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Computergestützte Photochemie und Photobiologie

Computational Photochemistry and Photobiology

Hans Lischka (ORCID: )
  • Grant-DOI 10.55776/P18411
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.09.2006
  • Projektende 31.08.2010
  • Bewilligungssumme 250.772 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Chemie (100%)

Keywords

    Quantum Chemistry, Excited states, Conical Intersections, Dynamics, Retinal, Excited-State Proton Transfer

Abstract Endbericht

Die Computergestützte Chemie hat in den letzten Jahren auf Grund neuerer Methoden- und Hardwareentwicklungen einen dramatischen Fortschritt gemacht. Computersimulationen basierend auf quantenchemischen Rechenmethoden haben eine Genauigkeit erreicht, die in sehr vielen Fällen mit dem Experiment Schritt halten kann. Das Gebiet der Photochemie und Photobiologie ist äußerst faszinierend, da es eine Reihe von herausfordernden theoretischen Problemen mit interessanten chemischen Fragestellungen kombiniert. Die quantenchemische Beschreibung elektronisch angeregter Zustände ist wesentlich aufwendiger als die des Elektronengrundzustandes. Die wesentlichen Eigenschaften von Energieflächen elektronisch angeregter Zustände sind konischen Überschneidungen zwischen verschiedenen Zuständen. In der Umgebung einer konischen Überschneidung bricht die Born-Oppenheimer Näherung, ein Fundament der Quantenchemie, zusammen. Diese Überschneidungen sind von sehr großer mechanistischer Bedeutung, da sie Trichter bilden, durch welche ein ultraschneller, strahlungsloser Übergang in einen anderen Zustand stattfindet. In den letzten Jahren haben wir wesentliche Fortschritte bei der Entwicklung von Methoden für die analytische Berechnung von Energiegradienten angeregter Zustände und von nichtadiabatischen Kopplungstermen auf der Grundlage der Multireferenz Konfigurationswechselwirkung (MRCI) gemacht. Die Verfügbarkeit von analytischen Gradienten und Kopplungsvektoren ist von größter Bedeutung für die effiziente Bestimmung stationärer Punkte und Minima im Überschneidungssaum. Die Methoden, die wir in unser COLUMBUS Programmsystem eingebaut haben, sind weltweit einzigartig und erweitern die Möglichkeiten von Berechnungen angeregter Zustände drastisch. Die Leistungsfähigkeit unserer Methoden wurde an Hand einer größeren Zahl von Anwendungsbeispielen demonstriert. Es ist das Ziel des vorliegenden Projektes, um auf der Basis der eben dargestellten rechnerischen Möglichkeiten herausragende Problemstellungen in Photochemie und Photobiologie zu behandeln und realistische Simulationen basierend auf verlässlichen Energieflächen durchzuführen. Zwei wichtige Klassen von Anwendungen sollen untersucht werden. Die erste ist die Photodynamik von konjugierten pi-Systemen mit besonderer Betonung auf protonierte Schiff`schen Basen als Modelle für Retinal und den primären Sehvorgang. Die zweite Klasse von Anwendungen bezieht sich auf intra- und intermolekularen Proton/Wasserstofftransfer und auf Wasserstoffabstraktionsprozesse in angeregten Zuständen. Diese Prozesse sind für die Photostabilität organischer Verbindungen, speziell von DNA Basen von größter Bedeutung. Für die Konstruktion von Energieflächen angeregter Zustände planen wir ein kombiniertes Vorgehen, wobei Referenzresultate basieren auf unseren MRCI Methoden zur Evaluierung anderer, weniger zeitaufwendiger Methoden Verwendung finden sollen. Für letztere sollen hauptsächlich die TDDFT und RI-CC2 Methoden eingesetzt werden. Einen weiteren Schwerpunkt unseres Projektes stellen Dynamiksimulationen dar. Wir planen, unsere Strategie der Adjustierung von Parametern semiempirischer Methoden (AM1) fortzusetzen und diese für effiziente "surface-hopping" Dynamikstudien einzusetzen. Lösungsmittel- und Umgebungseinflüsse werden unter Verwendung verschiedener Ansätze berechnet. Im Speziellen wollen wir die sequentielle Monte Carlo Quantum Mechanik (S-MC/QM) Methode verwenden, um die Vorzüge statistisch signifikanter Ensembles mit der Genauigkeit von ab initio Methoden verbinden zu können.

