Computergestützte Photochemie und Photobiologie
Computational Photochemistry and Photobiology
Wissenschaftsdisziplinen
Chemie (100%)
Keywords
-
Quantum Chemistry,
Excited states,
Conical Intersections,
Dynamics,
Retinal,
Excited-State Proton Transfer
Die Computergestützte Chemie hat in den letzten Jahren auf Grund neuerer Methoden- und Hardwareentwicklungen einen dramatischen Fortschritt gemacht. Computersimulationen basierend auf quantenchemischen Rechenmethoden haben eine Genauigkeit erreicht, die in sehr vielen Fällen mit dem Experiment Schritt halten kann. Das Gebiet der Photochemie und Photobiologie ist äußerst faszinierend, da es eine Reihe von herausfordernden theoretischen Problemen mit interessanten chemischen Fragestellungen kombiniert. Die quantenchemische Beschreibung elektronisch angeregter Zustände ist wesentlich aufwendiger als die des Elektronengrundzustandes. Die wesentlichen Eigenschaften von Energieflächen elektronisch angeregter Zustände sind konischen Überschneidungen zwischen verschiedenen Zuständen. In der Umgebung einer konischen Überschneidung bricht die Born-Oppenheimer Näherung, ein Fundament der Quantenchemie, zusammen. Diese Überschneidungen sind von sehr großer mechanistischer Bedeutung, da sie Trichter bilden, durch welche ein ultraschneller, strahlungsloser Übergang in einen anderen Zustand stattfindet. In den letzten Jahren haben wir wesentliche Fortschritte bei der Entwicklung von Methoden für die analytische Berechnung von Energiegradienten angeregter Zustände und von nichtadiabatischen Kopplungstermen auf der Grundlage der Multireferenz Konfigurationswechselwirkung (MRCI) gemacht. Die Verfügbarkeit von analytischen Gradienten und Kopplungsvektoren ist von größter Bedeutung für die effiziente Bestimmung stationärer Punkte und Minima im Überschneidungssaum. Die Methoden, die wir in unser COLUMBUS Programmsystem eingebaut haben, sind weltweit einzigartig und erweitern die Möglichkeiten von Berechnungen angeregter Zustände drastisch. Die Leistungsfähigkeit unserer Methoden wurde an Hand einer größeren Zahl von Anwendungsbeispielen demonstriert. Es ist das Ziel des vorliegenden Projektes, um auf der Basis der eben dargestellten rechnerischen Möglichkeiten herausragende Problemstellungen in Photochemie und Photobiologie zu behandeln und realistische Simulationen basierend auf verlässlichen Energieflächen durchzuführen. Zwei wichtige Klassen von Anwendungen sollen untersucht werden. Die erste ist die Photodynamik von konjugierten pi-Systemen mit besonderer Betonung auf protonierte Schiff`schen Basen als Modelle für Retinal und den primären Sehvorgang. Die zweite Klasse von Anwendungen bezieht sich auf intra- und intermolekularen Proton/Wasserstofftransfer und auf Wasserstoffabstraktionsprozesse in angeregten Zuständen. Diese Prozesse sind für die Photostabilität organischer Verbindungen, speziell von DNA Basen von größter Bedeutung. Für die Konstruktion von Energieflächen angeregter Zustände planen wir ein kombiniertes Vorgehen, wobei Referenzresultate basieren auf unseren MRCI Methoden zur Evaluierung anderer, weniger zeitaufwendiger Methoden Verwendung finden sollen. Für letztere sollen hauptsächlich die TDDFT und RI-CC2 Methoden eingesetzt werden. Einen weiteren Schwerpunkt unseres Projektes stellen Dynamiksimulationen dar. Wir planen, unsere Strategie der Adjustierung von Parametern semiempirischer Methoden (AM1) fortzusetzen und diese für effiziente "surface-hopping" Dynamikstudien einzusetzen. Lösungsmittel- und Umgebungseinflüsse werden unter Verwendung verschiedener Ansätze berechnet. Im Speziellen wollen wir die sequentielle Monte Carlo Quantum Mechanik (S-MC/QM) Methode verwenden, um die Vorzüge statistisch signifikanter Ensembles mit der Genauigkeit von ab initio Methoden verbinden zu können.
