Die Energie-Kopplung des Serotonin Transporters
Energy coupling in the serotonin transporter
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (40%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (60%)
Keywords
-
Transport Cycle,
Substrate Transport,
Substrate Uptake Assay,
Energy Coupling,
Serotonin Transporter,
Molecular Dynamics Simulations
Neuron sind auf das Verarbeiten und Weiterleiten von Information spezialisierte Zellen. Diese können eine Länge von über einem Meter erreichen und nutzen sich sehr schnell ausbreitende elektrische Signale (Aktionspoteniale) zur Kommunikation. Informationsaustausch zwischen Neuronen benötigt spezialisiert Strukturen, die als Synapsen bezeichnet werden. Otto Loewi erhielt 1936 den Nobelpreis für die Erkenntnis, dass die Kommunikation zwischen Neuronen auf kleine diffundierende Molekülen basiert. Diese als Neurotransmitter bezeichneten Moleküle sind in kleinen Vesikeln gespeichert und werden nach Erregung der Synapse ausgeschüttet. Der dadurch ausgelöste starken Konzentrationsanstieg kann ein neues Aktionspotential in einem zweiten Neuron hervorrufen. Neuronale Funktion verlangt ein effizientes Entfernen der Neurotransmitters, während abnormale neuronale Funktionistmit Krankheitsbilder wie Depression,Aufmerksamkeits-und Hyperaktivitätsyndrom, Authismus, oder Bipolare Störungen verbunden ist. Gegenstand dieses Forschungsvorhabens ist der Transporter des Neurotransmitters Serotonin (hSERT). Der Transporter hSERT oszilliert zwischen zwei Konformationen, wobei dabei gleichzeitig der Zugang zur Serotonin Bindestelle zwischen Extra- und Intrazellulärraum alterniert. Transport wird von den elektrochemischen Gradienten der co-transportierten Ionen durch einen Prozess angetrieben, der als Energiekopplung bezeichnet wird. Das Ziel dieses Forschungsvorhabens dreht sich um folgenden Fragen: Wie wird die Energie des Ionengradienten in konformationelle Veränderungen konvertiert? Wie kann die Energiekopplung das Aufkonzentrieren von Serotonin antreiben? Um das gesteckte Ziel zu erreichen, werden die Beiträge von Konformationen, Dynamik, Wechselwirkungen und Thermodynamik zum Transport von Serotonin quantifiziert. Diesem Forschungsvorhaben liegt die Hypothese zugrunde, dass die Bindung von Serotonin und der co- transportierten Ionen in der initialen Konformation des hSERT unvollständig ist, aber die Energie aufbringt, damit hSERT seine alternative Konformation einnimmt und die Bindungsstelle zum Intrazellularraum hinwendet. Der noch unbekannt Mechanismus der Energiekonversion wir durch die Integration einer Vielzahl von Methodenuntersucht werden, welchenvon Zell-basierten Transportexperiment bis in zu Computersimulationen des Serotonintransports mit atomarer Auflösung reichen. Die Pharmaindustrie hat sich in den letzten Jahren zusehend aus der Entwicklung von neuen Medikamenten zur Behandlung von neuronalen Erkrankungen zurückgezogen, weil es immer schwieriger wurde, neuen und effektive Wirkstoffe zu finden. Diese Forschungsvorhaben adressiert dieses Problematik nicht direkt, aber die Erforschung der Mechanismen der Energiekonversion und der strukturellen Details des Serotonintransports lege den Grundstein für innovative Medikamentenentwicklungen, die in der Zukunft zu besser Medikamente führen können.
