QMCF-MD Simulationen von Komplexverbindungen in Lösung
QMCF MD Simulations of Composite Solutes
Wissenschaftsdisziplinen
Chemie (100%)
Keywords
-
Molecular Dynamics,
Quantum Mechanics,
Simulations,
Solvation,
Metal Complexes
Ab initio QM/MM - Molekulardynamiksimulationen, bei denen die chemisch relevanteste Subregion des Systems mittels quantenmechanischer Methoden auf Hartree-Fock- oder höherem Niveau und das übrige System mittels ab initio - berechneter 2- und 3-Körper - Potentiale behandelt wird, haben sich in den letzten Jahren als sehr erfolgreiches Instrument zur Aufklärung struktureller Fragen und zur Untersuchung der ultraschnellen Dynamik von Flüssigkeiten und Ionensolvaten erwiesen. Zahlreiche Eigenschaften der Solvate, die mit den verfügbaren experimentellen Techniken kaum zu bestimmen sind, konnten auf diese Weise ermittelt werden. Die Anwendung dieser Verfahren stößt jedoch an methodische Grenzen, wenn komplexere Verbindungen in Lösung untersucht werden sollen, da die Konstruktion der entsprechenden 2- und 3-Körper-Energiehyperflächen und deren Beschreibung durch adäquate analytische Funktionen eine äußerst mühsame Arbeit und mitunter unlösbare Problematik darstellt. Eine vom Antragsteller kürzlich entwickelte neue Simulationsmethode, das `QMCF-MD` - Verfahren, überwindet diese Probleme, indem sie ab initio - Simulationen ohne Verwendung von Wechselwirkungspotentialen - ausgenommen für Solvens-Solvens-Interaktionen - ermöglicht. Grundlage dieser Methodik ist eine ausreichend große quantenmechanische Subregion (QM), die die gelöste Verbindung und eine vollständige Solvatationsschicht umfaßt, sowie eine große äußere Solvens-Box, die klassisch durch Potentialfunktionen beschreiben wird (MM), aber auch als Störbeitrag (charge field, CF) in den QM- Hamiltonoperator integriert wird. Weiters werden die fluktuierenden Partialladungen innerhalb der QM-Region explizit bei der Ermittlung der Wechselwirkungen zwischen QM- und MM - Region berücksichtigt. Im gegenständlichen Projekt soll dieses Verfahren weiterentwickelt und auf zahlreiche zusammengesetzte Verbindungen angewendet werden, die mit konventionellen QM/MM - Verfahren nur sehr schwer behandelbar wären. Diese gelösten Verbindungen werden zusammengesetzte Ionen wie TiO2+ bzw. Ti(OH)2 2+ , ClO4 - und Hg2 2+, Metallionenkomplexe des MLn - Typs mit Liganden wie Cl - , CN - , CO, NO oder einfachen Chelatbildnern, sowie gemischte Komplexe mit verschiedenen Liganden dieser Art umfassen. Diese Anwendungen werden schlußendlich den Zugang zu genauen Simulationen komplexerer Modellsysteme für biologisch relevante Verbindungen wie die aktiven Zentren von Metalloenzymen eröffnen und damit die Aufklärung der Struktur und der schnellen Dynamik solcher Systeme erleichtern.
Das Projekt hat zu einer großen Zahl von Publikationen in internationalen wissenschaftlichen Journalen mit hohem Impaktfaktor geführt und 3 eingeladene Buchbeiträge bringen die Gesamtzahl der Veröffentlichungen auf bisher 78, ohne die projektbezogenen Diplomarbeiten und Dissertationen. Weitere Arbeiten werden derzeit vorbereitet und dann veröffentlicht werden. Zahlreiche internationale Besucher haben großes Interesse an den Projektarbeiten gezeigt und ihre Besuche dienten zur Fortsetzung bestehender Zusammenarbeit bzw. zur Aufnahme neuer Kooperationen. Eine besonders wertvolle Erweiterung der Projektarbeiten war in diesem Zusammenhang die Kooperation mit einer der besten Experimentalgruppen im Fachgebiet, nämlich der Gruppe von Prof. Ingmar Persson in Uppsala. Auch die Kooperation mit der Gruppe von Prof. Sanchez-Marcos in Sevilla ist sehr wertvoll einzustufen. Die Projektarbeiten umfaßten eine große Vielfalt von hydratisierten Metallionen aus allen Bereichen des Periodensystems. Die Möglichkeit, mit der entwickelten Methodik auch elektronisch angeregte Ionen zu beschreiben und damit Zugang zu realistischen UV/VIS- Spektren zu gewinnen, konnte gezeigt werden, ebenso wie die Beschreibung der Solvatation von neutralen Molekülen und Anionen mit schwacher Solvens-Bindung durch Wasserstoffbrücken. Auch die Subpicosekunden-Dynamik hydrolysierender Ionen in Wasser konnte erfolgreich untersucht werden. Zahlreiche Projektmitarbeiter haben ihren Studienabschluß (Bachelor, Diplom, Master, Doktorat) im Rahmen dieses Projekts erreicht. Die Ergebnisse dieses Projekts konnten bei mehreren internationalen Konferenzen in Form von eingeladenen Plenar- und Session-Vorträgen, aber auch in Posterform präsentiert werden.
