Mikroorganismen im Stickstoff-Zyklus
Microbial nitrogen cycling: from single cells to ecosystems
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (100%)
Keywords
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Nitrogen Cycle,
Microbial Communities,
Systems Biology,
Biofilms,
Eukaryote-Microbe Interactions,
Microbial Physiology
Das Verständnis des Beitrags von Mikroorganismen an ökosystemaren Prozessen ist eine der großen Herausforderungen der heutigen ökologischen Forschung, die eine enge Verknüpfung verschiedener Disziplinen erfordert. An der Fakultät für Lebenswissenschaften der Universität Wien hat sich in den letzten Jahren ein Forscherteam mit international renommierten Wissenschaftlern gebildet aus einander komplementären Forschungsrichtungen in mikrobieller Ökologie, funktioneller Genomforschungund aquatischerund terrestrischerÖkosystemforschung. Elf Fakultätsmitglieder aus drei Departments beantragen ein gemeinsames Doktoratskolleg mit exzellenter, internationaler Ausbildung und Forschung und dem Ziel, die beiden Disziplinen mikrobielle Ökologie und Ökosystemforschung zu integrieren und der nächsten Generation auf höchstem Qualitätsniveau zu vermitteln. Alle Doktoratsprojekteenthalten Themen zum Stickstoffkreislauf und den zugrundeliegenden mikrobiellen Gemeinschaften, ein Forschungsgebiet in dem die meisten Fakultätsmitglieder bereits aktiv forschen und zu dem sie wesentliche Beiträge in den letzten Jahren geleistet haben. Die 22 Doktoratsprojekte sind den beiden Haupt- Themen i) Mikroorganismen - Eukaryoten Interaktionen und iii) Mikrobielle metabolische Flexibilität und Nischendifferenzierung zugeordnet. Die Studierenden werden im Programm grundlegende aber auch allerneueste Techniken kennenlernen, wie z.B. Einzelzellanalysen (mit Raman und NanoSIMS-Spektrometrie), neue Kultivierungsstrategien, funktionelle Genomik und Proteomik, sowie Techniken für das Studium von mikrobiellen Gemeinschaften (wie Chip-SIP) und Techniken für die Analyse mikrobieller Prozesse auf der ökosystemaren Ebene (Isotopenfraktionierung und Isotopen-Pool-Verdünnung). Das Konsortium hat ein integratives PhD Programm entwickelt, das molekulare mikrobielle Ökologie und Ökosystemforschung verbindet, indem (i) beide Richtungen komplementär in die einzelnen PhD Themen einfließen, (ii) interdisziplinäre Betreuung der einzelnen PhD Projekte durch Co-Betreuer gegeben ist, (iii) ein interdisziplinärer Studienplan angeboten wird, (iv) interdisziplinäre Workshops und Vorlesungsreihen abgehalten werden und (v) Auslandsaufenthalte bei internationalrenommierten Forschungsgruppenmit komplementärer Ausrichtung angeboten werden. Das vorgesehene PhD Programm wird eine hochqualitative, international kompetitive Ausbildung und Forschungermöglichenund damiteine neue Generation von WissenschafterInnen ausbilden, die sowohl konzeptionell als auch technologisch an der Schnittstelle zwischen molekularer mikrobieller Ökologie und Ökosystemforschung arbeiten können.
