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Kopienneutralen heterozygotieverlust: Molekulare Mechanismen

Molecular mechanisms of copy-neutral loss of heterozygosity

Jürgen A. Knoblich (ORCID: 0000-0002-6751-3404)
  • Grant-DOI 10.55776/P35680
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.04.2022
  • Projektende 31.03.2025
  • Bewilligungssumme 399.416 €

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (80%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (20%)

Keywords

    Organoids, Neural Development, Brain Cancer, Tumorigenesis, Tuberous Sclerosis Complex, Chromatin Conformation

Abstract Endbericht

Krebs ist eine der tödlichsten menschlichen Krankheiten und stellt eine ständig wachsende Bedrohung für die menschliche Gesundheit dar. Das Verständnis der Mechanismen, die zur Entstehung von Krebs führen, ist von zentraler Bedeutung für die Entwicklung von Therapiestrategien. Auf die Veränderung einer der beiden Kopien eines Gens, das die Tumorbildung unterdrückt, folgen häufig weitere Ereignisse, die zum Verlust und zum Ersatz der verbleibenden gesunden Kopie durch ein Replikat des mutierten Gens führen. Dies ist ein häufiger Vorgang bei bösartigen Krebserkrankungen des Menschen und führt zur vollständigen Inaktivierung des betroffenen Gens. Solche Ereignisse werden als "kopienneutraler Verlust der Heterozygotie" oder kurz "cnLOH" bezeichnet. Trotz der Häufigkeit und Bedeutung von cnLOH-Ereignissen ist der zugrundeliegende Mechanismus weitgehend unklar. Um mehr über diese Vorgänge zu erfahren, werden wir ein bahnbrechendes, in unserem Labor entwickeltes 3D-System verwenden, das humanspezifische Aspekte der Gehirnentwicklung modelliert, so genannte zerebrale Organoide. Wir werden diese Vorgänge in verschiedenen Organoidmodellen verfolgen, die die Bildung von Hirntumoren nachbilden, die durch Veränderungen in verschiedenen Genen verursacht werden, von denen bekannt ist, dass sie cnLOH-Ereignisse durchlaufen. Die Einfachheit dieses Systems wird es uns ermöglichen, solche Ereignisse in einem sehr hohen Durchsatz nachzubilden und zu bestimmen, wo und wann sie während der Tumorentstehung in Hirnorganoiden auftreten. Wir werden genetische Screens durchführen, um die Mechanismen aufzudecken, die die cnLOH-Ereignisse steuern, und ihre Relevanz während der Tumorentstehung in zerebralen Organoiden testen. Durch den Vergleich der Daten aus diesen Screens werden wir feststellen, ob die gleichen oder andere Mechanismen zu cnLOH führen. Die Anwendung eines breiten Spektrums von Ansätzen hat das Potenzial, endlich die Mechanismen aufzudecken, die cnLOH-Ereignisse während der Tumorentstehung steuern, und könnte zu einzigartigen neuen therapeutischen Strategien für die Behandlung relevanter Pathologien und von Krebs im Allgemeinen führen.

