Kopienneutralen heterozygotieverlust: Molekulare Mechanismen
Molecular mechanisms of copy-neutral loss of heterozygosity
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (80%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (20%)
Keywords
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Organoids,
Neural Development,
Brain Cancer,
Tumorigenesis,
Tuberous Sclerosis Complex,
Chromatin Conformation
Krebs ist eine der tödlichsten menschlichen Krankheiten und stellt eine ständig wachsende Bedrohung für die menschliche Gesundheit dar. Das Verständnis der Mechanismen, die zur Entstehung von Krebs führen, ist von zentraler Bedeutung für die Entwicklung von Therapiestrategien. Auf die Veränderung einer der beiden Kopien eines Gens, das die Tumorbildung unterdrückt, folgen häufig weitere Ereignisse, die zum Verlust und zum Ersatz der verbleibenden gesunden Kopie durch ein Replikat des mutierten Gens führen. Dies ist ein häufiger Vorgang bei bösartigen Krebserkrankungen des Menschen und führt zur vollständigen Inaktivierung des betroffenen Gens. Solche Ereignisse werden als "kopienneutraler Verlust der Heterozygotie" oder kurz "cnLOH" bezeichnet. Trotz der Häufigkeit und Bedeutung von cnLOH-Ereignissen ist der zugrundeliegende Mechanismus weitgehend unklar. Um mehr über diese Vorgänge zu erfahren, werden wir ein bahnbrechendes, in unserem Labor entwickeltes 3D-System verwenden, das humanspezifische Aspekte der Gehirnentwicklung modelliert, so genannte zerebrale Organoide. Wir werden diese Vorgänge in verschiedenen Organoidmodellen verfolgen, die die Bildung von Hirntumoren nachbilden, die durch Veränderungen in verschiedenen Genen verursacht werden, von denen bekannt ist, dass sie cnLOH-Ereignisse durchlaufen. Die Einfachheit dieses Systems wird es uns ermöglichen, solche Ereignisse in einem sehr hohen Durchsatz nachzubilden und zu bestimmen, wo und wann sie während der Tumorentstehung in Hirnorganoiden auftreten. Wir werden genetische Screens durchführen, um die Mechanismen aufzudecken, die die cnLOH-Ereignisse steuern, und ihre Relevanz während der Tumorentstehung in zerebralen Organoiden testen. Durch den Vergleich der Daten aus diesen Screens werden wir feststellen, ob die gleichen oder andere Mechanismen zu cnLOH führen. Die Anwendung eines breiten Spektrums von Ansätzen hat das Potenzial, endlich die Mechanismen aufzudecken, die cnLOH-Ereignisse während der Tumorentstehung steuern, und könnte zu einzigartigen neuen therapeutischen Strategien für die Behandlung relevanter Pathologien und von Krebs im Allgemeinen führen.
