Deep learning in der MR Spektroskopiebildgebung
Deep learning in MR Spectroscopic Imaging
Wissenschaftsdisziplinen
Informatik (30%); Klinische Medizin (20%); Medizintechnik (50%)
Keywords
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Ultra-High Magnetic Field,
Magnetic Resonance Spectroscopy,
Brain,
Deep Learning
Die Magnetresonanzspektroskopische Bildgebung (MRSI) ist eine leistungsstarke Technik mit der die räumliche Verteilung biochemischer Verbindungen im menschlichen Gehirn sichtbar gemacht werden kann. Mit einer einzigen MRSI-Untersuchung können die Konzentrationen mehrere solcher biochemischen Verbindungen bildhaft dargestellt werden. Diese biochemischen Verbindungen spielen eine grundlegende Rolle für die Funktion des gesunden Gehirns sowie bei Hirnstörungen und sind mit herkömmlichen Magnetresonanztomographiemethoden nicht zugänglich. Während es viele Forschungsanwendungen für MRSI gibt, bleibt die klinische Anwendung von MRSI erheblich zurück. Der Hauptgrund ist das Fehlen eines einfachen und robusten MRSI-Tools, das vollständig in MR-Scannern integriert ist. Die Haupthindernisse sind der zeitaufwändige Rekonstruktionsprozess und die derzeit notwendige manuelle Qualitätssicherung. Die jüngsten Fortschritte in der künstlichen Intelligenz, insbesondere im Zusammenhang mit sogenannten tiefen neuronalen Netzwerken, lassen hoffen, dass diese Barriere bald überwunden werden kann. In diesem Projekt wollen wir ein solches diagnostisches Werkzeug für die nicht-invasive Kartierung der Biochemie des Gehirns mithilfe von Deep- Learning-basierten MRSI-Techniken entwickeln. Dies sollte MRSI für die Neurowissenschaften und den klinischen Einsatz zugänglicher machen.
- Maxim Zaitsev, Universität Freiburg - Deutschland
- Armin Nagel, Universitätsklinikum Erlangen - Deutschland
- Benedikt Poser, Universiteit Maastricht - Niederlande
- Ovidiu Cristian Andronesi, Harvard Medical School - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 222 Zitationen
- 28 Publikationen
- 1 Weitere Förderungen
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2025
Titel MRS-BIDS, an extension to the Brain Imaging Data Structure for magnetic resonance spectroscopy DOI 10.1038/s41597-025-05543-2 Typ Journal Article Autor Bouchard A Journal Scientific Data Seiten 1384 Link Publikation -
2025
Titel Deep-ER: Deep Learning ECCENTRIC Reconstruction for fast high-resolution neurometabolic imaging DOI 10.1016/j.neuroimage.2025.121045 Typ Journal Article Autor Weiser P Journal NeuroImage Seiten 121045 Link Publikation -
2025
Titel PHIVE: A Physics-Informed Variational Encoder Enables Rapid Spectral Fitting of Brain Metabolite Mapping at 7T DOI 10.1101/2025.01.02.25319930 Typ Preprint Autor Shamaei A Seiten 2025.01.02.25319930 Link Publikation -
2025
Titel Exploring in vivo human brain metabolism at 10.5 T: Initial insights from MR spectroscopic imaging DOI 10.1016/j.neuroimage.2025.121015 Typ Journal Article Autor Hingerl L Journal NeuroImage Seiten 121015 Link Publikation -
2022
Titel Flow-based Visual Quality Enhancer for Super-resolution Magnetic Resonance Spectroscopic Imaging DOI 10.48550/arxiv.2207.10181 Typ Preprint Autor Dong S -
2024
Titel Proton-free induction decay MRSI at 7 T in the human brain using an egg-shaped modified rosette K-space trajectory DOI 10.1002/mrm.30368 Typ Journal Article Autor Blömer S Journal Magnetic Resonance in Medicine Seiten 1443-1457 Link Publikation -
2022
Titel Extensive Brain Pathologic Alterations Detected with 7.0-T MR Spectroscopic Imaging Associated with Disability in Multiple Sclerosis DOI 10.1148/radiol.210614 Typ Journal Article Autor Heckova E Journal Radiology Seiten 141-150 -
2022
Titel P15.03.A The value of 7 Tesla MR spectroscopic imaging for improved preoperative determination of the tumor grade and IDH status in gliomas: preliminary data DOI 10.1093/neuonc/noac174.293 Typ Journal Article Autor Hangel G Journal Neuro-Oncology -
2024
Titel A Flow-based Truncated Denoising Diffusion Model for super-resolution Magnetic Resonance Spectroscopic Imaging DOI 10.1016/j.media.2024.103358 Typ Journal Article Autor Dong S Journal Medical Image Analysis Seiten 103358 Link Publikation -
2024
Titel WALINET: A water and lipid identification convolutional neural network for nuisance signal removal in 1H$$ {}^1\mathrm{H} $$ MR spectroscopic imaging DOI 10.1002/mrm.30402 Typ Journal Article Autor Weiser P Journal Magnetic Resonance in Medicine Seiten 1430-1442 Link Publikation -