Photochemische Prozesse stellen ein äußerst faszinierendes Thema dar, da diese oft ganz unerwartet von konventionellen chemischen Reaktionen im Grundzustand abweichen. Ein besonders interessante Frage ist die der Photostabilität, eine Eigenschaft, die Moleküle vor Zerstörung schützt, die etwa durch Absorption des UV-Lichtes der Sonne hervor gerufen werden kann. Das genetische Material der DNA ist besonders anfällig für solche Schäden, da deren Nukleobasen UV-Licht sehr gut absorbieren. Ohne Abschirmungsmechanismen würde ein rascher molekuarer Abbau die Folge sein. Wie sehen diese Schutzmechanismen aus? Der Beantwortung dieser Frage war ein wesentlcher Teil des vorliegenden Forschungsprojektes gewidmet. Das Ziel war die Entwicklung und Anwendung von Simulationstechniken, die ein ausführliches Bild von den dynamischen Prozesse ergeben sollten. Um dieses Ziel zu erreichen, mussten mehrere Voraussetzungen erfüllt und viele Vorbereitungen getroffen werden. Die quantenchemische Berechnung von elektronischen Anregungsprozessen ist äußerst aufwendig. Spezielle Methoden und Programmpakete müssen dazu verwendet werden. Das COLUMBUS Programmsystem, in unserer Gruppe entwickelt, bietet ausgezeichnete Voraussetzungen für derartige Rechnungen. Für die Dynamiksimulationen wurde ein spezielles Programm-Paket - NEWTON-X - entwickelt, in dem ein gemischt klassisch- quantenmechanischer Ansatz des "surface hopping" verwendet wird. In Kombination mit COLUMBUS konnten ausgezeichnete Simulationen der photodynamischen Evolution von molekularen Systemen durchgeführt werden. Eines der wichtigsten Ziele waren die oben genannten DNA/RNA-Nukleobasen. Zum ersten Male konnte ein umfassender Überblick über die tatsächlich auftretenden photodynamischen Zerfallsmechanismen gegeben werden. Die Rechnungen zeigen, dass zwei Gruppen von Nucleobasen mit einem deutlich unterschiedlichen Verhalten auftreten. Eine Gruppe, die Purin Basen Adenin und Guanin, zeigt ein einfaches Zerfallsmodell, das direkt aus dem angeregten pi-pi* Zustand in nur 300 bis 600 Femtosekunden zurück in den Grundzustand führt. Die Pyrimidinbasen Thymin, Uracil und Cytosin besitzen ein weitaus komplexeres Verhalten mit "trapping" in lokalen Minima der angeregten Zustände. Aber auch in diesen Fällen waren die Abklingraten ultraschnell. Dieser ultraschnelle Zerfall ist das Hauptmotiv der Photostabilität, da auf diese Weise die elektronische Anregungsenergie direkt in Wärme umgewandelt wird, wodurch mögliche molekulare Schäden vermieden werden können. Über die Simulation der Eigenschaften von isolierten Molekülen hinaus wurden Wechselwirkungen mit der Umgebung (Lösungsmittel, biologische Systeme) untersucht. Ein quantenmechanischer / molekularmechanischer Formalismus wurde entwickelt, der die effiziente Behandlungvon DNA- und Protein-Umgebungen ermöglicht.
