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Mikroorganismen im Stickstoff-Zyklus

Microbial nitrogen cycling: from single cells to ecosystems

Christa Schleper (ORCID: 0000-0002-1918-2735)
  • Grant-DOI 10.55776/W1257
  • Förderprogramm Doktoratskollegs
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.01.2016
  • Projektende 28.02.2021
  • Bewilligungssumme 2.337.237 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Nitrogen Cycle, Microbial Communities, Systems Biology, Biofilms, Eukaryote-Microbe Interactions, Microbial Physiology

Abstract

Das Verständnis des Beitrags von Mikroorganismen an ökosystemaren Prozessen ist eine der großen Herausforderungen der heutigen ökologischen Forschung, die eine enge Verknüpfung verschiedener Disziplinen erfordert. An der Fakultät für Lebenswissenschaften der Universität Wien hat sich in den letzten Jahren ein Forscherteam mit international renommierten Wissenschaftlern gebildet aus einander komplementären Forschungsrichtungen in mikrobieller Ökologie, funktioneller Genomforschungund aquatischerund terrestrischerÖkosystemforschung. Elf Fakultätsmitglieder aus drei Departments beantragen ein gemeinsames Doktoratskolleg mit exzellenter, internationaler Ausbildung und Forschung und dem Ziel, die beiden Disziplinen mikrobielle Ökologie und Ökosystemforschung zu integrieren und der nächsten Generation auf höchstem Qualitätsniveau zu vermitteln. Alle Doktoratsprojekteenthalten Themen zum Stickstoffkreislauf und den zugrundeliegenden mikrobiellen Gemeinschaften, ein Forschungsgebiet in dem die meisten Fakultätsmitglieder bereits aktiv forschen und zu dem sie wesentliche Beiträge in den letzten Jahren geleistet haben. Die 22 Doktoratsprojekte sind den beiden Haupt- Themen i) Mikroorganismen - Eukaryoten Interaktionen und iii) Mikrobielle metabolische Flexibilität und Nischendifferenzierung zugeordnet. Die Studierenden werden im Programm grundlegende aber auch allerneueste Techniken kennenlernen, wie z.B. Einzelzellanalysen (mit Raman und NanoSIMS-Spektrometrie), neue Kultivierungsstrategien, funktionelle Genomik und Proteomik, sowie Techniken für das Studium von mikrobiellen Gemeinschaften (wie Chip-SIP) und Techniken für die Analyse mikrobieller Prozesse auf der ökosystemaren Ebene (Isotopenfraktionierung und Isotopen-Pool-Verdünnung). Das Konsortium hat ein integratives PhD Programm entwickelt, das molekulare mikrobielle Ökologie und Ökosystemforschung verbindet, indem (i) beide Richtungen komplementär in die einzelnen PhD Themen einfließen, (ii) interdisziplinäre Betreuung der einzelnen PhD Projekte durch Co-Betreuer gegeben ist, (iii) ein interdisziplinärer Studienplan angeboten wird, (iv) interdisziplinäre Workshops und Vorlesungsreihen abgehalten werden und (v) Auslandsaufenthalte bei internationalrenommierten Forschungsgruppenmit komplementärer Ausrichtung angeboten werden. Das vorgesehene PhD Programm wird eine hochqualitative, international kompetitive Ausbildung und Forschungermöglichenund damiteine neue Generation von WissenschafterInnen ausbilden, die sowohl konzeptionell als auch technologisch an der Schnittstelle zwischen molekularer mikrobieller Ökologie und Ökosystemforschung arbeiten können.

