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Metabolische Inkorporation von latenten Thioestern

Metabolic Incorporation of latent fast reacting thioeSTERs

Birgit Wiltschi (ORCID: 0000-0001-5230-0951)
  • Grant-DOI 10.55776/I5800
  • Bewilligungs­summe Einzelprojekte International
  • Status beendet
  • Projekt­beginn 01.02.2022
  • Projektende 31.12.2025
  • Bewilligungs­summe 542.504 €

Frankreich

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (25%); Chemie (75%)

Keywords

  • Latent Fast-Reacting Thioester,
  • Native Chemical Ligation,
  • Genetic Code Expansion,
  • Non-Canonical Amino Acid,
  • Bioorthogonal Chemistry,
  • Protein Engineering
Abstract Zusammenfassung

Einzelne Proteinbausteine,sogenannte Proteinmonomere, können mittels gentechnischer Modifikation so verändert werden, dass sie durch Polykondensation gummiartig verformbare (elastomere) Polymerebilden. Diese elastomeren Proteinbiopolymere sind innovative Ausgangsstoffe für biomedizinische Anwendungen und neuartige Materialien. Seit einigen Jahren ist die Herstellung von elastomeren Proteinbiopolymeren Gegenstand intensiver Forschung. Trotz vielversprechender Fortschritte in der Herstellung derartiger Proteinbiopolymere, fehlen flexible und effiziente Ansätze, um die Eigenschaften der neuartigen Materialien gezielt zu manipulieren. Das Ziel des vorliegenden Projekts MISTER ist es, Konzepte aus der organischen Chemie und der synthetischen Biologie miteinander zu einem neuen Ansatz für die Polykondensation von Proteinmonomeren zu kombinieren. Dazu sollen Proteinmonomere an definiertenPositionen mit aktivierbaren,extrem reaktionsfreudigen Thioestergruppen ausgestattet werden. Es ist zu erwarten, dass die außerordentliche Reaktivität der Thioestergruppen und ihre Chemoselektivität die lineare Polykondensation der einzelnen Proteinmonomere deutlich verbessern. Um die Robustheitdes Ansatzes zu überprüfen, stattenwird ein rekombinantes Proteinmonomer, das Titin, mit Thioestergruppen aus, über die es polykondensiert und ein Proteinbiopolymer bildet, das muskelartige mechanische Eigenschaften besitzt.

Metabolische Inkorporation hochreaktiver Oxalylthioester: ein integrativer Ansatz zur Produktion markierter Proteine und Biopolymere Das Projekt auf einen Blick Proteine lassen sich in umweltfreundliche, biokompatible Materialien umwandeln, die sich ideal für medizinische und industrielle Anwendungen eignen; bislang war ihre Vielfalt jedoch begrenzt. Das MISTER Projekt verbindet Chemie und Synthetische Biologie, um neue "Andockstellen" in Proteinen zu schaffen. So werden präzise Markierungen, effiziente Verknüpfungen und der Aufbau robuster, proteinbasierter Biopolymere möglich. Die Idee Thioester sind wertvolle "Verbinder" für die Verknüpfung von (Poly)peptiden mittels Native Chemical Ligation. Ihre Nutzung in Konjugationsreaktionen ist jedoch durch einen ungünstigen Kompromiss zwischen Stabilität und Reaktivität in wässriger Umgebung limitiert. MISTER adressiert dieses Problem mit einer neuartigen, schaltbaren ThioesterGruppe namens oxoSEA. Diese Gruppe reagiert hochselektiv und schnell mit beta-Aminothiolen, bleibt jedoch bis zur Aktivierung stabil. Nach dem "Einschalten" reagiert sie rasch und selektiv - und vereinfacht so die Markierung und Verknüpfung von Proteinen für Forschung, Medizin und Biomaterialien. Was wurde erreicht? Neue Bausteine im größeren Maßstab: Ein stabiler Lys(oxoSEA) Baustein wurde im Gramm Maßstab hergestellt - sowohl als geschützter Vorläufer als auch in freier Form. Schnelle und selektive Reaktionen: Konjugationsreaktionen verlaufen rasch, selbst bei sehr niedrigen Konzentrationen und in komplexen Proben; die Aktivierung erfolgt kontrolliert unter milden, reduzierenden Bedingungen. Präzise Einbaustrategien: Chemisch/enzymatisch: Proteine (z. B. Ubiquitin) wurden gezielt mit einer oxoSEA Gruppe funktionalisiert und effizient verknüpft; mit Sortase A wurden Umsetzungen von über 90 % erreicht. Biologisch: Der oxoSEA Baustein wurde genetisch in bakterielle Proteine eingebaut - ein wichtiger Schritt hin zu direkt in Zellen hergestellten, markierten Proteinen. Erste Materialien: Kettenförmige Protein Biopolymere, inspiriert vom Muskelprotein Titin, wurden aus bifunktionalen Proteindomänen aufgebaut. Eine bekannte Hürde - unerwünschte Ringbildung - konnte durch alternative, insbesondere enzymatische Ansätze deutlich verringert werden. Warum das wichtig ist Für die Medizin: Proteine lassen sich präzise markieren oder verbinden - für bessere Diagnostik, gezielten Wirkstofftransport und maßgeschneiderte Biomaterialien. Für nachhaltige Materialien: Neue Proteinpolymere sind biokompatibel und abbaubar und könnten erdölbasierte Kunststoffe teilweise ersetzen. Für die Forschung: Die integrierte Plattform vereint schnelle, kontrollierbare Chemie mit Synthetischer Biologie - eine vielseitige Basistechnologie für zahlreiche Anwendungen. Wie geht es weiter? Die Schnittstelle zwischen Chemie und Biologie wird weiter ausgebaut, der Einbau in komplexere Proteine vereinfacht und Polymerarchitekturen werden so optimiert, dass höhere Molekulargewichte und neue Materialeigenschaften erreicht werden. Parallel dazu werden grundlegende Reaktionsprinzipien vertieft - für robuste, skalierbare Anwendungen in Biotechnologie, Proteinchemie und Materialwissenschaft.

