Teilprojekt im Transregio TRR241 Immune-Epithelial Communication in Inflammatory Bowel Diseases

IBDome

Zlatko Trajanoski (ORCID: 0000-0002-0636-7351)

DACH: Österreich - Deutschland - Schweiz

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Inflammatory Bowel Deseases, Database, Bioinformatics

Abstract Endbericht

Im Rahmen des IBDome Projektes wird eine web-basierte Datenbank entwickelt die Omics- Daten von IBD-Patienten mit klinischen Daten integriert. Die Datenbank wird zwei Datensätze beinhalten: 1) Ein Datensatz von ausgewählten Proben die in vier Subprojekten mit innovativen Technologien umfassend charakterisiert werden; und 2) ein Datensatz mit Proben aus den Gewebebanken in Erlangen und Berlin die mit Routinetechniken analysiert werden.

Im Rahmen des IBDome Projektes wurde eine web-basierte Datenbank entwickelt die Omics-Daten von IBD-Patienten mit klinischen Daten integriert. Die Datenbank beinhaltet zwei Datensätze: 1) Ein Datensatz von ausgewählten Proben die in vier Subprojekten mit innovativen Technologien umfassend charakterisiert werden; und 2) ein Datensatz mit Proben aus den Gewebebanken in Erlangen und Berlin die mit Routinetechniken analysiert werden.
Forschungsstätte(n)
Internationale Projektbeteiligte

Research Output

  • 1998 Zitationen
  • 21 Publikationen
Publikationen
  • 2025
    Titel IBDome: An integrated molecular, histopathological, and clinical atlas of inflammatory bowel diseases
    DOI 10.21203/rs.3.rs-6443303/v1
    Typ Preprint
    Autor Trajanoski Z
    Link Publikation
  • 2022
    Titel High-resolution single-cell atlas reveals diversity and plasticity of tissue-resident neutrophils in non-small cell lung cancer
    DOI 10.1016/j.ccell.2022.10.008
    Typ Journal Article
    Autor Salcher S
    Journal Cancer Cell
    Link Publikation
  • 2022
    Titel CD161 expression and regulation defines rapidly responding effector CD4+ T cells associated with improved survival in HPV16-associated tumors
    DOI 10.1136/jitc-2021-003995
    Typ Journal Article
    Autor Duurland C
    Journal Journal for ImmunoTherapy of Cancer
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Functional and spatial proteomics profiling reveals intra- and intercellular signaling crosstalk in colorectal cancer
    DOI 10.1016/j.isci.2023.108399
    Typ Journal Article
    Autor Plattner C
    Journal iScience
    Seiten 108399
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Single-cell integration and multi-modal profiling reveals phenotypes and spatial organization of neutrophils in colorectal cancer
    DOI 10.1101/2024.08.26.609563
    Typ Preprint
    Autor Marteau V
    Seiten 2024.08.26.609563
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Conventional therapy induces tumor immunoediting and modulates the immune contexture in colorectal cancer
    DOI 10.1101/2024.08.21.608938
    Typ Preprint
    Autor Fotakis G
    Seiten 2024.08.21.608938
    Link Publikation
  • 2025
    Titel IBDome: An integrated molecular, histopathological, and clinical atlas of inflammatory bowel diseases
    DOI 10.1101/2025.03.26.645544
    Typ Preprint
    Autor Plattner C
    Seiten 2025.03.26.645544
    Link Publikation
  • 2020
    Titel CD39 Identifies the CD4+ Tumor-Specific T-cell Population in Human Cancer
    DOI 10.1158/2326-6066.cir-20-0270
    Typ Journal Article
    Autor Kortekaas K
    Journal Cancer Immunology Research
    Seiten 1311-1321
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Scirpy: a Scanpy extension for analyzing single-cell T-cell receptor-sequencing data
    DOI 10.1093/bioinformatics/btaa611
    Typ Journal Article
    Autor Sturm G
    Journal Bioinformatics
    Seiten 4817-4818
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Scirpy: A Scanpy extension for analyzing single-cell T-cell receptor sequencing data
    DOI 10.1101/2020.04.10.035865
    Typ Preprint
    Autor Sturm G
    Seiten 2020.04.10.035865
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Molecular and pharmacological modulators of the tumor immune contexture revealed by deconvolution of RNA-seq data
    DOI 10.1186/s13073-019-0638-6
    Typ Journal Article
    Autor Finotello F
    Journal Genome Medicine
    Seiten 34
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Functional and spatial proteomics profiling reveals intra- and intercellular signaling crosstalk in colorectal cancer
    DOI 10.1101/2022.09.16.508204
    Typ Preprint
    Autor Plattner C
    Seiten 2022.09.16.508204
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Dynamic, Transient, and Robust Increase in the Innervation of the Inflamed Mucosa in Inflammatory Bowel Diseases
    DOI 10.3390/cells10092253
    Typ Journal Article
    Autor Acera M
    Journal Cells
    Seiten 2253
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Tumor-specific T cells support chemokine-driven spatial organization of intratumoral immune microaggregates needed for long survival
    DOI 10.1136/jitc-2021-004346
    Typ Journal Article
    Autor Abdulrahman Z
    Journal Journal for ImmunoTherapy of Cancer
    Link Publikation
  • 2022
    Titel High-resolution single-cell atlas reveals diversity and plasticity of tissue-resident neutrophils in non-small cell lung cancer
    DOI 10.1101/2022.05.09.491204
    Typ Preprint
    Autor Salcher S
    Seiten 2022.05.09.491204
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Advancing cancer immunotherapy: a vision for the field
    DOI 10.1186/s13073-019-0662-6
    Typ Journal Article
    Autor De Miranda N
    Journal Genome Medicine
    Seiten 51
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Next-generation computational tools for interrogating cancer immunity
    DOI 10.1038/s41576-019-0166-7
    Typ Journal Article
    Autor Finotello F
    Journal Nature Reviews Genetics
    Seiten 724-746
  • 2019
    Titel Guadecitabine Plus Ipilimumab in Unresectable Melanoma: The NIBIT-M4 Clinical Trial
    DOI 10.1158/1078-0432.ccr-19-1335
    Typ Journal Article
    Autor Di Giacomo A
    Journal Clinical Cancer Research
    Seiten 7351-7362
  • 2021
    Titel NKG2A is a late immune checkpoint on CD8 T cells and marks repeated stimulation and cell division
    DOI 10.1002/ijc.33859
    Typ Journal Article
    Autor Borst L
    Journal International Journal of Cancer
    Seiten 688-704
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Additional file 2: of Molecular and pharmacological modulators of the tumor immune contexture revealed by deconvolution of RNA-seq data
    DOI 10.6084/m9.figshare.8186231
    Typ Other
    Autor Finotello F
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Additional file 2: of Molecular and pharmacological modulators of the tumor immune contexture revealed by deconvolution of RNA-seq data
    DOI 10.6084/m9.figshare.8186231.v1
    Typ Other
    Autor Finotello F
    Link Publikation