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Lokale Chromatinstruktur an Genclustern von Pilzen

Chromatin composition at fungal gene clusters

Joseph Strauss (ORCID: 0000-0003-0474-6267)
  • Grant-DOI 10.55776/P32790
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 11.11.2019
  • Projektende 10.04.2024
  • Bewilligungssumme 406.605 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Filamentous Fungi, Chromatin, Secondary Metabolism, Gene Cluster Regulation, Aspergillus

Abstract Endbericht

Pilze sind für das Funktionieren des natürlichen Nährstoffkreislaufes auf der Erde essentiell und sie spielen daher in der Bodenbiologie und im Abbau von Pflanzenbiomasse eine wesentliche Rolle. Es ist wichtig zu erwähnen, dass der allergrößte Anteil von Pflanzenkrankheiten durch Pilze verursacht wird, was diese Organismengruppe auch zu ökonomisch wichtigen Mikroorganismen macht. In all ihren Habitaten müssen Pilze mit anderen Mikroben um Nährstoffe, Wasser und Platz konkurrieren und eine Möglichkeit dies zu tun besteht darin, seine eigenen Ressourcen durch die Abgabe von bioaktiven Stoffen wie Antibiotika oder Mycotoxine zu schützen. Vor einigen Jahren haben wir entdeckt, dass die Produktion dieser Metaboliten in Pilzen unter epigenetischer Kontrolle steht und gemeinsam mit unseren Forschungspartnern haben wir zeigen können, dass die Interaktion zwischen Bakterien und Pilzen auf dieser Ebene funktioniert. Die Bakterien sind sozusagen in der Lage, die epigenetische Sprache der Pilze so zu verändern, dass diese ihre bioaktiven Stoffe bilden. In dem vorliegenden Forschungsprojekt wollen wir nun diesen Mechanismus besser verstehen und werden einen der wesentlichen Regulatoren genau untersuchen. Das Protein gehört zur Familie der Histon-Demethylasen und wir werden genetische, genomische und biochemische Methoden einsetzen um seine Funktion im Zusammenhang mit der Antibiotika- und Toxinproduktion besser zu verstehen. Das Ergebnis dieses Projektes wird nicht nur ein genaueres Bild von der Funktion des epigenetischen Regulators während des Pilzwachstums zeichnen sondern auch die Funktionsweise der einzelnen Domänen dieses Regulators besser verständlich machen. Da ähnliche Proteine im Menschen bei unterschiedlichen Tumoren in höherer Konzentration vorliegen ist eine Beteiligung bei der Tumorentstehung sehr wahrscheinlich.

Schimmelpilze haben zwar in der Öffentlichkeit einen "schlechten Ruf", sind aber extrem wichtig für das Funktionieren des natürlichen Nährstoffkreislaufes auf der Erde denn sie spielen z.B. beim Recycling von Pflanzenbiomasse eine essentielle Rolle. Es ist auch wichtig zu erwähnen, dass der allergrößte Anteil von Pflanzenkrankheiten durch Pilze verursacht wird, was Schimmelpilze auch zu ökonomisch wichtigen Mikroorganismen für die Ernährungssicherheit macht. Und neue Gefahren gehen von bisher bei uns unbekannten Pilzkrankheiten aus, die aufgrund des Klimawandels in unseren Breiten jetzt auftreten und Pflanzen bzw. Tiere massiv gefährden. In all ihren Lebensräumen konkurrieren diese Mikro-Pilze natürlicherweise mit anderen Organismen um Nährstoffe, Wasser und um Platz. Um sich dabei möglichst optimal durchzusetzen, bzw. um die Abwehr von Pflanzen während der Infektion zu unterdrücken, produzieren diese Pilze verschiedene bioaktive Stoffe wie Antibiotika oder Pilzgifte. Vor einigen Jahren haben wir entdeckt, dass die Produktion dieser Stoffe in Pilzen unter epigenetischer Kontrolle steht. In dem nun abgeschlossenen Forschungsprojekt haben wir die epigenetischen Mechanismen bei Pilzen weiter untersucht. Dabei wurde eine neue epigenetische Untersuchungsmethode entwickelt, mit der man gezielt bestimmte Regionen in den Pilzchromosomen präzise ansteuern kann. In einer internationalen Kooperation konnte dann eine vollkommen neue Regel-Einheit für die epigenetischen Vorgänge gefunden werden, ohne die der Pilz keine Gifte herstellen und auch Pflanzen nicht infizieren kann. Weitere Details zu den Biosynthesewegen und zu Interaktionen mit Pflanzen, anderen Pilzen bzw. Bakterien wurden erhoben und bis auf die molekulare Ebene genau charakterisiert. Insgesamt wurden in diesem Projekt zahlreiche Nachwuchswissenschafter*innen ausgebildet, 16 wissenschaftliche Artikel in hochrangigen internationalen Zeitschriften veröffentlicht, und Medienbeiträge zur Forschung rund um die Epigenetik bei Pilzen verfasst. Das Ergebnis dieses Projektes hat damit nicht nur ein genaueres Bild von der Funktion der epigenetischen Regulatoren während des Pilzwachstums und der Produktion von Pilzgiften gezeichnet, sondern auch dazu beigetragen, Pilzkrankheiten bei Mensch, Tier und Pflanzen in Zukunft besser kontrollieren zu können.

