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In vivo induzierte Gene von Tetracapsuloides bryosalmonae

In vivo induced genes of Tetracapsuloides bryosalmonae

Gokhlesh Kumar (ORCID: 0000-0002-1958-2579)
  • Grant-DOI 10.55776/P30981
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.11.2017
  • Projektende 30.04.2023
  • Bewilligungssumme 387.121 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (40%); Land- und Forstwirtschaft, Fischerei (30%); Veterinärmedizin (30%)

Keywords

    Proliferative kidney disease, Tetracapsuloides bryosalmonae, Myxozoan parasite, Virulence genes, In vivo induced genes, Brown trout

Abstract Endbericht

Inhalt des Forschungsprojektes: Tetracapsuloides bryosalmonae ist ein Endoparasit, der die proliferative Nierenerkrankung (PKD) in verschiedenen Arten von Salmoniden in Europa und Nordamerika verursacht. Die wirtschaftlichen Auswirkungen der Krankheit machen sie zu einem wichtigen Faktor für die Aquakultur. PKD steht im Verdacht zu dem Rückgang der Bachforellen- und Lachspopulationen in Europa beizutragen. T. bryosalmonae vervollständigt den Entwicklungszyklus in zwei Wirten, ein wirbelloser Wirt: Bryozoen und ein Wirbeltier: Bachforellen. Die Proliferation der Parasiten induziert eine granulomatöse zelluläre Antwort in den interstitiellen Geweben, die zu einer Schwellung der Niere und der Milz führt. Die Virulenzmechanismen von T. bryosalmonae sind nicht vollständig erforscht und über die Virulenzgene, welche während des Infektionsverlaufs im Fischwirt induziert und exprimiert werden und an der Pathogenität beteiligt sind, ist noch nichts bekannt. Hypothese: Unsere Arbeitshypothese ist, dass die Virulenzgene von T. bryosalmonae während der Entwicklung der Parasiten in den Fischen induziert und in vivo ausgedrückt werden. Diese Gene können zur Virulenz oder Pathogenität für Fische während des Infektionsprozesses beitragen. Wir identifizieren Virulenzgene von T. bryosalmonae, die in vivo exprimiert werden und die Pathogenität für Bachforellen im Verlauf der Infektion verursachen. Methoden: In diesem Projekt werden Bachforellen mit Sporen von T. bryosalmonae infiziert. Serum und Organe der Fische werden zu verschiedenen Zeitpunkten beprobt. EinecDNA- Bibliothek von T. bryosalmonae wird konstruiert und ein Immunoscreening der cDNA- Bibliothek wird unter Verwendung von adsorbierten Fischseren durchgeführt. Positive Klone werden durch quantitative Echtzeit -PCR in den infizierten Organen identifiziert und validiert. Zusätzlichwirdeine RNA-Sequenzierung von T.bryosalmonaezur Sequenzhomologieanalyse generiert. Neuer und einzigartiger Aspekt des Projekts: Das Projekt stellt die erste Untersuchung von Virulenzgenen und Antigenen von T. bryosalmonae, welche in vivo im Zuge der Entwicklung der Parasiten exprimiert werden, dar. Die Ergebnisse werden Einblicke in den Mechanismus der proliferativen Nierenerkrankung der Salmoniden geben. Die neuen Gene und Antigene können für Therapie- und Impfstoffanwendungen in Betracht gezogen werden. Darüber hinaus liefern Transkriptomprofile von T. bryosalmonae grundlegende biologische Informationen und helfen uns, die Krankheitsmechanismen dieser wichtigen Fischparasiten zu verstehen.

