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Evolution von Geschlechtsdetermination bei Amphioxus

The regulation and evolution of amphioxus sex determination

Luohao Xu (ORCID: 0000-0002-3714-8047)
  • Grant-DOI 10.55776/J4477
  • Förderprogramm Erwin Schrödinger
  • Status beendet
  • Projektbeginn 09.08.2020
  • Projektende 08.02.2022
  • Bewilligungssumme 160.590 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Amphioxus, Sex determination, Evolution, Epigenetics, Genomics

Abstract Endbericht

Das Geschlecht der Tiere wird häufig durch eines der Chromosomen bestimmt. Beim Menschen haben Männer ein Y- und ein X-Chromosom und Frauen zwei X-Chromosomen. Bei Vögeln ist das Gegenteil der Fall: Weibchen haben zwei verschiedene Chromosomen, Z- und W- Chromosomen genannt, und Männchen haben zwei Z-Chromosomen. Die XY- oder ZW- Chromosomen werden Geschlechtschromosomen genannt. Bei vielen anderen Arten ist es jedoch unklar, ob sie Geschlechtschromosomen haben. Dieses Projekt untersucht das geschlechtsbestimmende System bei Amphioxus. Amphioxus ist eine Gruppe wirbelloser Tiere, ist aber eng mit den Wirbeltieren verwandt. Da Amphioxus viele morphologische und physiologische Merkmale mit Wirbeltieren gemeinsam hat und sich langsam entwickelt, wird davon ausgegangen, dass Amphioxus ein geeignetes Modell zur Untersuchung der Evolution von Wirbeltieren darstellt. Wir haben die Genome von drei Amphioxusarten entschlüsselt: Amphioxus aus Florida , Japan und China, und wir werden in ihren Genomen nach den Geschlechtschromosomen suchen. Dazu werden wir die männlichen und weiblichen Genome vieler Individuen vergleichen und den Unterschied herausfinden. Da sich die Geschlechtschromosomen bei Männchen und Weibchen unterscheiden, sollte das Chromosom, das den geschlechtsgebundenen Unterschied trägt, das Geschlechtschromosom sein. Sobald wir die Geschlechtschromosomen identifiziert haben, werden wir untersuchen, wie die Geschlechtschromosomen zu den physiologischen Unterschieden zwischen Männern un d Frauen beitragen, insbesondere bezüglich der Keimdrüsen. Wir werden untersuchen, welche Gene der Geschlechtschromosomen in den Keimdrüsen differentiell exprimiert werden. Diese Gene entscheiden darüber, ob sich die undifferenzierten Keimdrüsen zu Hoden u nd Eierstöcken entwickeln, die das Geschlecht der Tiere bestimmen. Diese Gene werden geschlechtsbestimmende Gene genannt. Wir werden dann fragen, was die geschlechtsspezifische Expression der geschlechtsbestimmenden Gene in den Keimdrüsen reguliert. Dazu werden wir Sequenzelemente untersuchen, die für die Genregulation verantwortlich sind. Zu diesen Elementen gehören Promotoren und Enhancer. Wir werden modernste Sequenziertechnologien (ATAC-seq und ChIP-seq) einsetzen, um die Aktivitäten dieser Elemente während der Gonadenentwicklung zwischen Männchen und Weibchen zu vergleichen. Um schließlich die Funktionen des geschlechtsbestimmenden Gens und der regulatorischen Elemente zu überprüfen, werden wir sie mit Hilfe der "Genschere" CRISPR/Cas9 aus dem Genom entfernen. Es wird erwartet, dass die Deletion des geschlechtsbestimmenden Gens oder der regulatorischen Elemente eine Geschlechtsumkehr bei den Tieren bewirkt.