Konsortium
  • Andreas A. Richter, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
  • Christa Schleper, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
  • Dagmar Wöbken, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
  • Gerhard J. Herndl, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
  • Holger Daims, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
  • Michael Wagner, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
  • Silvia Bulgheresi, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
  • Stefanie Wienkoop, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
  • Thomas Rattei, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
  • Wolfram Weckwerth, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 28.02.2021)
Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien

Research Output

  • 2462 Zitationen
  • 45 Publikationen
Publikationen
  • 2024
    Titel Plant roots affect free-living diazotroph communities in temperate grassland soils despite decades of fertilization
    DOI 10.1038/s42003-024-06522-w
    Typ Journal Article
    Autor Dietrich M
    Journal Communications Biology
    Seiten 846
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Candidatus Nitrosocaldus cavascurensis, an Ammonia Oxidizing, Extremely Thermophilic Archaeon with a Highly Mobile Genome
    DOI 10.3389/fmicb.2018.00028
    Typ Journal Article
    Autor Abby S
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 28
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Cyanate and urea are substrates for nitrification by Thaumarchaeota in the marine environment
    DOI 10.1038/s41564-018-0316-2
    Typ Journal Article
    Autor Kitzinger K
    Journal Nature Microbiology
    Seiten 234-243
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Proteomics of Heat-Stress and Ethylene-Mediated Thermotolerance Mechanisms in Tomato Pollen Grains
    DOI 10.3389/fpls.2018.01558
    Typ Journal Article
    Autor Jegadeesan S
    Journal Frontiers in Plant Science
    Seiten 1558
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Characterization of the First “Candidatus Nitrotoga” Isolate Reveals Metabolic Versatility and Separate Evolution of Widespread Nitrite-Oxidizing Bacteria
    DOI 10.1128/mbio.01186-18
    Typ Journal Article
    Autor Kitzinger K
    Journal mBio
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Cultivation and genomic characterization of novel and ubiquitous marine nitrite-oxidizing bacteria from the Nitrospirales
    DOI 10.1038/s41396-023-01518-6
    Typ Journal Article
    Autor Mueller A
    Journal The ISME Journal
    Seiten 2123-2133
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Anaerobic Sulfur Oxidation Underlies Adaptation of a Chemosynthetic Symbiont to Oxic-Anoxic Interfaces
    DOI 10.1128/msystems.01186-20
    Typ Journal Article
    Autor Paredes G
    Journal mSystems
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Composition and activity of nitrifier communities in soil are unresponsive to elevated temperature and CO2, but strongly affected by drought
    DOI 10.1038/s41396-020-00735-7
    Typ Journal Article
    Autor Séneca J
    Journal The ISME Journal
    Seiten 3038-3053
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Genomic and kinetic analysis of novel Nitrospinae enriched by cell sorting
    DOI 10.1038/s41396-020-00809-6
    Typ Journal Article
    Autor Mueller A
    Journal The ISME Journal
    Seiten 732-745
    Link Publikation
  • 2019
    Titel An automated Raman-based platform for the sorting of live cells by functional properties
    DOI 10.1038/s41564-019-0394-9
    Typ Journal Article
    Autor Lee K
    Journal Nature Microbiology
    Seiten 1035-1048
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Subcellular Phenotyping: Using Proteomics to Quantitatively Link Subcellular Leaf Protein and Organelle Distribution Analyses of Pisum sativum Cultivars
    DOI 10.3389/fpls.2019.00638
    Typ Journal Article
    Autor Schneider S
    Journal Frontiers in Plant Science
    Seiten 638
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Proteomic and Metabolomic Profiling of Deinococcus radiodurans Recovering After Exposure to Simulated Low Earth Orbit Vacuum Conditions
    DOI 10.3389/fmicb.2019.00909
    Typ Journal Article
    Autor Ott E
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 909
