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Charakteristiken und Beziehungen zwischen Methoden für den Vergleich relationaler Strukturen

Characteristics and Interrelations between Methods for Comparing Relational Structures

Matthias Dehmer (ORCID: 0000-0001-8454-5857)
  • Grant-DOI 10.55776/P26142
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.12.2013
  • Projektende 30.11.2018
  • Bewilligungssumme 197.956 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Mathematik (100%)

Keywords

    Similarity, Relational Structures, Graph Measures, Discrete Mathematics, Graph Theory

Abstract Endbericht

Die Entwicklung von Methoden zur Analyse von Graphen ist ein multidisziplinäres Problem, da die zu Grunde liegenden Fragestellungen über viele wissenschaftliche Disziplinen verteilt sind. Speziell nach dem ersten Hype, um globale Eigenschaften von komplexen Netzwerken zu bestimmen, ist die Einsicht gereift, verstärkt quantitative Methoden, z.B. Graphähnlichkeitsmaße oder andere Graphmaße zu untersuchen. Der Schwerpunkt dieses Projekts liegt auf der Untersuchung von mathematischen Eigenschaften von Methoden zur Bestimmung der strukturellen Ähnlichkeit von Graphen, die im Allgemeinen als Graphmatching-Methoden bezeichnet werden. Frühe Beiträge fokussieren sich auf Ansätze zur Bestimmung der Graphähnlichkeit basierend auf Isomorphie- und Untergraphisomorphiebeziehungen. Die resultierenden Graphähnlichkeitsmaße besitzen aber meistens ungünstige Zeitkomplexität, da Isomorphie- und Untergraphisomorphie schwierige Probleme darstellen. Folglich sind auch andere Ansätze zur Bestimmung der Ähnlichkeit von Graphen, insbesondere fehlertolerante Methoden, untersucht worden. Zwar sind einige der genannten Methoden über viele wissenschaftliche Disziplinen hinweg angewendet und diskutiert worden, aber eine tiefgehende mathematische Analyse solcher Methoden ist bisher nicht erfolgt. Dieses Forschungsprojekt verfolgt daher das folgende Ziel: Es werden mathematische Eigenschaften von Methoden zum Vergleich relationaler Strukturen untersucht, da das Feld einen Mangel an tiefer gehenden Resultaten aufweist. Dies bezieht sich zum Beispiel auf die Erforschung von mathematischen Beziehungen zwischen solchen Methoden. Weiter wird die strukturelle Interpretation solcher Methoden untersucht.

Ziel diesesForschungsprojektes war es,mathematische Eigenschaftenvon Graphvergleichsmethoden zu untersuchen. Unsere Ergebnisse umfassen die Entwicklung neuer Techniken zur Ähnlichkeit von Graphen sowie die Untersuchung ihrer mathematischen Beziehungen. Dies umfasst beispielsweise Ungleichungen zwischen den Graphabstandsmaße darstellen, und die Diskussion ihrer strukturellen Interpretation. Die Entwicklung von Methoden zur Bestimmung der Ähnlichkeit/Distanz von Graphen ist ein multidisziplinäres Problem, da die zugrunde liegenden Forschungsprobleme auf verschiedene wissenschaftliche Disziplinen verteilt sind. Insbesondere nach dem Hype um die Untersuchung globaler Eigenschaften komplexer Netzwerke hat sich herausgestellt, dass quantitative Methoden zur Untersuchung von Graphen, wie z.B. die Ähnlichkeit von Graphen von entscheidender Bedeutung sind. In diesem Projekt haben wir Methoden untersucht, um die strukturelle Ähnlichkeit/Distanz von Graphen zu messen, die allgemein als Graph Matching-Methoden bezeichnet werden. Außerdem haben wir die mathematischen Eigenschaften solcher Methoden eingehend untersucht. Weiter haben wir topologische Graphmaße und deren Eignung zur Definition von Ähnlichkeit/Distanz-Maße untersucht. In Anbetracht der Tatsache, dass sich frühe Beiträge mit der Erforschung isomorphie- basierter Ähnlichkeit/Distanz-Maße befassten, wurde hier der Schwerpunkt auf Methoden ohne Berechnung der Graphisomorphie gelegt. Daher wurden auch andere Ansätze entwickelt und untersucht, welche quasi fehlertolerante Methoden darstellen. Alle diese Techniken wurden auf in mehreren Disziplinen angewendet und wir führten eine Analyse von mathematischen Eigenschaften ausgewählter Graphvergleichsmethoden durch. 1

