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QMCF-MD Simulationen von Komplexverbindungen in Lösung

QMCF MD Simulations of Composite Solutes

Bernd-Michael Rode (ORCID: )
  • Grant-DOI 10.55776/P18429
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.07.2006
  • Projektende 30.06.2011
  • Bewilligungssumme 257.418 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Chemie (100%)

Keywords

    Molecular Dynamics, Quantum Mechanics, Simulations, Solvation, Metal Complexes

Abstract Endbericht

Ab initio QM/MM - Molekulardynamiksimulationen, bei denen die chemisch relevanteste Subregion des Systems mittels quantenmechanischer Methoden auf Hartree-Fock- oder höherem Niveau und das übrige System mittels ab initio - berechneter 2- und 3-Körper - Potentiale behandelt wird, haben sich in den letzten Jahren als sehr erfolgreiches Instrument zur Aufklärung struktureller Fragen und zur Untersuchung der ultraschnellen Dynamik von Flüssigkeiten und Ionensolvaten erwiesen. Zahlreiche Eigenschaften der Solvate, die mit den verfügbaren experimentellen Techniken kaum zu bestimmen sind, konnten auf diese Weise ermittelt werden. Die Anwendung dieser Verfahren stößt jedoch an methodische Grenzen, wenn komplexere Verbindungen in Lösung untersucht werden sollen, da die Konstruktion der entsprechenden 2- und 3-Körper-Energiehyperflächen und deren Beschreibung durch adäquate analytische Funktionen eine äußerst mühsame Arbeit und mitunter unlösbare Problematik darstellt. Eine vom Antragsteller kürzlich entwickelte neue Simulationsmethode, das `QMCF-MD` - Verfahren, überwindet diese Probleme, indem sie ab initio - Simulationen ohne Verwendung von Wechselwirkungspotentialen - ausgenommen für Solvens-Solvens-Interaktionen - ermöglicht. Grundlage dieser Methodik ist eine ausreichend große quantenmechanische Subregion (QM), die die gelöste Verbindung und eine vollständige Solvatationsschicht umfaßt, sowie eine große äußere Solvens-Box, die klassisch durch Potentialfunktionen beschreiben wird (MM), aber auch als Störbeitrag (charge field, CF) in den QM- Hamiltonoperator integriert wird. Weiters werden die fluktuierenden Partialladungen innerhalb der QM-Region explizit bei der Ermittlung der Wechselwirkungen zwischen QM- und MM - Region berücksichtigt. Im gegenständlichen Projekt soll dieses Verfahren weiterentwickelt und auf zahlreiche zusammengesetzte Verbindungen angewendet werden, die mit konventionellen QM/MM - Verfahren nur sehr schwer behandelbar wären. Diese gelösten Verbindungen werden zusammengesetzte Ionen wie TiO2+ bzw. Ti(OH)2 2+ , ClO4 - und Hg2 2+, Metallionenkomplexe des MLn - Typs mit Liganden wie Cl - , CN - , CO, NO oder einfachen Chelatbildnern, sowie gemischte Komplexe mit verschiedenen Liganden dieser Art umfassen. Diese Anwendungen werden schlußendlich den Zugang zu genauen Simulationen komplexerer Modellsysteme für biologisch relevante Verbindungen wie die aktiven Zentren von Metalloenzymen eröffnen und damit die Aufklärung der Struktur und der schnellen Dynamik solcher Systeme erleichtern.