Forschungsstätte(n)
  • Universität für Bodenkultur Wien - 100%
Nationale Projektbeteiligte
  • Friedrich Altmann, Universität für Bodenkultur Wien , nationale:r Kooperationspartner:in

Research Output

  • 125 Zitationen
  • 24 Publikationen
  • 1 Methoden & Materialien
  • 3 Datasets & Models
  • 1 Disseminationen
Publikationen
  • 2023
    Titel Limosilactobacillus fermentum Limits Candida glabrata Growth by Ergosterol Depletion
    DOI 10.1128/spectrum.03326-22
    Typ Journal Article
    Autor Zangl I
    Journal Microbiology Spectrum
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Locus-specific chromatin proteomics using dCas-guided proximity labelling in Aspergillus nidulans
    DOI 10.1101/2024.10.15.618449
    Typ Preprint
    Autor Svoboda T
    Seiten 2024.10.15.618449
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Copper acquisition is essential for plant colonization and virulence in a root-infecting vascular wilt fungus
    DOI 10.1101/2024.04.23.590778
    Typ Preprint
    Autor Palos-Fernández R
    Seiten 2024.04.23.590778
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Activation of silent secondary metabolite gene clusters by nucleosome map-guided positioning of the synthetic transcription factor VPR-dCas9
    DOI 10.1101/2020.04.02.022053
    Typ Preprint
    Autor Schüller A
    Seiten 2020.04.02.022053
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Incorporation of the histone variant H2A.Z counteracts gene silencing mediated by H3K27 trimethylation in Fusarium fujikuroi
    DOI 10.1186/s13072-024-00532-y
    Typ Journal Article
    Autor Atanasoff-Kardjalieff A
    Journal Epigenetics & Chromatin
    Seiten 7
    Link Publikation
  • 2020
    Titel A novel fungal gene regulation system based on inducible VPR-dCas9 and nucleosome map-guided sgRNA positioning
    DOI 10.1007/s00253-020-10900-9
    Typ Journal Article
    Autor Schüller A
    Journal Applied Microbiology and Biotechnology
    Seiten 9801-9822
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Genome analysis and elucidation of the biosynthetic pathway for the cRAS inhibitor rasfonin in Cephalotrichum gorgonifer
    DOI 10.21203/rs.3.rs-2250512/v1
    Typ Preprint
    Autor Schüller A
    Link Publikation
  • 2022
    Titel The KdmB-EcoA-RpdA-SntB chromatin complex binds regulatory genes and coordinates fungal development with mycotoxin synthesis
    DOI 10.1093/nar/gkac744
    Typ Journal Article
    Autor Karahoda B
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 9797-9813
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Uncovering the regulation of secondary metabolite production in Aspergillus nidulans
    Typ PhD Thesis
    Autor Franz Zehetbauer
  • 2024
    Titel Chromatin regulatory mechanism and its impact on fungal development and secondary metabolism in the Fusarium fujikuroi species complex
    Typ PhD Thesis
    Autor Anna Katharina Atanasoff-Kardjalieff
  • 2024
    Titel Transcriptional memory drives accelerated re-activation of several biosynthetic gene clusters in Aspergillus nidulans.
    DOI 10.1016/j.micres.2024.127981
    Typ Journal Article
    Autor Zehetbauer F
    Journal Microbiological Research
    Seiten 127981
  • 2023
    Titel Induction of Aspergillus fumigatus zinc cluster transcription factor OdrA/Mdu2 provides combined cellular responses for oxidative stress protection and multiple antifungal drug resistance
    DOI 10.1128/mbio.02628-23
    Typ Journal Article
    Autor Sasse C
    Journal mBio
    Link Publikation
  • 2023
    Titel The ecological role(s) of fungal secondary metabolites and how to unearth them
    Typ PhD Thesis
    Autor Andreas Schüller
    Link Publikation
  • 2021
    Titel The H4K20 methyltransferase Kmt5 is involved in secondary metabolism and stress response in phytopathogenic Fusarium species
