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Die Energie-Kopplung des Serotonin Transporters

Energy coupling in the serotonin transporter

Thomas Stockner (ORCID: 0000-0002-7071-8283)
  • Grant-DOI 10.55776/P32017
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.02.2019
  • Projektende 31.07.2023
  • Bewilligungssumme 370.912 €

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (40%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (60%)

Keywords

    Transport Cycle, Substrate Transport, Substrate Uptake Assay, Energy Coupling, Serotonin Transporter, Molecular Dynamics Simulations

Abstract Endbericht

Neuron sind auf das Verarbeiten und Weiterleiten von Information spezialisierte Zellen. Diese können eine Länge von über einem Meter erreichen und nutzen sich sehr schnell ausbreitende elektrische Signale (Aktionspoteniale) zur Kommunikation. Informationsaustausch zwischen Neuronen benötigt spezialisiert Strukturen, die als Synapsen bezeichnet werden. Otto Loewi erhielt 1936 den Nobelpreis für die Erkenntnis, dass die Kommunikation zwischen Neuronen auf kleine diffundierende Molekülen basiert. Diese als Neurotransmitter bezeichneten Moleküle sind in kleinen Vesikeln gespeichert und werden nach Erregung der Synapse ausgeschüttet. Der dadurch ausgelöste starken Konzentrationsanstieg kann ein neues Aktionspotential in einem zweiten Neuron hervorrufen. Neuronale Funktion verlangt ein effizientes Entfernen der Neurotransmitters, während abnormale neuronale Funktionistmit Krankheitsbilder wie Depression,Aufmerksamkeits-und Hyperaktivitätsyndrom, Authismus, oder Bipolare Störungen verbunden ist. Gegenstand dieses Forschungsvorhabens ist der Transporter des Neurotransmitters Serotonin (hSERT). Der Transporter hSERT oszilliert zwischen zwei Konformationen, wobei dabei gleichzeitig der Zugang zur Serotonin Bindestelle zwischen Extra- und Intrazellulärraum alterniert. Transport wird von den elektrochemischen Gradienten der co-transportierten Ionen durch einen Prozess angetrieben, der als Energiekopplung bezeichnet wird. Das Ziel dieses Forschungsvorhabens dreht sich um folgenden Fragen: Wie wird die Energie des Ionengradienten in konformationelle Veränderungen konvertiert? Wie kann die Energiekopplung das Aufkonzentrieren von Serotonin antreiben? Um das gesteckte Ziel zu erreichen, werden die Beiträge von Konformationen, Dynamik, Wechselwirkungen und Thermodynamik zum Transport von Serotonin quantifiziert. Diesem Forschungsvorhaben liegt die Hypothese zugrunde, dass die Bindung von Serotonin und der co- transportierten Ionen in der initialen Konformation des hSERT unvollständig ist, aber die Energie aufbringt, damit hSERT seine alternative Konformation einnimmt und die Bindungsstelle zum Intrazellularraum hinwendet. Der noch unbekannt Mechanismus der Energiekonversion wir durch die Integration einer Vielzahl von Methodenuntersucht werden, welchenvon Zell-basierten Transportexperiment bis in zu Computersimulationen des Serotonintransports mit atomarer Auflösung reichen. Die Pharmaindustrie hat sich in den letzten Jahren zusehend aus der Entwicklung von neuen Medikamenten zur Behandlung von neuronalen Erkrankungen zurückgezogen, weil es immer schwieriger wurde, neuen und effektive Wirkstoffe zu finden. Diese Forschungsvorhaben adressiert dieses Problematik nicht direkt, aber die Erforschung der Mechanismen der Energiekonversion und der strukturellen Details des Serotonintransports lege den Grundstein für innovative Medikamentenentwicklungen, die in der Zukunft zu besser Medikamente führen können.

