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Altersbedingte Treibermutationen in der männlichen Keimbahn

Age-related mutagenesis of driver genes in the male germline

Irene Tiemann-Boege (ORCID: 0000-0002-3621-7020)
  • Grant-DOI 10.55776/P30867
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 15.09.2018
  • Projektende 14.09.2023
  • Bewilligungssumme 405.342 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (45%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (55%)

Keywords

    Ultra-Sensitive Sequencing, Mutations, Germline, Paternal Age Effect, Driver Genes, Duplex Sequencing

Abstract Endbericht

Neue Mutationen in den Keimbahnen werden direkt an unsere Kinder weitergegeben und haben daher tiefgreifende Konsequenzen für künftige Generationen. Jedoch wissen wir immer noch überraschend wenig über Mutationsprozesse in unseren Keimbahnen. Jüngste Fortschritte in der individuellen Genomsequenzierung zeigten, dass die Mehrheit der neuen Mutationen aus der männlichen Keimbahn stammt und die Anzahl dieser neuen Mutationen auch mit den väterlichen Alter zunimmt. Aufgrund der Einschränkungen der gegenwärtigen Technologien, haben wir jedoch bisher keinen Einblick auf einzelne mutagene Ereignisse, die notwendig sind, um eine einzigartige Art von Mutagenese zu untersuchen: die Verbreitung von egoistischen oder Treibermutationen die ihr eigenes Wachstum fördern und auch im Kontext von Krebs gut bekannt sind. Bisher sind nur eine Handvoll von Treibermutationen in den männlichen Keimbahnen beschrieben worden, jedoch könnten Treibermutationen, die meistens mit genetische Krankheiten verbunden sind, sich sehr schnell verbreiten, und drastisch mit väterlichem Alter zunehmen, sehr häufig sein. Wir haben eine neue, hochempfindliche Sequenzierungstechnologie mit extrem niedrigen Fehlerraten angepasst, um Treibermutationen in ausgewählten Genen in den männlichen Keimbahnen zu identifizieren. Diese werden dann mit unserer einzelmolekül-, digitale PCR-Methode analysiert und charakterisiert. Mit diesen einzigartigen Know-how in ultrasensitiven Methoden, um seltene Mutationen zu erkennen, ist es Ziel dieses Projektes: 1) Durch die Sequenzierung kleiner Genomabschnitte Treibermutationen in den männlichen Keimbahnen zu entdecken; 2) die Verbreitung dieser Mutationen mit dem Alter in den männlichen Hoden zu untersuchen, und 3) die Zunahme und Transmissionsmuster der Mutationen in männlichenSamenzellenvon unterschiedlichen Altersgruppen zu analysieren. Dieses Projekt ist die erste groß umfassende Analyse von Treibermutationen in den männlichen Keimbahnen und schafft somit eine wichtige Grundlage um diese Art von Mutagenese zu verstehen, um auch das verbundene Risiko des verspäteten Kinderwunsches in unserer Gesellschaft zu bewerten.