- Universität Wien - 100%
- Marco Antonio Chaer Nascimento, Universidade Federal de Rio de Janeiro - Brasilien
- Sylvio Canuto, Universidade de Sao Paulo - Brasilien
- Natasha Trendafilova, Universität Sofia - Burundi
- Mirjana Eckert-Maksic, Rudjer Boskovic Institute - Kroatien
- Ron Shepard, Argonne National Laboratory - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 3420 Zitationen
- 51 Publikationen
-
2011
Titel Electronic spectra of nitroethylene DOI 10.1002/qua.23080 Typ Journal Article Autor Borges I Journal International Journal of Quantum Chemistry Seiten 1225-1232 -
2010
Titel Singlet and triplet potential surfaces for the O2+C2H4 reaction DOI 10.1063/1.3490480 Typ Journal Article Autor Park K Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 184306 Link Publikation -
2010
Titel The photodynamics of 2,4-diaminopyrimidine in comparison with 4-aminopyrimidine: The effect of amino-substitution DOI 10.1016/j.cplett.2010.07.098 Typ Journal Article Autor Nachtigallová D Journal Chemical Physics Letters Seiten 129-134 -
2010
Titel Effect of substituents on the excited-state dynamics of the modified DNA bases 2,4-diaminopyrimidine and 2,6-diaminopurine DOI 10.1039/b917852j Typ Journal Article Autor Gengeliczki Z Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 5375-5388 Link Publikation -
2010
Titel Formamide as the Model Compound for Photodissociation Studies of the Peptide Bond DOI 10.1007/978-90-481-3034-4_3 Typ Book Chapter Autor Eckert-Maksic M Verlag Springer Nature Seiten 77-106 -
2010
Titel Photostability and solvation: photodynamics of microsolvated zwitterionic glycine DOI 10.1039/b925246k Typ Journal Article Autor Oncák M Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 4906-4914 -
2010
Titel The charge-transfer states in a stacked nucleobase dimer complex: A benchmark study DOI 10.1002/jcc.21702 Typ Journal Article Autor Aquino A Journal Journal of Computational Chemistry Seiten 1217-1227 -
2010
Titel Matrix-controlled photofragmentation of formamide : dynamics simulation in argon by nonadiabatic QM / MM method DOI 10.1039/c0cp00174k Typ Journal Article Autor Eckert-Maksic M Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 12719-12726 -
2010
Titel Azomethane: Nonadiabatic Photodynamical Simulations in Solution DOI 10.1021/jp108844g Typ Journal Article Autor Ruckenbauer M Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 12585-12590 -
2010
Titel Nonadiabatic Excited-State Dynamics with Hybrid ab Initio Quantum-Mechanical/Molecular-Mechanical Methods: Solvation of the Pentadieniminium Cation in Apolar Media DOI 10.1021/jp103101t Typ Journal Article Autor Ruckenbauer M Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 6757-6765 -
2010
Titel Photodynamics of Azomethane: A Nonadiabatic Surface-Hopping Study DOI 10.1021/jp101745t Typ Journal Article Autor Sellner B Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 8778-8785 -
2010
Titel The effect of C5 substitution on the photochemistry of uracil DOI 10.1039/b925803p Typ Journal Article Autor Nachtigallová D Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 4924-4933 Link Publikation -
2009
Titel Theoretical Study of the Relations between Structure and Photophysical Properties of Model Oligofluorenes with Central Keto Defect DOI 10.1021/jp902658u Typ Journal Article Autor Lukes? V Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 14141-14149 -
2009
Titel Excited-State Diproton Transfer in [2,2'-Bipyridyl]-3,3'-diol: the Mechanism Is Sequential, Not Concerted DOI 10.1021/jp9032172 Typ Journal Article Autor Plasser F Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 8490-8499 -
2009
Titel Is the Photoinduced Isomerization in Retinal Protonated Schiff Bases a Single- or Double-Torsional Process? DOI 10.1021/jp903329j Typ Journal Article Autor Szymczak J Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 11907-11918 -
2009
Titel O(3P) + C2H4 Potential Energy Surface: Study at the Multireference Level DOI 10.1021/jp905070z Typ Journal Article Autor West A Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 12663-12674 -
