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Selektion in Drosophila melanogaster Populationen

Local selective sweeps in Drosophila melanogaster

Christian Schlötterer (ORCID: 0000-0003-4710-6526)
  • Grant-DOI 10.55776/P19467
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.10.2007
  • Projektende 30.09.2012
  • Bewilligungssumme 373.481 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Dosophila melanogaster, Adaptation, Selektion

Abstract Endbericht

Mittlerweile hat sich die Identifizierung von genomischen Regionen durch populationsgenetische Methoden als eine weitverbreitete Methode in der Genomforschung etabliert. Das vorgelegte Förderungsansuchen baut auf bereits durchgeführte Untersuchungen in D. melanogaster auf. Bereits identifizierte Kandidatenregionen sollen in mehreren nicht-Afrikanischen D. melanogaster Populationen analysiert werden, um örtlich begrenzte Selektionsereignisse zu identifizieren.

In dem Projekt wurde eine Fülle an Fragestellungen bearbeitet, die jedoch alle mit Populationsstruktur und Selektion in Drosophila im Zusammenhang stehen. Der Schwerpunkt des Projekts lag auf der Etablierung einer speziellen Anwendung der Next Generation Sequencing Technologie: Gleichzeitige Sequenzierung von mehreren Individuen (Pool-Seq) zur genom-weiten Abschätzung von Allelfrequenzen. Dafür wurden in Rahmen des Projektes mehrere Analyseprogramme entwickelt, die überwiegend auf der Google Codes Webseite zur Verfügung gestellt werden. Mit Hilfe dieser Analyseprogramme haben wir im Projekt natürliche und experimentelle Drosophila Populationen analysiert und dabei den Einfluss von veränderten Umweltbedingungen untersucht.

Forschungsstätte(n)
  • Veterinärmedizinische Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Thomas Wiehe, Universität Köln - Deutschland
  • Jukka Corander, Helsinki University - Finnland
  • Mark A. Beaumont, University of Reading - Vereinigtes Königreich

