Selektion in Drosophila melanogaster Populationen
Local selective sweeps in Drosophila melanogaster
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (100%)
Keywords
-
Dosophila melanogaster,
Adaptation,
Selektion
Mittlerweile hat sich die Identifizierung von genomischen Regionen durch populationsgenetische Methoden als eine weitverbreitete Methode in der Genomforschung etabliert. Das vorgelegte Förderungsansuchen baut auf bereits durchgeführte Untersuchungen in D. melanogaster auf. Bereits identifizierte Kandidatenregionen sollen in mehreren nicht-Afrikanischen D. melanogaster Populationen analysiert werden, um örtlich begrenzte Selektionsereignisse zu identifizieren.
In dem Projekt wurde eine Fülle an Fragestellungen bearbeitet, die jedoch alle mit Populationsstruktur und Selektion in Drosophila im Zusammenhang stehen. Der Schwerpunkt des Projekts lag auf der Etablierung einer speziellen Anwendung der Next Generation Sequencing Technologie: Gleichzeitige Sequenzierung von mehreren Individuen (Pool-Seq) zur genom-weiten Abschätzung von Allelfrequenzen. Dafür wurden in Rahmen des Projektes mehrere Analyseprogramme entwickelt, die überwiegend auf der Google Codes Webseite zur Verfügung gestellt werden. Mit Hilfe dieser Analyseprogramme haben wir im Projekt natürliche und experimentelle Drosophila Populationen analysiert und dabei den Einfluss von veränderten Umweltbedingungen untersucht.
- Thomas Wiehe, Universität Köln - Deutschland
- Jukka Corander, Helsinki University - Finnland
- Mark A. Beaumont, University of Reading - Vereinigtes Königreich
Research Output
- 3617 Zitationen
- 36 Publikationen
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2012
Titel Estimating Empirical Codon Hidden Markov Models DOI 10.1093/molbev/mss266 Typ Journal Article Autor De Maio N Journal Molecular Biology and Evolution Seiten 725-736 Link Publikation -
2012
Titel Sequencing of Pooled DNA Samples (Pool-Seq) Uncovers Complex Dynamics of Transposable Element Insertions in Drosophila melanogaster DOI 10.1371/journal.pgen.1002487 Typ Journal Article Autor Kofler R Journal PLoS Genetics Link Publikation -
2008
Titel Contrasting patterns of natural variation in global Drosophila melanogaster populations DOI 10.1111/j.1365-294x.2008.03944.x Typ Journal Article Autor Nunes M Journal Molecular Ecology Seiten 4470-4479 -
2008
Titel African Drosophila melanogaster and D. simulans Populations Have Similar Levels of Sequence Variability, Suggesting Comparable Effective Population Sizes DOI 10.1534/genetics.107.080200 Typ Journal Article Autor Nolte V Journal Genetics Seiten 405-412 Link Publikation -
2014
Titel Host adaptation to viruses relies on few genes with different cross-resistance properties DOI 10.1073/pnas.1400378111 Typ Journal Article Autor Martins N Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Seiten 5938-5943 Link Publikation -
2014
Titel Pool and conquer: new tricks for (c)old problems DOI 10.1111/mec.12685 Typ Journal Article Autor Navarro A Journal Molecular Ecology Seiten 1653-1655 Link Publikation -
2012
Titel Gowinda: unbiased analysis of gene set enrichment for genome-wide association studies DOI 10.1093/bioinformatics/bts315 Typ Journal Article Autor Kofler R Journal Bioinformatics Seiten 2084-2085 Link Publikation -
2012
Titel Genome-wide patterns of latitudinal differentiation among populations of Drosophila melanogaster from North America DOI 10.1111/j.1365-294x.2012.05731.x Typ Journal Article Autor Fabian D Journal Molecular Ecology Seiten 4748-4769 Link Publikation -
2012
Titel Detecting Selective Sweeps from Pooled Next-Generation Sequencing Samples DOI 10.1093/molbev/mss090 Typ Journal Article Autor Boitard S Journal Molecular Biology and Evolution Seiten 2177-2186 Link Publikation -
2012
Titel What paths do advantageous alleles take during short-term evolutionary change? DOI 10.1111/j.1365-294x.2012.05745.x Typ Journal Article Autor Burke M Journal Molecular Ecology Seiten 4913-4916 Link Publikation -
2011
Titel PoPoolation DB: a user-friendly web-based database for the retrieval of natural polymorphisms in Drosophila DOI 10.1186/1471-2156-12-27 Typ Journal Article Autor Pandey R Journal BMC Genetics Seiten 27 Link Publikation -
2011
Titel CANGS DB: a stand-alone web-based database tool for processing, managing and analyzing 454 data in biodiversity studies DOI 10.1186/1756-0500-4-227 Typ Journal Article Autor Pandey R Journal BMC Research Notes Seiten 227 Link Publikation -
2012
Titel Adaptation of Drosophila to a novel laboratory environment reveals temporally heterogeneous trajectories of selected alleles DOI 10.1111/j.1365-294x.2012.05673.x Typ Journal Article Autor Orozco-Terwengel P Journal Molecular Ecology Seiten 4931-4941 Link Publikation -
2012
Titel Genome-wide patterns of natural variation reveal strong selective sweeps and ongoing genomic conflict in Drosophila mauritiana DOI 10.1101/gr.139873.112 Typ Journal Article Autor Nolte V Journal Genome Research Seiten 99-110 Link Publikation -
2009
Titel Detecting Selective Sweeps: A New Approach Based on Hidden Markov Models DOI 10.1534/genetics.108.100032 Typ Journal Article Autor Boitard S Journal Genetics Seiten 1567-1578 Link Publikation -