- Universität Innsbruck - 100%
Research Output
- 681 Zitationen
- 27 Publikationen
-
2008
Titel Molecular Dynamics Simulation Methods including Quantum Effects DOI 10.1007/978-1-4020-8270-2_10 Typ Book Chapter Autor Hofer T Verlag Springer Nature Seiten 247-278 -
2008
Titel Quantum mechanical simulation studies of molecular vibrations and dynamics of oxo-anions in water DOI 10.1016/j.chemphys.2008.02.045 Typ Journal Article Autor Pribil A Journal Chemical Physics Seiten 182-185 -
2012
Titel Hydration of trivalent lanthanum revisited – An ab initio QMCF-MD approach DOI 10.1016/j.cplett.2012.03.065 Typ Journal Article Autor Lutz O Journal Chemical Physics Letters Seiten 50-54 Link Publikation -
2011
Titel Carbon dioxide in aqueous environment—A quantum mechanical charge field molecular dynamics study DOI 10.1002/qua.22640 Typ Journal Article Autor Moin S Journal International Journal of Quantum Chemistry Seiten 1370-1378 -
2010
Titel Structural and Dynamic Aspects of Hydration of HAsO4 -2: An ab initio QMCF MD Simulation DOI 10.1021/jp911860y Typ Journal Article Autor Bhattacharjee A Journal The Journal of Physical Chemistry B Seiten 3921-3926 -
2010
Titel QM/MM MD Simulations of Iodide Ion (I-) in Aqueous Solution: A Delicate Balance between Ion-Water and Water-Water H-Bond Interactions DOI 10.1021/jp910435d Typ Journal Article Autor Tongraar A Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 4334-4339 -
2010
Titel Determination of Structure and Dynamics of the Solvated Bisulfide (HS-) Ion by ab Initio QMCF Molecular Dynamics DOI 10.1021/jp104856q Typ Journal Article Autor Kritayakornupong C Journal The Journal of Physical Chemistry B Seiten 12883-12887 -
2010
Titel Structural and Dynamical Properties and Vibrational Spectra of Bisulfate Ion in Water: A Study by Ab Initio Quantum Mechanical Charge Field Molecular Dynamics DOI 10.1021/jp105181n Typ Journal Article Autor Vchirawongkwin V Journal The Journal of Physical Chemistry B Seiten 11561-11569 -
2010
Titel QM/MM Dynamics of CH3COO--Water Hydrogen Bonds in Aqueous Solution DOI 10.1021/jp105671f Typ Journal Article Autor Payaka A Journal The Journal of Physical Chemistry A Seiten 10443-10453 -
2010
Titel Structural and Dynamical Aspects of the Unsymmetric Hydration of Sb(III): An ab initio Quantum Mechanical Charge Field Molecular Dynamics Simulation DOI 10.1021/ic901737y Typ Journal Article Autor Lim L Journal Inorganic Chemistry Seiten 2132-2140 -
2010
Titel Structure and Dynamics of the Chromate Ion in Aqueous Solution. An ab Initio QMCF-MD Simulation DOI 10.1021/ic101001e Typ Journal Article Autor Hinteregger E Journal Inorganic Chemistry Seiten 7964-7968 -
2010
Titel A Quantum Mechanical Charge Field Molecular Dynamics Study of Fe2+ and Fe3+ Ions in Aqueous Solutions DOI 10.1021/ic1002572 Typ Journal Article Autor Moin S Journal Inorganic Chemistry Seiten 5101-5106 -
2009
Titel An ab initio quantum mechanical charge field molecular dynamics simulation of a dilute aqueous HCl solution DOI 10.1002/jcc.21469 Typ Journal Article Autor Kritayakornupong C Journal Journal of Computational Chemistry Seiten 1785-1792 -
2009
Titel Ab Initio quantum mechanical charge field study of hydrated bicarbonate ion: Structural and dynamical properties DOI 10.1002/jcc.21308 Typ Journal Article Autor Vchirawongkwin V Journal Journal of Computational Chemistry Seiten 249-257 -