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Differential regulation of degradation and immune pathways underlies adaptation of the ectosymbiotic nematode Laxus oneistus to oxic-anoxic interfaces
    DOI 10.1038/s41598-022-13235-9
    Typ Journal Article
    Autor Paredes G
    Journal Scientific Reports
    Seiten 9725
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Global Grassland Diazotrophic Communities Are Structured by Combined Abiotic, Biotic, and Spatial Distance Factors but Resilient to Fertilization
    DOI 10.3389/fmicb.2022.821030
    Typ Journal Article
    Autor Nepel M
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 821030
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Unexpected Complexity of the Ammonia Monooxygenase in Archaea
    DOI 10.1101/2022.04.06.487334
    Typ Preprint
    Autor Hodgskiss L
    Seiten 2022.04.06.487334
    Link Publikation
  • 2019
    Titel A Multicolor Fluorescence in situ Hybridization Approach Using an Extended Set of Fluorophores to Visualize Microorganisms
    DOI 10.3389/fmicb.2019.01383
    Typ Journal Article
    Autor Lukumbuzya M
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 1383
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Ammonia-oxidizing archaea release a suite of organic compounds potentially fueling prokaryotic heterotrophy in the ocean
    DOI 10.1111/1462-2920.14755
    Typ Journal Article
    Autor Bayer B
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 4062-4075
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Molecular Mechanisms of Tungsten Toxicity Differ for Glycine max Depending on Nitrogen Regime
    DOI 10.3389/fpls.2019.00367
    Typ Journal Article
    Autor Preiner J
    Journal Frontiers in Plant Science
    Seiten 367
    Link Publikation
  • 2021
    Titel FtsZ-mediated fission of a cuboid bacterial symbiont
    DOI 10.1016/j.isci.2021.103552
    Typ Journal Article
    Autor Weber P
    Journal iScience
    Seiten 103552
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Differential regulation of degradation and immune pathways underlies adaptation of the ectosymbiotic nematode Laxus oneistus to oxic-anoxic interfaces
    DOI 10.1101/2021.11.11.468236
    Typ Preprint
    Autor Paredes G
    Seiten 2021.11.11.468236
    Link Publikation
  • 2021
    Titel A critical perspective on interpreting amplicon sequencing data in soil ecological research
    DOI 10.1016/j.soilbio.2021.108357
    Typ Journal Article
    Autor Alteio L
    Journal Soil Biology and Biochemistry
    Seiten 108357
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Root exudation of contrasting drought-stressed pearl millet genotypes conveys varying biological nitrification inhibition (BNI) activity
    DOI 10.1007/s00374-021-01578-w
    Typ Journal Article
    Autor Ghatak A
    Journal Biology and Fertility of Soils
    Seiten 291-306
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Increased microbial expression of organic nitrogen cycling genes in long-term warmed grassland soils
    DOI 10.1038/s43705-021-00073-5
    Typ Journal Article
    Autor Séneca J
    Journal ISME Communications
    Seiten 69
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Heat stress response mechanisms in pollen development
    DOI 10.1111/nph.17380
    Typ Journal Article
    Autor Chaturvedi P
    Journal New Phytologist
    Seiten 571-585
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Actin cytoskeleton and complex cell architecture in an Asgard archaeon
    DOI 10.1038/s41586-022-05550-y
    Typ Journal Article
    Autor Rodrigues-Oliveira T
    Journal Nature
    Seiten 332-339
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Cereal Crop Proteomics: Systemic Analysis of Crop Drought Stress Responses Towards Marker-Assisted Selection Breeding
    DOI 10.3389/fpls.2017.00757
    Typ Journal Article
    Autor Ghatak A
    Journal Frontiers in Plant Science
    Seiten 757
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Chemotaxonomic characterisation of the thaumarchaeal lipidome
    DOI 10.1111/1462-2920.13759
    Typ Journal Article
    Autor Elling F
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 2681-2700
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Proteometabolomic response of Deinococcus radiodurans exposed to UVC and vacuum conditions: Initial studies prior to the Tanpopo space mission
    DOI 10.1371/journal.pone.0189381
    Typ Journal Article
    Autor Ott E
