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Endoskop-Entzerrung in Automatischen Diagnose Systemen

Endoscope Distortion Correction in Automated Diagnosis Support Systems

Andreas Uhl (ORCID: 0000-0002-5921-8755)
  • Grant-DOI 10.55776/P24366
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.02.2012
  • Projektende 31.05.2015
  • Bewilligungssumme 310.317 €

Wissenschaftsdisziplinen

Andere Humanmedizin, Gesundheitswissenschaften (40%); Informatik (60%)

Keywords

    Endoscope Distortion Correction, Diagnosis Support System, Mucosa Texture Classification, Scale Invariant Features, Celiac Disease, Colon Cancer Staging

Abstract Endbericht

Moderne Endoskope ermöglichen die Aufnahme von Bildern und Videosequenzen, die durch Computereinsatz analysiert werden können. Dies ermöglicht computerunterstützte Erkennung und Klassifikation von Läsionen. Eine spezielle Art von Bildstörungen in endoskopischen Bildern ist die Verzerrung die durch die Weitwinkel- oder Fischaugenoptik heutiger Endoskope verursacht wird. Während die Entzerrung von Endoskopiebildern für verschiedenste Anwendungen bereits eingesetzt wurde, gibt es in der Literatur oder Praxis keinerlei Erkenntnisse über mögliche Vorteile der Anwendung von Entzerrungsverfahren bei automatischen Diagnose- Entscheidungssystemen, die auf Schleimhaut Klassifikation oder Retrieval beruhen. Der Projektantrag zielt ab auf die Entwicklung von Verfahren für eine computerunterstützte klinische Beurteilung der visuellen Daten, in denen das Wissen über die Art der optischen Verzerrungen ausgenutzt wird. Einerseits werden verschiedenen Arten von Entzerrungsverfahren getestet und auf die nachfolgenden Merkmalsextraktionsverfahren hin abgestimmt. Andererseits werden auch die Verfahren zur Merkmalsextraktion auf die Kombination mit Entzerrung hin optimiert. Ein gänzlich anderer Ansatz verwendet nur das Wissen über die vorhandene Verzerrung, wendet aber keine explizite Entzerrung an: hier werden skalierungs-angepasste Merkmale verwendet um die Nachteile expliziter Entzerrung zu vermeiden. Die entwickelten Verfahren werden anhand von drei Datensätzen evaluiert, die mit unterschiedlichen Endoskopen aufgenommen wurden und gänzlich verschiedenene diagnostische Zielsetzungen haben (für alle drei ist histopathologische Grundwahrheit verfügbar, um die Klassifikationsergebnisse einschätzen zu können): Erstens, Bildmaterial aus dem Zwölffingerdarm die mit klassischen Gastrokopen aufgenommen wurden um eine automatisierte Zöliakie-Diagnose zu ermöglichen, zweitens, Bilder aufgenommen mit einem stark vergrößernden Kolonoskop im Dickdarm mit dem Ziel Polypen zu klassifizieren, und drittens, Aufnahmen eines HD-Colonoskops unter virtueller Chromoendiskopie.

