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MOCA_Microbial Oceanography of ChemolithoAutotrophic planktonic Communities

MOCA_Microbial Oceanography of ChemolithoAutotrophic planktonic Communities

Gerhard J. Herndl (ORCID: 0000-0002-2223-2852)
  • Grant-DOI 10.55776/I486
  • Förderprogramm Einzelprojekte International
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.04.2010
  • Projektende 31.03.2013
  • Bewilligungssumme 540.236 €

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Chemoautotrophy, Molecular ecology, Bacteria, Archaea

Abstract Endbericht

Durch Simulationsmodelle wird vorhergesagt, dass der Sauerstoffgehalt der Ozeane bis zum Ende des Jahrhunderts aufgrund erhöhter Stratifikation des Oberflächenwassers und der globalen Temperaturerhöhung um 25% absinken wird. Dieser Sauerstoffverlust wird unausweichlich zu einer Vergrößerung der hypoxischen und anoxischen Zonen im Meer führen mit entsprechenden Konsequenzen für die Kohlenstoff- und Stickstoffkreisläufe. In diesem Antrag studieren wir die funktionelle Diversität von chemolithoautotrophen prokaryotischen Gemeinschaften in zwei kontrastierenden Gewässern, einerseits in der Tiefsee des Nord-Atlantiks entlang eines latitudinalen Gradienten, andererseits rund um die Redoxkline in der zentralen Ostsee. In beiden Gewässern wurden zuvor hochaktive chemolithoautotrophe Gemeinschaften nachgewiesen mit Dunkel-Kohlenstofffixierungsraten die denen der phototrophen Produzenten in Oberflächengewässern vergleichbar sind. Besonderer Fokus wird auf die funktionelle Diversität von Prokaryoten in den Kohlenstoff und Stickstoffkreisläufen beider Systeme gelegt, weiters auf den Schwefelkreislauf in der zentralen Ostsee. In dem individuellen Teilprojekt werden Techniken der Metagenomik und Metatranskriptomic verwendet und Aktiväten und genomisches Potential der abundantesten und aktivsten Gruppen von mesp- und bathypelagischen Archaea des Nordatlantik und der Ostsee studiert. Diese stellen einen großen Anteil der Mikroorganismen in diesen Wassertiefen dar. Zusätzlich werden die großen meta- transkriptomischen und meta-genomischen Ressourcen für die anderen Teilprojekte im Konsortium zur Verfügung gestellt, um weitere bakterielle Gruppen studieren zu können. Besonderer Fokus wird in diesem Teilprojekt auf die ökophysiologische Charakterisierung Ammoniak oxidierender Archaea gelegt, deren Genvariabilität und transkriptionelle Aktivität in Abhängigkeit von biogeochemischen Daten studiert werden um ihre Anpassungsfähigkeiten besser zu verstehen.

Die konventionelle Sichtweise der Lebensgemeinschaften der Wassersäule der Tiefsee ist, dass diese von absinkenden organischen Partikeln leben, die in den sonnendurchfluteten Oberflächengewässer von pflanzlichem Plankton produziert werden. Den weitaus größten Anteil der Konsumation an organischem Material in der Tiefsee stellen Mikroorganismen. Spezielle Mikroorganismen sind allerdings auch in der Lage autotroph zu leben, ähnlich den Pflanzen, allerdings verwenden sie im Gegensatz zu den Pflanzen nicht Licht als Energiequelle sondern anorganische reduzierte Substanzen, um Kohlendioxid zu fixieren und somit Biomasse aufzubauen. Die Menge an autotropher mikrobieller Biomasse-Produktion in der Tiefsee war weitgehend unbekannt. Im Rahmen eines internationalen Forschungsverbundes wurde die Konsumation von organischem Material mit der Biomassesproduktion autotropher Mikroorganismen verglichen und die Zusammensetzung dieser chemolithoautotrophen Mikrobengemeinschaften untersucht. Es zeigte sich, dass die chemolithoautrophe Mikrobenproduktion etwa gleich hoch ist wie jene der heterotrophen Mikroben. Diese chemolithoautotrophe Produktion stellt potentiell eine zusätzliche organische Energiequelle für die heterotrophe Tiefseegemeinschaft dar, die bisher in den Kohlenstoffmodellen nicht berücksichtigt wurde. Somit lieferte diese Studie einen wesentlichen Beitrag zur Klärung der Frage des Kohlenstoffbudgets der Tiefsee.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien - 100%
Nationale Projektbeteiligte
  • Christa Schleper, Universität Wien , nationale:r Kooperationspartner:in
Internationale Projektbeteiligte
  • Klaus Jürgens, Leibniz-Institut für Ostseeforschung Warnemünde - Deutschland
  • Jarone Pinhassi, Linnaeus University - Schweden
  • José Gonzales, University La Laguna - Spanien

