Lokale Chromatinstruktur an Genclustern von Pilzen
Chromatin composition at fungal gene clusters
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (100%)
Keywords
-
Filamentous Fungi,
Chromatin,
Secondary Metabolism,
Gene Cluster Regulation,
Aspergillus
Pilze sind für das Funktionieren des natürlichen Nährstoffkreislaufes auf der Erde essentiell und sie spielen daher in der Bodenbiologie und im Abbau von Pflanzenbiomasse eine wesentliche Rolle. Es ist wichtig zu erwähnen, dass der allergrößte Anteil von Pflanzenkrankheiten durch Pilze verursacht wird, was diese Organismengruppe auch zu ökonomisch wichtigen Mikroorganismen macht. In all ihren Habitaten müssen Pilze mit anderen Mikroben um Nährstoffe, Wasser und Platz konkurrieren und eine Möglichkeit dies zu tun besteht darin, seine eigenen Ressourcen durch die Abgabe von bioaktiven Stoffen wie Antibiotika oder Mycotoxine zu schützen. Vor einigen Jahren haben wir entdeckt, dass die Produktion dieser Metaboliten in Pilzen unter epigenetischer Kontrolle steht und gemeinsam mit unseren Forschungspartnern haben wir zeigen können, dass die Interaktion zwischen Bakterien und Pilzen auf dieser Ebene funktioniert. Die Bakterien sind sozusagen in der Lage, die epigenetische Sprache der Pilze so zu verändern, dass diese ihre bioaktiven Stoffe bilden. In dem vorliegenden Forschungsprojekt wollen wir nun diesen Mechanismus besser verstehen und werden einen der wesentlichen Regulatoren genau untersuchen. Das Protein gehört zur Familie der Histon-Demethylasen und wir werden genetische, genomische und biochemische Methoden einsetzen um seine Funktion im Zusammenhang mit der Antibiotika- und Toxinproduktion besser zu verstehen. Das Ergebnis dieses Projektes wird nicht nur ein genaueres Bild von der Funktion des epigenetischen Regulators während des Pilzwachstums zeichnen sondern auch die Funktionsweise der einzelnen Domänen dieses Regulators besser verständlich machen. Da ähnliche Proteine im Menschen bei unterschiedlichen Tumoren in höherer Konzentration vorliegen ist eine Beteiligung bei der Tumorentstehung sehr wahrscheinlich.
Schimmelpilze haben zwar in der Öffentlichkeit einen "schlechten Ruf", sind aber extrem wichtig für das Funktionieren des natürlichen Nährstoffkreislaufes auf der Erde denn sie spielen z.B. beim Recycling von Pflanzenbiomasse eine essentielle Rolle. Es ist auch wichtig zu erwähnen, dass der allergrößte Anteil von Pflanzenkrankheiten durch Pilze verursacht wird, was Schimmelpilze auch zu ökonomisch wichtigen Mikroorganismen für die Ernährungssicherheit macht. Und neue Gefahren gehen von bisher bei uns unbekannten Pilzkrankheiten aus, die aufgrund des Klimawandels in unseren Breiten jetzt auftreten und Pflanzen bzw. Tiere massiv gefährden. In all ihren Lebensräumen konkurrieren diese Mikro-Pilze natürlicherweise mit anderen Organismen um Nährstoffe, Wasser und um Platz. Um sich dabei möglichst optimal durchzusetzen, bzw. um die Abwehr von Pflanzen während der Infektion zu unterdrücken, produzieren diese Pilze verschiedene bioaktive Stoffe wie Antibiotika oder Pilzgifte. Vor einigen Jahren haben wir entdeckt, dass die Produktion dieser Stoffe in Pilzen unter epigenetischer Kontrolle steht. In dem nun abgeschlossenen Forschungsprojekt haben wir die epigenetischen Mechanismen bei Pilzen weiter untersucht. Dabei wurde eine neue epigenetische Untersuchungsmethode entwickelt, mit der man gezielt bestimmte Regionen in den Pilzchromosomen präzise ansteuern kann. In einer internationalen Kooperation konnte dann eine vollkommen neue Regel-Einheit für die epigenetischen Vorgänge gefunden werden, ohne die der Pilz keine Gifte herstellen und auch Pflanzen nicht infizieren kann. Weitere Details zu den Biosynthesewegen und zu Interaktionen mit Pflanzen, anderen Pilzen bzw. Bakterien wurden erhoben und bis auf die molekulare Ebene genau charakterisiert. Insgesamt wurden in diesem Projekt zahlreiche Nachwuchswissenschafter*innen ausgebildet, 16 wissenschaftliche Artikel in hochrangigen internationalen Zeitschriften veröffentlicht, und Medienbeiträge zur Forschung rund um die Epigenetik bei Pilzen verfasst. Das Ergebnis dieses Projektes hat damit nicht nur ein genaueres Bild von der Funktion der epigenetischen Regulatoren während des Pilzwachstums und der Produktion von Pilzgiften gezeichnet, sondern auch dazu beigetragen, Pilzkrankheiten bei Mensch, Tier und Pflanzen in Zukunft besser kontrollieren zu können.