Moderne Endoskope ermöglichen die Aufnahme von Bildern und Videosequenzen, die durch Computereinsatz analysiert werden können. Dies ermöglicht computerunterstützte Erkennung und Klassifikation von Läsionen. Eine spezielle Art von Bildstörungen in endoskopischen Bildern ist die Verzerrung die durch die Weitwinkel- oder Fischaugenoptik heutiger Endoskope verursacht wird. Während die Entzerrung von Endoskopiebildern für verschiedenste Anwendungen bereits eingesetzt wurde, gibt es in der Literatur oder Praxis keinerlei Erkenntnisse über mögliche Vorteile der Anwendung von Entzerrungsverfahren bei automatischen Diagnose-Entscheidungssystemen, die auf Schleimhaut Klassifikation oder Retrieval beruhen. Das Projekt zielte ab auf die Entwicklung von Verfahren für eine computerunterstützte klinische Beurteilung der visuellen Daten, in denen das Wissen über die Art der optischen Verzerrungen ausgenutzt wird. Einerseits wurden verschiedenen Arten von Entzerrungsverfahren getestet und auf die nachfolgenden Merkmalsextraktionsverfahren hin abgestimmt. Andererseits wurden auch die Verfahren zur Merkmalsextraktion auf die Kombination mit Entzerrung hin optimiert. Ein gänzlich anderer Ansatz verwendet nur das Wissen über die vorhandene Verzerrung, wendet aber keine explizite Entzerrung an: hier wurden skalierungs-angepasste Merkmale verwendet um die Nachteile expliziter Entzerrung zu vermeiden.Die entwickelten Verfahren wurden anhand von Bildmaterial aus dem Zwölffingerdarm evaluiert, das mit klassischen Gastrokopen aufgenommen wurde um eine automatisierte Zöliakie-Diagnose zu ermöglichen. In verschiedenen Ansätzen wurden teilweise deutliche Verbesserungen der Diagnose-Genauigkeit verglichen mit Systemen ohne Berücksichtigung der optischen Verzerrung festgestellt.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Salzburg - 100%
Nationale Projektbeteiligte
  • Michael Häfner, Krankenhaus St. Elisabeth , nationale:r Kooperationspartner:in
  • Andreas Vecsei, St. Anna Kinderkrebsforschung GmbH , nationale:r Kooperationspartner:in