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Candidatus Nitrosocaldus cavascurensis, an ammonia oxidizing, extremely thermophilic archaeon with a highly mobile genome
    DOI 10.1101/240879
    Typ Preprint
    Autor Abby S
    Seiten 240879
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Proteomics survey of Solanaceae family: Current status and challenges ahead
    DOI 10.1016/j.jprot.2017.05.016
    Typ Journal Article
    Autor Ghatak A
    Journal Journal of Proteomics
    Seiten 41-57
  • 2020
    Titel Genome wide transcriptomic analysis of the soil ammonia oxidizing archaeon Nitrososphaera viennensis upon exposure to copper limitation
    DOI 10.1038/s41396-020-0715-2
    Typ Journal Article
    Autor Reyes C
    Journal The ISME Journal
    Seiten 2659-2674
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Multiomics approach unravels fertility transition in a pigeonpea line for a two-line hybrid system
    DOI 10.1002/tpg2.20028
    Typ Journal Article
    Autor Pazhamala L
    Journal The Plant Genome
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Genomic and kinetic analysis of novel Nitrospinae enriched by cell sorting
    DOI 10.1101/2020.06.09.141952
    Typ Preprint
    Autor Mueller A
    Seiten 2020.06.09.141952
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Heavily Armed Ancestors: CRISPR Immunity and Applications in Archaea with a Comparative Analysis of CRISPR Types in Sulfolobales
    DOI 10.3390/biom10111523
    Typ Journal Article
    Autor Zink I
    Journal Biomolecules
    Seiten 1523
    Link Publikation
  • 2020
    Titel A refined set of rRNA-targeted oligonucleotide probes for in situ detection and quantification of ammonia-oxidizing bacteria
    DOI 10.1016/j.watres.2020.116372
    Typ Journal Article
    Autor Lukumbuzya M
    Journal Water Research
    Seiten 116372
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Flow-through stable isotope probing (Flow-SIP) minimizes cross-feeding in complex microbial communities
    DOI 10.1038/s41396-020-00761-5
    Typ Journal Article
    Autor Mooshammer M
    Journal The ISME Journal
    Seiten 348-353
    Link Publikation
  • 2020
    Titel The Signal and the Noise: Characteristics of Antisense RNA in Complex Microbial Communities
    DOI 10.1128/msystems.00587-19
    Typ Journal Article
    Autor Michaelsen T
    Journal mSystems
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Single cell analyses reveal contrasting life strategies of the two main nitrifiers in the ocean
    DOI 10.1038/s41467-020-14542-3
    Typ Journal Article
    Autor Kitzinger K
    Journal Nature Communications
    Seiten 767
    Link Publikation
  • 2020
    Titel PANOMICS meets germplasm
    DOI 10.1111/pbi.13372
    Typ Journal Article
    Autor Weckwerth W
    Journal Plant Biotechnology Journal
    Seiten 1507-1525
    Link Publikation
  • 2020
    Titel A refined set of rRNA-targeted oligonucleotide probes for in situ detection and quantification of ammonia-oxidizing bacteria
    DOI 10.1101/2020.05.27.119446
    Typ Preprint
    Autor Lukumbuzya M
    Seiten 2020.05.27.119446
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Metabolomics in Plant Stress Physiology
    DOI 10.1007/10_2017_55
    Typ Book Chapter
    Autor Ghatak A
    Verlag Springer Nature
    Seiten 187-236
  • 2018
    Titel A promiscuous beta-glucosidase is involved in benzoxazinoid deglycosylation in Lamium galeobdolon
    DOI 10.1016/j.phytochem.2018.10.012
    Typ Journal Article
    Autor Hannemann L
    Journal Phytochemistry
    Seiten 224-233
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Characterization of a community-acquired-MRSA USA300 isolate from a river sample in Austria and whole genome sequence based comparison to a diverse collection of USA300 isolates
    DOI 10.1038/s41598-018-27781-8
    Typ Journal Article
    Autor Lepuschitz S
    Journal Scientific Reports
    Seiten 9467
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Proteomics and comparative genomics of Nitrososphaera viennensis reveal the core genome and adaptations of archaeal ammonia oxidizers
    DOI 10.1073/pnas.1601212113
    Typ Journal Article
    Autor Kerou M
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Pollen proteomics: from stress physiology to developmental priming
    DOI 10.1007/s00497-016-0283-9
    Typ Journal Article
    Autor Chaturvedi P
    Journal Plant Reproduction
    Seiten 119-132
    Link Publikation

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