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Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
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Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
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Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
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Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
- Universität Wien
Research Output
- 2462 Zitationen
- 45 Publikationen
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2024
Titel Plant roots affect free-living diazotroph communities in temperate grassland soils despite decades of fertilization DOI 10.1038/s42003-024-06522-w Typ Journal Article Autor Dietrich M Journal Communications Biology Seiten 846 Link Publikation -
2018
Titel Candidatus Nitrosocaldus cavascurensis, an Ammonia Oxidizing, Extremely Thermophilic Archaeon with a Highly Mobile Genome DOI 10.3389/fmicb.2018.00028 Typ Journal Article Autor Abby S Journal Frontiers in Microbiology Seiten 28 Link Publikation -
2018
Titel Cyanate and urea are substrates for nitrification by Thaumarchaeota in the marine environment DOI 10.1038/s41564-018-0316-2 Typ Journal Article Autor Kitzinger K Journal Nature Microbiology Seiten 234-243 Link Publikation -
2018
Titel Proteomics of Heat-Stress and Ethylene-Mediated Thermotolerance Mechanisms in Tomato Pollen Grains DOI 10.3389/fpls.2018.01558 Typ Journal Article Autor Jegadeesan S Journal Frontiers in Plant Science Seiten 1558 Link Publikation -
2018
Titel Characterization of the First “Candidatus Nitrotoga” Isolate Reveals Metabolic Versatility and Separate Evolution of Widespread Nitrite-Oxidizing Bacteria DOI 10.1128/mbio.01186-18 Typ Journal Article Autor Kitzinger K Journal mBio Link Publikation -
2023
Titel Cultivation and genomic characterization of novel and ubiquitous marine nitrite-oxidizing bacteria from the Nitrospirales DOI 10.1038/s41396-023-01518-6 Typ Journal Article Autor Mueller A Journal The ISME Journal Seiten 2123-2133 Link Publikation -
2021
Titel Anaerobic Sulfur Oxidation Underlies Adaptation of a Chemosynthetic Symbiont to Oxic-Anoxic Interfaces DOI 10.1128/msystems.01186-20 Typ Journal Article Autor Paredes G Journal mSystems Link Publikation -
2020
Titel Composition and activity of nitrifier communities in soil are unresponsive to elevated temperature and CO2, but strongly affected by drought DOI 10.1038/s41396-020-00735-7 Typ Journal Article Autor Séneca J Journal The ISME Journal Seiten 3038-3053 Link Publikation -
2020
Titel Genomic and kinetic analysis of novel Nitrospinae enriched by cell sorting DOI 10.1038/s41396-020-00809-6 Typ Journal Article Autor Mueller A Journal The ISME Journal Seiten 732-745 Link Publikation -
2019
Titel An automated Raman-based platform for the sorting of live cells by functional properties DOI 10.1038/s41564-019-0394-9 Typ Journal Article Autor Lee K Journal Nature Microbiology Seiten 1035-1048 Link Publikation -
2019
Titel Subcellular Phenotyping: Using Proteomics to Quantitatively Link Subcellular Leaf Protein and Organelle Distribution Analyses of Pisum sativum Cultivars DOI 10.3389/fpls.2019.00638 Typ Journal Article Autor Schneider S Journal Frontiers in Plant Science Seiten 638 Link Publikation -
2019
Titel Proteomic and Metabolomic Profiling of Deinococcus radiodurans Recovering After Exposure to Simulated Low Earth Orbit Vacuum Conditions DOI 10.3389/fmicb.2019.00909 Typ Journal Article Autor Ott E Journal Frontiers in Microbiology Seiten 909 Link Publikation -
2022
Titel Differential regulation of degradation and immune pathways underlies adaptation of the ectosymbiotic nematode Laxus oneistus to oxic-anoxic interfaces DOI 10.1038/s41598-022-13235-9 Typ Journal Article Autor Paredes G Journal Scientific Reports Seiten 9725 Link Publikation -