Neuron sind auf das Verarbeiten und Weiterleiten von Information spezialisierte Zellen. Informationsaustausch zwischen Neuronen benötigt spezialisiert Strukturen, die als Synapsen bezeichnet werden. Die als Neurotransmitter bezeichneten Moleküle sind in kleinen Vesikeln gespeichert und werden nach Erregung der Synapse ausgeschüttet. Der dadurch ausgelöste starken Konzentrationsanstieg kann ein neues Aktionspotential hervorrufen. Neuronale Funktion verlangt ein effizientes Entfernen der Neurotransmitters, während abnormale neuronale Funktion mit Krankheitsbilder wie Depression, Aufmerksamkeits- und Hyperaktivitätsyndrom, Authismus, oder Bipolare Störungen verbunden ist. Gegenstand dieses Forschungsvorhabens ist der Transporter des Neurotransmitters Serotonin (hSERT). Die Substratbindungsstelle (S1) befindet sich im Zentrum des Transporter in der Mitte der Membran. Das Model des Transportzyklus von SERT sagt vorher, dass das Binding von 5HT and den nach aussen offenen Transporter den Transportzykus startet. Im nächsten Schritt geht SERT dann in den okkludierten Zustand über, und öffnet anschließend das inner Portal, was den Austritt von 5HT in das Zytosol des pre-synaptischen Neurons erlaubt. In diesem Forschungsprojekt konnten wir die Annahme bestätigen, dass SERT im Ruhezustand auswärts geoffnet ist. Unsere Untersuchungen haben gezeigt, dass das Binden des Co-transportieren Natriumions notwendig ist, um diesen Zustand zu stabilisieren. Wir konnten zeigen, dass der strukturelle Übergang in den okkludierten Zustand sehr komplex ist und mehrer intermediäre Schritte umfasst. Wir konnten mithilfe umfangreicher Simulationen und der Kombination mit Experimenten die einzelnen Schritte auf dem Weg zur SERT-Okklusion identifizieren. Der erste Schritt ist die Erkennung des Substrats durch Aspartat 98, das Teil der Helix TM1B ist. Dieser Ligandensensor leitet den Prozess ein: zunächst die Bewegung von TM1B, gefolgt von einer konzertierten Bewegung der Bundledomäne und dem Abschluss der Okklusion durch Bewegungen von TM6A. Als einen Hauptprädiktor für diese Bewegungen haben wir die Dichte des Wasser im Eingang zur Substratbindungsstelle identifiziert, die unmittelbar vor und während der Bewegungen eine geringe Dichte aufweist. Wir fanden heraus, dass die Grenzfläche zwischen den relativ zueinander gleitenden Proteindomänen Oberflächen Eigenschaften aufweisen, die eine scheinbar reibungslose Bewegung gekennzeichnet ist und durch konformativ anpassbare Proteinseitenketten ermöglicht wird. Das zentrale Ergebnis dieses Projekts ist die Charakterisierung der konformativen Kopplung zwischen Ligand und Transporter und der Quantifizierung des damit verbundenen freien Energie. Durch die Charakterisierung der Wechselwirkung von 5HT, einer kongenerischen Reihe von 5HT-Derivaten und mehreren psychoaktiven Substanzen konnten wir zeigen, dass der Ligand die SERT-Okklusion auslöst. Das bedeutet, dass der Ligand seinen eigenen Transport durch wenige Schlüsselinteraktionen initiiert, was voraussetzt, dass die Substrateigenschaften mit den energetischen und geometrischen Anforderungen des Transporters zusammenpassen. Das Profil der freien Energie zeigt deutlich den molekularen Ursprung dieser Eigenschaften. Die wesentlichen Wechselwirkungen für die Auslösung und den Antrieb der einzelnen Schritte sind Wechselwirkungen der Carboxylgruppe von Aspartat 98 und des helikale Dipol der Helix TM6A, während im Substrat der aliphatische Stickstoff der wesentliche Faktor ist.

