Endoskop-Entzerrung in Automatischen Diagnose Systemen
Endoscope Distortion Correction in Automated Diagnosis Support Systems
Wissenschaftsdisziplinen
Andere Humanmedizin, Gesundheitswissenschaften (40%); Informatik (60%)
Keywords
-
Endoscope Distortion Correction,
Diagnosis Support System,
Mucosa Texture Classification,
Scale Invariant Features,
Celiac Disease,
Colon Cancer Staging
Moderne Endoskope ermöglichen die Aufnahme von Bildern und Videosequenzen, die durch Computereinsatz analysiert werden können. Dies ermöglicht computerunterstützte Erkennung und Klassifikation von Läsionen. Eine spezielle Art von Bildstörungen in endoskopischen Bildern ist die Verzerrung die durch die Weitwinkel- oder Fischaugenoptik heutiger Endoskope verursacht wird. Während die Entzerrung von Endoskopiebildern für verschiedenste Anwendungen bereits eingesetzt wurde, gibt es in der Literatur oder Praxis keinerlei Erkenntnisse über mögliche Vorteile der Anwendung von Entzerrungsverfahren bei automatischen Diagnose- Entscheidungssystemen, die auf Schleimhaut Klassifikation oder Retrieval beruhen. Der Projektantrag zielt ab auf die Entwicklung von Verfahren für eine computerunterstützte klinische Beurteilung der visuellen Daten, in denen das Wissen über die Art der optischen Verzerrungen ausgenutzt wird. Einerseits werden verschiedenen Arten von Entzerrungsverfahren getestet und auf die nachfolgenden Merkmalsextraktionsverfahren hin abgestimmt. Andererseits werden auch die Verfahren zur Merkmalsextraktion auf die Kombination mit Entzerrung hin optimiert. Ein gänzlich anderer Ansatz verwendet nur das Wissen über die vorhandene Verzerrung, wendet aber keine explizite Entzerrung an: hier werden skalierungs-angepasste Merkmale verwendet um die Nachteile expliziter Entzerrung zu vermeiden. Die entwickelten Verfahren werden anhand von drei Datensätzen evaluiert, die mit unterschiedlichen Endoskopen aufgenommen wurden und gänzlich verschiedenene diagnostische Zielsetzungen haben (für alle drei ist histopathologische Grundwahrheit verfügbar, um die Klassifikationsergebnisse einschätzen zu können): Erstens, Bildmaterial aus dem Zwölffingerdarm die mit klassischen Gastrokopen aufgenommen wurden um eine automatisierte Zöliakie-Diagnose zu ermöglichen, zweitens, Bilder aufgenommen mit einem stark vergrößernden Kolonoskop im Dickdarm mit dem Ziel Polypen zu klassifizieren, und drittens, Aufnahmen eines HD-Colonoskops unter virtueller Chromoendiskopie.
Moderne Endoskope ermöglichen die Aufnahme von Bildern und Videosequenzen, die durch Computereinsatz analysiert werden können. Dies ermöglicht computerunterstützte Erkennung und Klassifikation von Läsionen. Eine spezielle Art von Bildstörungen in endoskopischen Bildern ist die Verzerrung die durch die Weitwinkel- oder Fischaugenoptik heutiger Endoskope verursacht wird. Während die Entzerrung von Endoskopiebildern für verschiedenste Anwendungen bereits eingesetzt wurde, gibt es in der Literatur oder Praxis keinerlei Erkenntnisse über mögliche Vorteile der Anwendung von Entzerrungsverfahren bei automatischen Diagnose-Entscheidungssystemen, die auf Schleimhaut Klassifikation oder Retrieval beruhen. Das Projekt zielte ab auf die Entwicklung von Verfahren für eine computerunterstützte klinische Beurteilung der visuellen Daten, in denen das Wissen über die Art der optischen Verzerrungen ausgenutzt wird. Einerseits wurden verschiedenen Arten von Entzerrungsverfahren getestet und auf die nachfolgenden Merkmalsextraktionsverfahren hin abgestimmt. Andererseits wurden auch die Verfahren zur Merkmalsextraktion auf die Kombination mit Entzerrung hin optimiert. Ein gänzlich anderer Ansatz verwendet nur das Wissen über die vorhandene Verzerrung, wendet aber keine explizite Entzerrung an: hier wurden skalierungs-angepasste Merkmale verwendet um die Nachteile expliziter Entzerrung zu vermeiden.Die entwickelten Verfahren wurden anhand von Bildmaterial aus dem Zwölffingerdarm evaluiert, das mit klassischen Gastrokopen aufgenommen wurde um eine automatisierte Zöliakie-Diagnose zu ermöglichen. In verschiedenen Ansätzen wurden teilweise deutliche Verbesserungen der Diagnose-Genauigkeit verglichen mit Systemen ohne Berücksichtigung der optischen Verzerrung festgestellt.