Ziel dieses Projekts war es, ein biologisches Phänomen besser zu verstehen, das als "copy-neutral loss of heterozygosity " (kurz: cnLOH) bezeichnet wird. Dabei verliert eine Zelle die ursprüngliche genetische Vielfalt: Statt zwei unterschiedlicher Versionen (oder "Kopien") eines Gens enthält sie plötzlich zwei identische - und wenn diese fehlerhaft sind, kann dies das Wachstum von Tumoren begünstigen. Wie genau dieser Mechanismus funktioniert - vor allem im menschlichen Gehirn - ist bislang nur unzureichend erforscht. Wir möchten diesen Prozess mit Hilfe menschlicher Stammzellen im Labor nachbilden. So können wir auf Tierversuche verzichten und erhalten Erkenntnisse, die direkt für die menschliche Biologie und Medizin relevant sind. Dazu haben wir sogenannte zerebrale Organoide verwendet - das sind winzige, hirnähnliche Strukturen, die aus menschlichen Stammzellen im Labor gezüchtet werden. Diese 3D-Modelle erlauben es uns, die Entwicklung und Erkrankung des menschlichen Gehirns möglichst realitätsnah zu untersuchen. Ein besonderer Schwerpunkt des Projekts lag auf der Tuberösen Sklerose (TSC) - einer schweren neurologischen Erkrankung, die durch Mutationen im TSC2-Gen verursacht wird. TSC geht mit der Entstehung von Tumoren im Gehirn einher. In früheren Studien hatten wir bereits beobachtet, dass Organoide mit einer defekten TSC2-Kopie tumorähnliche Strukturen bilden können - und dass dabei cnLOH eine Rolle spielt. Im Verlauf des Projekts haben wir unsere Untersuchungen erweitert und auch sogenannte Neurosphären einbezogen - das sind kleine Zellklumpen, die aus bestimmten Hirnzellen gezüchtet werden, die in frühen Tumorstadien eine wichtige Rolle spielen. Diese Modelle sind einfacher aufgebaut als Organoide, ahmen jedoch wichtige Aspekte der Tumorentwicklung ebenfalls nach. Diese Experimente führten zu einer spannenden Entdeckung: Wir konnten eine bestimmte Zellart identifizieren, die möglicherweise besonders anfällig für die Entstehung dieser Erkrankung ist. Außerdem fanden wir heraus, dass diese Zellart in TSC Patienten abweichende Nervenzelltypen hervorbringt - ein Hinweis auf einen möglichen Beitrag dieser Störung zur TSC-Erkrankung. Weitere Experimente sind im Gange, um cnLOH gezielt in dieser Zellart zu untersuchen und seine Auswirkungen genauer zu analysieren. Die Ergebnisse dieses Projekts werden derzeit wissenschaftlich ausgewertet und für die Veröffentlichung vorbereitet.
- Daniel Wolfram Gerlich, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH , nationale:r Kooperationspartner:in
- David H. Gutmann, Washington University School of Medicine - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 485 Zitationen
- 11 Publikationen
- 3 Policies
- 6 Methoden & Materialien
- 1 Datasets & Models
- 22 Disseminationen
- 36 Wissenschaftliche Auszeichnungen
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2025
Titel Cerebral Organoids Uncover Mechanisms of Neural Activity Changes in Epileptogenesis DOI 10.1101/2025.08.26.672285 Typ Preprint Autor Wong S Seiten 2025.08.26.672285 Link Publikation -
2025
Titel Advancing autism research: Insights from brain organoid modeling DOI 10.1016/j.conb.2025.103030 Typ Journal Article Autor Li C Journal Current Opinion in Neurobiology Seiten 103030 Link Publikation -
2023
Titel Microfibrous Scaffolds Guide Stem Cell Lumenogenesis and Brain Organoid Engineering DOI 10.1002/adma.202300305 Typ Journal Article Autor Ritzau-Reid K Journal Advanced Materials Link Publikation -
2023
Titel In vitro modeling of the human dopaminergic system using spatially arranged ventral midbrain–striatum–cortex assembloids DOI 10.1038/s41592-023-02080-x Typ Journal Article Autor Reumann D Journal Nature Methods Seiten 2034-2047 Link Publikation -
2022
Titel Gruffi: an algorithm for computational removal of stressed cells from brain organoid transcriptomic datasets DOI 10.15252/embj.2022111118 Typ Journal Article Autor Vértesy Á Journal The EMBO Journal Link Publikation -
2024
Titel A polarized FGF8 source specifies frontotemporal signatures in spatially oriented cell populations of cortical assembloids DOI 10.1038/s41592-024-02412-5 Typ Journal Article Autor Bosone C Journal Nature Methods Seiten 2147-2159 Link Publikation -
2024
Titel ARID1B controls transcriptional programs of axon projection in an organoid model of the human corpus callosum DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014 Typ Journal Article Autor Martins-Costa C Journal Cell Stem Cell Link Publikation -
2024
Titel Cerebral organoids display dynamic clonal growth and tunable tissue replenishment DOI 10.1038/s41556-024-01412-z Typ Journal Article Autor Lindenhofer D Journal Nature Cell Biology Seiten 710-718 Link Publikation -
2023