Photochemische Prozesse stellen ein äußerst faszinierendes Thema dar, da diese oft ganz unerwartet von konventionellen chemischen Reaktionen im Grundzustand abweichen. Ein besonders interessante Frage ist die der Photostabilität, eine Eigenschaft, die Moleküle vor Zerstörung schützt, die etwa durch Absorption des UV-Lichtes der Sonne hervor gerufen werden kann. Das genetische Material der DNA ist besonders anfällig für solche Schäden, da deren Nukleobasen UV-Licht sehr gut absorbieren. Ohne Abschirmungsmechanismen würde ein rascher molekuarer Abbau die Folge sein. Wie sehen diese Schutzmechanismen aus? Der Beantwortung dieser Frage war ein wesentlcher Teil des vorliegenden Forschungsprojektes gewidmet. Das Ziel war die Entwicklung und Anwendung von Simulationstechniken, die ein ausführliches Bild von den dynamischen Prozesse ergeben sollten. Um dieses Ziel zu erreichen, mussten mehrere Voraussetzungen erfüllt und viele Vorbereitungen getroffen werden. Die quantenchemische Berechnung von elektronischen Anregungsprozessen ist äußerst aufwendig. Spezielle Methoden und Programmpakete müssen dazu verwendet werden. Das COLUMBUS Programmsystem, in unserer Gruppe entwickelt, bietet ausgezeichnete Voraussetzungen für derartige Rechnungen. Für die Dynamiksimulationen wurde ein spezielles Programm-Paket - NEWTON-X - entwickelt, in dem ein gemischt klassisch- quantenmechanischer Ansatz des "surface hopping" verwendet wird. In Kombination mit COLUMBUS konnten ausgezeichnete Simulationen der photodynamischen Evolution von molekularen Systemen durchgeführt werden. Eines der wichtigsten Ziele waren die oben genannten DNA/RNA-Nukleobasen. Zum ersten Male konnte ein umfassender Überblick über die tatsächlich auftretenden photodynamischen Zerfallsmechanismen gegeben werden. Die Rechnungen zeigen, dass zwei Gruppen von Nucleobasen mit einem deutlich unterschiedlichen Verhalten auftreten. Eine Gruppe, die Purin Basen Adenin und Guanin, zeigt ein einfaches Zerfallsmodell, das direkt aus dem angeregten pi-pi* Zustand in nur 300 bis 600 Femtosekunden zurück in den Grundzustand führt. Die Pyrimidinbasen Thymin, Uracil und Cytosin besitzen ein weitaus komplexeres Verhalten mit "trapping" in lokalen Minima der angeregten Zustände. Aber auch in diesen Fällen waren die Abklingraten ultraschnell. Dieser ultraschnelle Zerfall ist das Hauptmotiv der Photostabilität, da auf diese Weise die elektronische Anregungsenergie direkt in Wärme umgewandelt wird, wodurch mögliche molekulare Schäden vermieden werden können. Über die Simulation der Eigenschaften von isolierten Molekülen hinaus wurden Wechselwirkungen mit der Umgebung (Lösungsmittel, biologische Systeme) untersucht. Ein quantenmechanischer / molekularmechanischer Formalismus wurde entwickelt, der die effiziente Behandlungvon DNA- und Protein-Umgebungen ermöglicht.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Marco Antonio Chaer Nascimento, Universidade Federal de Rio de Janeiro - Brasilien
  • Sylvio Canuto, Universidade de Sao Paulo - Brasilien
  • Natasha Trendafilova, Universität Sofia - Burundi
  • Mirjana Eckert-Maksic, Rudjer Boskovic Institute - Kroatien
  • Ron Shepard, Argonne National Laboratory - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 3420 Zitationen
  • 51 Publikationen
Publikationen
  • 2012
    Titel O + C2H4 potential energy surface: excited states and biradicals at the multireference level
    DOI 10.1007/s00214-012-1123-0
    Typ Journal Article
    Autor West A
    Journal Theoretical Chemistry Accounts
    Seiten 1123
  • 2010
    Titel Matrix-controlled photofragmentation of formamide : dynamics simulation in argon by nonadiabatic QM / MM method
    DOI 10.1039/c0cp00174k
    Typ Journal Article
    Autor Eckert-Maksic M
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 12719-12726
  • 2010
    Titel Does Stacking Restrain the Photodynamics of Individual Nucleobases?