2009
Titel Photodynamics Simulations of Thymine: Relaxation into the First Excited Singlet State DOI 10.1021/jp905085x Typ Journal Article Autor Szymczak J Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 12686-12693 Link Publikation -
2009
Titel The Isomerization Barrier in Cyanocyclobutadienes: An ab Initio Multireference Average Quadratic Coupled Cluster Study DOI 10.1021/jp9015273 Typ Journal Article Autor Eckert-Maksic´ M Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 8351-8358 -
2009
Titel Dynamics starting at a conical intersection: Application to the photochemistry of pyrrole DOI 10.1063/1.3175799 Typ Journal Article Autor Sellner B Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 024312 -
2009
Titel UV excitation and radiationless deactivation of imidazole DOI 10.1063/1.3056197 Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 034305 -
2009
Titel The electronically excited states of RDX (hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine): Vertical excitations DOI 10.1002/qua.22043 Typ Journal Article Autor Borges I Journal International Journal of Quantum Chemistry Seiten 2348-2355 -
2009
Titel Ultrafast internal conversion pathway and mechanism in 2-(2'-hydroxyphenyl)benzothiazole : a case study for excited-state intramolecular proton transfer systems DOI 10.1039/b814255f Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 1406-1415 -
2009
Titel Excited-state non-adiabatic dynamics simulations of pyrrole DOI 10.1080/00268970802665639 Typ Journal Article Autor Vazdar M Journal Molecular Physics Seiten 845-854 Link Publikation -
2012
Titel O + C2H4 potential energy surface: excited states and biradicals at the multireference level DOI 10.1007/s00214-012-1123-0 Typ Journal Article Autor West A Journal Theoretical Chemistry Accounts Seiten 1123 -
2011
Titel Theoretical study of the excitation spectrum of azomethane DOI 10.1016/j.chemphys.2010.08.013 Typ Journal Article Autor Szalay P Journal Chemical Physics Seiten 9-16 -
2010
Titel Relaxation mechanisms of UV-photoexcited DNA and RNA nucleobases DOI 10.1073/pnas.1014982107 Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Seiten 21453-21458 Link Publikation -
2010
Titel Does Stacking Restrain the Photodynamics of Individual Nucleobases? DOI 10.1021/ja1029705 Typ Journal Article Autor Nachtigallova´ D Journal Journal of the American Chemical Society Seiten 8261-8263 -
2010
Titel The effect of hydration on the photo-deactivation pathways of 4-aminopyrimidine DOI 10.1016/j.chemphys.2010.07.034 Typ Journal Article Autor Szymczak J Journal Chemical Physics Seiten 110-117 -
2010
Titel Non-adiabatic dynamics of pyrrole: Dependence of deactivation mechanisms on the excitation energy DOI 10.1016/j.chemphys.2010.07.014 Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal Chemical Physics Seiten 26-34 -
2010
Titel The UV absorption of nucleobases: semi-classical ab initio spectra simulations DOI 10.1039/b924956g Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 4959-4967 -
2010
Titel Solvatochromic and Ionochromic Effects of Iron(II)bis(1,10-phenanthroline)dicyano: a Theoretical Study DOI 10.1021/ic9020299 Typ Journal Article Autor Georgieva I Journal Inorganic Chemistry Seiten 1634-1646 -
2011
Titel Semiclassical dynamics simulations of charge transport in stacked p-systems DOI 10.1063/1.3526697 Typ Journal Article Autor Plasser F Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 034309 -
2011
Titel The decay mechanism of photoexcited guanine - A nonadiabatic dynamics study DOI 10.1063/1.3521498 Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 014304 -
2008
Titel The effect of protonation on the photodissociation processes in formamide – An ab initio surface hopping dynamics study DOI 10.1016/j.chemphys.2008.01.026 Typ Journal Article Autor Antol I Journal Chemical Physics Seiten 308-318 -
2008