Research Output

  • 288 Zitationen
  • 28 Publikationen
Publikationen
  • 2014
    Titel Do We Need Annotation Experts? A Case Study in Celiac Disease Classification
    DOI 10.1007/978-3-319-10470-6_57
    Typ Book Chapter
    Autor Kwitt R
    Verlag Springer Nature
    Seiten 454-461
  • 2014
    Titel Is a Precise Distortion Estimation Needed for Computer Aided Celiac Disease Diagnosis?
    DOI 10.1007/978-3-319-07998-1_71
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 620-628
    Link Publikation
  • 2014
    Titel The Effect of Endoscopic Lens Distortion Correction on Physicians’ Diagnosis Performance
    DOI 10.1007/978-3-642-54111-7_35
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 174-179
  • 2015
    Titel A scale- and orientation-adaptive extension of Local Binary Patterns for texture classification
    DOI 10.1016/j.patcog.2015.02.024
    Typ Journal Article
    Autor Hegenbart S
    Journal Pattern Recognition
    Seiten 2633-2644
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Survey on computer aided decision support for diagnosis of celiac disease
    DOI 10.1016/j.compbiomed.2015.02.007
    Typ Journal Article
    Autor Hegenbart S
    Journal Computers in Biology and Medicine
    Seiten 348-358
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Dealing with Intra-Class and Intra-Image Variations in Automatic Celiac Disease Diagnosis
    DOI 10.1007/978-3-662-46224-9_79
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 461-466
  • 2015
    Titel Boosting Small-Data Performance of LBP: A Case Study in Celiac Disease Diagnosis
    DOI 10.1007/978-3-319-19665-7_19
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 224-233
  • 2022
    Titel Addressing Adolescent Stress in School: Perceptions of a High School Wellness Center
    DOI 10.1007/s43494-022-00079-1
    Typ Journal Article
    Autor Moya M
    Journal Education and Treatment of Children
    Seiten 277-291
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Quercetin attenuates viral infections by interacting with target proteins and linked genes in chemicobiological models
    DOI 10.1007/s40203-022-00132-2
    Typ Journal Article
    Autor Rahman M
    Journal In Silico Pharmacology
    Seiten 17
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Making texture descriptors invariant to blur
    DOI 10.1186/s13640-016-0116-7
    Typ Journal Article
    Autor Gadermayr M
    Journal EURASIP Journal on Image and Video Processing
    Seiten 14
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Improved Endoscope Distortion Correction does not Necessarily Enhance Mucosa-Classification based Medical Decision Support Systems
    DOI 10.1109/mmsp.2012.6343433
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Gschwandtner M
    Seiten 158-163
  • 2014
    Titel Getting One Step Closer to Fully Automatized Celiac Disease Diagnosis
    DOI 10.1109/ipta.2014.7001921
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Gadermavr M
    Seiten 1-5
  • 2014
    Titel Degradation Adaptive Texture Classification: A Case Study in Celiac Disease Diagnosis Brings New Insight
    DOI 10.1007/978-3-319-11755-3_30
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 263-273
  • 2014
    Titel Quality Based Information Fusion in Fully Automatized Celiac Disease Diagnosis
    DOI 10.1007/978-3-319-11752-2_55
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 666-677
  • 2014
    Titel A systematic evaluation of the scale invariance of texture recognition methods
    DOI 10.1007/s10044-014-0435-1
    Typ Journal Article
    Autor Uhl A
    Journal Pattern Analysis and Applications
    Seiten 945-969
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Getting One Step Closer to Fully Automatized Celiac Disease Diagnosis.
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Gadermayr M
    Konferenz Proceedings of the 4th IEEE International Conference on Image Processing Theory, Tools and Applications 2014 (IPTA'14)
  • 2013
    Titel Distortion Adaptive Image Classification – An Alternative to Barrel-Type Distortion Correction
    DOI 10.1007/978-3-642-41939-3_45
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 465-474
  • 2014
    Titel Shape Curvature Histogram: A Shape Feature for Celiac Disease Diagnosis
    DOI 10.1007/978-3-319-05530-5_17
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 175-184
  • 2014
    Titel Feature Extraction with Intrinsic Distortion Correction in Celiac Disease Imagery: No Need for Rasterization
    DOI 10.1007/978-3-319-05530-5_19
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 196-204
  • 2014
    Titel A Scale-Adaptive Extension to Methods Based on LBP Using Scale-Normalized Laplacian of Gaussian Extrema in Scale-Space
    DOI 10.1109/icassp.2014.6854417
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Hegenbart S
    Seiten 4319-4323
  • 2014
    Titel An Orientation-Adaptive Extension to Scale-Adaptive Local Binary Patterns
    DOI 10.1109/icpr.2014.202
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Hegenbart S
    Seiten 1120-1125
  • 2014
    Titel Scale-Adaptive Texture Classification
    DOI 10.1109/icpr.2014.457
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Gadermayr M
    Seiten 2643-2648
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Degradation Adaptive Texture Classification
    DOI 10.1109/icip.2014.7025558
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Gadermayr M
    Seiten 2759-2763
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Scale invariant texture descriptors for classifying celiac disease
    DOI 10.1016/j.media.2013.02.001
    Typ Journal Article
    Autor Hegenbart S
    Journal Medical Image Analysis
    Seiten 458-474
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Evaluation of different distortion correction methods and interpolation techniques for an automated classification of celiac disease
    DOI 10.1016/j.cmpb.2013.07.001
    Typ Journal Article
    Autor Gadermayr M
    Journal Computer Methods and Programs in Biomedicine
    Seiten 694-712
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Barrel-Type Distortion Compensated Fourier Feature Extraction
    DOI 10.1007/978-3-642-41914-0_6
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 50-59
  • 2013
    Titel Problems in Distortion Corrected Texture Classification and the Impact of Scale and Interpolation
    DOI 10.1007/978-3-642-41181-6_52
    Typ Book Chapter
    Autor Gadermayr M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 513-522
  • 2016
    Titel Fully automated decision support systems for celiac disease diagnosis
    DOI 10.1016/j.irbm.2015.09.009
    Typ Journal Article
    Autor Gadermayr M
    Journal IRBM
    Seiten 31-39

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