Forschungsstätte(n)
  • Universität für Bodenkultur Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Benoît Snella, Institut Pasteur de Lille -Center of Infection and Immunity of Lille - Frankreich
  • Magalie Sénéchal, Institut Pasteur de Lille -Center of Infection and Immunity of Lille - Frankreich
  • Oleg Melnyk, Université de Lille 2 - Droit et Santé - Frankreich

Research Output

  • 25 Zitationen
  • 7 Publikationen
  • 1 Methoden & Materialien
  • 5 Datasets & Models
  • 1 Wissenschaftliche Auszeichnungen
Publikationen
  • 2025
    Titel Synthetic Biology of Proteins
    Typ Postdoctoral Thesis
    Autor Pd Dr. Birgit Wiltschi
  • 2024
    Titel Protocol for protein modification using oxalyl thioester-mediated chemoselective ligation
    DOI 10.1016/j.xpro.2024.103390
    Typ Journal Article
    Autor Terzani F
    Journal STAR Protocols
    Seiten 103390
    Link Publikation
  • 2026
    Titel MISTER-Metabolic Incorporation of Latent Fast Reacting Thioesters
    Typ PhD Thesis
    Autor Arshia, Arasteh Kani
  • 2023
    Titel Incorporation of a Highly Reactive Oxalyl Thioester-Based Interacting Handle into Proteins
    DOI 10.1021/acs.orglett.3c01846
    Typ Journal Article
    Autor Grain B
    Journal Organic Letters
    Seiten 5117-5122
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Redox-Controlled Chemical Protein Synthesis: Sundry Shades of Latency
    DOI 10.1021/acs.accounts.2c00436
    Typ Journal Article
    Autor Agouridas V
    Journal Accounts of Chemical Research
    Seiten 2685-2697
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Fast Protein Modification in the Nanomolar Concentration Range Using an Oxalyl Amide as Latent Thioester**
    DOI 10.1002/ange.202204992
    Typ Journal Article
    Autor Snella B
    Journal Angewandte Chemie
    Link Publikation
  • 2025
    Titel Residue-Specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids in Auxotrophic Hosts: Quo Vadis?
    DOI 10.1021/acs.chemrev.4c00280
    Typ Journal Article
    Autor Marin Z
    Journal Chemical Reviews
    Seiten 4840-4932
    Link Publikation
Methoden & Materialien
  • 0
    Titel FACS-Based Screening of Functional Aminoacyl-tRNA Synthetases
    Typ Technology assay or reagent
Datasets & Models
  • 2024 Link
    Titel Protocol for protein modification using oxalyl thioester-mediated chemoselective ligation
    DOI 10.1016/j.xpro.2024.103390
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel Shedding Light on Non-Canonical Amino Acid Incorporation: The Bright (and Not-So-Bright) Side of Using Dual Fluorescence Proteins
    DOI 10.5281/zenodo.20120542
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel CCDC 2164270: Experimental Crystal Structure Determination
    DOI 10.5517/ccdc.csd.cc2bn359
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Evolution of orthogonal aminoacyl tRNA synthetase/suppressor tRNA pairs in E. coli
    DOI 10.5281/zenodo.20119813
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Fast protein modification in the nanomolar concentration range using an oxalyl amide as latent thioester
    DOI 10.1002/anie.202204992
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2026
    Titel BIW_BSE26
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International

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