Das Geschlecht der Tiere wird häufig durch eines der Chromosomen bestimmt. Beim Menschen haben Männer ein Y- und ein X-Chromosom und Frauen zwei X-Chromosomen. Bei Vögeln ist das Gegenteil der Fall: Weibchen haben zwei verschiedene Chromosomen, Z- und W-Chromosomen genannt, und Männchen haben zwei Z-Chromosomen. Die XY- oder ZW-Chromosomen werden Geschlechtschromosomen genannt. Bei vielen anderen Arten ist es jedoch unklar, ob sie Geschlechtschromosomen haben. Dieses Projekt untersucht das geschlechtsbestimmende System bei Amphioxus. Amphioxus ist eine Gruppe wirbelloser Tiere, ist aber eng mit den Wirbeltieren verwandt. Da Amphioxus viele morphologische und physiologische Merkmale mit Wirbeltieren gemeinsam hat und sich langsam entwickelt, wird davon ausgegangen, dass Amphioxus ein geeignetes Modell zur Untersuchung der Evolution von Wirbeltieren darstellt. Wir haben die Genome von drei Amphioxusarten entschlüsselt: Amphioxus aus Florida , Japan und China, und wir werden in ihren Genomen nach den Geschlechtschromosomen suchen. Dazu werden wir die männlichen und weiblichen Genome vieler Individuen vergleichen und den Unterschied herausfinden. Da sich die Geschlechtschromosomen bei Männchen und Weibchen unterscheiden, sollte das Chromosom, das den geschlechtsgebundenen Unterschied trägt, das Geschlechtschromosom sein. Sobald wir die Geschlechtschromosomen identifiziert haben, werden wir untersuchen, wie die Geschlechtschromosomen zu den physiologischen Unterschieden zwischen Männern und Frauen beitragen, insbesondere bezüglich der Keimdrüsen. Wir werden untersuchen, welche Gene der Geschlechtschromosomen in den Keimdrüsen differentiell exprimiert werden. Diese Gene entscheiden darüber, ob sich die undifferenzierten Keimdrüsen zu Hoden und Eierstöcken entwickeln, die das Geschlecht der Tiere bestimmen. Diese Gene werden geschlechtsbestimmende Gene genannt. Wir werden dann fragen, was die geschlechtsspezifische Expression der geschlechtsbestimmenden Gene in den Keimdrüsen reguliert. Dazu werden wir Sequenzelemente untersuchen, die für die Genregulation verantwortlich sind. Zu diesen Elementen gehören Promotoren und Enhancer. Wir werden modernste Sequenziertechnologien (ATAC-seq und ChIP-seq) einsetzen, um die Aktivitäten dieser Elemente während der Gonadenentwicklung zwischen Männchen und Weibchen zu vergleichen. Um schließlich die Funktionen des geschlechtsbestimmenden Gens und der regulatorischen Elemente zu überprüfen, werden wir sie mit Hilfe der "Genschere" CRISPR/Cas9 aus dem Genom entfernen. Es wird erwartet, dass die Deletion des geschlechtsbestimmenden Gens oder der regulatorischen Elemente eine Geschlechtsumkehr bei den Tieren bewirkt.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien - 100%
  • Xiamen University - 100%

Research Output

  • 199 Zitationen
  • 14 Publikationen
  • 17 Datasets & Models
Publikationen
  • 2023
    Titel Three amphioxus reference genomes reveal gene and chromosome evolution of chordates.
    DOI 10.1073/pnas.2201504120
    Typ Journal Article
    Autor Huang Z
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Evolutionary analysis of a complete chicken genome.
    DOI 10.1073/pnas.2216641120
    Typ Journal Article
    Autor Huang Z
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 1 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966156.v1
    Typ Other
    Autor Gao Y
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 1 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966156
    Typ Other
    Autor Gao Y
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 10 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966150.v1
    Typ Other
    Autor Gao Y
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Additional file 10 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966150
    Typ Other
    Autor Gao Y
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Recurrent chromosome reshuffling and the evolution of neo-sex chromosomes in parrots
    DOI 10.1101/2021.03.08.434498
    Typ Preprint
    Autor Huang Z
    Seiten 2021.03.08.434498
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Pericentromeric heterochromatin impacts genome compartmentalization and sex chromosome evolution in a fish
    DOI 10.1101/2021.03.01.433482
    Typ Preprint
    Autor Xue L
    Seiten 2021.03.01.433482
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Recurrent chromosome reshuffling and the evolution of neo-sex chromosomes in parrots
    DOI 10.1038/s41467-022-28585-1
    Typ Journal Article
    Autor Huang Z
    Journal Nature Communications
    Seiten 944
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Three amphioxus reference genomes reveal gene and chromosome evolution of chordates
    DOI 10.1101/2022.01.04.475009
    Typ Preprint
    Autor Huang Z
    Seiten 2022.01.04.475009
    Link Publikation
  • 2020
    Titel The Female-Specific W Chromosomes of Birds Have Conserved Gene Contents but Are Not Feminized
    DOI 10.3390/genes11101126
    Typ Journal Article
    Autor Xu L
    Journal Genes
    Seiten 1126
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Sequence Transpositions Restore Genes on the Highly Degenerated W Chromosomes of Songbirds
    DOI 10.3390/genes11111267
    Typ Journal Article
    Autor Xu L
    Journal Genes
    Seiten 1267
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Joint profiling of gene expression and chromatin accessibility of amphioxus development at single cell resolution
    DOI 10.21203/rs.3.rs-504113/v1
    Typ Preprint
    Autor Ma P
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.1186/s13059-021-02430-y
    Typ Journal Article
    Autor Xue L
    Journal Genome Biology
    Seiten 203
    Link Publikation
Datasets & Models
  • 2021 Link
    Titel Additional file 9 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966183
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel lurebgi/amphioxusGenome: publish with Zenodo
    DOI 10.5281/zenodo.5526626
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 9 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966183.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 8 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966180.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 8 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966180
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 2 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966159
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 2 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966159.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 3 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966165
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 3 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966165.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 4 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966168
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 4 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966168.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 5 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966171
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 5 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966171.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 6 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966174
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 6 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966174.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 7 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966177
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 7 of Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair
    DOI 10.6084/m9.figshare.14966177.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link

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