- Friedrich Altmann, Universität für Bodenkultur Wien , nationale:r Kooperationspartner:in
Research Output
- 125 Zitationen
- 24 Publikationen
- 1 Methoden & Materialien
- 3 Datasets & Models
- 1 Disseminationen
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2023
Titel Limosilactobacillus fermentum Limits Candida glabrata Growth by Ergosterol Depletion DOI 10.1128/spectrum.03326-22 Typ Journal Article Autor Zangl I Journal Microbiology Spectrum Link Publikation -
2024
Titel Locus-specific chromatin proteomics using dCas-guided proximity labelling in Aspergillus nidulans DOI 10.1101/2024.10.15.618449 Typ Preprint Autor Svoboda T Seiten 2024.10.15.618449 Link Publikation -
2024
Titel Copper acquisition is essential for plant colonization and virulence in a root-infecting vascular wilt fungus DOI 10.1101/2024.04.23.590778 Typ Preprint Autor Palos-Fernández R Seiten 2024.04.23.590778 Link Publikation -
2020
Titel Activation of silent secondary metabolite gene clusters by nucleosome map-guided positioning of the synthetic transcription factor VPR-dCas9 DOI 10.1101/2020.04.02.022053 Typ Preprint Autor Schüller A Seiten 2020.04.02.022053 Link Publikation -
2024
Titel Incorporation of the histone variant H2A.Z counteracts gene silencing mediated by H3K27 trimethylation in Fusarium fujikuroi DOI 10.1186/s13072-024-00532-y Typ Journal Article Autor Atanasoff-Kardjalieff A Journal Epigenetics & Chromatin Seiten 7 Link Publikation -
2020
Titel A novel fungal gene regulation system based on inducible VPR-dCas9 and nucleosome map-guided sgRNA positioning DOI 10.1007/s00253-020-10900-9 Typ Journal Article Autor Schüller A Journal Applied Microbiology and Biotechnology Seiten 9801-9822 Link Publikation -
2022
Titel Genome analysis and elucidation of the biosynthetic pathway for the cRAS inhibitor rasfonin in Cephalotrichum gorgonifer DOI 10.21203/rs.3.rs-2250512/v1 Typ Preprint Autor Schüller A Link Publikation -
2022
Titel The KdmB-EcoA-RpdA-SntB chromatin complex binds regulatory genes and coordinates fungal development with mycotoxin synthesis DOI 10.1093/nar/gkac744 Typ Journal Article Autor Karahoda B Journal Nucleic Acids Research Seiten 9797-9813 Link Publikation -
2024
Titel Uncovering the regulation of secondary metabolite production in Aspergillus nidulans Typ PhD Thesis Autor Franz Zehetbauer -
2024
Titel Chromatin regulatory mechanism and its impact on fungal development and secondary metabolism in the Fusarium fujikuroi species complex Typ PhD Thesis Autor Anna Katharina Atanasoff-Kardjalieff -
2024
Titel Transcriptional memory drives accelerated re-activation of several biosynthetic gene clusters in Aspergillus nidulans. DOI 10.1016/j.micres.2024.127981 Typ Journal Article Autor Zehetbauer F Journal Microbiological Research Seiten 127981 -
2023
Titel Induction of Aspergillus fumigatus zinc cluster transcription factor OdrA/Mdu2 provides combined cellular responses for oxidative stress protection and multiple antifungal drug resistance DOI 10.1128/mbio.02628-23 Typ Journal Article Autor Sasse C Journal mBio Link Publikation -
2023
Titel The ecological role(s) of fungal secondary metabolites and how to unearth them Typ PhD Thesis Autor Andreas Schüller Link Publikation -
2021
