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Beschleunigte biomimetische Kernmagnetresonanz

Speeding up Biomimetic Nuclear Magnetic Resonance

Dennis Kurzbach (ORCID: 0000-0001-6455-2136)
  • Grant-DOI 10.55776/P33338
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.10.2020
  • Projektende 31.12.2024
  • Bewilligungssumme 383.439 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (15%); Chemie (85%)

Keywords

    Nuclear Magnetic Resonance, Biomineralization, Real-Time NMR, Biomimicry, Hyperpolarization

Abstract Endbericht

Die Kristallisation von Mineralen ist ein wichtiger Prozess der Natur, beispielsweise zum Aufbau von Knochen, Zähnen oder tierischen Panzern. Unser Verständnis der dahinterstehenden Prozesse auf der atomaren und molekularen Ebene ist allerdings noch lückenhaft. Dies obwohl es durchaus von Nutzen wäre tiefere Einblicke in diese Prozesse zu erarbeiten, um etwa Knochenprotesen zu optimieren oder neue funktionelle Materialien zu entwickeln. Das Projekt Biomimetische Kernmagnetresonanz zielt darauf ab, eben dieses Verständnis der Mine- ralisation zu vertiefen, indem Methoden entwickelt werden, die es erlauben solche Prozesse zeitauf- gelöst auf molekularer Ebene zu verfolgen. NMR (nuclear magnetic resonance) ist eine der wichtigsten Methoden, um Strukturen von Molekülen in Lösung zu ermitteln, allerdings mit eingeschränkter Zeitauflösung. Um aufbauend auf der NMR- Spektroskopie eine Echtzeitbeobachtung von Prozessen zu ermöglichen, zielt das Projekt darauf ab mit Hilfe der sog. Hyperpolarisation (genauer durch Dissolution Dynamic Nuclear Polarization, kurz D -DNP) eine neue Methode zu entwickeln, die eine bis zu 10000-fache Signalverstärkung bei NMR-Messungen erlaubt. Dadurch können molekulare Prozesse zeitaufgelöst verfolgt werden. Das Prinzip lautet: Je stärker ein Signal, umso kürzer muss es beobachtet werden für eine Messung. Wenn also die Zeit pro NMR Messung reduziert werden kann, können rasch ablaufende Messreihen verwirklicht werden, was wiederrum Zeitauflösung ermöglicht. D-DNP erlaubt es damit, schnelle Prozesse selbst im Millisekunden-Bereich zu verfolgen und dabei einzelne Atome zu unterscheiden. Ein spezieller Fokus des Projektes ist es, die sog. Biomineralisationsprozesse und deren Anfangsstadien zu verstehen. Biomineralisation ist die Fähigkeit lebendiger Organismen, feste Materialien zu produ- zieren. Bei solchen Prozessen, beispielsweise bei der Knochenbildung, kommt es innerhalb von Milli- sekunden zur Entstehung einer Vorstufe von Kristallisationskeimen, z.B., wenn Calcium- und Phosphat- Ionen in Lösung aufeinandertreffen. Diese Spezies, die zu Beginn des Kristallisationsprozesses auftre- ten sollen durch das Projekt analytisch charakterisiert und mit hochauflösenden Methoden observiert werden, um mit neuen Einblicken und Technologie Biomineralien und die dahinterstehenden chemi- schen Prozesse noch umfassender zu beschreiben. Es geht z.B. darum zu klären, ob die Größe der neu entdeckten Vorstufenspezies kontrollierbar ist und man damit Einfluss auf Härte oder Sprödigkeit des später entstehenden makroskopischen Materials nehmen kann. Zudem soll zu einem langjährigen Disput um die Theorie hinter der Biomineralisation beigetragen wer- den, um die Frage zu klären, ob diese Vorstufen zu den Kristallisationskeimen in den über Jahrzehnte entwickelten klassischen theoretischen Erklärungsrahmen der Mineralisation passen oder ob neue nicht-klassische Theorien entwickelt werden müssen.