Das Projekt hat zu einer großen Zahl von Publikationen in internationalen wissenschaftlichen Journalen mit hohem Impaktfaktor geführt und 3 eingeladene Buchbeiträge bringen die Gesamtzahl der Veröffentlichungen auf bisher 78, ohne die projektbezogenen Diplomarbeiten und Dissertationen. Weitere Arbeiten werden derzeit vorbereitet und dann veröffentlicht werden. Zahlreiche internationale Besucher haben großes Interesse an den Projektarbeiten gezeigt und ihre Besuche dienten zur Fortsetzung bestehender Zusammenarbeit bzw. zur Aufnahme neuer Kooperationen. Eine besonders wertvolle Erweiterung der Projektarbeiten war in diesem Zusammenhang die Kooperation mit einer der besten Experimentalgruppen im Fachgebiet, nämlich der Gruppe von Prof. Ingmar Persson in Uppsala. Auch die Kooperation mit der Gruppe von Prof. Sanchez-Marcos in Sevilla ist sehr wertvoll einzustufen. Die Projektarbeiten umfaßten eine große Vielfalt von hydratisierten Metallionen aus allen Bereichen des Periodensystems. Die Möglichkeit, mit der entwickelten Methodik auch elektronisch angeregte Ionen zu beschreiben und damit Zugang zu realistischen UV/VIS- Spektren zu gewinnen, konnte gezeigt werden, ebenso wie die Beschreibung der Solvatation von neutralen Molekülen und Anionen mit schwacher Solvens-Bindung durch Wasserstoffbrücken. Auch die Subpicosekunden-Dynamik hydrolysierender Ionen in Wasser konnte erfolgreich untersucht werden. Zahlreiche Projektmitarbeiter haben ihren Studienabschluß (Bachelor, Diplom, Master, Doktorat) im Rahmen dieses Projekts erreicht. Die Ergebnisse dieses Projekts konnten bei mehreren internationalen Konferenzen in Form von eingeladenen Plenar- und Session-Vorträgen, aber auch in Posterform präsentiert werden.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Innsbruck - 100%