Research Output

  • 3617 Zitationen
  • 36 Publikationen
Publikationen
  • 2012
    Titel Genome-wide patterns of latitudinal differentiation among populations of Drosophila melanogaster from North America
    DOI 10.1111/j.1365-294x.2012.05731.x
    Typ Journal Article
    Autor Fabian D
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 4748-4769
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Sequencing of Pooled DNA Samples (Pool-Seq) Uncovers Complex Dynamics of Transposable Element Insertions in Drosophila melanogaster
    DOI 10.1371/journal.pgen.1002487
    Typ Journal Article
    Autor Kofler R
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Adaptation of Drosophila to a novel laboratory environment reveals temporally heterogeneous trajectories of selected alleles
    DOI 10.1111/j.1365-294x.2012.05673.x
    Typ Journal Article
    Autor Orozco-Terwengel P
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 4931-4941
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Inference of chromosomal inversion dynamics from Pool-Seq data in natural and laboratory populations of Drosophila melanogaster
    DOI 10.48550/arxiv.1307.2461
    Typ Preprint
    Autor Kapun M
  • 2013
    Titel Inference of chromosomal inversion dynamics from Pool-Seq data in natural and laboratory populations of Drosophila melanogaster
    DOI 10.1111/mec.12594
    Typ Journal Article
    Autor Kapun M
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 1813-1827
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Detecting Selective Sweeps from Pooled Next-Generation Sequencing Samples
    DOI 10.1093/molbev/mss090
    Typ Journal Article
    Autor Boitard S
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 2177-2186
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Estimating Empirical Codon Hidden Markov Models
    DOI 10.1093/molbev/mss266
    Typ Journal Article
    Autor De Maio N
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 725-736
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Genome-wide patterns of natural variation reveal strong selective sweeps and ongoing genomic conflict in Drosophila mauritiana
    DOI 10.1101/gr.139873.112
    Typ Journal Article
    Autor Nolte V
    Journal Genome Research
    Seiten 99-110
    Link Publikation
  • 2012
    Titel What paths do advantageous alleles take during short-term evolutionary change?
    DOI 10.1111/j.1365-294x.2012.05745.x
    Typ Journal Article
    Autor Burke M
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 4913-4916
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Gowinda: unbiased analysis of gene set enrichment for genome-wide association studies
    DOI 10.1093/bioinformatics/bts315
    Typ Journal Article
    Autor Kofler R
    Journal Bioinformatics
    Seiten 2084-2085
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Massive Habitat-Specific Genomic Response in D. melanogaster Populations during Experimental Evolution in Hot and Cold Environments
    DOI 10.1093/molbev/mst205
    Typ Journal Article
    Autor Tobler R
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 364-375
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Extensive paternal mtDNA leakage in natural populations of Drosophila melanogaster
    DOI 10.1111/mec.12256
    Typ Journal Article
    Autor Nunes M
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 2106-2117
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Pool-hmm: a Python program for estimating the allele frequency spectrum and detecting selective sweeps from next generation sequencing of pooled samples
    DOI 10.1111/1755-0998.12063
    Typ Journal Article
    Autor Boitard S
    Journal Molecular Ecology Resources
    Seiten 337-340
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Mapping Accuracy of Short Reads from Massively Parallel Sequencing and the Implications for Quantitative Expression Profiling
    DOI 10.1371/journal.pone.0006323
    Typ Journal Article
    Autor Palmieri N
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Detecting Selective Sweeps: A New Approach Based on Hidden Markov Models
    DOI 10.1534/genetics.108.100032
    Typ Journal Article
    Autor Boitard S
    Journal Genetics
    Seiten 1567-1578
    Link Publikation
  • 2009
    Titel A Single Amino Acid Replacement in ETC2 Shapes Trichome Patterning in Natural Arabidopsis Populations
    DOI 10.1016/j.cub.2009.08.057
    Typ Journal Article
    Autor Hilscher J
    Journal Current Biology
    Seiten 1747-1751
    Link Publikation
  • 2009
    Titel PanGEA: Identification of allele specific gene expression using the 454 technology
    DOI 10.1186/1471-2105-10-143
    Typ Journal Article
    Autor Kofler R
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 143
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Nonrandom Wolbachia Infection Status of Drosophila melanogaster Strains with Different mtDNA Haplotypes
    DOI 10.1093/molbev/msn199
    Typ Journal Article
    Autor Nunes M
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 2493-2498
    Link Publikation
  • 2008
    Titel African Drosophila melanogaster and D. simulans Populations Have Similar Levels of Sequence Variability, Suggesting Comparable Effective Population Sizes
    DOI 10.1534/genetics.107.080200
    Typ Journal Article
    Autor Nolte V
    Journal Genetics
    Seiten 405-412
    Link Publikation
  • 2011
    Titel PoPoolation DB: a user-friendly web-based database for the retrieval of natural polymorphisms in Drosophila
    DOI 10.1186/1471-2156-12-27
    Typ Journal Article
    Autor Pandey R
    Journal BMC Genetics
    Seiten 27
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Segregating Variation in the Polycomb Group Gene cramped Alters the Effect of Temperature on Multiple Traits
    DOI 10.1371/journal.pgen.1001280
    Typ Journal Article
    Autor Gibert J
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2011
    Titel PoPoolation2: identifying differentiation between populations using sequencing of pooled DNA samples (Pool-Seq)
    DOI 10.1093/bioinformatics/btr589
    Typ Journal Article
    Autor Kofler R
    Journal Bioinformatics
    Seiten 3435-3436
    Link Publikation
  • 2011
    Titel CANGS DB: a stand-alone web-based database tool for processing, managing and analyzing 454 data in biodiversity studies
    DOI 10.1186/1756-0500-4-227
    Typ Journal Article
    Autor Pandey R
    Journal BMC Research Notes
    Seiten 227
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Patterns of Linkage Disequilibrium and Long Range Hitchhiking in Evolving Experimental Drosophila melanogaster Populations
    DOI 10.1093/molbev/msu320
    Typ Journal Article
    Autor Franssen S
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 495-509
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Experimental evolution reveals habitat-specific fitness dynamics among Wolbachia clades in Drosophila melanogaster
    DOI 10.1111/mec.12643
    Typ Journal Article
    Autor Versace E
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 802-814
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Host adaptation to viruses relies on few genes with different cross-resistance properties
    DOI 10.1073/pnas.1400378111
    Typ Journal Article
    Autor Martins N
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 5938-5943
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Contrasting patterns of natural variation in global Drosophila melanogaster populations
    DOI 10.1111/j.1365-294x.2008.03944.x
    Typ Journal Article
    Autor Nunes M
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 4470-4479
  • 2011
    Titel PoPoolation: A Toolbox for Population Genetic Analysis of Next Generation Sequencing Data from Pooled Individuals
    DOI 10.1371/journal.pone.0015925
    Typ Journal Article
    Autor Kofler R
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Exploring the gonad transcriptome of two extreme male pigs with RNA-seq
    DOI 10.1186/1471-2164-12-552
    Typ Journal Article
    Autor Esteve-Codina A
    Journal BMC Genomics
    Seiten 552
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Genealogical lineage sorting leads to significant, but incorrect Bayesian multilocus inference of population structure
    DOI 10.1111/j.1365-294x.2010.04990.x
    Typ Journal Article
    Autor Orozco-Terwengel P
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 1108-1121
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Non-random genomic integration - an intrinsic property of retrogenes in Drosophila?
    DOI 10.1186/1471-2148-10-114
    Typ Journal Article
    Autor Metta M
    Journal BMC Evolutionary Biology
    Seiten 114
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Multiple hybridization events between Drosophila simulans and Drosophila mauritiana are supported by mtDNA introgression
    DOI 10.1111/j.1365-294x.2010.04838.x
    Typ Journal Article
    Autor Nunes M
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 4695-4707
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Pool and conquer: new tricks for (c)old problems
    DOI 10.1111/mec.12685
    Typ Journal Article
    Autor Navarro A
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 1653-1655
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Contrasting seasonal niche separation between rare and abundant taxa conceals the extent of protist diversity
    DOI 10.1111/j.1365-294x.2010.04669.x
    Typ Journal Article
    Autor Nolte V
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 2908-2915
    Link Publikation
  • 2010
    Titel CANGS: a user-friendly utility for processing and analyzing 454 GS-FLX data in biodiversity studies
    DOI 10.1186/1756-0500-3-3
    Typ Journal Article
    Autor Pandey R
    Journal BMC Research Notes
    Seiten 3
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Host Range and Specificity of the Drosophila C Virus
    DOI 10.1371/journal.pone.0012421
    Typ Journal Article
    Autor Kapun M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation

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