Ziel dieses Projekts war es, ein biologisches Phänomen besser zu verstehen, das als "copy-neutral loss of heterozygosity " (kurz: cnLOH) bezeichnet wird. Dabei verliert eine Zelle die ursprüngliche genetische Vielfalt: Statt zwei unterschiedlicher Versionen (oder "Kopien") eines Gens enthält sie plötzlich zwei identische - und wenn diese fehlerhaft sind, kann dies das Wachstum von Tumoren begünstigen. Wie genau dieser Mechanismus funktioniert - vor allem im menschlichen Gehirn - ist bislang nur unzureichend erforscht. Wir möchten diesen Prozess mit Hilfe menschlicher Stammzellen im Labor nachbilden. So können wir auf Tierversuche verzichten und erhalten Erkenntnisse, die direkt für die menschliche Biologie und Medizin relevant sind. Dazu haben wir sogenannte zerebrale Organoide verwendet - das sind winzige, hirnähnliche Strukturen, die aus menschlichen Stammzellen im Labor gezüchtet werden. Diese 3D-Modelle erlauben es uns, die Entwicklung und Erkrankung des menschlichen Gehirns möglichst realitätsnah zu untersuchen. Ein besonderer Schwerpunkt des Projekts lag auf der Tuberösen Sklerose (TSC) - einer schweren neurologischen Erkrankung, die durch Mutationen im TSC2-Gen verursacht wird. TSC geht mit der Entstehung von Tumoren im Gehirn einher. In früheren Studien hatten wir bereits beobachtet, dass Organoide mit einer defekten TSC2-Kopie tumorähnliche Strukturen bilden können - und dass dabei cnLOH eine Rolle spielt. Im Verlauf des Projekts haben wir unsere Untersuchungen erweitert und auch sogenannte Neurosphären einbezogen - das sind kleine Zellklumpen, die aus bestimmten Hirnzellen gezüchtet werden, die in frühen Tumorstadien eine wichtige Rolle spielen. Diese Modelle sind einfacher aufgebaut als Organoide, ahmen jedoch wichtige Aspekte der Tumorentwicklung ebenfalls nach. Diese Experimente führten zu einer spannenden Entdeckung: Wir konnten eine bestimmte Zellart identifizieren, die möglicherweise besonders anfällig für die Entstehung dieser Erkrankung ist. Außerdem fanden wir heraus, dass diese Zellart in TSC Patienten abweichende Nervenzelltypen hervorbringt - ein Hinweis auf einen möglichen Beitrag dieser Störung zur TSC-Erkrankung. Weitere Experimente sind im Gange, um cnLOH gezielt in dieser Zellart zu untersuchen und seine Auswirkungen genauer zu analysieren. Die Ergebnisse dieses Projekts werden derzeit wissenschaftlich ausgewertet und für die Veröffentlichung vorbereitet.