2022
Titel Global Grassland Diazotrophic Communities Are Structured by Combined Abiotic, Biotic, and Spatial Distance Factors but Resilient to Fertilization DOI 10.3389/fmicb.2022.821030 Typ Journal Article Autor Nepel M Journal Frontiers in Microbiology Seiten 821030 Link Publikation -
2022
Titel Unexpected Complexity of the Ammonia Monooxygenase in Archaea DOI 10.1101/2022.04.06.487334 Typ Preprint Autor Hodgskiss L Seiten 2022.04.06.487334 Link Publikation -
2019
Titel A Multicolor Fluorescence in situ Hybridization Approach Using an Extended Set of Fluorophores to Visualize Microorganisms DOI 10.3389/fmicb.2019.01383 Typ Journal Article Autor Lukumbuzya M Journal Frontiers in Microbiology Seiten 1383 Link Publikation -
2019
Titel Ammonia-oxidizing archaea release a suite of organic compounds potentially fueling prokaryotic heterotrophy in the ocean DOI 10.1111/1462-2920.14755 Typ Journal Article Autor Bayer B Journal Environmental Microbiology Seiten 4062-4075 Link Publikation -
2019
Titel Molecular Mechanisms of Tungsten Toxicity Differ for Glycine max Depending on Nitrogen Regime DOI 10.3389/fpls.2019.00367 Typ Journal Article Autor Preiner J Journal Frontiers in Plant Science Seiten 367 Link Publikation -
2021
Titel FtsZ-mediated fission of a cuboid bacterial symbiont DOI 10.1016/j.isci.2021.103552 Typ Journal Article Autor Weber P Journal iScience Seiten 103552 Link Publikation -
2021
Titel Differential regulation of degradation and immune pathways underlies adaptation of the ectosymbiotic nematode Laxus oneistus to oxic-anoxic interfaces DOI 10.1101/2021.11.11.468236 Typ Preprint Autor Paredes G Seiten 2021.11.11.468236 Link Publikation -
2021
Titel A critical perspective on interpreting amplicon sequencing data in soil ecological research DOI 10.1016/j.soilbio.2021.108357 Typ Journal Article Autor Alteio L Journal Soil Biology and Biochemistry Seiten 108357 Link Publikation -
2021
Titel Root exudation of contrasting drought-stressed pearl millet genotypes conveys varying biological nitrification inhibition (BNI) activity DOI 10.1007/s00374-021-01578-w Typ Journal Article Autor Ghatak A Journal Biology and Fertility of Soils Seiten 291-306 Link Publikation -
2021
Titel Increased microbial expression of organic nitrogen cycling genes in long-term warmed grassland soils DOI 10.1038/s43705-021-00073-5 Typ Journal Article Autor Séneca J Journal ISME Communications Seiten 69 Link Publikation -
2021
Titel Heat stress response mechanisms in pollen development DOI 10.1111/nph.17380 Typ Journal Article Autor Chaturvedi P Journal New Phytologist Seiten 571-585 Link Publikation -
2022
Titel Actin cytoskeleton and complex cell architecture in an Asgard archaeon DOI 10.1038/s41586-022-05550-y Typ Journal Article Autor Rodrigues-Oliveira T Journal Nature Seiten 332-339 Link Publikation -
2017
Titel Cereal Crop Proteomics: Systemic Analysis of Crop Drought Stress Responses Towards Marker-Assisted Selection Breeding DOI 10.3389/fpls.2017.00757 Typ Journal Article Autor Ghatak A Journal Frontiers in Plant Science Seiten 757 Link Publikation -
2017
Titel Chemotaxonomic characterisation of the thaumarchaeal lipidome DOI 10.1111/1462-2920.13759 Typ Journal Article Autor Elling F Journal Environmental Microbiology Seiten 2681-2700 Link Publikation -
2017
Titel Proteometabolomic response of Deinococcus radiodurans exposed to UVC and vacuum conditions: Initial studies prior to the Tanpopo space mission DOI 10.1371/journal.pone.0189381 Typ Journal Article Autor Ott E Journal PLOS ONE Link Publikation -
2017
Titel Candidatus Nitrosocaldus cavascurensis, an ammonia oxidizing, extremely thermophilic archaeon with a highly mobile genome DOI 10.1101/240879 Typ Preprint Autor Abby S Seiten 240879 Link Publikation -