- Universität Salzburg - 100%
- Michael Häfner, Krankenhaus St. Elisabeth , nationale:r Kooperationspartner:in
- Andreas Vecsei, St. Anna Kinderkrebsforschung GmbH , nationale:r Kooperationspartner:in
Research Output
- 288 Zitationen
- 28 Publikationen
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2014
Titel Do We Need Annotation Experts? A Case Study in Celiac Disease Classification DOI 10.1007/978-3-319-10470-6_57 Typ Book Chapter Autor Kwitt R Verlag Springer Nature Seiten 454-461 -
2014
Titel Is a Precise Distortion Estimation Needed for Computer Aided Celiac Disease Diagnosis? DOI 10.1007/978-3-319-07998-1_71 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 620-628 Link Publikation -
2014
Titel The Effect of Endoscopic Lens Distortion Correction on Physicians’ Diagnosis Performance DOI 10.1007/978-3-642-54111-7_35 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 174-179 -
2015
Titel A scale- and orientation-adaptive extension of Local Binary Patterns for texture classification DOI 10.1016/j.patcog.2015.02.024 Typ Journal Article Autor Hegenbart S Journal Pattern Recognition Seiten 2633-2644 Link Publikation -
2015
Titel Survey on computer aided decision support for diagnosis of celiac disease DOI 10.1016/j.compbiomed.2015.02.007 Typ Journal Article Autor Hegenbart S Journal Computers in Biology and Medicine Seiten 348-358 Link Publikation -
2015
Titel Dealing with Intra-Class and Intra-Image Variations in Automatic Celiac Disease Diagnosis DOI 10.1007/978-3-662-46224-9_79 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 461-466 -
2015
Titel Boosting Small-Data Performance of LBP: A Case Study in Celiac Disease Diagnosis DOI 10.1007/978-3-319-19665-7_19 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 224-233 -
2022
Titel Addressing Adolescent Stress in School: Perceptions of a High School Wellness Center DOI 10.1007/s43494-022-00079-1 Typ Journal Article Autor Moya M Journal Education and Treatment of Children Seiten 277-291 Link Publikation -
2022
Titel Quercetin attenuates viral infections by interacting with target proteins and linked genes in chemicobiological models DOI 10.1007/s40203-022-00132-2 Typ Journal Article Autor Rahman M Journal In Silico Pharmacology Seiten 17 Link Publikation -
2016
Titel Making texture descriptors invariant to blur DOI 10.1186/s13640-016-0116-7 Typ Journal Article Autor Gadermayr M Journal EURASIP Journal on Image and Video Processing Seiten 14 Link Publikation -
2012
Titel Improved Endoscope Distortion Correction does not Necessarily Enhance Mucosa-Classification based Medical Decision Support Systems DOI 10.1109/mmsp.2012.6343433 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Gschwandtner M Seiten 158-163 -
2014
Titel Getting One Step Closer to Fully Automatized Celiac Disease Diagnosis DOI 10.1109/ipta.2014.7001921 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Gadermavr M Seiten 1-5 -
2014
Titel Degradation Adaptive Texture Classification: A Case Study in Celiac Disease Diagnosis Brings New Insight DOI 10.1007/978-3-319-11755-3_30 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 263-273 -
2014
Titel Quality Based Information Fusion in Fully Automatized Celiac Disease Diagnosis DOI 10.1007/978-3-319-11752-2_55 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 666-677 -
2014
Titel A systematic evaluation of the scale invariance of texture recognition methods DOI 10.1007/s10044-014-0435-1 Typ Journal Article Autor Uhl A Journal Pattern Analysis and Applications Seiten 945-969 Link Publikation -
2014
Titel Getting One Step Closer to Fully Automatized Celiac Disease Diagnosis. Typ Conference Proceeding Abstract Autor Gadermayr M Konferenz Proceedings of the 4th IEEE International Conference on Image Processing Theory, Tools and Applications 2014 (IPTA'14) -
2013
Titel Distortion Adaptive Image Classification – An Alternative to Barrel-Type Distortion Correction DOI 10.1007/978-3-642-41939-3_45 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 465-474 -
2014
Titel Shape Curvature Histogram: A Shape Feature for Celiac Disease Diagnosis DOI 10.1007/978-3-319-05530-5_17 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 175-184 -
2014
Titel Feature Extraction with Intrinsic Distortion Correction in Celiac Disease Imagery: No Need for Rasterization DOI 10.1007/978-3-319-05530-5_19 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 196-204 -
2014
Titel A Scale-Adaptive Extension to Methods Based on LBP Using Scale-Normalized Laplacian of Gaussian Extrema in Scale-Space DOI 10.1109/icassp.2014.6854417 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Hegenbart S Seiten 4319-4323 -
2014
Titel An Orientation-Adaptive Extension to Scale-Adaptive Local Binary Patterns DOI 10.1109/icpr.2014.202 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Hegenbart S Seiten 1120-1125 -
2014
Titel Scale-Adaptive Texture Classification DOI 10.1109/icpr.2014.457 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Gadermayr M Seiten 2643-2648 Link Publikation -
2014
Titel Degradation Adaptive Texture Classification DOI 10.1109/icip.2014.7025558 Typ Conference Proceeding Abstract Autor Gadermayr M Seiten 2759-2763 Link Publikation -
2013
Titel Scale invariant texture descriptors for classifying celiac disease DOI 10.1016/j.media.2013.02.001 Typ Journal Article Autor Hegenbart S Journal Medical Image Analysis Seiten 458-474 Link Publikation -
2013
Titel Evaluation of different distortion correction methods and interpolation techniques for an automated classification of celiac disease DOI 10.1016/j.cmpb.2013.07.001 Typ Journal Article Autor Gadermayr M Journal Computer Methods and Programs in Biomedicine Seiten 694-712 Link Publikation -
2013
Titel Barrel-Type Distortion Compensated Fourier Feature Extraction DOI 10.1007/978-3-642-41914-0_6 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 50-59 -
2013
Titel Problems in Distortion Corrected Texture Classification and the Impact of Scale and Interpolation DOI 10.1007/978-3-642-41181-6_52 Typ Book Chapter Autor Gadermayr M Verlag Springer Nature Seiten 513-522 -
2016
Titel Fully automated decision support systems for celiac disease diagnosis DOI 10.1016/j.irbm.2015.09.009 Typ Journal Article Autor Gadermayr M Journal IRBM Seiten 31-39