Charakteristiken und Beziehungen zwischen Methoden für den Vergleich relationaler Strukturen
Characteristics and Interrelations between Methods for Comparing Relational Structures
Wissenschaftsdisziplinen
Mathematik (100%)
Keywords
-
Similarity,
Relational Structures,
Graph Measures,
Discrete Mathematics,
Graph Theory
Die Entwicklung von Methoden zur Analyse von Graphen ist ein multidisziplinäres Problem, da die zu Grunde liegenden Fragestellungen über viele wissenschaftliche Disziplinen verteilt sind. Speziell nach dem ersten Hype, um globale Eigenschaften von komplexen Netzwerken zu bestimmen, ist die Einsicht gereift, verstärkt quantitative Methoden, z.B. Graphähnlichkeitsmaße oder andere Graphmaße zu untersuchen. Der Schwerpunkt dieses Projekts liegt auf der Untersuchung von mathematischen Eigenschaften von Methoden zur Bestimmung der strukturellen Ähnlichkeit von Graphen, die im Allgemeinen als Graphmatching-Methoden bezeichnet werden. Frühe Beiträge fokussieren sich auf Ansätze zur Bestimmung der Graphähnlichkeit basierend auf Isomorphie- und Untergraphisomorphiebeziehungen. Die resultierenden Graphähnlichkeitsmaße besitzen aber meistens ungünstige Zeitkomplexität, da Isomorphie- und Untergraphisomorphie schwierige Probleme darstellen. Folglich sind auch andere Ansätze zur Bestimmung der Ähnlichkeit von Graphen, insbesondere fehlertolerante Methoden, untersucht worden. Zwar sind einige der genannten Methoden über viele wissenschaftliche Disziplinen hinweg angewendet und diskutiert worden, aber eine tiefgehende mathematische Analyse solcher Methoden ist bisher nicht erfolgt. Dieses Forschungsprojekt verfolgt daher das folgende Ziel: Es werden mathematische Eigenschaften von Methoden zum Vergleich relationaler Strukturen untersucht, da das Feld einen Mangel an tiefer gehenden Resultaten aufweist. Dies bezieht sich zum Beispiel auf die Erforschung von mathematischen Beziehungen zwischen solchen Methoden. Weiter wird die strukturelle Interpretation solcher Methoden untersucht.
Ziel diesesForschungsprojektes war es,mathematische Eigenschaftenvon Graphvergleichsmethoden zu untersuchen. Unsere Ergebnisse umfassen die Entwicklung neuer Techniken zur Ähnlichkeit von Graphen sowie die Untersuchung ihrer mathematischen Beziehungen. Dies umfasst beispielsweise Ungleichungen zwischen den Graphabstandsmaße darstellen, und die Diskussion ihrer strukturellen Interpretation. Die Entwicklung von Methoden zur Bestimmung der Ähnlichkeit/Distanz von Graphen ist ein multidisziplinäres Problem, da die zugrunde liegenden Forschungsprobleme auf verschiedene wissenschaftliche Disziplinen verteilt sind. Insbesondere nach dem Hype um die Untersuchung globaler Eigenschaften komplexer Netzwerke hat sich herausgestellt, dass quantitative Methoden zur Untersuchung von Graphen, wie z.B. die Ähnlichkeit von Graphen von entscheidender Bedeutung sind. In diesem Projekt haben wir Methoden untersucht, um die strukturelle Ähnlichkeit/Distanz von Graphen zu messen, die allgemein als Graph Matching-Methoden bezeichnet werden. Außerdem haben wir die mathematischen Eigenschaften solcher Methoden eingehend untersucht. Weiter haben wir topologische Graphmaße und deren Eignung zur Definition von Ähnlichkeit/Distanz-Maße untersucht. In Anbetracht der Tatsache, dass sich frühe Beiträge mit der Erforschung isomorphie- basierter Ähnlichkeit/Distanz-Maße befassten, wurde hier der Schwerpunkt auf Methoden ohne Berechnung der Graphisomorphie gelegt. Daher wurden auch andere Ansätze entwickelt und untersucht, welche quasi fehlertolerante Methoden darstellen. Alle diese Techniken wurden auf in mehreren Disziplinen angewendet und wir führten eine Analyse von mathematischen Eigenschaften ausgewählter Graphvergleichsmethoden durch. 1
- Terry Caelli, University of Queensland - Australien
- Frank Emmert-Streib, Tampere University - Finnland
- Zsolt Tuza, University of Pannonia - Ungarn
- Abbe Mowshowitz, New York City College - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 2188 Zitationen
- 46 Publikationen
-
2016
Titel samExploreR: exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files DOI 10.1093/bioinformatics/btw475 Typ Journal Article Autor Stupnikov A Journal Bioinformatics Seiten 3345-3347 Link Publikation -
2016
Titel The Process of Analyzing Data is the Emergent Feature of Data Science DOI 10.3389/fgene.2016.00012 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal Frontiers in Genetics Seiten 12 Link Publikation -
2015
Titel The Hosoya Entropy of a Graph DOI 10.3390/e17031054 Typ Journal Article Autor Mowshowitz A Journal Entropy Seiten 1054-1062 Link Publikation -