Forschungsstätte(n)
  • IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH - 100%
Nationale Projektbeteiligte
  • Daniel Wolfram Gerlich, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH , nationale:r Kooperationspartner:in
Internationale Projektbeteiligte
  • David H. Gutmann, Washington University School of Medicine - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 485 Zitationen
  • 11 Publikationen
  • 3 Policies
  • 6 Methoden & Materialien
  • 1 Datasets & Models
  • 22 Disseminationen
  • 36 Wissenschaftliche Auszeichnungen
Publikationen
  • 2025
    Titel Cerebral Organoids Uncover Mechanisms of Neural Activity Changes in Epileptogenesis
    DOI 10.1101/2025.08.26.672285
    Typ Preprint
    Autor Wong S
    Seiten 2025.08.26.672285
    Link Publikation
  • 2025
    Titel Advancing autism research: Insights from brain organoid modeling
    DOI 10.1016/j.conb.2025.103030
    Typ Journal Article
    Autor Li C
    Journal Current Opinion in Neurobiology
    Seiten 103030
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Microfibrous Scaffolds Guide Stem Cell Lumenogenesis and Brain Organoid Engineering
    DOI 10.1002/adma.202300305
    Typ Journal Article
    Autor Ritzau-Reid K
    Journal Advanced Materials
    Link Publikation
  • 2023
    Titel In vitro modeling of the human dopaminergic system using spatially arranged ventral midbrain–striatum–cortex assembloids
    DOI 10.1038/s41592-023-02080-x
    Typ Journal Article
    Autor Reumann D
    Journal Nature Methods
    Seiten 2034-2047
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Gruffi: an algorithm for computational removal of stressed cells from brain organoid transcriptomic datasets
    DOI 10.15252/embj.2022111118
    Typ Journal Article
    Autor Vértesy Á
    Journal The EMBO Journal
    Link Publikation
  • 2024
    Titel A polarized FGF8 source specifies frontotemporal signatures in spatially oriented cell populations of cortical assembloids
    DOI 10.1038/s41592-024-02412-5
    Typ Journal Article
    Autor Bosone C
    Journal Nature Methods
    Seiten 2147-2159
    Link Publikation
  • 2024
    Titel ARID1B controls transcriptional programs of axon projection in an organoid model of the human corpus callosum
    DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014
    Typ Journal Article
    Autor Martins-Costa C
    Journal Cell Stem Cell
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Cerebral organoids display dynamic clonal growth and tunable tissue replenishment
    DOI 10.1038/s41556-024-01412-z
    Typ Journal Article
    Autor Lindenhofer D
    Journal Nature Cell Biology
    Seiten 710-718
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Integrated transcriptome and proteome analysis reveals posttranscriptional regulation of ribosomal genes in human brain organoids
    DOI 10.7554/elife.85135
    Typ Journal Article
    Autor Sidhaye J
    Journal eLife
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Morphogenesis and development of human telencephalic organoids in the absence and presence of exogenous extracellular matrix
    DOI 10.15252/embj.2022113213
    Typ Journal Article
    Autor Martins-Costa C
    Journal The EMBO Journal
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism
    DOI 10.1038/s41586-023-06473-y
    Typ Journal Article
    Autor Li C
    Journal Nature
    Seiten 373-380
    Link Publikation
Policies
  • 2025
    Titel A framework for neural organoids, assembloids and transplantation studies - Knoblich
    DOI 10.1038/s41586-024-08487-6
    Typ Contribution to new or improved professional practice
  • 2024 Link
    Titel Participation in the International Commission of the Elite Network of Bavaria - Knoblich
    Typ Participation in a guidance/advisory committee
    Link Link
  • 2024
    Titel Advisor of the Howard Hughes Research Institute - Knoblich
    Typ Participation in a guidance/advisory committee
Methoden & Materialien
  • 2024 Link
    Titel IMBAi017-A-2 (Isogenic control ARID1B+/+ iPSC line)
    DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014
    Typ Cell line
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel IMBAi017-A-1 (Isogenic control ARID1B+/+ iPSC line)
    DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014
    Typ Cell line
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel IMBAi001-A-1 (ARID1B+/- human iPSC line)
    DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014
    Typ Cell line
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel MBAi017-A (Patient-derived ARID1B+/- iPSC line)
    DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014
    Typ Cell line
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel IMBAi016-A (Patient-derived ARID1B+/- iPSC line)
    DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014
    Typ Cell line
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2024 Link
    Titel IMBAi017-A-3 (Procedural control ARID1B+/- iPSC line)
    DOI 10.1016/j.stem.2024.04.014
    Typ Cell line
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Datasets & Models
  • 2023 Link
    Titel Multiomics Human telencephalic organoids derived from iPSC lines: control and harboring heterozygous ARID1B mutations.
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
Disseminationen
  • 2024
    Titel Leopoldina-ÖAW-Journalistenkolleg "Molekulargenetik"
    Typ A press release, press conference or response to a media enquiry/interview
  • 2023
    Titel OeAW Podcasts for IMBA20
    Typ A broadcast e.g. TV/radio/film/podcast (other than news/press)
  • 2025
    Titel Visit of Lions Club Baden-Helenental - Knoblich
    Typ A talk or presentation
  • 2022
    Titel NHM/Deck50: "Vielfalt kennenlernen: Zellen"
    Typ A talk or presentation
  • 2024
    Titel Long Night of Research 2024 - Knoblich
    Typ A talk or presentation
  • 2023
    Titel Visit of OeAW Vice President Ulrike Diebold at IMBA
    Typ A talk or presentation
  • 2022
    Titel Wiener Kinderuni
    Typ A talk or presentation
  • 2022
    Titel Visit of Heinz Faßmann, President of the Austrian Academy of Sciences
    Typ A talk or presentation
  • 2023
    Titel European Researchers' Night
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