Neue Mutationen in den Keimbahnen werden direkt an unsere Kinder weitergegeben und haben daher tiefgreifende Konsequenzen für künftige Generationen. Insbesondere treten Treibermutationen in der männlichen Keimbahn gehäuft auf und führen oft zu angeborenen Störungen. Bislang war das Wissen über diese einzigartige Art von Mutagenese sehr beschränkt, da die Identifizierung dieser Mutationen ist aufgrund ihrer geringen Häufigkeit schwierig ist. In dieser Studie wurde eine hochempfindliche Sequenzierungstechnologie mit niedrigen Fehlerquoten entwickelt, und mit einer digitaler Hochdurchsatz-PCR kombiniert, um diese Treibermutationen und dessen die Ausbreitung in den männlichen Keimbahnen zu charakterisieren. Die Studie ergab einen umfangreichen Datensatz von Mutationen, die in der Spermien-DNA von Spendern unterschiedlichen Alters angereichert sind. Darüber hinaus wurden in dieser Studie neue Substitutionen in den Genen FGFR3, Erbb2 und p53, allesamt bekannte Onkogene, identifiziert, die unterschiedliche Akkumulationsmuster mit dem Alter erkennen lassen. Einige Mutationen nahmen mit dem Alter zu, während andere vor der Geschlechtsreife auftraten und auch mit dem Alter der männlichen Keimbahnen konstant blieben. Ein weiteres bemerkenswertes Ergebnis war die beobachtete Diskordanz zwischen der Mutationshäufigkeit in Hoden und Spermien bei zwei Mutationen mit unterschiedlichem Schweregrad, was das komplexe Zusammenspiel dieser Mutationen in der meiotischer Differenzierung verdeutlicht. Darüber hinaus wurde die Auswirkung der Mutationen auf die Proteinfunktion mit biophysikalischen Methoden analysiert. Diese Studie legt daher wichtige Grunderkenntnisse der molekularen Mechanismen, die der Ausbreitung und Weitergabe pathogener Treibermutationen in der männlichen Keimbahn zugrunde liegen, um auch das verbundene Risiko des verspäteten Kinderwunsches in unserer Gesellschaft zu bewerten.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Linz - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Kateryna D. Makova, Penn State University - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 75 Zitationen
  • 8 Publikationen
  • 3 Datasets & Models
  • 1 Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 3 Weitere Förderungen
Publikationen
  • 2024
    Titel Exploring the Micro-Mosaic Landscape of FGFR3 Mutations in the Ageing Male Germline and Its Implications in Meiotic Differentiation
    DOI 10.20944/preprints202401.0347.v1
    Typ Preprint
    Autor Arbeithuber B
  • 2021
    Titel Increased yields of duplex sequencing data by a series of quality control tools
    DOI 10.1093/nargab/lqab002
    Typ Journal Article
    Autor Povysil G
    Journal NAR Genomics and Bioinformatics
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Pathogenic postzygotic mosaicism in the tyrosine receptor kinase pathway: potential unidentified human disease hidden away in a few cells
    DOI 10.1111/febs.15528
    Typ Journal Article
    Autor Tiemann-Boege I
    Journal The FEBS Journal
    Seiten 3108-3119
    Link Publikation
  • 2022
    Titel High prevalence of somatic PIK3CA and TP53 pathogenic variants in the normal mammary gland tissue of sporadic breast cancer patients revealed by duplex sequencing
    DOI 10.1038/s41523-022-00443-9
    Typ Journal Article
    Autor Kostecka A
    Journal npj Breast Cancer
    Seiten 76
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Measurement of FGFR3 signaling at the cell membrane via total internal reflection fluorescence microscopy to compare the activation of FGFR3 mutants
    DOI 10.1016/j.jbc.2022.102832
    Typ Journal Article
    Autor Hartl I
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 102832
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Activating mutations in FGFR3 are associated with clonal expansion events and high de novo rates in the male germline
    DOI 10.1101/2022.07.31.502216
    Typ Preprint
    Autor Moura S
    Seiten 2022.07.31.502216
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Discovery of an unusually high number of de novo mutations in sperm of older men using duplex sequencing
    DOI 10.1101/gr.275695.121
    Typ Journal Article
    Autor Salazar R
    Journal Genome Research
    Seiten 499-511
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Family reunion via error correction: an efficient analysis of duplex sequencing data
    DOI 10.1186/s12859-020-3419-8
    Typ Journal Article
    Autor Stoler N
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 96
    Link Publikation
Datasets & Models
  • 2023 Link
    Titel HaplotypeAnalyzer
    Typ Computer model/algorithm
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel duplexanalysis_galaxy
    Typ Data analysis technique
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel VariantAnalyzerGalaxy
    Typ Computer model/algorithm
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2023
    Titel Invited speaker at the Environmental Mutagenesis and Genomics Society (EMGS), Chicago, USA
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
Weitere Förderungen
  • 2022
    Titel SFB Meiosis
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2022
    Geldgeber Austrian Science Fund (FWF)
  • 2019
    Titel REGGEN
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2019
    Geldgeber European Commission European Regional Development Fund (ERDF)
  • 2018
    Titel DK NanoCell
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2018
    Geldgeber Austrian Science Fund (FWF)

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