2015
Titel Discrimination power of graph measures based on complex zeros of the partial Hosoya polynomial DOI 10.1016/j.amc.2014.10.048 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Applied Mathematics and Computation Seiten 352-355 -
2018
Titel Interplay between SIR-based disease spreading and awareness diffusion on multiplex networks DOI 10.1016/j.jpdc.2018.01.001 Typ Journal Article Autor Zheng C Journal Journal of Parallel and Distributed Computing Seiten 20-28 -
2018
Titel Harnessing the biological complexity of Big Data from LINCS gene expression signatures DOI 10.1371/journal.pone.0201937 Typ Journal Article Autor Musa A Journal PLOS ONE Link Publikation -
2018
Titel Graph measures with high discrimination power revisited: A random polynomial approach DOI 10.1016/j.ins.2018.07.072 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Information Sciences Seiten 407-414 -
2018
Titel Identifying anticancer peptides by using a generalized chaos game representation DOI 10.1007/s00285-018-1279-x Typ Journal Article Autor Ge L Journal Journal of Mathematical Biology Seiten 441-463 -
2015
Titel Encoding structural information uniquely with polynomial-based descriptors by employing the Randic matrix DOI 10.1016/j.amc.2015.04.115 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Applied Mathematics and Computation Seiten 164-168 -
2014
Titel A case study of cracks in the scientific enterprise: Reinvention of information-theoretic measures for graphs DOI 10.1002/cplx.21540 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Complexity Seiten 10-14 -
2014
Titel Functional and genetic analysis of the colon cancer network DOI 10.1186/1471-2105-15-s6-s6 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal BMC Bioinformatics Link Publikation -
2014
Titel Untangling statistical and biological models to understand network inference: the need for a genomics network ontology DOI 10.3389/fgene.2014.00299 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal Frontiers in Genetics Seiten 299 Link Publikation -
2017
Titel Lessons from the Human Genome Project: Modesty, Honesty, and Realism DOI 10.3389/fgene.2017.00184 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal Frontiers in Genetics Seiten 184 Link Publikation -
2017
Titel Prediction of therapeutic peptides by incorporating q-Wiener index into Chou’s general PseAAC DOI 10.1016/j.jbi.2017.09.011 Typ Journal Article Autor Xu C Journal Journal of Biomedical Informatics Seiten 63-69 -
2017
Titel sgnesR: An R package for simulating gene expression data from an underlying real gene network structure considering delay parameters DOI 10.1186/s12859-017-1731-8 Typ Journal Article Autor Tripathi S Journal BMC Bioinformatics Seiten 325 Link Publikation -
2017
Titel Quantitative Graph Theory: A new branch of graph theory and network science DOI 10.1016/j.ins.2017.08.009 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Information Sciences Seiten 575-580 Link Publikation -
2017
Titel A review of connectivity map and computational approaches in pharmacogenomics DOI 10.1093/bib/bbw112 Typ Journal Article Autor Musa A Journal Briefings in Bioinformatics Seiten 506-523 Link Publikation -
2019
Titel A new coupled disease-awareness spreading model with mass media on multiplex networks DOI 10.1016/j.ins.2018.08.050 Typ Journal Article Autor Xia C Journal Information Sciences Seiten 185-200 -
2018
Titel A calculus for measuring the elegance of abstract graphs DOI 10.1016/j.amc.2017.09.023 Typ Journal Article Autor Mowshowitz A Journal Applied Mathematics and Computation Seiten 142-148 -
2018
Titel Feature selection of gene expression data for Cancer classification using double RBF-kernels DOI 10.1186/s12859-018-2400-2 Typ Journal Article Autor Liu S Journal BMC Bioinformatics Seiten 396 Link Publikation -
2017
Titel Principal minor version of Matrix-Tree theorem for mixed graphs DOI 10.1016/j.amc.2017.03.034 Typ Journal Article Autor Yu G Journal Applied Mathematics and Computation Seiten 27-30 -
2017
Titel A comparative analysis of new graph distance measures and graph edit distance DOI 10.1016/j.ins.2017.03.036 Typ Journal Article Autor Li T Journal Information Sciences Seiten 15-21 -
2017
Titel Protein Sequence Comparison Based on Physicochemical Properties and the Position-Feature Energy Matrix DOI 10.1038/srep46237 Typ Journal Article Autor Yu L Journal Scientific Reports Seiten 46237 Link Publikation -
2017