Die proliferative Nierenerkrankung (PKD) ist eine parasitäre Malacosporidiose, die sowohl gezüchtete als auch wilde Salmoniden in Europa und Nordamerika deutlich beeinträchtigen, wirtschaftliche Verluste verursachen und Wildfischpopulationen gefährden kann. PKD wird durch den Endoparasiten Tetracapsuloides bryosalmonae verursacht, dessen Entwicklungszyklus abwechselnd in Süßwasserbryozoen und Salmoniden erfolgt. Der Fisch-Parasit entwickelt sich meistens in der Niere, wurde aber auch in anderen Geweben gefunden. Die Proliferation des Parasiten in der Niere verursacht eine Schwellung durch Hyperplasie des interstitiellen Gewebes und eine granulomatöse Zellreaktion. Im Wirtsfisch werden während der Infektion Virulenz-Gene induziert und exprimiert, die für Krankheit und Pathogenität wichtig sind. Ziel des beantragten Projektes war es, T. bryosalmonae-Gene zu identifizieren, die in der Bachforelle Salmo trutta exprimiert werden und an ihrer Erkrankung im Verlauf der Infektion beteiligt sind. Dies wurde durch die Verwendung der In-vivo-induzierten-Antigen-Technologie erreicht, einer Immunscreening-Technik, die Parasiten-Antigene identifiziert, die während einer Infektion in Fischen in vivo exprimiert werden. Die Seren von Bachforellen, die T. bryosalmonae ausgesetzt waren, wurden gesammelt und Anti-T. bryosalmonae-Antikörper wurde in jeder Serumprobe mittels indirektem ELISA bestätigt. Die gepoolten Seren wurden gegen drei Formen von Parasitensäcken und E. coli XL1-Blue-Antigenen adsorbiert, um Antikörper in den Seren zu entfernen, die auf Antigene reagieren, die konstitutiv von T. bryosalmonae in der Körperhöhle von Bryozoen exprimiert werden. Die resultierenden adsorbierten Seren wurden zum Screenen einer T. bryosalmonae-cDNA-Phagenexpressionsbibliothek verwendet. Positive Klone wurden gescreent und sequenziert und ihre Sequenzen auf Homologie zu bekannten Genen analysiert. Quantitative Echtzeit-PCR wurde durchgeführt, um die Transkriptionsniveaus dieser Gene in infizierten Nieren und infizierten Bryozoen zu bestimmen. Zusätzlich wurde eine RNA-Sequenzierung von T. bryosalmonae-infizierten Bryozoen (Fredericella sultana), hinteren Nieren von Bachforellen und Parasitensäcken durchgeführt, um Transkriptomdaten zu generieren. Die Ergebnisse dieses Projekts zeigen, dass 136 in vivo induzierte Gene von T. bryosalmonae wie Calmodulin, das ras-verwandte Protein Rab-35 und das Vesikel-assoziierte Membranprotein 3 induziert und in der Bachforelle während der Parasitenentwicklung exprimiert werden. Diese Gene sind an mehreren Funktionen beteiligt, die für den Parasiten entscheidend sind, wie Signalübertragung, Transport, Bindung von Metallionen und Stoffwechselprozessen. Die identifizierten in vivo induzierten Gene könnten für die Entwicklung von Impfstoffen oder als Arzneimittel-Ansätze zur Behandlung von PKD bei Salmoniden verwendet werden. Die Ergebnisse der RNA-seq-Analyse von infizierten F. sultana und infizierten Nieren von Bachforellen bieten neue Einblicke in die Immunreaktion beider Wirtsorganimen gegen T. bryosalmonae. De-novo-Transkriptomanordnungen von Parasitensäcken und Zooiden von F. sultana werden eine wertvolle Ressource für die Genentdeckung und funktionelle transkriptomische Anwendungen sein.