2017
Titel Proteomics survey of Solanaceae family: Current status and challenges ahead DOI 10.1016/j.jprot.2017.05.016 Typ Journal Article Autor Ghatak A Journal Journal of Proteomics Seiten 41-57 -
2020
Titel Genome wide transcriptomic analysis of the soil ammonia oxidizing archaeon Nitrososphaera viennensis upon exposure to copper limitation DOI 10.1038/s41396-020-0715-2 Typ Journal Article Autor Reyes C Journal The ISME Journal Seiten 2659-2674 Link Publikation -
2020
Titel Multiomics approach unravels fertility transition in a pigeonpea line for a two-line hybrid system DOI 10.1002/tpg2.20028 Typ Journal Article Autor Pazhamala L Journal The Plant Genome Link Publikation -
2020
Titel Genomic and kinetic analysis of novel Nitrospinae enriched by cell sorting DOI 10.1101/2020.06.09.141952 Typ Preprint Autor Mueller A Seiten 2020.06.09.141952 Link Publikation -
2020
Titel Heavily Armed Ancestors: CRISPR Immunity and Applications in Archaea with a Comparative Analysis of CRISPR Types in Sulfolobales DOI 10.3390/biom10111523 Typ Journal Article Autor Zink I Journal Biomolecules Seiten 1523 Link Publikation -
2020
Titel A refined set of rRNA-targeted oligonucleotide probes for in situ detection and quantification of ammonia-oxidizing bacteria DOI 10.1016/j.watres.2020.116372 Typ Journal Article Autor Lukumbuzya M Journal Water Research Seiten 116372 Link Publikation -
2020
Titel Flow-through stable isotope probing (Flow-SIP) minimizes cross-feeding in complex microbial communities DOI 10.1038/s41396-020-00761-5 Typ Journal Article Autor Mooshammer M Journal The ISME Journal Seiten 348-353 Link Publikation -
2020
Titel The Signal and the Noise: Characteristics of Antisense RNA in Complex Microbial Communities DOI 10.1128/msystems.00587-19 Typ Journal Article Autor Michaelsen T Journal mSystems Link Publikation -
2020
Titel Single cell analyses reveal contrasting life strategies of the two main nitrifiers in the ocean DOI 10.1038/s41467-020-14542-3 Typ Journal Article Autor Kitzinger K Journal Nature Communications Seiten 767 Link Publikation -
2020
Titel PANOMICS meets germplasm DOI 10.1111/pbi.13372 Typ Journal Article Autor Weckwerth W Journal Plant Biotechnology Journal Seiten 1507-1525 Link Publikation -
2020
Titel A refined set of rRNA-targeted oligonucleotide probes for in situ detection and quantification of ammonia-oxidizing bacteria DOI 10.1101/2020.05.27.119446 Typ Preprint Autor Lukumbuzya M Seiten 2020.05.27.119446 Link Publikation -
2018
Titel Metabolomics in Plant Stress Physiology DOI 10.1007/10_2017_55 Typ Book Chapter Autor Ghatak A Verlag Springer Nature Seiten 187-236 -
2018
Titel A promiscuous beta-glucosidase is involved in benzoxazinoid deglycosylation in Lamium galeobdolon DOI 10.1016/j.phytochem.2018.10.012 Typ Journal Article Autor Hannemann L Journal Phytochemistry Seiten 224-233 Link Publikation -
2018
Titel Characterization of a community-acquired-MRSA USA300 isolate from a river sample in Austria and whole genome sequence based comparison to a diverse collection of USA300 isolates DOI 10.1038/s41598-018-27781-8 Typ Journal Article Autor Lepuschitz S Journal Scientific Reports Seiten 9467 Link Publikation -
2016
Titel Proteomics and comparative genomics of Nitrososphaera viennensis reveal the core genome and adaptations of archaeal ammonia oxidizers DOI 10.1073/pnas.1601212113 Typ Journal Article Autor Kerou M Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Link Publikation -
2016
Titel Pollen proteomics: from stress physiology to developmental priming DOI 10.1007/s00497-016-0283-9 Typ Journal Article Autor Chaturvedi P Journal Plant Reproduction Seiten 119-132 Link Publikation