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Kommunikation zwischen Zellstoffwechsel und DNA-Reparatur

Crosstalk between cellular metabolism and DNA repair

Joanna Loizou (ORCID: 0000-0003-1853-0424)
  • Grant-DOI 10.55776/P33024
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.12.2019
  • Projektende 31.07.2022
  • Bewilligungssumme 399.693 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Metabolism, DNA repair, Genome integrity, DNA damage

Abstract Endbericht

Die Aufrechterhaltung genetischer Informationen ist erforderlich um Krankheiten, einschließlich Krebs und seltene Krankheiten, zu unterdrücken. Dazu verfügen Zellen über ein komplexes Signalnetzwerk, das DNA-Schäden erkennt und anschließend repariert. Dieses Netzwerk beruht auf den chemischen Zustand der Zellen oder dem Metabolismus,und daher können Veränderungenim Zellmetabolismus die DNA-Schädigung und -Reparatur beeinflussen. Obwohl es einige Beispiele gibt, die das Wechselspiel zwischen Metabolismus und DNA- Reparatur hervorheben, wurde bis jetzt noch keine systematische Studie durchgeführt. Wir sind davon überzeugt, dass derzeitige Technologien, einschließlich Gen- Editierung (unter Verwendung von CRISPR-Cas9) und chemischer Biologie (mit der Entwicklung von Inhibitor-Stoffen) nun solche systematische Studien ermöglichen. Daher schlagen wir vor, mithilfe dieser Technologien, zusammen mit Markern für DNA-Schäden, zu untersuchen wie sich Stoffwechselprozesse auf DNA-Schäden und -Reparaturen auswirken. Nachdem wir neue Wechselwirkungen identifiziert haben, werden wir als nächstes herausfinden, wie sie auf molekularer Ebene funktionieren. Diese Studie wird zu einem Verständnis darüber führen, wie sich der chemische Zustand der Zellen auf den grundlegenden zellulären Prozess der DNA-Reparatur auswirkt, der letztendlich notwendig ist um genomische Informationen zu schützen. Zusätzlichwerdenwir Einblicke in Krankheiten erhalten, die mit DNA- Reparaturdefekten zusammenhängen, die zu besseren Behandlungen führen könnten.

Die Erhaltung des menschlichen Genoms ist notwendig, um Krankheiten, einschließlich Krebs und seltener Krankheiten, zu unterdrücken. Zu diesem Zweck verfügen die Zellen über ein komplexes Signalisierungsnetz, das Schäden an der DNA, aus der unsere Genome bestehen, erkennt. Dieses Netzwerk ist in der Lage, diese Schäden zu reparieren, und hängt vom chemischen Zustand der Zellen, d. h. vom Stoffwechsel, ab, so dass sich Veränderungen im zellulären Stoffwechsel auf DNA-Schäden und deren Reparatur auswirken können. Es gibt zwar einige Beispiele dafür, wie sich der Stoffwechsel auf die DNA-Reparatur auswirken kann, doch wurde dies bisher nicht systematisch untersucht. Wir schlagen vor, dass die aktuellen Technologien, einschließlich des Gen-Editierens (mit CRISPR-Cas9) und der chemischen Biologie (mit der Entwicklung von Inhibitorverbindungen), nun solche systematischen Untersuchungen ermöglichen. Daher haben wir diese Technologien zusammen mit Markern für DNA-Schäden eingesetzt, um zu untersuchen, wie Stoffwechselprozesse DNA-Schäden und -Reparaturen beeinflussen. Nachdem wir neue Wechselwirkungen identifiziert hatten, haben wir untersucht, wie sie auf molekularer Ebene funktionieren. Unsere Ergebnisse haben unser Verständnis dafür verbessert, wie sich der chemische Zustand der Zellen auf den grundlegenden zellulären Prozess der DNA-Reparatur auswirkt, der letztlich zum Schutz der genomischen Information notwendig ist. Das bedeutet, dass wir besser verstehen, wie Krankheiten entstehen, die mit DNA-Reparaturdefiziten einhergehen, so dass diese Erkenntnisse letztlich zu besseren Behandlungsmöglichkeiten für Krankheiten führen könnten, die mit einer Instabilität des Genoms einhergehen.

Forschungsstätte(n)
  • Medizinische Universität Wien - 100%
Nationale Projektbeteiligte
  • Giulio Gino Maria Superti-Furga, CeMM – Forschungszentrum für Molekulare Medizin GmbH , nationale:r Kooperationspartner:in
  • Stefan Kubicek, CeMM – Forschungszentrum für Molekulare Medizin GmbH , nationale:r Kooperationspartner:in
  • Jörg Menche, Universität Wien , nationale:r Kooperationspartner:in
Internationale Projektbeteiligte
  • Trey G. Ideker, University of California San Diego - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Stephen P. Jackson, University of Cambridge - Vereinigtes Königreich

Research Output

  • 253 Zitationen
  • 10 Publikationen
  • 3 Datasets & Models
  • 1 Wissenschaftliche Auszeichnungen
Publikationen
  • 2021
    Titel Prime Editing Efficiency and Fidelity are Enhanced in the Absence of Mismatch Repair
    DOI 10.1101/2021.09.30.462548
    Typ Preprint
    Autor Da Silva J
    Seiten 2021.09.30.462548
    Link Publikation
  • 2022
    Titel A metabolic map of the DNA damage response identifies PRDX1 in nuclear ROS scavenging and aspartate synthesis
    DOI 10.1101/2022.08.01.500855
    Typ Preprint
    Autor Moretton A
    Seiten 2022.08.01.500855
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Prime editing efficiency and fidelity are enhanced in the absence of mismatch repair
    DOI 10.3929/ethz-b-000533332
    Typ Other
    Autor Ferreira Da Silva
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Interplay between Cellular Metabolism and the DNA Damage Response in Cancer
    DOI 10.3390/cancers12082051
    Typ Journal Article
    Autor Moretton A
    Journal Cancers
    Seiten 2051
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Interplay between cellular metabolism and the DNA damage response
    DOI 10.3390/iecc2021-09223
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Loizou J
    Seiten 9223
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Clickable Cisplatin Derivatives as Versatile Tools to Probe the DNA Damage Response to Chemotherapy
    DOI 10.3389/fonc.2022.874201
    Typ Journal Article
    Autor Moretton A
    Journal Frontiers in Oncology
    Seiten 874201
    Link Publikation
  • 2023
    Titel A metabolic map of the DNA damage response identifies PRDX1 in the control of nuclear ROS scavenging and aspartate availability
    DOI 10.15252/msb.202211267
    Typ Journal Article
    Autor Moretton A
    Journal Molecular Systems Biology
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Detection of oxaliplatin- and cisplatin-DNA lesions requires different global genome repair mechanisms that affect their clinical efficacy
    DOI 10.1093/narcan/zcad057
    Typ Journal Article
    Autor Slyskova J
    Journal NAR Cancer
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Prime editing efficiency and fidelity are enhanced in the absence of mismatch repair
    DOI 10.1038/s41467-022-28442-1
    Typ Journal Article
    Autor Ferreira Da Silva J
    Journal Nature Communications
    Seiten 760
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Tissue Specific DNA Repair Outcomes Shape the Landscape of Genome Editing
    DOI 10.3389/fgene.2021.728520
    Typ Journal Article
    Autor Meyenberg M
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 728520
    Link Publikation
Datasets & Models
  • 2022 Link
    Titel Metabolomics data
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel CRISPR screen next generation sequencing data
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Chromatome-MS data
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2021
    Titel Wilhelm Ritter von Mannagetta Prize for Medicine
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)

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