2024
Titel ECCENTRIC: A fast and unrestrained approach for high-resolution in vivo metabolic imaging at ultra-high field MR DOI 10.1162/imag_a_00313 Typ Journal Article Autor Klauser A Journal Imaging Neuroscience Link Publikation -
2021
Titel Emerging methods and applications of ultra-high field MR spectroscopic imaging in the human brain DOI 10.1016/j.ab.2021.114479 Typ Journal Article Autor Hangel G Journal Analytical Biochemistry Seiten 114479 Link Publikation -
2021
Titel 2½-minute 3D 7T 31P-MRSI of the human heart using concentric rings (CRT) DOI 10.1101/2021.12.10.472120 Typ Preprint Autor Clarke W Seiten 2021.12.10.472120 Link Publikation -
2021
Titel Pseudo-domains in imaging data improve prediction of future disease status in multi-center studies DOI 10.48550/arxiv.2111.07634 Typ Preprint Autor Perkonigg M -
2022
Titel Unsupervised machine learning identifies predictive progression markers of IPF DOI 10.1007/s00330-022-09101-x Typ Journal Article Autor Pan J Journal European Radiology Seiten 925-935 Link Publikation -
2022
Titel 7T HR FID-MRSI Compared to Amino Acid PET: Glutamine and Glycine as Promising Biomarkers in Brain Tumors DOI 10.3390/cancers14092163 Typ Journal Article Autor Hangel G Journal Cancers Seiten 2163 Link Publikation -
2022
Titel Flow-Based Visual Quality Enhancer for Super-Resolution Magnetic Resonance Spectroscopic Imaging DOI 10.1007/978-3-031-18576-2_1 Typ Book Chapter Autor Dong S Verlag Springer Nature Seiten 3-13 -
2022
Titel Three-dimensional, 2.5-minute, 7T phosphorus magnetic resonance spectroscopic imaging of the human heart using concentric rings DOI 10.1002/nbm.4813 Typ Journal Article Autor Clarke W Journal NMR in Biomedicine Link Publikation -
2022
Titel Lesion-Specific Metabolic Alterations in Relapsing-Remitting Multiple Sclerosis Via 7 T Magnetic Resonance Spectroscopic Imaging DOI 10.1097/rli.0000000000000913 Typ Journal Article Autor Lipka A Journal Investigative Radiology Seiten 156-165 Link Publikation -
2021
Titel Dynamic memory to alleviate catastrophic forgetting in continual learning with medical imaging DOI 10.1038/s41467-021-25858-z Typ Journal Article Autor Perkonigg M Journal Nature Communications Seiten 5678 Link Publikation -
2021
Titel k-Space-based coil combination via geometric deep learning for reconstruction of non-Cartesian MRSI data DOI 10.1002/mrm.28876 Typ Journal Article Autor Motyka S Journal Magnetic Resonance in Medicine Seiten 2353-2367 -
2021
Titel Inter-subject stability and regional concentration estimates of 3D-FID-MRSI in the human brain at 7 T DOI 10.1002/nbm.4596 Typ Journal Article Autor Hangel G Journal NMR in Biomedicine Link Publikation -
2024
Titel Proton Free Induction Decay MRSI at 7T in the Human Brain Using an Egg-Shaped Modified Rosette K-Space Trajectory DOI 10.1101/2024.03.26.24304840 Typ Preprint Autor Blömer S Seiten 2024.03.26.24304840 Link Publikation -
2024
Titel Predicting dynamic, motion-related changes in B0 field in the brain at a 7T MRI using a subject-specific fine-trained U-net DOI 10.1002/mrm.29980 Typ Journal Article Autor Motyka S Journal Magnetic Resonance in Medicine Seiten 2044-2056 Link Publikation -
2023
Titel ECCENTRIC: a fast and unrestrained approach for high-resolution in vivo metabolic imaging at ultra-high field MR DOI 10.48550/arxiv.2305.13822 Typ Preprint Autor Klauser A -
2023
Titel Predicting dynamic, motion-related changes in B0 field in the brain at a 7 T MRI using a subject-specific fine-tuned U-net DOI 10.48550/arxiv.2304.08307 Typ Preprint Autor Motyka S -
2023
Titel Metabolic Insights into Iron Deposition in Relapsing-Remitting Multiple Sclerosis via 7T Magnetic Resonance Spectroscopic Imaging DOI 10.1101/2023.03.28.23287856 Typ Preprint Autor Lipka A Seiten 2023.03.28.23287856 Link Publikation -
2023
Titel Metabolic Insights into Iron Deposition in Relapsing-Remitting Multiple Sclerosis via 7 T Magnetic Resonance Spectroscopic Imaging DOI 10.1016/j.nicl.2023.103524 Typ Journal Article Autor Lipka A Journal NeuroImage: Clinical Seiten 103524 Link Publikation
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2023
Titel Platform for brain research using UHF MRI, histology, and AI Typ Research grant (including intramural programme) Förderbeginn 2023 Geldgeber Austrian Science Fund (FWF)