sequencing
    Typ Technology assay or reagent
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel Nanolive Holotomography
    Typ Technology assay or reagent
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2019
    Titel Seahorse measurements
    Typ Biological samples
    Öffentlich zugänglich
  • 2015
    Titel Cloning-Yeast
    Typ Model of mechanisms or symptoms - in vitro
    Öffentlich zugänglich
  • 2010
    Titel Convocal Laser Microscope
    Typ Cell line
    Öffentlich zugänglich
  • 2009
    Titel Immunohistochemical staining
    Typ Biological samples
    Öffentlich zugänglich
  • 2006
    Titel Spectrophotometric measurement of the OXPHOS enzyme activity
    Typ Biological samples
    Öffentlich zugänglich
  • 2006
    Titel Western Blot
    Typ Biological samples
    Öffentlich zugänglich
  • 2006
    Titel qRT-PCR
    Typ Biological samples
    Öffentlich zugänglich
  • 2006
    Titel Substrate oxidation
    Typ Biological samples
    Öffentlich zugänglich
  • 2006
    Titel Sanger sequencing
    Typ Biological samples
    Öffentlich zugänglich
Disseminationen
  • 2021 Link
    Titel Regular GENOMIT meetings
    Typ A formal working group, expert panel or dialogue
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel young.hope, Research Centre in Salzburg conducts research into metabolic diseases as well as nutritional and developmental disorders in children.
    Typ Engagement focused website, blog or social media channel
    Link Link

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