Research Output

  • 2937 Zitationen
  • 49 Publikationen
Publikationen
  • 2022
    Titel Phylogeny and Metabolic Potential of the Candidate Phylum SAR324
    DOI 10.3390/biology11040599
    Typ Journal Article
    Autor Malfertheiner L
    Journal Biology
    Seiten 599
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Impact of hydrostatic pressure on organic carbon cycling of the deep-sea microbiome
    DOI 10.1101/2022.03.31.486587
    Typ Preprint
    Autor Amano C
    Seiten 2022.03.31.486587
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Novel bacterial group potentially dominates sulfur cycling in the dark ocean
    DOI 10.21203/rs.3.rs-1561045/v1
    Typ Preprint
    Autor Baltar F
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Global Structuring of Phylogenetic and Functional Diversity of Pelagic Fungi by Depth and Temperature
    DOI 10.3389/fmars.2019.00131
    Typ Journal Article
    Autor Morales S
    Journal Frontiers in Marine Science
    Seiten 131
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Taurine Is a Major Carbon and Energy Source for Marine Prokaryotes in the North Atlantic Ocean off the Iberian Peninsula
    DOI 10.1007/s00248-019-01320-y
    Typ Journal Article
    Autor Clifford E
    Journal Microbial Ecology
    Seiten 299-312
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Microbes mediating the sulfur cycle in the Atlantic Ocean and their link to chemolithoautotrophy
    DOI 10.1111/1462-2920.15759
    Typ Journal Article
    Autor De Corte D
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 7152-7167
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Phylogeny and Metabolic Potential of the Candidate Phylum SAR324
    DOI 10.3929/ethz-b-000546712
    Typ Other
    Autor Malfertheiner
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Limited carbon cycling due to high-pressure effects on the deep-sea microbiome
    DOI 10.1038/s41561-022-01081-3
    Typ Journal Article
    Autor Amano C
    Journal Nature Geoscience
    Seiten 1041-1047
    Link Publikation
  • 2023
    Titel A ubiquitous gammaproteobacterial clade dominates expression of sulfur oxidation genes across the mesopelagic ocean
    DOI 10.1038/s41564-023-01374-2
    Typ Journal Article
    Autor Baltar F
    Journal Nature Microbiology
    Seiten 1137-1148
  • 2019
    Titel Niche Differentiation of Aerobic and Anaerobic Ammonia Oxidizers in a High Latitude Deep Oxygen Minimum Zone
    DOI 10.3389/fmicb.2019.02141
    Typ Journal Article
    Autor Muck S
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 2141
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Interplay between autotrophic and heterotrophic prokaryotic metabolism in the bathypelagic realm revealed by metatranscriptomic analyses
    DOI 10.1186/s40168-023-01688-7
    Typ Journal Article
    Autor Srivastava A
    Journal Microbiome
    Seiten 239
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Depth Dependent Relationships between Temperature and Ocean Heterotrophic Prokaryotic Production
    DOI 10.3389/fmars.2016.00090
    Typ Journal Article
    Autor Lønborg C
    Journal Frontiers in Marine Science
    Seiten 90
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Geographic Distribution of Archaeal Ammonia Oxidizing Ecotypes in the Atlantic Ocean
    DOI 10.3389/fmicb.2016.00077
    Typ Journal Article
    Autor Sintes E
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 77
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Prokaryotic Responses to Ammonium and Organic Carbon Reveal Alternative CO2 Fixation Pathways and Importance of Alkaline Phosphatase in the Mesopelagic North Atlantic
    DOI 10.3389/fmicb.2016.01670
    Typ Journal Article
    Autor Baltar F
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 1670
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Dragon kings of the deep sea: marine particles deviate markedly from the common number-size spectrum
    DOI 10.1038/srep22633
    Typ Journal Article
    Autor Bochdansky A
    Journal Scientific Reports
    Seiten 22633
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Connectivity between surface and deep waters determines prokaryotic diversity in the North Atlantic Deep Water
    DOI 10.1111/1462-2920.13237
    Typ Journal Article
    Autor Frank A
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 2052-2063
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Archaeal and Bacterial Communities Associated with the Surface Mucus of Caribbean Corals Differ in Their Degree of Host Specificity and Community Turnover Over Reefs