Titel The interplay of skeletal deformations and ultrafast excited-state intramolecular proton transfer: Experimental and theoretical investigation of 10-hydroxybenzo[h]quinoline DOI 10.1016/j.chemphys.2007.10.021 Typ Journal Article Autor Schriever C Journal Chemical Physics Seiten 446-461 -
2008
Titel Theoretical investigation of the mode-specific induced non-radiative decay in 2-pyridone DOI 10.1016/j.chemphys.2008.02.007 Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal Chemical Physics Seiten 278-286 -
2008
Titel Ab initio study of the photochemistry of aminopyrimidine DOI 10.1002/qua.21612 Typ Journal Article Autor Zechmann G Journal International Journal of Quantum Chemistry Seiten 1266-1276 -
2008
Titel Mechanism of Ultrafast Photodecay in Restricted Motions in Protonated Schiff Bases: The Pentadieniminium Cation DOI 10.1021/ct800148n Typ Journal Article Autor Szymczak J Journal Journal of Chemical Theory and Computation Seiten 1189-1199 -
2008
Titel Nonadiabatic Deactivation of 9H-Adenine: A Comprehensive Picture Based on Mixed Quantum-Classical Dynamics DOI 10.1021/ja800589p Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal Journal of the American Chemical Society Seiten 6831-6839 -
2008
Titel Photophysics and Deactivation Pathways of Thymine DOI 10.1021/jp804309x Typ Journal Article Autor Zechmann G Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 8273-8279 -
2008
Titel Sensitivity of femtosecond quantum dynamics and control with respect to non-adiabatic couplings: Model simulations for the cis–trans isomerization of the dideuterated methaniminium cation DOI 10.1016/j.chemphys.2008.01.053 Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal Chemical Physics Seiten 145-153 -
2008
Titel Nonadiabatic excited-state dynamics of polar p-systems and related model compounds of biological relevance DOI 10.1039/b709315m Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 482-494 Link Publikation -
2007
Titel Simulation of the photodeactivation of formamide in the nO-p* and p-p* states: An ab initio on-the-fly surface-hopping dynamics study DOI 10.1063/1.2804862 Typ Journal Article Autor Antol I Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 234303 -
2007
Titel Theoretical Study of Metal-Ligand Interaction in Sm(III), Eu(III), and Tb(III) Complexes of Coumarin-3-Carboxylic Acid in the Gas Phase and Solution DOI 10.1021/ic7016616 Typ Journal Article Autor Georgieva I Journal Inorganic Chemistry Seiten 10926-10936 -
2007
Titel Can the Nonadiabatic Photodynamics of Aminopyrimidine Be a Model for the Ultrafast Deactivation of Adenine? DOI 10.1021/jp070089w Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 2852-2858 -
2007
Titel The on-the-fly surface-hopping program system Newton-X: Application to ab initio simulation of the nonadiabatic photodynamics of benchmark systems DOI 10.1016/j.jphotochem.2006.12.008 Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry Seiten 228-240 -
2006
Titel Ab initio nonadiabatic dynamics study of ultrafast radiationless decay over conical intersections illustrated on the Na3F cluster DOI 10.1063/1.2209233 Typ Journal Article Autor Mitric R Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 024303 -
2006
Titel The nonadiabatic deactivation paths of pyrrole DOI 10.1063/1.2363376 Typ Journal Article Autor Barbatti M Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 164323 -
2006
Titel An Ab Initio Study of the Excited States, Isomerization Energy Profiles and Conical Intersections of a Chiral Cyclohexylidene Derivative DOI 10.1021/jp066090x Typ Journal Article Autor Schreiber M Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 238-243 -
2006
Titel Excited-State Proton Transfer in 7-Hydroxy-4-methylcoumarin along a Hydrogen-Bonded Water Wire DOI 10.1021/jp0662202 Typ Journal Article Autor Georgieva I Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 127-135 -
2006
Titel Excited-State Properties and Environmental Effects for Protonated Schiff Bases: A Theoretical Study DOI 10.1002/cphc.200600199 Typ Journal Article Autor Aquino A Journal ChemPhysChem Seiten 2089-2096