2009
Titel Mapping Accuracy of Short Reads from Massively Parallel Sequencing and the Implications for Quantitative Expression Profiling DOI 10.1371/journal.pone.0006323 Typ Journal Article Autor Palmieri N Journal PLoS ONE Link Publikation -
2008
Titel Nonrandom Wolbachia Infection Status of Drosophila melanogaster Strains with Different mtDNA Haplotypes DOI 10.1093/molbev/msn199 Typ Journal Article Autor Nunes M Journal Molecular Biology and Evolution Seiten 2493-2498 Link Publikation -
2010
Titel Host Range and Specificity of the Drosophila C Virus DOI 10.1371/journal.pone.0012421 Typ Journal Article Autor Kapun M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2010
Titel CANGS: a user-friendly utility for processing and analyzing 454 GS-FLX data in biodiversity studies DOI 10.1186/1756-0500-3-3 Typ Journal Article Autor Pandey R Journal BMC Research Notes Seiten 3 Link Publikation -
2010
Titel Non-random genomic integration - an intrinsic property of retrogenes in Drosophila? DOI 10.1186/1471-2148-10-114 Typ Journal Article Autor Metta M Journal BMC Evolutionary Biology Seiten 114 Link Publikation -
2010
Titel Multiple hybridization events between Drosophila simulans and Drosophila mauritiana are supported by mtDNA introgression DOI 10.1111/j.1365-294x.2010.04838.x Typ Journal Article Autor Nunes M Journal Molecular Ecology Seiten 4695-4707 Link Publikation -
2009
Titel A Single Amino Acid Replacement in ETC2 Shapes Trichome Patterning in Natural Arabidopsis Populations DOI 10.1016/j.cub.2009.08.057 Typ Journal Article Autor Hilscher J Journal Current Biology Seiten 1747-1751 Link Publikation -
2009
Titel PanGEA: Identification of allele specific gene expression using the 454 technology DOI 10.1186/1471-2105-10-143 Typ Journal Article Autor Kofler R Journal BMC Bioinformatics Seiten 143 Link Publikation -
2013
Titel Massive Habitat-Specific Genomic Response in D. melanogaster Populations during Experimental Evolution in Hot and Cold Environments DOI 10.1093/molbev/mst205 Typ Journal Article Autor Tobler R Journal Molecular Biology and Evolution Seiten 364-375 Link Publikation -
2013
Titel Inference of chromosomal inversion dynamics from Pool-Seq data in natural and laboratory populations of Drosophila melanogaster DOI 10.1111/mec.12594 Typ Journal Article Autor Kapun M Journal Molecular Ecology Seiten 1813-1827 Link Publikation -
2014
Titel Experimental evolution reveals habitat-specific fitness dynamics among Wolbachia clades in Drosophila melanogaster DOI 10.1111/mec.12643 Typ Journal Article Autor Versace E Journal Molecular Ecology Seiten 802-814 Link Publikation -
2014
Titel Patterns of Linkage Disequilibrium and Long Range Hitchhiking in Evolving Experimental Drosophila melanogaster Populations DOI 10.1093/molbev/msu320 Typ Journal Article Autor Franssen S Journal Molecular Biology and Evolution Seiten 495-509 Link Publikation -
2011
Titel PoPoolation2: identifying differentiation between populations using sequencing of pooled DNA samples (Pool-Seq) DOI 10.1093/bioinformatics/btr589 Typ Journal Article Autor Kofler R Journal Bioinformatics Seiten 3435-3436 Link Publikation -
2011
Titel Segregating Variation in the Polycomb Group Gene cramped Alters the Effect of Temperature on Multiple Traits DOI 10.1371/journal.pgen.1001280 Typ Journal Article Autor Gibert J Journal PLoS Genetics Link Publikation -
2011
Titel Exploring the gonad transcriptome of two extreme male pigs with RNA-seq DOI 10.1186/1471-2164-12-552 Typ Journal Article Autor Esteve-Codina A Journal BMC Genomics Seiten 552 Link Publikation -
2011
Titel Genealogical lineage sorting leads to significant, but incorrect Bayesian multilocus inference of population structure DOI 10.1111/j.1365-294x.2010.04990.x Typ Journal Article Autor Orozco-Terwengel P Journal Molecular Ecology Seiten 1108-1121 Link Publikation -
2011
Titel PoPoolation: A Toolbox for Population Genetic Analysis of Next Generation Sequencing Data from Pooled Individuals DOI 10.1371/journal.pone.0015925 Typ Journal Article Autor Kofler R Journal PLoS ONE Link Publikation -
2010
Titel Contrasting seasonal niche separation between rare and abundant taxa conceals the extent of protist diversity DOI 10.1111/j.1365-294x.2010.04669.x Typ Journal Article Autor Nolte V Journal Molecular Ecology Seiten 2908-2915 Link Publikation -
2013
Titel Extensive paternal mtDNA leakage in natural populations of Drosophila melanogaster DOI 10.1111/mec.12256 Typ Journal Article Autor Nunes M Journal Molecular Ecology Seiten 2106-2117 Link Publikation -
2013
Titel Pool-hmm: a Python program for estimating the allele frequency spectrum and detecting selective sweeps from next generation sequencing of pooled samples DOI 10.1111/1755-0998.12063 Typ Journal Article Autor Boitard S Journal Molecular Ecology Resources Seiten 337-340 Link Publikation -
2013
Titel Inference of chromosomal inversion dynamics from Pool-Seq data in natural and laboratory populations of Drosophila melanogaster DOI 10.48550/arxiv.1307.2461 Typ Preprint Autor Kapun M