Neuron sind auf das Verarbeiten und Weiterleiten von Information spezialisierte Zellen. Informationsaustausch zwischen Neuronen benötigt spezialisiert Strukturen, die als Synapsen bezeichnet werden. Die als Neurotransmitter bezeichneten Moleküle sind in kleinen Vesikeln gespeichert und werden nach Erregung der Synapse ausgeschüttet. Der dadurch ausgelöste starken Konzentrationsanstieg kann ein neues Aktionspotential hervorrufen. Neuronale Funktion verlangt ein effizientes Entfernen der Neurotransmitters, während abnormale neuronale Funktion mit Krankheitsbilder wie Depression, Aufmerksamkeits- und Hyperaktivitätsyndrom, Authismus, oder Bipolare Störungen verbunden ist. Gegenstand dieses Forschungsvorhabens ist der Transporter des Neurotransmitters Serotonin (hSERT). Die Substratbindungsstelle (S1) befindet sich im Zentrum des Transporter in der Mitte der Membran. Das Model des Transportzyklus von SERT sagt vorher, dass das Binding von 5HT and den nach aussen offenen Transporter den Transportzykus startet. Im nächsten Schritt geht SERT dann in den okkludierten Zustand über, und öffnet anschließend das inner Portal, was den Austritt von 5HT in das Zytosol des pre-synaptischen Neurons erlaubt. In diesem Forschungsprojekt konnten wir die Annahme bestätigen, dass SERT im Ruhezustand auswärts geoffnet ist. Unsere Untersuchungen haben gezeigt, dass das Binden des Co-transportieren Natriumions notwendig ist, um diesen Zustand zu stabilisieren. Wir konnten zeigen, dass der strukturelle Übergang in den okkludierten Zustand sehr komplex ist und mehrer intermediäre Schritte umfasst. Wir konnten mithilfe umfangreicher Simulationen und der Kombination mit Experimenten die einzelnen Schritte auf dem Weg zur SERT-Okklusion identifizieren. Der erste Schritt ist die Erkennung des Substrats durch Aspartat 98, das Teil der Helix TM1B ist. Dieser Ligandensensor leitet den Prozess ein: zunächst die Bewegung von TM1B, gefolgt von einer konzertierten Bewegung der Bundledomäne und dem Abschluss der Okklusion durch Bewegungen von TM6A. Als einen Hauptprädiktor für diese Bewegungen haben wir die Dichte des Wasser im Eingang zur Substratbindungsstelle identifiziert, die unmittelbar vor und während der Bewegungen eine geringe Dichte aufweist. Wir fanden heraus, dass die Grenzfläche zwischen den relativ zueinander gleitenden Proteindomänen Oberflächen Eigenschaften aufweisen, die eine scheinbar reibungslose Bewegung gekennzeichnet ist und durch konformativ anpassbare Proteinseitenketten ermöglicht wird. Das zentrale Ergebnis dieses Projekts ist die Charakterisierung der konformativen Kopplung zwischen Ligand und Transporter und der Quantifizierung des damit verbundenen freien Energie. Durch die Charakterisierung der Wechselwirkung von 5HT, einer kongenerischen Reihe von 5HT-Derivaten und mehreren psychoaktiven Substanzen konnten wir zeigen, dass der Ligand die SERT-Okklusion auslöst. Das bedeutet, dass der Ligand seinen eigenen Transport durch wenige Schlüsselinteraktionen initiiert, was voraussetzt, dass die Substrateigenschaften mit den energetischen und geometrischen Anforderungen des Transporters zusammenpassen. Das Profil der freien Energie zeigt deutlich den molekularen Ursprung dieser Eigenschaften. Die wesentlichen Wechselwirkungen für die Auslösung und den Antrieb der einzelnen Schritte sind Wechselwirkungen der Carboxylgruppe von Aspartat 98 und des helikale Dipol der Helix TM6A, während im Substrat der aliphatische Stickstoff der wesentliche Faktor ist.
Research Output
- 302 Zitationen
- 23 Publikationen
- 1 Datasets & Models
- 3 Wissenschaftliche Auszeichnungen
- 1 Weitere Förderungen
-
2024
Titel Probing binding and occlusion of substrate in the human creatine transporter-1 by computation and mutagenesis. DOI 10.1002/pro.4842 Typ Journal Article Autor Clarke A Journal Protein science : a publication of the Protein Society -
2024
Titel De novo variants in GABRA4 are associated with a neurological phenotype including developmental delay, behavioral abnormalities and epilepsy. DOI 10.1038/s41431-024-01600-3 Typ Journal Article Autor Gradisch R Journal European journal of human genetics : EJHG Seiten 912-919 -
2024
Titel Interaction of GAT1 with sodium ions: from efficient recruitment to stabilisation of substrate and conformation DOI 10.7554/elife.93271 Typ Preprint Autor Gradisch R -
2024
Titel Ligand coupling mechanism of the human serotonin transporter differentiates substrates from inhibitors. DOI 10.1038/s41467-023-44637-6 Typ Journal Article Autor Gradisch R Journal Nature communications Seiten 417 -
2021
Titel The Bile Salt Export Pump: Molecular Structure, Study Models and Small-Molecule Drugs for the Treatment of Inherited BSEP Deficiencies DOI 10.3390/ijms22020784 Typ Journal Article Autor Sohail M Journal International Journal of Molecular Sciences Seiten 784 Link Publikation -