Titel Highly unique network descriptors based on the roots of the permanental polynomial DOI 10.1016/j.ins.2017.04.041 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Information Sciences Seiten 176-181 -
2017
Titel Network Entropies Based on Independent Sets and Matchings DOI 10.1016/j.amc.2017.02.021 Typ Journal Article Autor Cao S Journal Applied Mathematics and Computation Seiten 265-270 -
2016
Titel Fifty years of graph matching, network alignment and network comparison DOI 10.1016/j.ins.2016.01.074 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal Information Sciences Seiten 180-197 -
2016
Titel Comparison of module detection algorithms in protein networks and investigation of the biological meaning of predicted modules DOI 10.1186/s12859-016-0979-8 Typ Journal Article Autor Tripathi S Journal BMC Bioinformatics Seiten 129 Link Publikation -
2015
Titel Biological networks: the microscope of the twenty-first century? DOI 10.3389/fgene.2015.00307 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal Frontiers in Genetics Seiten 307 Link Publikation -
2015
Titel Discrimination Power of Polynomial-Based Descriptors for Graphs by Using Functional Matrices DOI 10.1371/journal.pone.0139265 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLOS ONE Link Publikation -
2015
Titel Graph distance measures based on topological indices revisited DOI 10.1016/j.amc.2015.05.072 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Applied Mathematics and Computation Seiten 623-633 -
2015
Titel Degree-based entropies of networks revisited DOI 10.1016/j.amc.2015.03.046 Typ Journal Article Autor Cao S Journal Applied Mathematics and Computation Seiten 141-147 -
2015
Titel A method for inferring inequalities for probability values applied to complex networks DOI 10.1002/cplx.21718 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Complexity Seiten 113-115 -
2015
Titel A comparative analysis of the Tanimoto index and graph edit distance for measuring the topological similarity of trees DOI 10.1016/j.amc.2015.02.042 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Applied Mathematics and Computation Seiten 242-250 -
2015
Titel Entropy of Weighted Graphs with Randic Weights DOI 10.3390/e17063710 Typ Journal Article Autor Chen Z Journal Entropy Seiten 3710-3723 Link Publikation -
2015
Titel Bounds for degree-based network entropies DOI 10.1016/j.amc.2015.06.003 Typ Journal Article Autor Chen Z Journal Applied Mathematics and Computation Seiten 983-993 -
2016
Titel Against Dataism and for Data Sharing of Big Biomedical and Clinical Data with Research Parasites DOI 10.3389/fgene.2016.00154 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal Frontiers in Genetics Seiten 154 Link Publikation -
2014
Titel A Note on Distance-based Graph Entropies DOI 10.3390/e16105416 Typ Journal Article Autor Chen Z Journal Entropy Seiten 5416-5427 Link Publikation -
2014
Titel Extremality of degree-based graph entropies DOI 10.1016/j.ins.2014.03.133 Typ Journal Article Autor Cao S Journal Information Sciences Seiten 22-33 -
2014
Titel Interrelations of Graph Distance Measures Based on Topological Indices DOI 10.1371/journal.pone.0094985 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2014
Titel Probabilistic inequalities for evaluating structural network measures DOI 10.1016/j.ins.2014.07.018 Typ Journal Article Autor Kraus V Journal Information Sciences Seiten 220-245 -
2014
Titel Structural Differentiation of Graphs Using Hosoya-Based Indices DOI 10.1371/journal.pone.0102459 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal PLoS ONE Link Publikation -
2014
Titel Entropy bounds for dendrimers DOI 10.1016/j.amc.2014.05.105 Typ Journal Article Autor Chen Z Journal Applied Mathematics and Computation Seiten 462-472 -
2014
Titel NetBioV: an R package for visualizing large network data in biology and medicine DOI 10.1093/bioinformatics/btu384 Typ Journal Article Autor Tripathi S Journal Bioinformatics Seiten 2834-2836 Link Publikation -
2014
Titel Connections between generalized graph entropies and graph energy DOI 10.1002/cplx.21539 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Complexity Seiten 35-41 -
2018
Titel Properties of graph distance measures by means of discrete inequalities DOI 10.1016/j.apm.2018.01.027 Typ Journal Article Autor Dehmer M Journal Applied Mathematical Modelling Seiten 739-749 Link Publikation -
2014
Titel Gene regulatory networks and their applications: understanding biological and medical problems in terms of networks DOI 10.3389/fcell.2014.00038 Typ Journal Article Autor Emmert-Streib F Journal Frontiers in Cell and Developmental Biology Seiten 38 Link Publikation