Die Kristallisation von Mineralen ist ein wichtiger Prozess der Natur, beispielsweise zum Aufbau von Knochen, Zähnen oder tierischen Panzern. Unser Verständnis der dahinterstehenden Prozesse auf der atomaren und molekularen Ebene ist allerdings noch lückenhaft. Dies obwohl es durchaus von Nutzen wäre tiefere Einblicke in diese Prozesse zu erarbeiten, um etwa Knochenprotesen zu optimieren oder neue funktionelle Materialien zu entwickeln. Das Projekt "Biomimetische Kernmagnetresonanz" zielt darauf ab, eben dieses Verständnis der Mineralisation zu vertiefen, indem Methoden entwickelt werden, die es erlauben solche Prozesse zeitaufgelöst auf molekularer Ebene zu verfolgen. NMR (nuclear magnetic resonance) ist eine der wichtigsten Methoden, um Strukturen von Molekülen in Lösung zu ermitteln, allerdings mit eingeschränkter Zeitauflösung. Um aufbauend auf der NMR-Spektroskopie eine Echtzeitbeobachtung von Prozessen zu ermöglichen, zielt das Projekt darauf ab mit Hilfe der sog. Hyperpolarisation (genauer durch Dissolution Dynamic Nuclear Polarization, kurz D-DNP) eine neue Methode zu entwickeln, die eine bis zu 10000-fache Signalverstärkung bei NMR-Messungen erlaubt. Dadurch können molekulare Prozesse zeitaufgelöst verfolgt werden. Das Prinzip lautet: "Je stärker ein Signal, umso kürzer muss es beobachtet werden für eine Messung. Wenn also die Zeit pro NMR Messung reduziert werden kann, können rasch ablaufende Messreihen verwirklicht werden, was wiederrum Zeitauflösung ermöglicht." D-DNP erlaubt es damit, schnelle Prozesse - selbst im Millisekunden-Bereich - zu verfolgen und dabei einzelne Atome zu unterscheiden. Ein spezieller Fokus des Projektes ist es, die sog. Biomineralisationsprozesse und deren Anfangsstadien zu verstehen. Biomineralisation ist die Fähigkeit lebendiger Organismen, feste Materialien zu produzieren. Bei solchen Prozessen, beispielsweise bei der Knochenbildung, kommt es innerhalb von Millisekunden zur Entstehung einer Vorstufe von Kristallisationskeimen, z.B., wenn Calcium- und Phosphat-Ionen in Lösung aufeinandertreffen. Diese Spezies, die zu Beginn des Kristallisationsprozesses auftreten sollen durch das Projekt analytisch charakterisiert und mit hochauflösenden Methoden observiert werden, um mit neuen Einblicken und Technologie Biomineralien und die dahinterstehenden chemischen Prozesse noch umfassender zu beschreiben. Es geht z.B. darum zu klären, ob die Größe der neu entdeckten Vorstufenspezies kontrollierbar ist und man damit Einfluss auf Härte oder Sprödigkeit des später entstehenden makroskopischen Materials nehmen kann. Zudem soll zu einem langjährigen Disput um die Theorie hinter der Biomineralisation beigetragen werden, um die Frage zu klären, ob diese Vorstufen zu den Kristallisationskeimen in den über Jahrzehnte entwickelten klassischen theoretischen Erklärungsrahmen der Mineralisation passen oder ob neue nicht-klassische Theorien entwickelt werden müssen.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Thiarry Azais, Sorbonne Université - Frankreich