Forschungsstätte(n)
  • Priv.-Univ. für Gesundheitswissenschaften, Medizinische Informatik und Technik - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Terry Caelli, University of Queensland - Australien
  • Frank Emmert-Streib, Tampere University - Finnland
  • Zsolt Tuza, University of Pannonia - Ungarn
  • Abbe Mowshowitz, New York City College - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 2188 Zitationen
  • 46 Publikationen
Publikationen
  • 2019
    Titel A new coupled disease-awareness spreading model with mass media on multiplex networks
    DOI 10.1016/j.ins.2018.08.050
    Typ Journal Article
    Autor Xia C
    Journal Information Sciences
    Seiten 185-200
  • 2017
    Titel A comparative analysis of new graph distance measures and graph edit distance
    DOI 10.1016/j.ins.2017.03.036
    Typ Journal Article
    Autor Li T
    Journal Information Sciences
    Seiten 15-21
  • 2017
    Titel Lessons from the Human Genome Project: Modesty, Honesty, and Realism
    DOI 10.3389/fgene.2017.00184
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 184
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Highly unique network descriptors based on the roots of the permanental polynomial
    DOI 10.1016/j.ins.2017.04.041
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Information Sciences
    Seiten 176-181
  • 2017
    Titel Principal minor version of Matrix-Tree theorem for mixed graphs
    DOI 10.1016/j.amc.2017.03.034
    Typ Journal Article
    Autor Yu G
    Journal Applied Mathematics and Computation
    Seiten 27-30
  • 2017
    Titel A review of connectivity map and computational approaches in pharmacogenomics
    DOI 10.1093/bib/bbw112
    Typ Journal Article
    Autor Musa A
    Journal Briefings in Bioinformatics
    Seiten 506-523
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Prediction of therapeutic peptides by incorporating q-Wiener index into Chou’s general PseAAC
    DOI 10.1016/j.jbi.2017.09.011
    Typ Journal Article
    Autor Xu C
    Journal Journal of Biomedical Informatics
    Seiten 63-69
  • 2017
    Titel Quantitative Graph Theory: A new branch of graph theory and network science
    DOI 10.1016/j.ins.2017.08.009
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Information Sciences
    Seiten 575-580
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Protein Sequence Comparison Based on Physicochemical Properties and the Position-Feature Energy Matrix
    DOI 10.1038/srep46237
    Typ Journal Article
    Autor Yu L
    Journal Scientific Reports
    Seiten 46237
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Bounds for degree-based network entropies
    DOI 10.1016/j.amc.2015.06.003
    Typ Journal Article
    Autor Chen Z
    Journal Applied Mathematics and Computation
    Seiten 983-993
  • 2015
    Titel Entropy of Weighted Graphs with Randic Weights
    DOI 10.3390/e17063710
    Typ Journal Article
    Autor Chen Z
    Journal Entropy
    Seiten 3710-3723
    Link Publikation
  • 2015
    Titel A comparative analysis of the Tanimoto index and graph edit distance for measuring the topological similarity of trees
    DOI 10.1016/j.amc.2015.02.042
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Applied Mathematics and Computation
    Seiten 242-250
  • 2015
    Titel Biological networks: the microscope of the twenty-first century?
    DOI 10.3389/fgene.2015.00307
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 307
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Encoding structural information uniquely with polynomial-based descriptors by employing the Randic matrix
    DOI 10.1016/j.amc.2015.04.115
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Applied Mathematics and Computation
    Seiten 164-168
  • 2016
    Titel Against Dataism and for Data Sharing of Big Biomedical and Clinical Data with Research Parasites
    DOI 10.3389/fgene.2016.00154
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 154
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Comparison of module detection algorithms in protein networks and investigation of the biological meaning of predicted modules
    DOI 10.1186/s12859-016-0979-8
    Typ Journal Article
    Autor Tripathi S
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 129
    Link Publikation
  • 2016
    Titel The Process of Analyzing Data is the Emergent Feature of Data Science
    DOI 10.3389/fgene.2016.00012
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 12
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Fifty years of graph matching, network alignment and network comparison
    DOI 10.1016/j.ins.2016.01.074
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal Information Sciences
    Seiten 180-197
  • 2016
    Titel samExploreR: exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files
    DOI 10.1093/bioinformatics/btw475
    Typ Journal Article
    Autor Stupnikov A
    Journal Bioinformatics
    Seiten 3345-3347
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Gene regulatory networks and their applications: understanding biological and medical problems in terms of networks
    DOI 10.3389/fcell.2014.00038
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal Frontiers in Cell and Developmental Biology
    Seiten 38
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Entropy bounds for dendrimers
    DOI 10.1016/j.amc.2014.05.105
    Typ Journal Article
    Autor Chen Z
    Journal Applied Mathematics and Computation
    Seiten 462-472
  • 2018
    Titel Feature selection of gene expression data for Cancer classification using double RBF-kernels