2021
Titel Investigating the Mechanism of Sodium Binding to SERT Using Direct Simulations DOI 10.3389/fncel.2021.673782 Typ Journal Article Autor Szöllosi D Journal Frontiers in Cellular Neuroscience Seiten 673782 Link Publikation -
2022
Titel Sodium Binding Stabilizes the Outward-Open State of SERT by Limiting Bundle Domain Motions DOI 10.3390/cells11020255 Typ Journal Article Autor Szöllosi D Journal Cells Seiten 255 Link Publikation -
2021
Titel Thermal Unfolding of the Human Serotonin Transporter: Differential Effect by Stabilizing and Destabilizing Mutations and Cholesterol on Thermodynamic and Kinetic Stability DOI 10.1124/molpharm.121.000413 Typ Journal Article Autor Ponleitner M Journal Molecular Pharmacology Seiten 95-105 Link Publikation -
2021
Titel (2-Aminopropyl)benzo[ß]thiophenes (APBTs) are novel monoamine transporter ligands that lack stimulant effects but display psychedelic-like activity in mice DOI 10.1038/s41386-021-01221-0 Typ Journal Article Autor Rudin D Journal Neuropsychopharmacology Seiten 914-923 Link Publikation -
2021
Titel Psychomotor stimulant effects of a-pyrrolidinovalerophenone (aPVP) enantiomers correlate with drug binding kinetics at the dopamine transporter DOI 10.21203/rs.3.rs-612345/v1 Typ Preprint Autor Niello M Link Publikation -
2021
Titel Assembly of Biomolecular Gigastructures and Visualization with the Vulkan Graphics API DOI 10.1021/acs.jcim.1c00743 Typ Journal Article Autor Ozvoldik K Journal Journal of Chemical Information and Modeling Seiten 5293-5303 Link Publikation -
2020
Titel Allosteric Modulation of Neurotransmitter Transporters as a Therapeutic Strategy DOI 10.1016/j.tips.2020.04.006 Typ Journal Article Autor Niello M Journal Trends in Pharmacological Sciences Seiten 446-463 Link Publikation -
2020
Titel Picky ABCG5/G8 and promiscuous ABCG2 - a tale of fatty diets and drug toxicity DOI 10.1002/1873-3468.13938 Typ Journal Article Autor Khunweeraphong N Journal FEBS Letters Seiten 4035-4058 Link Publikation -
2023
Titel Coordinating the regulatory dance: how PIP2 modulates TRPC3 activity via TRP helix and S4-S5 linker DOI 10.21203/rs.3.rs-3552323/v1 Typ Preprint Autor Clarke A -
2023
Titel YASARA Model-Interactive Molecular Modeling from Two Dimensions to Virtual Realities. DOI 10.1021/acs.jcim.3c01136 Typ Journal Article Autor Ozvoldik K Journal Journal of chemical information and modeling Seiten 6177-6182 -
2023
Titel Ligand coupling mechanism of the human serotonin transporter differentiates substrates from inhibitors DOI 10.21203/rs.3.rs-3135449/v1 Typ Preprint Autor Gradisch R -
2023
Titel Interaction of GAT1 with sodium ions: from efficient recruitment to stabilisation of substrate and conformation DOI 10.1101/2023.10.10.561652 Typ Preprint Autor Gradisch R -
2023
Titel Persistent binding at dopamine transporters determines sustained psychostimulant effects. DOI 10.1073/pnas.2114204120 Typ Journal Article Autor Niello M Journal Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America -
2022
Titel Occlusion of the human serotonin transporter is mediated by serotonin-induced conformational changes in the bundle domain DOI 10.1016/j.jbc.2022.101613 Typ Journal Article Autor Gradisch R Journal Journal of Biological Chemistry Seiten 101613 Link Publikation -
2022
Titel Characterization of DAG Binding to TRPC Channels by Target-Dependent cis–trans Isomerization of OptoDArG DOI 10.3390/biom12060799 Typ Journal Article Autor Erkan-Candag H Journal Biomolecules Seiten 799 Link Publikation -
2019
Titel The Amino Terminus of LeuT Changes Conformation in an Environment Sensitive Manner DOI 10.1007/s11064-019-02928-9 Typ Journal Article Autor Khan J Journal Neurochemical Research Seiten 1387-1398 Link Publikation -
2020
Titel The role of the degenerate nucleotide binding site in type I ABC exporters DOI 10.1002/1873-3468.13997 Typ Journal Article Autor Stockner T Journal FEBS Letters Seiten 3815-3838 Link Publikation -
2020
Titel SLC6 transporter oligomerization DOI 10.1111/jnc.15145 Typ Journal Article Autor Jayaraman K Journal Journal of Neurochemistry Seiten 919-929 Link Publikation
-
2023
Titel RG-ITTS-Meeting-2023 Typ Poster/abstract prize Bekanntheitsgrad Continental/International -
2023
Titel RG-ISSR-2023 Typ Poster/abstract prize Bekanntheitsgrad Continental/International -
2022
Titel ITTS Board Typ Prestigious/honorary/advisory position to an external body Bekanntheitsgrad Continental/International
-
2020
Titel Marie Sklodowska Curie Actions (MSCA) ITN-ETN Typ Research grant (including intramural programme) DOI 10.3030/860954 Förderbeginn 2020 Geldgeber European Commission H2020