Forschungsstätte(n)
  • Veterinärmedizinische Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Bernd Köller, Friedrich-Loeffler-Institut - Deutschland
  • Frank Nilsen, University of Bergen - Norwegen
  • Jerri Bartholomew, Oregon State University - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 346 Zitationen
  • 26 Publikationen
  • 4 Künstlerischer Output
  • 7 Datasets & Models
Publikationen
  • 2022
    Titel Identification of in vivo induced antigens of the malacosporean parasite Tetracapsuloides bryosalmonae (Cnidaria) using in vivo induced antigen technology
    DOI 10.3389/fcimb.2022.1032347
    Typ Journal Article
    Autor Kumar G
    Journal Frontiers in Cellular and Infection Microbiology
    Seiten 1032347
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Aboriginal Tribe’s Knowledge of the Endangered Freshwater Turtle Cuora amboinensis in Car Nicobar, a Remote Oceanic Island in the Bay of Bengal
    DOI 10.3390/fishes8100517
    Typ Journal Article
    Autor Kiruba-Sankar R
    Journal Fishes
    Seiten 517
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Novel insights into Tetracapsuloides bryosalmonae virulence genes during proliferative kidney disease in trout through RNA-seq technology
    Typ PhD Thesis
    Autor Saloni Shivam
  • 2023
    Titel Differentially expressed transcripts of Tetracapsuloides bryosalmonae (Cnidaria) between carrier and dead-end hosts involved in key biological processes: novel insights from a coupled approach of FACS and RNA sequencing
    DOI 10.1186/s13567-023-01185-7
    Typ Journal Article
    Autor Shivam S
    Journal Veterinary Research
    Seiten 51
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Transcriptome Analysis Elucidates the Key Responses of Bryozoan Fredericella sultana during the Development of Tetracapsuloides bryosalmonae (Myxozoa)
    DOI 10.3390/ijms21165910
    Typ Journal Article
    Autor Kumar G
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 5910
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Identification and Expression Profiling of Toll-Like Receptors of Brown Trout (Salmo trutta) during Proliferative Kidney Disease
    DOI 10.3390/ijms21113755
    Typ Journal Article
    Autor Sudhagar A
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 3755
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Visualisation of immune responses of trout by using RNA-seq technology during proliferative kidney disease
    Typ PhD Thesis
    Autor Arun Sudhagar
  • 2020
    Titel First transcriptome analysis of bryozoan Fredericella sultana, the primary host of myxozoan parasite Tetracapsuloides bryosalmonae
    DOI 10.7717/peerj.9027
    Typ Journal Article
    Autor Kumar G
    Journal PeerJ
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Femtosecond laser generation of microbumps and nanojets on single and bilayer Cu/Ag thin films
    DOI 10.1039/c9cp02174d
    Typ Journal Article
    Autor Naghilou A
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 11846-11860
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Transcriptomic and proteomic investigation of hostpathogen interaction in fish diseases
    Typ Postdoctoral Thesis
    Autor Gokhlesh Kumar
  • 2022
    Titel Genome-wide alternative splicing profile in the posterior kidney of brown trout (Salmo trutta) during proliferative kidney disease
    DOI 10.1186/s12864-022-08685-4
    Typ Journal Article
    Autor Sudhagar A
    Journal BMC Genomics
    Seiten 446
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Development of Fish Parasite Vaccines in the OMICs Era: Progress and Opportunities
    DOI 10.3390/vaccines9020179
    Typ Journal Article
    Autor Shivam S
    Journal Vaccines
    Seiten 179
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Data of de novo transcriptome assembly of the myxozoan parasite Tetracapsuloides bryosalmonae
    DOI 10.1016/j.dib.2021.106831
    Typ Journal Article
    Autor Kumar G
    Journal Data in Brief
    Seiten 106831
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Recombinase polymerase amplification assay combined with a lateral flow dipstick for rapid detection of Tetracapsuloides bryosalmonae, the causative agent of proliferative kidney disease in salmonids
    DOI 10.1186/s13071-018-2825-5
    Typ Journal Article
    Autor Soliman H
    Journal Parasites & Vectors
    Seiten 234
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Transcriptome profiling of posterior kidney of brown trout, Salmo trutta, during proliferative kidney disease
    DOI 10.1186/s13071-019-3823-y
    Typ Journal Article
    Autor Sudhagar A
    Journal Parasites & Vectors
    Seiten 569
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Transcriptome Analysis Based on RNA-Seq in Understanding Pathogenic Mechanisms of Diseases and the Immune System of Fish: A Comprehensive Review
    DOI 10.3390/ijms19010245
    Typ Journal Article
    Autor Sudhagar A
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 245
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Identification of in vivo induced antigens of the malacosporean parasite Tetracapsuloides bryosalmonae (Cnidaria) using in vivo induced antigen technology