Forschungsstätte(n)
  • Medizinische Universität Wien - 100%

Research Output

  • 410 Zitationen
  • 27 Publikationen
  • 1 Datasets & Models
  • 3 Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 1 Weitere Förderungen
Publikationen
  • 2025
    Titel Revealing the location and dynamics of a concealed binding site in the dopamine transporter
    DOI 10.1038/s41467-025-59511-w
    Typ Journal Article
    Autor Zhu R
    Journal Nature Communications
    Seiten 4197
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Interaction of GAT1 with sodium ions: from efficient recruitment to stabilisation of substrate and conformation
    DOI 10.7554/elife.93271
    Typ Preprint
    Autor Gradisch R
  • 2024
    Titel De novo variants in GABRA4 are associated with a neurological phenotype including developmental delay, behavioral abnormalities and epilepsy
    DOI 10.1038/s41431-024-01600-3
    Typ Journal Article
    Autor Sajan S
    Journal European Journal of Human Genetics
    Seiten 912-919
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Free energy profile of the substrate-induced occlusion of the human serotonin transporter
    DOI 10.1111/jnc.16061
    Typ Journal Article
    Autor Da Silva L
    Journal Journal of Neurochemistry
    Seiten 1993-2006
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Bioisosteric analogs of MDMA: Improving the pharmacological profile?
    DOI 10.1111/jnc.16149
    Typ Journal Article
    Autor Alberto-Silva A
    Journal Journal of Neurochemistry
    Seiten 2022-2042
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Bioisosteric analogs of MDMA with improved pharmacological profile
    DOI 10.1101/2024.04.08.588083
    Typ Preprint
    Autor Alberto-Silva A
    Seiten 2024.04.08.588083
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Ligand coupling mechanism of the human serotonin transporter differentiates substrates from inhibitors
    DOI 10.1038/s41467-023-44637-6
    Typ Journal Article
    Autor Gradisch R
    Journal Nature Communications
    Seiten 417
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Allosteric Modulation of Neurotransmitter Transporters as a Therapeutic Strategy
    DOI 10.1016/j.tips.2020.04.006
    Typ Journal Article
    Autor Niello M
    Journal Trends in Pharmacological Sciences
    Seiten 446-463
    Link Publikation
  • 2020
    Titel The role of the degenerate nucleotide binding site in type I ABC exporters
    DOI 10.1002/1873-3468.13997
    Typ Journal Article
    Autor Stockner T
    Journal FEBS Letters
    Seiten 3815-3838
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Picky ABCG5/G8 and promiscuous ABCG2 - a tale of fatty diets and drug toxicity
    DOI 10.1002/1873-3468.13938
    Typ Journal Article
    Autor Khunweeraphong N
    Journal FEBS Letters
    Seiten 4035-4058
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Sodium Binding Stabilizes the Outward-Open State of SERT by Limiting Bundle Domain Motions
    DOI 10.3390/cells11020255
    Typ Journal Article
    Autor Szöllosi D
    Journal Cells
    Seiten 255
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Occlusion of the human serotonin transporter is mediated by serotonin-induced conformational changes in the bundle domain
    DOI 10.1016/j.jbc.2022.101613
    Typ Journal Article
    Autor Gradisch R
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 101613
    Link Publikation
  • 2019
    Titel The Amino Terminus of LeuT Changes Conformation in an Environment Sensitive Manner
    DOI 10.1007/s11064-019-02928-9
    Typ Journal Article
    Autor Khan J
    Journal Neurochemical Research
    Seiten 1387-1398
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Coordinating the regulatory dance: how PIP2 modulates TRPC3 activity via TRP helix and S4-S5 linker
    DOI 10.21203/rs.3.rs-3552323/v1
    Typ Preprint
    Autor Clarke A
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Probing binding and occlusion of substrate in the human creatine transporter-1 by computation and mutagenesis
    DOI 10.1002/pro.4842
    Typ Journal Article
    Autor Clarke A
    Journal Protein Science