Research Output

  • 194 Zitationen
  • 23 Publikationen
  • 1 Policies
  • 1 Methoden & Materialien
  • 10 Datasets & Models
  • 4 Disseminationen
  • 1 Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 1 Weitere Förderungen
Publikationen
  • 2023
    Titel Biphasic NMR of Hyperpolarized Suspensions?Real-Time Monitoring of Solute-to-Solid Conversion to Watch Materials Grow
    DOI 10.1021/acs.jpcc.3c04198
    Typ Journal Article
    Autor Turhan E
    Journal The Journal of Physical Chemistry C
    Seiten 19591-19598
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Short-lived calcium carbonate precursors observed in situ via Bullet-dynamic nuclear polarization
    DOI 10.1038/s42004-024-01300-5
    Typ Journal Article
    Autor Turhan E
    Journal Communications Chemistry
    Seiten 210
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Hyperpolarized nuclear Overhauser enhancement of alanine methyl groups by doubly relayed proton exchange
    DOI 10.1016/j.jmr.2024.107727
    Typ Journal Article
    Autor Zachrdla M
    Journal Journal of Magnetic Resonance
    Seiten 107727
    Link Publikation
  • 2024
    Titel An Atomistic View on the Mechanism of Diatom Peptide-Guided Biomimetic Silica Formation
    DOI 10.1002/advs.202401239
    Typ Journal Article
    Autor Kozak F
    Journal Advanced Science
    Seiten 2401239
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Branched Polymeric Prenucleation Assemblies Initiate Calcium Phosphate Precipitation
    DOI 10.1021/jacs.4c07325
    Typ Journal Article
    Autor Turhan E
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 25614-25624
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Understanding Self-Assembly of Silica-Precipitating Peptides to Control Silica Particle Morphology
    DOI 10.1002/adma.202207586
    Typ Journal Article
    Autor Strobl J
    Journal Advanced Materials
    Seiten 2207586
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Implementation of a rapid injection system to enable reproducible real-time monitoring of nonclassical crystallization pathways by parallel detected hyperpolarization
    Typ PhD Thesis
    Autor Ertan Turhan
  • 2024
    Titel Multimodal Characterization of in vitro Biogenic Silicification by Silaffin (based) Peptides
    Typ PhD Thesis
    Autor Fanny Kozak
  • 2022
    Titel Inversion of Hyperpolarized 13C NMR Signals through Cross-Correlated Cross-Relaxation in Dissolution DNP Experiments
    DOI 10.1021/acs.jpcb.2c03375
    Typ Journal Article
    Autor Negroni M
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 4599-4610
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Frémy’s Salt as a Low-Persistence Hyperpolarization Agent: Efficient Dynamic Nuclear Polarization Plus Rapid Radical Scavenging
    DOI 10.1021/jacs.2c07960
    Typ Journal Article
    Autor Negroni M
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 20680-20686
    Link Publikation
  • 2025
    Titel The Internal Structural Dynamics of Elastin-Like Polypeptide Assemblies by 13C-Direct Detected NMR Spectroscopy
    DOI 10.1021/acs.analchem.4c05163
    Typ Journal Article
    Autor Brandis D
    Journal Analytical Chemistry
    Seiten 3937-3944
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Nuclear Overhauser spectroscopy in hyperpolarized water – chemical vs. magnetic exchange
    DOI 10.1039/d2cc03735a
    Typ Journal Article
    Autor Epasto L
    Journal Chemical Communications
    Seiten 11661-11664
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Toward protein NMR at physiological concentrations by hyperpolarized water—Finding and mapping uncharted conformational spaces
    DOI 10.1126/sciadv.abq5179
    Typ Journal Article
    Autor Epasto L
    Journal Science Advances
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Hyperpolarized water as universal sensitivity booster in biomolecular NMR
    DOI 10.1038/s41596-022-00693-8
    Typ Journal Article
    Autor Hilty C
    Journal Nature Protocols
    Seiten 1621-1657
  • 2021
    Titel Evaporation-Induced Self-Assembly of Small Peptide-Conjugated Silica Nanoparticles
    DOI 10.1002/anie.202108378
    Typ Journal Article
    Autor Von Baeckmann C
    Journal Angewandte Chemie International Edition
    Seiten 22700-22705
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Evaporation-Induced Self-Assembly of Small Peptide-Conjugated Silica Nanoparticles
    DOI 10.1002/ange.202108378
    Typ Journal Article
    Autor Von Baeckmann C
    Journal Angewandte Chemie
    Seiten 22882-22887
    Link Publikation
  • 2021
    Titel A novel sample handling system for dissolution dynamic nuclear polarization experiments
    DOI 10.5194/mr-2-387-2021
    Typ Journal Article
    Autor Kress T
    Journal Magnetic Resonance