2009
Titel Temperature dependence of structure and dynamics of the hydrated Ca2+ ion according to ab initio quantum mechanical charge field and classical molecular dynamics DOI 10.1002/jcc.21405 Typ Journal Article Autor Lim L Journal Journal of Computational Chemistry Seiten 1195-1200 Link Publikation -
2009
Titel Hydrated germanium (II): Irregular structural and dynamical properties revealed by a quantum mechanical charge field molecular dynamics study DOI 10.1002/jcc.21315 Typ Journal Article Autor Azam S Journal Journal of Computational Chemistry Seiten 278-285 -
2010
Titel Hydrolytic conversion of AsO -34 to HAsO -24 : a QMCF MD study DOI 10.1039/b927138d Typ Journal Article Autor Bhattacharjee A Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 6244-6246 -
2010
Titel The stability of [Zn(NH 3 ) 4 ] 2+ in water : A quantum mechanical/molecular mechanical molecular dynamics study DOI 10.1039/c002021d Typ Journal Article Autor Fatmi M Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 9713-9718 -
2010
Titel Structure and dynamics of hydrated Ag+: An ab initio quantum mechanical/charge field simulation DOI 10.1016/j.cplett.2010.10.008 Typ Journal Article Autor Blauth C Journal Chemical Physics Letters Seiten 251-255 -
2010
Titel The influence of the lone electron pair on structure and dynamics of divalent group IV metal ion hydrates DOI 10.1016/j.molliq.2010.07.013 Typ Journal Article Autor Rode B Journal Journal of Molecular Liquids Seiten 79-82 -
2010
Titel Structure and dynamics of the UO +2 ion in aqueous solution: an ab initio QMCF-MD study DOI 10.1039/c003169k Typ Journal Article Autor Frick R Journal Physical Chemistry Chemical Physics Seiten 11736-11743 -
2007
Titel Solvation energy and vibrational spectrum of sulfate in water – An ab initio quantum mechanical simulation DOI 10.1016/j.cplett.2007.06.040 Typ Journal Article Autor Vchirawongkwin V Journal Chemical Physics Letters Seiten 152-157 -
2007
Titel Structure and Dynamics of Sulfate Ion in Aqueous Solution?An ab initio QMCF MD Simulation and Large Angle X-ray Scattering Study DOI 10.1021/jp0702402 Typ Journal Article Autor Vchirawongkwin V Journal The Journal of Physical Chemistry B Seiten 4150-4155 -
2007
Titel Quantum mechanical charge field molecular dynamics simulation of the TiO2+ ion in aqueous solution DOI 10.1002/jcc.20659 Typ Journal Article Autor Fatmi M Journal Journal of Computational Chemistry Seiten 1704-1710 -
2007
Titel Structure and dynamics of the hydrated palladium(II) ion in aqueous solution A QMCF MD simulation and EXAFS spectroscopic study DOI 10.1016/j.cplett.2007.08.009 Typ Journal Article Autor Hofer T Journal Chemical Physics Letters Seiten 193-197 -
2006
Titel Stability of Different Zinc(II)-Diamine Complexes in Aqueous Solution with Respect to Structure and Dynamics: A QM/MM MD Study DOI 10.1021/jp0654213 Typ Journal Article Autor Fatmi M Journal The Journal of Physical Chemistry B Seiten 151-158 -
2006
Titel Sr(II) in Water: A Labile Hydrate with a Highly Mobile Structure DOI 10.1021/jp0638033 Typ Journal Article Autor Hofer T Journal The Journal of Physical Chemistry B Seiten 20409-20417