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Interaction of GAT1 with sodium ions: from efficient recruitment to stabilisation of substrate and conformation
    DOI 10.1101/2023.10.10.561652
    Typ Preprint
    Autor Lazzarin E
    Seiten 2023.10.10.561652
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Assembly of Biomolecular Gigastructures and Visualization with the Vulkan Graphics API
    DOI 10.1021/acs.jcim.1c00743
    Typ Journal Article
    Autor Ozvoldik K
    Journal Journal of Chemical Information and Modeling
    Seiten 5293-5303
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Characterization of DAG Binding to TRPC Channels by Target-Dependent cis–trans Isomerization of OptoDArG
    DOI 10.3390/biom12060799
    Typ Journal Article
    Autor Erkan-Candag H
    Journal Biomolecules
    Seiten 799
    Link Publikation
  • 2021
    Titel (2-Aminopropyl)benzo[ß]thiophenes (APBTs) are novel monoamine transporter ligands that lack stimulant effects but display psychedelic-like activity in mice
    DOI 10.1038/s41386-021-01221-0
    Typ Journal Article
    Autor Rudin D
    Journal Neuropsychopharmacology
    Seiten 914-923
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Ligand coupling mechanism of the human serotonin transporter differentiates substrates from inhibitors
    DOI 10.21203/rs.3.rs-3135449/v1
    Typ Preprint
    Autor Stockner T
    Link Publikation
  • 2023
    Titel YASARA Model–Interactive Molecular Modeling from Two Dimensions to Virtual Realities
    DOI 10.1021/acs.jcim.3c01136
    Typ Journal Article
    Autor Ozvoldik K
    Journal Journal of Chemical Information and Modeling
    Seiten 6177-6182
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Persistent binding at dopamine transporters determines sustained psychostimulant effects.
    DOI 10.1073/pnas.2114204120
    Typ Journal Article
    Autor Niello M
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
  • 2021
    Titel Investigating the Mechanism of Sodium Binding to SERT Using Direct Simulations
    DOI 10.3389/fncel.2021.673782
    Typ Journal Article
    Autor Szöllosi D
    Journal Frontiers in Cellular Neuroscience
    Seiten 673782
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Psychomotor stimulant effects of a-pyrrolidinovalerophenone (aPVP) enantiomers correlate with drug binding kinetics at the dopamine transporter
    DOI 10.21203/rs.3.rs-612345/v1
    Typ Preprint
    Autor Niello M
    Link Publikation
  • 2021
    Titel The Bile Salt Export Pump: Molecular Structure, Study Models and Small-Molecule Drugs for the Treatment of Inherited BSEP Deficiencies
    DOI 10.3390/ijms22020784
    Typ Journal Article
    Autor Sohail M
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 784
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Thermal Unfolding of the Human Serotonin Transporter: Differential Effect by Stabilizing and Destabilizing Mutations and Cholesterol on Thermodynamic and Kinetic Stability
    DOI 10.1124/molpharm.121.000413
    Typ Journal Article
    Autor Ponleitner M
    Journal Molecular Pharmacology
    Seiten 95-105
    Link Publikation
  • 2020
    Titel SLC6 transporter oligomerization
    DOI 10.1111/jnc.15145
    Typ Journal Article
    Autor Jayaraman K
    Journal Journal of Neurochemistry
    Seiten 919-929
    Link Publikation
Datasets & Models
  • 2023 Link
    Titel Energy Coupling
    Typ Computer model/algorithm
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2023
    Titel RG-ITTS-Meeting-2023
    Typ Poster/abstract prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2023
    Titel RG-ISSR-2023
    Typ Poster/abstract prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2022
    Titel ITTS Board
    Typ Prestigious/honorary/advisory position to an external body
    Bekanntheitsgrad Continental/International
Weitere Förderungen
  • 2020
    Titel Marie Sklodowska Curie Actions (MSCA) ITN-ETN
    Typ Research grant (including intramural programme)
    DOI 10.3030/860954
    Förderbeginn 2020
    Geldgeber European Commission H2020

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