Titel Integrated transcriptome and proteome analysis reveals posttranscriptional regulation of ribosomal genes in human brain organoids DOI 10.7554/elife.85135 Typ Journal Article Autor Sidhaye J Journal eLife Link Publikation -
2023
Titel Morphogenesis and development of human telencephalic organoids in the absence and presence of exogenous extracellular matrix DOI 10.15252/embj.2022113213 Typ Journal Article Autor Martins-Costa C Journal The EMBO Journal Link Publikation -
2023
Titel Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism DOI 10.1038/s41586-023-06473-y Typ Journal Article Autor Li C Journal Nature Seiten 373-380 Link Publikation
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2025
Titel A framework for neural organoids, assembloids and transplantation studies - Knoblich DOI 10.1038/s41586-024-08487-6 Typ Contribution to new or improved professional practice -
2024
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Titel Participation in the International Commission of the Elite Network of Bavaria - Knoblich Typ Participation in a guidance/advisory committee Link Link -
2024
Titel Advisor of the Howard Hughes Research Institute - Knoblich Typ Participation in a guidance/advisory committee
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2024
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Titel IMBAi017-A-2 (Isogenic control ARID1B+/+ iPSC line) DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014 Typ Cell line Öffentlich zugänglich Link Link -
2024
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Titel IMBAi017-A-1 (Isogenic control ARID1B+/+ iPSC line) DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014 Typ Cell line Öffentlich zugänglich Link Link -
2024
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Titel IMBAi001-A-1 (ARID1B+/- human iPSC line) DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014 Typ Cell line Öffentlich zugänglich Link Link -
2024
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Titel MBAi017-A (Patient-derived ARID1B+/- iPSC line) DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014 Typ Cell line Öffentlich zugänglich Link Link -
2024
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Titel IMBAi016-A (Patient-derived ARID1B+/- iPSC line) DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014 Typ Cell line Öffentlich zugänglich Link Link -
2024
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Titel IMBAi017-A-3 (Procedural control ARID1B+/- iPSC line) DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014 Typ Cell line Öffentlich zugänglich Link Link
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2024
Titel Leopoldina-ÖAW-Journalistenkolleg "Molekulargenetik" Typ A press release, press conference or response to a media enquiry/interview -
2023
Titel OeAW Podcasts for IMBA20 Typ A broadcast e.g. TV/radio/film/podcast (other than news/press) -
2025
Titel Visit of Lions Club Baden-Helenental - Knoblich Typ A talk or presentation -
2022
Titel NHM/Deck50: "Vielfalt kennenlernen: Zellen" Typ A talk or presentation -
2024
Titel Long Night of Research 2024 - Knoblich Typ A talk or presentation -
2023
Titel Visit of OeAW Vice President Ulrike Diebold at IMBA Typ A talk or presentation -
2022
Titel Wiener Kinderuni Typ A talk or presentation -
2022
Titel Visit of Heinz Faßmann, President of the Austrian Academy of Sciences Typ A talk or presentation -
2023
Titel European Researchers' Night Typ Participation in an activity, workshop or similar -
2025
Titel Visit of IV Wien/Work group "Wien 2030 Wirtschaft & Innovation" Typ Participation in an activity, workshop or similar -
2024
Titel UniStem Day 2024 - Knoblich Typ Participation in an activity, workshop or similar -
2023
Titel NHM's "Vielfalt kennenlernen: Zellen" Typ Participation in an activity, workshop or similar -
2024
Titel Visit of a Korean Delegation of UNIST - Knoblich Typ Participation in an activity, workshop or similar -
2023
Titel Health Science Forum Vienna II Typ Participation in an activity, workshop or similar -
2022
Titel Wiener Forschungsfest/Vienna Science Festival Typ Participation in an activity, workshop or similar -
2023
Titel Organoid workshop Typ Participation in an activity, workshop or similar -
2022
Titel Lange Nacht der Forschung/Long Night of Research Typ A talk or presentation -
2024
Titel KILT Day - Knoblich Typ A talk or presentation -
2024
Titel Töchtertag/Daughters Day Typ A talk or presentation -
2022
Titel Press meeting at IMBA Typ A press release, press conference or response to a media enquiry/interview -
2024
Titel Business Lunch: Industrie und Spitzenforschung im Dialog - Knoblich Typ A talk or presentation -
2025
Titel Vienna Research Festival Typ Participation in an activity, workshop or similar