    DOI 10.1021/ja1029705
    Typ Journal Article
    Autor Nachtigallova´ D
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 8261-8263
  • 2010
    Titel Solvatochromic and Ionochromic Effects of Iron(II)bis(1,10-phenanthroline)dicyano: a Theoretical Study
    DOI 10.1021/ic9020299
    Typ Journal Article
    Autor Georgieva I
    Journal Inorganic Chemistry
    Seiten 1634-1646
  • 2010
    Titel Singlet and triplet potential surfaces for the O2+C2H4 reaction
    DOI 10.1063/1.3490480
    Typ Journal Article
    Autor Park K
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 184306
    Link Publikation
  • 2010
    Titel The effect of hydration on the photo-deactivation pathways of 4-aminopyrimidine
    DOI 10.1016/j.chemphys.2010.07.034
    Typ Journal Article
    Autor Szymczak J
    Journal Chemical Physics
    Seiten 110-117
  • 2010
    Titel Non-adiabatic dynamics of pyrrole: Dependence of deactivation mechanisms on the excitation energy
    DOI 10.1016/j.chemphys.2010.07.014
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal Chemical Physics
    Seiten 26-34
  • 2010
    Titel Relaxation mechanisms of UV-photoexcited DNA and RNA nucleobases
    DOI 10.1073/pnas.1014982107
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 21453-21458
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Effect of substituents on the excited-state dynamics of the modified DNA bases 2,4-diaminopyrimidine and 2,6-diaminopurine
    DOI 10.1039/b917852j
    Typ Journal Article
    Autor Gengeliczki Z
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 5375-5388
    Link Publikation
  • 2010
    Titel The photodynamics of 2,4-diaminopyrimidine in comparison with 4-aminopyrimidine: The effect of amino-substitution
    DOI 10.1016/j.cplett.2010.07.098
    Typ Journal Article
    Autor Nachtigallová D
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 129-134
  • 2010
    Titel The charge-transfer states in a stacked nucleobase dimer complex: A benchmark study
    DOI 10.1002/jcc.21702
    Typ Journal Article
    Autor Aquino A
    Journal Journal of Computational Chemistry
    Seiten 1217-1227
  • 2010
    Titel Photostability and solvation: photodynamics of microsolvated zwitterionic glycine
    DOI 10.1039/b925246k
    Typ Journal Article
    Autor Oncák M
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 4906-4914
  • 2010
    Titel Formamide as the Model Compound for Photodissociation Studies of the Peptide Bond
    DOI 10.1007/978-90-481-3034-4_3
    Typ Book Chapter
    Autor Eckert-Maksic M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 77-106
  • 2010
    Titel The UV absorption of nucleobases: semi-classical ab initio spectra simulations
    DOI 10.1039/b924956g
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 4959-4967
  • 2008
    Titel Sensitivity of femtosecond quantum dynamics and control with respect to non-adiabatic couplings: Model simulations for the cis–trans isomerization of the dideuterated methaniminium cation
    DOI 10.1016/j.chemphys.2008.01.053
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal Chemical Physics
    Seiten 145-153
  • 2008
    Titel Ab initio study of the photochemistry of aminopyrimidine
    DOI 10.1002/qua.21612
    Typ Journal Article
    Autor Zechmann G
    Journal International Journal of Quantum Chemistry
    Seiten 1266-1276
  • 2008
    Titel Mechanism of Ultrafast Photodecay in Restricted Motions in Protonated Schiff Bases: The Pentadieniminium Cation
    DOI 10.1021/ct800148n
    Typ Journal Article
    Autor Szymczak J
    Journal Journal of Chemical Theory and Computation
    Seiten 1189-1199
  • 2008
    Titel The interplay of skeletal deformations and ultrafast excited-state intramolecular proton transfer: Experimental and theoretical investigation of 10-hydroxybenzo[h]quinoline
    DOI 10.1016/j.chemphys.2007.10.021
    Typ Journal Article
    Autor Schriever C