    DOI 10.1371/journal.pone.0144702
    Typ Journal Article
    Autor Frade P
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2016
    Titel The microbiome of coral surface mucus has a key role in mediating holobiont health and survival upon disturbance
    DOI 10.1038/ismej.2016.9
    Typ Journal Article
    Autor Glasl B
    Journal The ISME Journal
    Seiten 2280-2292
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Erythromycin and GC7 fail as domain-specific inhibitors for bacterial and archaeal activity in the open ocean
    DOI 10.3354/ame01792
    Typ Journal Article
    Autor Frank A
    Journal Aquatic Microbial Ecology
    Seiten 99-110
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Crustacean zooplankton release copious amounts of dissolved organic matter as taurine in the ocean
    DOI 10.1002/lno.10603
    Typ Journal Article
    Autor Clifford E
    Journal Limnology and Oceanography
    Seiten 2745-2758
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Microbial proteins for organic material degradation in the deep ocean
    DOI 10.1073/pnas.1720765115
    Typ Journal Article
    Autor Kirchman D
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 445-447
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Organic matter processing by microbial communities throughout the Atlantic water column as revealed by metaproteomics
    DOI 10.1073/pnas.1708779115
    Typ Journal Article
    Autor Bergauer K
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Large-scale distribution of microbial and viral populations in the South Atlantic Ocean
    DOI 10.1111/1758-2229.12381
    Typ Journal Article
    Autor De Corte D
    Journal Environmental Microbiology Reports
    Seiten 305-315
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Physiological and genomic characterization of two novel marine thaumarchaeal strains indicates niche differentiation
    DOI 10.1038/ismej.2015.200
    Typ Journal Article
    Autor Bayer B
    Journal The ISME Journal
    Seiten 1051-1063
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Conservation of dissolved organic matter molecular composition during mixing of the deep water masses of the northeast Atlantic Ocean
    DOI 10.1016/j.marchem.2015.06.001
    Typ Journal Article
    Autor Hansman R
    Journal Marine Chemistry
    Seiten 288-297
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Macroecological patterns of archaeal ammonia oxidizers in the Atlantic Ocean
    DOI 10.1111/mec.13365
    Typ Journal Article
    Autor Sintes E
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 4931-4942
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Metagenomic insights into zooplankton-associated bacterial communities
    DOI 10.1111/1462-2920.13944
    Typ Journal Article
    Autor De Corte D
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 492-505
    Link Publikation
  • 2017
    Titel SAR202 Genomes from the Dark Ocean Predict Pathways for the Oxidation of Recalcitrant Dissolved Organic Matter
    DOI 10.1128/mbio.00413-17
    Typ Journal Article
    Autor Landry Z
    Journal mBio
    Link Publikation
  • 2022
    Titel A device for assessing microbial activity under ambient hydrostatic pressure: The in situ microbial incubator (ISMI)
    DOI 10.1002/lom3.10528
    Typ Journal Article
    Autor Amano C
    Journal Limnology and Oceanography: Methods
    Seiten 69-81
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Prokaryotic Life in the Deep Ocean's Water Column
    DOI 10.1146/annurev-marine-032122-115655
    Typ Journal Article
    Autor Herndl G
    Journal Annual Review of Marine Science
    Seiten 461-483
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Extracellular Enzymatic Activities of Oceanic Pelagic Fungal Strains and the Influence of Temperature
    DOI 10.3390/jof8060571
    Typ Journal Article
    Autor Alekseyeva K
    Journal Journal of Fungi
    Seiten 571
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Bacterial Versus Archaeal Origin of Extracellular Enzymatic Activity in the Northeast Atlantic Deep Waters
    DOI 10.1007/s00248-012-0126-7
    Typ Journal Article
    Autor Baltar F
    Journal Microbial Ecology
    Seiten 277-288
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Temporal dynamics in the free-living bacterial community composition in the coastal North Sea
    DOI 10.1111/1574-6941.12003
    Typ Journal Article
    Autor Eva S
    Journal FEMS Microbiology Ecology
    Seiten 413-424