Research Output

  • 681 Zitationen
  • 27 Publikationen
Publikationen
  • 2008
    Titel Molecular Dynamics Simulation Methods including Quantum Effects
    DOI 10.1007/978-1-4020-8270-2_10
    Typ Book Chapter
    Autor Hofer T
    Verlag Springer Nature
    Seiten 247-278
  • 2008
    Titel Quantum mechanical simulation studies of molecular vibrations and dynamics of oxo-anions in water
    DOI 10.1016/j.chemphys.2008.02.045
    Typ Journal Article
    Autor Pribil A
    Journal Chemical Physics
    Seiten 182-185
  • 2012
    Titel Hydration of trivalent lanthanum revisited – An ab initio QMCF-MD approach
    DOI 10.1016/j.cplett.2012.03.065
    Typ Journal Article
    Autor Lutz O
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 50-54
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Carbon dioxide in aqueous environment—A quantum mechanical charge field molecular dynamics study
    DOI 10.1002/qua.22640
    Typ Journal Article
    Autor Moin S
    Journal International Journal of Quantum Chemistry
    Seiten 1370-1378
  • 2010
    Titel Structural and Dynamic Aspects of Hydration of HAsO4 -2: An ab initio QMCF MD Simulation
    DOI 10.1021/jp911860y
    Typ Journal Article
    Autor Bhattacharjee A
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 3921-3926
  • 2010
    Titel QM/MM MD Simulations of Iodide Ion (I-) in Aqueous Solution: A Delicate Balance between Ion-Water and Water-Water H-Bond Interactions
    DOI 10.1021/jp910435d
    Typ Journal Article
    Autor Tongraar A
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 4334-4339
  • 2010
    Titel Determination of Structure and Dynamics of the Solvated Bisulfide (HS-) Ion by ab Initio QMCF Molecular Dynamics
    DOI 10.1021/jp104856q
    Typ Journal Article
    Autor Kritayakornupong C
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 12883-12887
  • 2010
    Titel Structural and Dynamical Properties and Vibrational Spectra of Bisulfate Ion in Water: A Study by Ab Initio Quantum Mechanical Charge Field Molecular Dynamics
    DOI 10.1021/jp105181n
    Typ Journal Article
    Autor Vchirawongkwin V
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 11561-11569
  • 2010
    Titel QM/MM Dynamics of CH3COO--Water Hydrogen Bonds in Aqueous Solution
    DOI 10.1021/jp105671f
    Typ Journal Article
    Autor Payaka A
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 10443-10453
  • 2010
    Titel Structural and Dynamical Aspects of the Unsymmetric Hydration of Sb(III): An ab initio Quantum Mechanical Charge Field Molecular Dynamics Simulation
    DOI 10.1021/ic901737y
    Typ Journal Article
    Autor Lim L
    Journal Inorganic Chemistry
    Seiten 2132-2140
  • 2010
    Titel Structure and Dynamics of the Chromate Ion in Aqueous Solution. An ab Initio QMCF-MD Simulation
    DOI 10.1021/ic101001e
    Typ Journal Article
    Autor Hinteregger E
    Journal Inorganic Chemistry
    Seiten 7964-7968
  • 2010
    Titel A Quantum Mechanical Charge Field Molecular Dynamics Study of Fe2+ and Fe3+ Ions in Aqueous Solutions
    DOI 10.1021/ic1002572
    Typ Journal Article
    Autor Moin S
    Journal Inorganic Chemistry
    Seiten 5101-5106
  • 2009
    Titel An ab initio quantum mechanical charge field molecular dynamics simulation of a dilute aqueous HCl solution
    DOI 10.1002/jcc.21469
    Typ Journal Article
    Autor Kritayakornupong C
    Journal Journal of Computational Chemistry
    Seiten 1785-1792
  • 2009
    Titel Ab Initio quantum mechanical charge field study of hydrated bicarbonate ion: Structural and dynamical properties
    DOI 10.1002/jcc.21308
    Typ Journal Article
    Autor Vchirawongkwin V
    Journal Journal of Computational Chemistry
    Seiten 249-257
  • 2009
    Titel Temperature dependence of structure and dynamics of the hydrated Ca2+ ion according to ab initio quantum mechanical charge field and classical molecular dynamics
    DOI 10.1002/jcc.21405
    Typ Journal Article
    Autor Lim L
    Journal Journal of Computational Chemistry
    Seiten 1195-1200
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Hydrated germanium (II): Irregular structural and dynamical properties revealed by a quantum mechanical charge field molecular dynamics study
    DOI 10.1002/jcc.21315
    Typ Journal Article
    Autor Azam S
    Journal Journal of Computational Chemistry
    Seiten 278-285
  • 2010
    Titel Hydrolytic conversion of AsO -34 to HAsO -24 : a QMCF MD study
    DOI 10.1039/b927138d
    Typ Journal Article
    Autor Bhattacharjee A
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 6244-6246
  • 2010
    Titel The stability of [Zn(NH 3 ) 4 ] 2+ in water : A quantum mechanical/molecular mechanical molecular dynamics study
    DOI 10.1039/c002021d
    Typ Journal Article
    Autor Fatmi M
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 9713-9718
  • 2010
    Titel Structure and dynamics of hydrated Ag+: An ab initio quantum mechanical/charge field simulation
    DOI 10.1016/j.cplett.2010.10.008
    Typ Journal Article
    Autor Blauth C
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 251-255
  • 2010
    Titel The influence of the lone electron pair on structure and dynamics of divalent group IV metal ion hydrates
    DOI 10.1016/j.molliq.2010.07.013
    Typ Journal Article
    Autor Rode B
    Journal Journal of Molecular Liquids
    Seiten 79-82
  • 2010
    Titel Structure and dynamics of the UO +2 ion in aqueous solution: an ab initio QMCF-MD study
    DOI 10.1039/c003169k
    Typ Journal Article
    Autor Frick R
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 11736-11743
  • 2007
    Titel Solvation energy and vibrational spectrum of sulfate in water – An ab initio quantum mechanical simulation
    DOI 10.1016/j.cplett.2007.06.040
    Typ Journal Article
    Autor Vchirawongkwin V
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 152-157
  • 2007
    Titel Structure and Dynamics of Sulfate Ion in Aqueous Solution?An ab initio QMCF MD Simulation and Large Angle X-ray Scattering Study
    DOI 10.1021/jp0702402
    Typ Journal Article
    Autor Vchirawongkwin V
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 4150-4155
  • 2007
    Titel Quantum mechanical charge field molecular dynamics simulation of the TiO2+ ion in aqueous solution
    DOI 10.1002/jcc.20659
    Typ Journal Article
    Autor Fatmi M
    Journal Journal of Computational Chemistry
    Seiten 1704-1710
  • 2007
    Titel Structure and dynamics of the hydrated palladium(II) ion in aqueous solution A QMCF MD simulation and EXAFS spectroscopic study
    DOI 10.1016/j.cplett.2007.08.009
    Typ Journal Article
    Autor Hofer T
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 193-197
  • 2006
    Titel Stability of Different Zinc(II)-Diamine Complexes in Aqueous Solution with Respect to Structure and Dynamics: A QM/MM MD Study
    DOI 10.1021/jp0654213
    Typ Journal Article
    Autor Fatmi M
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 151-158
  • 2006
    Titel Sr(II) in Water: A Labile Hydrate with a Highly Mobile Structure
    DOI 10.1021/jp0638033
    Typ Journal Article
    Autor Hofer T
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 20409-20417

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