    DOI 10.1016/j.fgb.2021.103602
    Typ Journal Article
    Autor Bachleitner S
    Journal Fungal Genetics and Biology
    Seiten 103602
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Evidence for an arginine-dependent route for the synthesis of NO in the model filamentous fungus Aspergillus nidulans
    DOI 10.1111/1462-2920.15733
    Typ Journal Article
    Autor Franco-Cano A
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 6924-6939
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Polaramycin B, and not physical interaction, is the signal that rewires fungal metabolism in the Streptomyces – Aspergillus interaction
    DOI 10.1101/2022.05.04.490618
    Typ Preprint
    Autor Berger H
    Seiten 2022.05.04.490618
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Polaramycin B, and not physical interaction, is the signal that rewires fungal metabolism in the Streptomyces–Aspergillus interaction
    DOI 10.1111/1462-2920.16118
    Typ Journal Article
    Autor Berger H
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 4899-4914
    Link Publikation
  • 2022
    Titel RimO (SrrB) is required for carbon starvation signaling and production of secondary metabolites in Aspergillus nidulans
    DOI 10.1016/j.fgb.2022.103726
    Typ Journal Article
    Autor Zehetbauer F
    Journal Fungal Genetics and Biology
    Seiten 103726
  • 2022
    Titel How to Completely Squeeze a Fungus—Advanced Genome Mining Tools for Novel Bioactive Substances
    DOI 10.3390/pharmaceutics14091837
    Typ Journal Article
    Autor Schüller A
    Journal Pharmaceutics
    Seiten 1837
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Genome analysis of Cephalotrichum gorgonifer and identification of the biosynthetic pathway for rasfonin, an inhibitor of KRAS dependent cancer
    DOI 10.1186/s40694-023-00158-x
    Typ Journal Article
    Autor Schüller A
    Journal Fungal Biology and Biotechnology
    Seiten 13
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Locus-specific chromatin composition analysis by dCas9-driven proximity labelling
    DOI 10.5281/zenodo.7777727
    Typ Other
    Autor Loibl D
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Locus-specific chromatin composition analysis by dCas9-driven proximity labelling
    DOI 10.5281/zenodo.7777728
    Typ Other
    Autor Loibl D
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Editorial SI FGB “Chromatin regulation and epigenetics”
    DOI 10.1016/j.fgb.2021.103569
    Typ Journal Article
    Autor Strauss J
    Journal Fungal Genetics and Biology
    Seiten 103569
  • 2021
    Titel The Role of Plant Hormones in the Interaction of Colletotrichum Species with Their Host Plants
    DOI 10.3390/ijms222212454
    Typ Journal Article
    Autor Svoboda T
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 12454
    Link Publikation
Methoden & Materialien
  • 2024 Link
    Titel Locus-specific chromatin proteomics using CRISPR-Cas technology
    DOI 10.1101/2024.10.15.618449
    Typ Technology assay or reagent
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Datasets & Models
  • 2023
    Titel Transcriptome dataset associated with publication
    DOI 10.1128/mbio.02628-23
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
  • 2022
    Titel transcriptome dataset related to publication
    DOI 10.1111/1462-2920.16118
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
  • 2022
    Titel transcriptome and ChIP-seq dataset associated with publication
    DOI 10.1093/nar/gkac744
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
Disseminationen
  • 2023
    Titel Press article
    Typ A press release, press conference or response to a media enquiry/interview

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