  • 2025
    Titel Visit of IV Wien/Work group "Wien 2030 Wirtschaft & Innovation"
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
  • 2024
    Titel UniStem Day 2024 - Knoblich
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
  • 2023
    Titel NHM's "Vielfalt kennenlernen: Zellen"
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
  • 2024
    Titel Visit of a Korean Delegation of UNIST - Knoblich
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
  • 2023
    Titel Health Science Forum Vienna II
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
  • 2022
    Titel Wiener Forschungsfest/Vienna Science Festival
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
  • 2023
    Titel Organoid workshop
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
  • 2022
    Titel Lange Nacht der Forschung/Long Night of Research
    Typ A talk or presentation
  • 2024
    Titel KILT Day - Knoblich
    Typ A talk or presentation
  • 2024
    Titel Töchtertag/Daughters Day
    Typ A talk or presentation
  • 2022
    Titel Press meeting at IMBA
    Typ A press release, press conference or response to a media enquiry/interview
  • 2024
    Titel Business Lunch: Industrie und Spitzenforschung im Dialog - Knoblich
    Typ A talk or presentation
  • 2025
    Titel Vienna Research Festival
    Typ Participation in an activity, workshop or similar
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2025
    Titel The First International Organoid Conference - Knoblich
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2025
    Titel Conference on Advancements in Organoid Sciences (CAOS) - Knoblich
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2025
    Titel Next-gen organ-on-chips & organoids workshop - Knoblich
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2025
    Titel Neural Stem Cells: Capturing Complexity and Plasticity - Knoblich
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2025
    Titel Leopoldina-Vorlesung - Knoblich
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2024
    Titel German Academy of Science Leopoldina, elected Member, 2024 - Knoblich
    Typ Awarded honorary membership, or a fellowship, of a learned society
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2024
    Titel Houskaprize - Knoblich
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2024
    Titel Centuri Seminar - Knoblich
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2024
    Titel Cold Spring Harbor Laboratories 3D Modelling Meeting - Knoblich
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2024
    Titel 2024 Austrian State Prize for the Promotion of Alternative Methods to Animal Experiments
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2024
    Titel Gordon Research Conference - Knoblich
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2024
    Titel CHS Symposium - Knoblich
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2024
    Titel 2nd International symposium of neurobiology - Knoblich
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2024
    Titel Kardinal-Innitzer-Würdigungspreis (Appreciation Prize) - Knoblich
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Invited speaker: 87th Cold Spring Harbor Laboratory Symposium on Quantitative Biology
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2023
    Titel Invited talk: ISSCR Vienna: Elucidating Principles of Development with Stem Cells
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Keynote: Leopoldina
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Keynote: 47. ÖGP / OGTC JAHRESTAGUNG
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Invited speaker: ReMS Lecture Standford University
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Keynote: Geist International Science Festival - DAI Heidelberg
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Invited Speaker: PNAS Workshop: Neuro Cognition
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Keynote: Functional Genomics of Human Brain Development and Disease Gordon Research Conference
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Invited speaker: "International Heidelberg Symposium on Stem Cells and Cancer"
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Invited speaker: EMBO | EMBL Symposium Organoids: modelling organ development and disease in 3D culture
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Keynote: SY-Stem 2023
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2023
    Titel Keynote: Stowers Research Conference: Stem Cells, Tissue Plasticity, and Regenerative Biology
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2022
    Titel Invited speaker: Symposium Comparative Medicine 2022
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2022
    Titel Invited speaker: Hydra organoid meeting
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2022
    Titel Workshop on Stem Cells and Their Promise for Regenerative Medicine
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Regional (any country)
  • 2022
    Titel Invited talk: Gordon conference: Signal Transduction by Engineered Extracellular Matrices
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2022
    Titel Invited speaker: Development and 3D Modeling of the Human Brain
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2022
    Titel Invited speaker: Maintenance and Differentiation of Stem Cells in Development and Disease
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)
  • 2022
    Titel Invited talk: 2022 International Society for Stem Cell Research (ISSCR) Annual Meeting
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2022
    Titel Keynote: Stem cell systems in development, disease and regeneration
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2022
    Titel Invited speaker: HUMAN CELL ATLAS 2022 GENERAL MEETING
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2022
    Titel Invited speaker: Pontifical Academy of Sciences Plenary Session 2022 Theme: "Basic science for human development, peace, and planetary health"
    Typ Personally asked as a key note speaker to a conference
    Bekanntheitsgrad National (any country)

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