E.coli 23S rRNA SELEX

Erwin-Schrödinger-Stipendium J 1920E.coli 23S rRNA SELEXKatharina SEMRAD26.06.2000 Die 23S rRNA der grossen ribosonalen Untereinheit ist am wahrscheinlichsten das katalytische Zentrum des Translationsapparates und für die Katalyse der Knüpfung der Peptid-Bindung zuständig. Es wurde gezeigt, dass in vitro zusammengesetzte 50S Untereinheiten (hervorgegangen aus in vivo isolierter RNA und Protein Komponenten) die Knüpfung der Peptidt-Bindung katalysieren können. Wird jedoeh die 23S rRNA von E.coli in vitro transkribiert und dann mit dem in vivo Proteinextrakt der grossen ribosomalen Untereinheit (TP50) zusammengesetzt, so können, die daraus resultierenden 50S Untereinheiten keine Knüpfung der Peptid-Bindung mehr katalysieren. Es wurde ein 80 Nukleotide langes Fragment in der 23S rRNA idenitifiziert, das posttranskriptionell -modifiziert, werden muss um Peptidyl-Transferase aktive 50S Untereinheiten zu erhalten. Diese Modifikationen sind mit grosser Wahrscheinlichkeit notwendig um Faltung der RNA in die korrekte Endstruktur zu gewährleisten, und sind daher nicht direkt für die Katalyse notwendig. In diesem Projekt soll mittels eines SELEX Experiments, ausgehend von einem durch PCR mutagenisierten 23S rRNA Pool, 23S rRNA Mutanten selektiert werden, die auch in der Abwesenheit von posttranskriptinellen Modifikationen zu katalytisch aktiven 50S Untereinheiten zusammengesetzt werden können.