    Seiten 387-394
    Link Publikation
  • 2021
    Titel How to assess the structural dynamics of transcription factors by integrating sparse NMR and EPR constraints with molecular dynamics simulations
    DOI 10.1016/j.csbj.2021.04.020
    Typ Journal Article
    Autor Kozak F
    Journal Computational and Structural Biotechnology Journal
    Seiten 2097-2105
    Link Publikation
  • 2021
    Titel A novel sample handling system for dissolution dynamic nuclear polarization experiments
    DOI 10.5194/mr-2021-12
    Typ Preprint
    Autor Kress T
    Seiten 1-8
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Formation and Evolution of Nanoscale Calcium Phosphate Precursors under Biomimetic Conditions
    DOI 10.1021/acs.analchem.1c01561
    Typ Journal Article
    Autor Epasto L
    Journal Analytical Chemistry
    Seiten 10204-10211
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Conformational selection of vasopressin upon V1a receptor binding
    DOI 10.1016/j.csbj.2021.10.024
    Typ Journal Article
    Autor Che K
    Journal Computational and Structural Biotechnology Journal
    Seiten 5826-5833
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Residue-resolved monitoring of protein hyperpolarization at sub-second time resolution
    DOI 10.1038/s42004-021-00587-y
    Typ Journal Article
    Autor Negroni M
    Journal Communications Chemistry
    Seiten 147
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Residue-resolved monitoring of protein hyperpolarization at sub-second time resolution
    DOI 10.21203/rs.3.rs-830313/v1
    Typ Preprint
    Autor Kurzbach D
Policies
  • 2021
    Titel PhD Training
    Typ Influenced training of practitioners or researchers
Methoden & Materialien
  • 2023
    Titel Hyperpolraized NMR
    Typ Technology assay or reagent
    Öffentlich zugänglich
Datasets & Models
  • 2025 Link
    Titel Data Set for The Internal Structural Dynamics of Elastin-Like Polypeptide Assemblies by 13C-Direct Detected NMR Spectroscopy
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel Data Set for Bullet-DNP enables in-situ observation of multiple short-lived calcium carbonate precursors
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel Data Set for Branched Polymeric Prenucleation Assemblies Initiate Calcium Phosphate Precipitation
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2023 Link
    Titel Data Set for Turhan et al - Biphasic NMR of hyperpolarized suspensions
    DOI 10.5281/zenodo.8325082
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Data Set for Negroni et al. Inversion of Hyperpolarized 13C NMR Signals Through Cross-Correlated Cross-Relaxation in Disso-lution DNP Experiments
    DOI 10.5281/zenodo.6580927
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Data Set for Negroni et al. - Frémy's Salt as a Low-Persistence Hyperpolarization Agent: Efficient Dynamic Nuclear Polarization Plus Rapid Radical Scavenging
    DOI 10.5281/zenodo.7261375
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Data Set for Epasto et al. - Towards Protein NMR at Physiological Concentrations by Hyperpolarized Water
    DOI 10.5281/zenodo.6701088
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Data Set for Epasto et al. - Formation and Evolution of Nanoscale Calcium Phosphate Precursors under Biomimetic Conditions
    DOI 10.5281/zenodo.5511748
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Data Set for Kress et al. - A novel sample handling system for dissolution dynamic nuclear polarization experiments
    DOI 10.5281/zenodo.4738932
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Data Set for Negroni et al. - Residue-resolved monitoring of protein hyperpolarization at sub-second time resolution
    DOI 10.5281/zenodo.5547223
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Disseminationen
  • 2022
    Titel Press Release - Pimp my Spec: Upgrade for Magnetic Resonance Methods with a 1,000-fold Amplifier
    Typ A press release, press conference or response to a media enquiry/interview
  • 2022
    Titel Press Release - Magnetic Resonance Makes the Invisible Visible
    Typ A press release, press conference or response to a media enquiry/interview
  • 2020
    Titel Press Release - Die Natur enthüllt sich der Wissenschaft
    Typ A press release, press conference or response to a media enquiry/interview
  • 2022
    Titel Lange Nacht der Wissenschaft
    Typ A talk or presentation
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2022
    Titel Ignaz L. Lieben Award
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
Weitere Förderungen
  • 2020
    Titel Speeding up Biomimetic Nuclear Magnetic Resonance
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2020

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