Titel The H4K20 methyltransferase Kmt5 is involved in secondary metabolism and stress response in phytopathogenic Fusarium species DOI 10.1016/j.fgb.2021.103602 Typ Journal Article Autor Bachleitner S Journal Fungal Genetics and Biology Seiten 103602 Link Publikation -
2021
Titel Evidence for an arginine-dependent route for the synthesis of NO in the model filamentous fungus Aspergillus nidulans DOI 10.1111/1462-2920.15733 Typ Journal Article Autor Franco-Cano A Journal Environmental Microbiology Seiten 6924-6939 Link Publikation -
2022
Titel Polaramycin B, and not physical interaction, is the signal that rewires fungal metabolism in the Streptomyces – Aspergillus interaction DOI 10.1101/2022.05.04.490618 Typ Preprint Autor Berger H Seiten 2022.05.04.490618 Link Publikation -
2022
Titel Polaramycin B, and not physical interaction, is the signal that rewires fungal metabolism in the Streptomyces–Aspergillus interaction DOI 10.1111/1462-2920.16118 Typ Journal Article Autor Berger H Journal Environmental Microbiology Seiten 4899-4914 Link Publikation -
2022
Titel RimO (SrrB) is required for carbon starvation signaling and production of secondary metabolites in Aspergillus nidulans DOI 10.1016/j.fgb.2022.103726 Typ Journal Article Autor Zehetbauer F Journal Fungal Genetics and Biology Seiten 103726 -
2022
Titel How to Completely Squeeze a Fungus—Advanced Genome Mining Tools for Novel Bioactive Substances DOI 10.3390/pharmaceutics14091837 Typ Journal Article Autor Schüller A Journal Pharmaceutics Seiten 1837 Link Publikation -
2023
Titel Genome analysis of Cephalotrichum gorgonifer and identification of the biosynthetic pathway for rasfonin, an inhibitor of KRAS dependent cancer DOI 10.1186/s40694-023-00158-x Typ Journal Article Autor Schüller A Journal Fungal Biology and Biotechnology Seiten 13 Link Publikation -
2023
Titel Locus-specific chromatin composition analysis by dCas9-driven proximity labelling DOI 10.5281/zenodo.7777727 Typ Other Autor Loibl D Link Publikation -
2023
Titel Locus-specific chromatin composition analysis by dCas9-driven proximity labelling DOI 10.5281/zenodo.7777728 Typ Other Autor Loibl D Link Publikation -
2021
Titel Editorial SI FGB “Chromatin regulation and epigenetics” DOI 10.1016/j.fgb.2021.103569 Typ Journal Article Autor Strauss J Journal Fungal Genetics and Biology Seiten 103569 -
2021
Titel The Role of Plant Hormones in the Interaction of Colletotrichum Species with Their Host Plants DOI 10.3390/ijms222212454 Typ Journal Article Autor Svoboda T Journal International Journal of Molecular Sciences Seiten 12454 Link Publikation
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2024
Link
Titel Locus-specific chromatin proteomics using CRISPR-Cas technology DOI 10.1101/2024.10.15.618449 Typ Technology assay or reagent Öffentlich zugänglich Link Link
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2023
Titel Transcriptome dataset associated with publication DOI 10.1128/mbio.02628-23 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich -
2022
Titel transcriptome dataset related to publication DOI 10.1111/1462-2920.16118 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich -
2022
Titel transcriptome and ChIP-seq dataset associated with publication DOI 10.1093/nar/gkac744 Typ Database/Collection of data Öffentlich zugänglich
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2023
Titel Press article Typ A press release, press conference or response to a media enquiry/interview