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Linkage between copepods and bacteria in the North Atlantic Ocean
    DOI 10.3354/ame01696
    Typ Journal Article
    Autor De Corte D
    Journal Aquatic Microbial Ecology
    Seiten 215-225
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Seasonal variation in marine-snow-associated and ambient-water prokaryotic communities in the northern Adriatic Sea
    DOI 10.3354/ame01718
    Typ Journal Article
    Autor Vojvoda J
    Journal Aquatic Microbial Ecology
    Seiten 211-224
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Resolving the abundance and air-sea fluxes of airborne microorganisms in the North Atlantic Ocean
    DOI 10.3389/fmicb.2014.00557
    Typ Journal Article
    Autor Mayol E
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 557
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Fracture zones in the Mid Atlantic Ridge lead to alterations in prokaryotic and viral parameters in deep-water masses
    DOI 10.3389/fmicb.2014.00264
    Typ Journal Article
    Autor Muck S
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 264
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Links between viruses and prokaryotes throughout the water column along a North Atlantic latitudinal transect
    DOI 10.1038/ismej.2011.214
    Typ Journal Article
    Autor De Corte D
    Journal The ISME Journal
    Seiten 1566-1577
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Comparison between MICRO–CARD–FISH and 16S rRNA gene clone libraries to assess the active versus total bacterial community in the coastal Arctic
    DOI 10.1111/1758-2229.12013
    Typ Journal Article
    Autor De Corte D
    Journal Environmental Microbiology Reports
    Seiten 272-281
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Archaeal amoA gene diversity points to distinct biogeography of ammonia-oxidizing Crenarchaeota in the ocean
    DOI 10.1111/j.1462-2920.2012.02801.x
    Typ Journal Article
    Autor Sintes E
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 1647-1658
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Differentiating leucine incorporation of Archaea and Bacteria throughout the water column of the eastern Atlantic using metabolic inhibitors
    DOI 10.3354/ame01575
    Typ Journal Article
    Autor Yokokawa T
    Journal Aquatic Microbial Ecology
    Seiten 247-256
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Microbial control of the dark end of the biological pump
    DOI 10.1038/ngeo1921
    Typ Journal Article
    Autor Herndl G
    Journal Nature Geoscience
    Seiten 718-724
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Diversity and distribution of microbial eukaryotes in the deep tropical and subtropical North Atlantic Ocean
    DOI 10.1016/j.dsr.2013.04.010
    Typ Journal Article
    Autor Morgan-Smith D
    Journal Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers
    Seiten 58-69
  • 2013
    Titel Spatial patterns of bacterial and archaeal communities along the Romanche Fracture Zone (tropical Atlantic)
    DOI 10.1111/1574-6941.12142
    Typ Journal Article
    Autor Lekunberri I
    Journal FEMS Microbiology Ecology
    Seiten 537-552
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Development and deployment of a point-source digital inline holographic microscope for the study of plankton and particles to a depth of 6000 m
    DOI 10.4319/lom.2013.11.28
    Typ Journal Article
    Autor Bochdansky A
    Journal Limnology and Oceanography: Methods
    Seiten 28-40
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Major Effect of Hydrogen Peroxide on Bacterioplankton Metabolism in the Northeast Atlantic
    DOI 10.1371/journal.pone.0061051
    Typ Journal Article
    Autor Baltar F
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Bacterially derived dissolved organic matter in the microbial carbon pump.
    Typ Journal Article
    Autor Benner R
    Journal Science booklet
  • 2011
    Titel Potential for Chemolithoautotrophy Among Ubiquitous Bacteria Lineages in the Dark Ocean
    DOI 10.1126/science.1203690
    Typ Journal Article
    Autor Swan B
    Journal Science
    Seiten 1296-1300
  • 2013
    Titel Abundance and distribution of archaeal acetyl-CoA/propionyl-CoA carboxylase genes indicative for putatively chemoautotrophic Archaea in the tropical Atlantic's interior
    DOI 10.1111/1574-6941.12073
    Typ Journal Article
    Autor Bergauer K
    Journal FEMS Microbiology Ecology
    Seiten 461-473
    Link Publikation

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