    Journal Chemical Physics
    Seiten 446-461
  • 2008
    Titel Theoretical investigation of the mode-specific induced non-radiative decay in 2-pyridone
    DOI 10.1016/j.chemphys.2008.02.007
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal Chemical Physics
    Seiten 278-286
  • 2008
    Titel Nonadiabatic Deactivation of 9H-Adenine: A Comprehensive Picture Based on Mixed Quantum-Classical Dynamics
    DOI 10.1021/ja800589p
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 6831-6839
  • 2008
    Titel The effect of protonation on the photodissociation processes in formamide – An ab initio surface hopping dynamics study
    DOI 10.1016/j.chemphys.2008.01.026
    Typ Journal Article
    Autor Antol I
    Journal Chemical Physics
    Seiten 308-318
  • 2008
    Titel Photophysics and Deactivation Pathways of Thymine
    DOI 10.1021/jp804309x
    Typ Journal Article
    Autor Zechmann G
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 8273-8279
  • 2007
    Titel Can the Nonadiabatic Photodynamics of Aminopyrimidine Be a Model for the Ultrafast Deactivation of Adenine?
    DOI 10.1021/jp070089w
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 2852-2858
  • 2007
    Titel Simulation of the photodeactivation of formamide in the nO-p* and p-p* states: An ab initio on-the-fly surface-hopping dynamics study
    DOI 10.1063/1.2804862
    Typ Journal Article
    Autor Antol I
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 234303
  • 2007
    Titel Theoretical Study of Metal-Ligand Interaction in Sm(III), Eu(III), and Tb(III) Complexes of Coumarin-3-Carboxylic Acid in the Gas Phase and Solution
    DOI 10.1021/ic7016616
    Typ Journal Article
    Autor Georgieva I
    Journal Inorganic Chemistry
    Seiten 10926-10936
  • 2007
    Titel The on-the-fly surface-hopping program system Newton-X: Application to ab initio simulation of the nonadiabatic photodynamics of benchmark systems
    DOI 10.1016/j.jphotochem.2006.12.008
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry
    Seiten 228-240
  • 2006
    Titel Excited-State Properties and Environmental Effects for Protonated Schiff Bases: A Theoretical Study
    DOI 10.1002/cphc.200600199
    Typ Journal Article
    Autor Aquino A
    Journal ChemPhysChem
    Seiten 2089-2096
  • 2009
    Titel Dynamics starting at a conical intersection: Application to the photochemistry of pyrrole
    DOI 10.1063/1.3175799
    Typ Journal Article
    Autor Sellner B
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 024312
  • 2009
    Titel UV excitation and radiationless deactivation of imidazole
    DOI 10.1063/1.3056197
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 034305
  • 2009
    Titel Ultrafast internal conversion pathway and mechanism in 2-(2'-hydroxyphenyl)benzothiazole : a case study for excited-state intramolecular proton transfer systems
    DOI 10.1039/b814255f
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 1406-1415
  • 2009
    Titel Excited-State Diproton Transfer in [2,2'-Bipyridyl]-3,3'-diol: the Mechanism Is Sequential, Not Concerted
    DOI 10.1021/jp9032172
    Typ Journal Article
    Autor Plasser F
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 8490-8499
  • 2009
    Titel The Isomerization Barrier in Cyanocyclobutadienes: An ab Initio Multireference Average Quadratic Coupled Cluster Study
    DOI 10.1021/jp9015273
    Typ Journal Article
    Autor Eckert-Maksic´ M
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 8351-8358
  • 2009
    Titel Theoretical Study of the Relations between Structure and Photophysical Properties of Model Oligofluorenes with Central Keto Defect
    DOI 10.1021/jp902658u
    Typ Journal Article
    Autor Lukes? V
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 14141-14149
  • 2009
    Titel Is the Photoinduced Isomerization in Retinal Protonated Schiff Bases a Single- or Double-Torsional Process?