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2025
Titel The First International Organoid Conference - Knoblich Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2025
Titel Conference on Advancements in Organoid Sciences (CAOS) - Knoblich Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2025
Titel Next-gen organ-on-chips & organoids workshop - Knoblich Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2025
Titel Neural Stem Cells: Capturing Complexity and Plasticity - Knoblich Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2025
Titel Leopoldina-Vorlesung - Knoblich Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2024
Titel German Academy of Science Leopoldina, elected Member, 2024 - Knoblich Typ Awarded honorary membership, or a fellowship, of a learned society Bekanntheitsgrad National (any country) -
2024
Titel Houskaprize - Knoblich Typ Research prize Bekanntheitsgrad National (any country) -
2024
Titel Centuri Seminar - Knoblich Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2024
Titel Cold Spring Harbor Laboratories 3D Modelling Meeting - Knoblich Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2024
Titel 2024 Austrian State Prize for the Promotion of Alternative Methods to Animal Experiments Typ Research prize Bekanntheitsgrad National (any country) -
2024
Titel Gordon Research Conference - Knoblich Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2024
Titel CHS Symposium - Knoblich Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2024
Titel 2nd International symposium of neurobiology - Knoblich Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2024
Titel Kardinal-Innitzer-Würdigungspreis (Appreciation Prize) - Knoblich Typ Research prize Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Invited speaker: 87th Cold Spring Harbor Laboratory Symposium on Quantitative Biology Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2023
Titel Invited talk: ISSCR Vienna: Elucidating Principles of Development with Stem Cells Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Keynote: Leopoldina Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Keynote: 47. ÖGP / OGTC JAHRESTAGUNG Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Invited speaker: ReMS Lecture Standford University Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Keynote: Geist International Science Festival - DAI Heidelberg Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Invited Speaker: PNAS Workshop: Neuro Cognition Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Keynote: Functional Genomics of Human Brain Development and Disease Gordon Research Conference Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Invited speaker: "International Heidelberg Symposium on Stem Cells and Cancer" Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Invited speaker: EMBO | EMBL Symposium Organoids: modelling organ development and disease in 3D culture Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Keynote: SY-Stem 2023 Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2023
Titel Keynote: Stowers Research Conference: Stem Cells, Tissue Plasticity, and Regenerative Biology Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2022
Titel Invited speaker: Symposium Comparative Medicine 2022 Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2022
Titel Invited speaker: Hydra organoid meeting Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2022
Titel Workshop on Stem Cells and Their Promise for Regenerative Medicine Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Regional (any country) -
2022
Titel Invited talk: Gordon conference: Signal Transduction by Engineered Extracellular Matrices Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2022
Titel Invited speaker: Development and 3D Modeling of the Human Brain Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2022
Titel Invited speaker: Maintenance and Differentiation of Stem Cells in Development and Disease Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country) -
2022
Titel Invited talk: 2022 International Society for Stem Cell Research (ISSCR) Annual Meeting Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2022
Titel Keynote: Stem cell systems in development, disease and regeneration Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2022
Titel Invited speaker: HUMAN CELL ATLAS 2022 GENERAL MEETING Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad Continental/International -
2022
Titel Invited speaker: Pontifical Academy of Sciences Plenary Session 2022 Theme: "Basic science for human development, peace, and planetary health" Typ Personally asked as a key note speaker to a conference Bekanntheitsgrad National (any country)