    DOI 10.1186/s12859-018-2400-2
    Typ Journal Article
    Autor Liu S
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 396
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Properties of graph distance measures by means of discrete inequalities
    DOI 10.1016/j.apm.2018.01.027
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Applied Mathematical Modelling
    Seiten 739-749
    Link Publikation
  • 2018
    Titel A calculus for measuring the elegance of abstract graphs
    DOI 10.1016/j.amc.2017.09.023
    Typ Journal Article
    Autor Mowshowitz A
    Journal Applied Mathematics and Computation
    Seiten 142-148
  • 2018
    Titel Interplay between SIR-based disease spreading and awareness diffusion on multiplex networks
    DOI 10.1016/j.jpdc.2018.01.001
    Typ Journal Article
    Autor Zheng C
    Journal Journal of Parallel and Distributed Computing
    Seiten 20-28
  • 2015
    Titel Discrimination Power of Polynomial-Based Descriptors for Graphs by Using Functional Matrices
    DOI 10.1371/journal.pone.0139265
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Degree-based entropies of networks revisited
    DOI 10.1016/j.amc.2015.03.046
    Typ Journal Article
    Autor Cao S
    Journal Applied Mathematics and Computation
    Seiten 141-147
  • 2015
    Titel Discrimination power of graph measures based on complex zeros of the partial Hosoya polynomial
    DOI 10.1016/j.amc.2014.10.048
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Applied Mathematics and Computation
    Seiten 352-355
  • 2015
    Titel A method for inferring inequalities for probability values applied to complex networks
    DOI 10.1002/cplx.21718
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Complexity
    Seiten 113-115
  • 2015
    Titel Graph distance measures based on topological indices revisited
    DOI 10.1016/j.amc.2015.05.072
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Applied Mathematics and Computation
    Seiten 623-633
  • 2018
    Titel Harnessing the biological complexity of Big Data from LINCS gene expression signatures
    DOI 10.1371/journal.pone.0201937
    Typ Journal Article
    Autor Musa A
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Graph measures with high discrimination power revisited: A random polynomial approach
    DOI 10.1016/j.ins.2018.07.072
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Information Sciences
    Seiten 407-414
  • 2018
    Titel Identifying anticancer peptides by using a generalized chaos game representation
    DOI 10.1007/s00285-018-1279-x
    Typ Journal Article
    Autor Ge L
    Journal Journal of Mathematical Biology
    Seiten 441-463
  • 2014
    Titel Extremality of degree-based graph entropies
    DOI 10.1016/j.ins.2014.03.133
    Typ Journal Article
    Autor Cao S
    Journal Information Sciences
    Seiten 22-33
  • 2014
    Titel A Note on Distance-based Graph Entropies
    DOI 10.3390/e16105416
    Typ Journal Article
    Autor Chen Z
    Journal Entropy
    Seiten 5416-5427
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Probabilistic inequalities for evaluating structural network measures
    DOI 10.1016/j.ins.2014.07.018
    Typ Journal Article
    Autor Kraus V
    Journal Information Sciences
    Seiten 220-245
  • 2014
    Titel Interrelations of Graph Distance Measures Based on Topological Indices
    DOI 10.1371/journal.pone.0094985
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2014
    Titel NetBioV: an R package for visualizing large network data in biology and medicine
    DOI 10.1093/bioinformatics/btu384
    Typ Journal Article
    Autor Tripathi S
    Journal Bioinformatics
    Seiten 2834-2836
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Network Entropies Based on Independent Sets and Matchings
    DOI 10.1016/j.amc.2017.02.021
    Typ Journal Article
    Autor Cao S
    Journal Applied Mathematics and Computation
    Seiten 265-270
  • 2017
    Titel sgnesR: An R package for simulating gene expression data from an underlying real gene network structure considering delay parameters
    DOI 10.1186/s12859-017-1731-8
    Typ Journal Article
    Autor Tripathi S
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 325
    Link Publikation
  • 2015
    Titel The Hosoya Entropy of a Graph
    DOI 10.3390/e17031054
    Typ Journal Article
    Autor Mowshowitz A
    Journal Entropy
    Seiten 1054-1062
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Structural Differentiation of Graphs Using Hosoya-Based Indices
    DOI 10.1371/journal.pone.0102459
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2014
    Titel A case study of cracks in the scientific enterprise: Reinvention of information-theoretic measures for graphs
    DOI 10.1002/cplx.21540
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Complexity
    Seiten 10-14
  • 2014
    Titel Untangling statistical and biological models to understand network inference: the need for a genomics network ontology
    DOI 10.3389/fgene.2014.00299
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 299
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Functional and genetic analysis of the colon cancer network
    DOI 10.1186/1471-2105-15-s6-s6
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal BMC Bioinformatics
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Connections between generalized graph entropies and graph energy
    DOI 10.1002/cplx.21539
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Complexity
    Seiten 35-41

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