    DOI 10.60692/ngnb9-6vs56
    Typ Other
    Autor Arun Sudhagar
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Identification of in vivo induced antigens of the malacosporean parasite Tetracapsuloides bryosalmonae (Cnidaria) using in vivo induced antigen technology
    DOI 10.60692/6jcg4-ary29
    Typ Other
    Autor Arun Sudhagar
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Additional file 6 of Genome-wide alternative splicing profile in the posterior kidney of brown trout (Salmo trutta) during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.20088063.v1
    Typ Other
    Autor El-Matbouli M
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Additional file 6 of Genome-wide alternative splicing profile in the posterior kidney of brown trout (Salmo trutta) during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.20088063
    Typ Other
    Autor El-Matbouli M
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Additional file 5 of Genome-wide alternative splicing profile in the posterior kidney of brown trout (Salmo trutta) during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.20088060.v1
    Typ Other
    Autor El-Matbouli M
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Additional file 5 of Genome-wide alternative splicing profile in the posterior kidney of brown trout (Salmo trutta) during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.20088060
    Typ Other
    Autor El-Matbouli M
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Kinetics of Parasite-Specific Antibody and B-Cell-Associated Gene Expression in Brown Trout, Salmo trutta during Proliferative Kidney Disease
    DOI 10.3390/biology10121244
    Typ Journal Article
    Autor Shivam S
    Journal Biology
    Seiten 1244
    Link Publikation
  • 2019
    Titel MOESM1 of Transcriptome profiling of posterior kidney of brown trout, Salmo trutta, during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.11299973
    Typ Other
    Autor Ertl R
    Link Publikation
  • 2019
    Titel MOESM1 of Transcriptome profiling of posterior kidney of brown trout, Salmo trutta, during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.11299973.v1
    Typ Other
    Autor Ertl R
    Link Publikation
  • 2019
    Titel The Malacosporean Myxozoan Parasite Tetracapsuloides bryosalmonae: A Threat to Wild Salmonids
    DOI 10.3390/pathogens9010016
    Typ Journal Article
    Autor Sudhagar A
    Journal Pathogens
    Seiten 16
    Link Publikation
Künstlerischer Output
  • 2019 Link
    Titel MOESM4 of Transcriptome profiling of posterior kidney of brown trout, Salmo trutta, during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.11300000
    Typ Film/Video/Animation
    Link Link
  • 2019 Link
    Titel MOESM4 of Transcriptome profiling of posterior kidney of brown trout, Salmo trutta, during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.11300000.v1
    Typ Film/Video/Animation
    Link Link
  • 2019 Link
    Titel MOESM5 of Transcriptome profiling of posterior kidney of brown trout, Salmo trutta, during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.11300003
    Typ Film/Video/Animation
    Link Link
  • 2019 Link
    Titel MOESM5 of Transcriptome profiling of posterior kidney of brown trout, Salmo trutta, during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.11300003.v1
    Typ Film/Video/Animation
    Link Link
Datasets & Models
  • 2022 Link
    Titel Additional file 4 of Genome-wide alternative splicing profile in the posterior kidney of brown trout (Salmo trutta) during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.20088057
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Additional file 3 of Genome-wide alternative splicing profile in the posterior kidney of brown trout (Salmo trutta) during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.20088054
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Additional file 2 of Genome-wide alternative splicing profile in the posterior kidney of brown trout (Salmo trutta) during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.20088051
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Additional file 1 of Genome-wide alternative splicing profile in the posterior kidney of brown trout (Salmo trutta) during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.20088048
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2019 Link
    Titel MOESM2 of Transcriptome profiling of posterior kidney of brown trout, Salmo trutta, during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.11299982
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2019 Link
    Titel MOESM3 of Transcriptome profiling of posterior kidney of brown trout, Salmo trutta, during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.11299991
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2019 Link
    Titel MOESM6 of Transcriptome profiling of posterior kidney of brown trout, Salmo trutta, during proliferative kidney disease
    DOI 10.6084/m9.figshare.11300015
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link

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