    DOI 10.1021/jp903329j
    Typ Journal Article
    Autor Szymczak J
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 11907-11918
  • 2009
    Titel O(3P) + C2H4 Potential Energy Surface: Study at the Multireference Level
    DOI 10.1021/jp905070z
    Typ Journal Article
    Autor West A
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 12663-12674
  • 2009
    Titel Photodynamics Simulations of Thymine: Relaxation into the First Excited Singlet State
    DOI 10.1021/jp905085x
    Typ Journal Article
    Autor Szymczak J
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 12686-12693
    Link Publikation
  • 2009
    Titel The electronically excited states of RDX (hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine): Vertical excitations
    DOI 10.1002/qua.22043
    Typ Journal Article
    Autor Borges I
    Journal International Journal of Quantum Chemistry
    Seiten 2348-2355
  • 2009
    Titel Excited-state non-adiabatic dynamics simulations of pyrrole
    DOI 10.1080/00268970802665639
    Typ Journal Article
    Autor Vazdar M
    Journal Molecular Physics
    Seiten 845-854
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Nonadiabatic excited-state dynamics of polar p-systems and related model compounds of biological relevance
    DOI 10.1039/b709315m
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 482-494
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Theoretical study of the excitation spectrum of azomethane
    DOI 10.1016/j.chemphys.2010.08.013
    Typ Journal Article
    Autor Szalay P
    Journal Chemical Physics
    Seiten 9-16
  • 2011
    Titel Semiclassical dynamics simulations of charge transport in stacked p-systems
    DOI 10.1063/1.3526697
    Typ Journal Article
    Autor Plasser F
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 034309
  • 2011
    Titel The decay mechanism of photoexcited guanine - A nonadiabatic dynamics study
    DOI 10.1063/1.3521498
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 014304
  • 2011
    Titel Electronic spectra of nitroethylene
    DOI 10.1002/qua.23080
    Typ Journal Article
    Autor Borges I
    Journal International Journal of Quantum Chemistry
    Seiten 1225-1232
  • 2010
    Titel Photodynamics of Azomethane: A Nonadiabatic Surface-Hopping Study
    DOI 10.1021/jp101745t
    Typ Journal Article
    Autor Sellner B
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 8778-8785
  • 2010
    Titel Nonadiabatic Excited-State Dynamics with Hybrid ab Initio Quantum-Mechanical/Molecular-Mechanical Methods: Solvation of the Pentadieniminium Cation in Apolar Media
    DOI 10.1021/jp103101t
    Typ Journal Article
    Autor Ruckenbauer M
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 6757-6765
  • 2010
    Titel Azomethane: Nonadiabatic Photodynamical Simulations in Solution
    DOI 10.1021/jp108844g
    Typ Journal Article
    Autor Ruckenbauer M
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 12585-12590
  • 2010
    Titel The effect of C5 substitution on the photochemistry of uracil
    DOI 10.1039/b925803p
    Typ Journal Article
    Autor Nachtigallová D
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 4924-4933
    Link Publikation
  • 2006
    Titel Ab initio nonadiabatic dynamics study of ultrafast radiationless decay over conical intersections illustrated on the Na3F cluster
    DOI 10.1063/1.2209233
    Typ Journal Article
    Autor Mitric R
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 024303
  • 2006
    Titel The nonadiabatic deactivation paths of pyrrole
    DOI 10.1063/1.2363376
    Typ Journal Article
    Autor Barbatti M
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 164323
  • 2006
    Titel An Ab Initio Study of the Excited States, Isomerization Energy Profiles and Conical Intersections of a Chiral Cyclohexylidene Derivative
    DOI 10.1021/jp066090x
    Typ Journal Article
    Autor Schreiber M
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 238-243
  • 2006
    Titel Excited-State Proton Transfer in 7-Hydroxy-4-methylcoumarin along a Hydrogen-Bonded Water Wire
    DOI 10.1021/jp0662202
    Typ Journal Article
    Autor Georgieva I
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 127-135

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