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Simulation von Ligandenaustauschreaktionen

Simulation of Ligand Exchange Reactions

Bernd-Michael Rode (ORCID: )
  • Grant-DOI 10.55776/P16221
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.03.2003
  • Projektende 30.06.2006
  • Bewilligungssumme 242.256 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Chemie (100%)

Keywords

    Molecular Dynamics, Quantum Chemical Simulations, Ligand Exchange Reactions, Complex Chemistry, Solvation, Reaction Mechanisms

Abstract Endbericht

Die Entwicklung intermolekularer Potentiale inkl. 3-Körper-Terme basierend auf Hartree-Fock ab-initio - Berechnungen sowie eines gemischt quantenmechanisch - molekularmechanischen Ansatzes für Molekulardynamiksimulationen für eine größere Zahl von Ionen hat gezeigt, daß es möglich ist, für schnell ablaufende Ligandenaustauschreaktionen in Komplexen sehr detaillierte Informationen über den Ablauf solcher Reaktionen zu erhalten, für die zwar zahlreiche Modelle aufgestellt wurden, die aber wegen der Zeitskala solcher Reaktionen (pico-Sekunden-Bereich) experimentell nur äußerst schwierig zugänglich sind. Mit Hilfe der genannten Simulationstechnik sollen im Rahmen dieses Projekts derartige Austauschreaktionen systematisch untersucht werden, um eine solide theoretische Grundlage für die Interpretation der experimentellen Daten zu erhalten und den Ablauf solcher Reaktionen detailliert beschreiben zu können. Die für die Untersuchungen vorgesehenen Systeme sind Solvatkomplexe von Alkali-, Erdalkali- und Übergangsmetallionen, sowie einige einatomige Anionen. Als austauschende Liganden werden Wasser, Ammoniak sowie komplexierende Anionen untersucht werden. Bei den Übergangsmetallionen mit sehr stabiler erster Hydrathülle werden Austauschvorgänge in der zweiten Solvatationssphäre bzw. Verdrängungsreaktionen durch stärker als Wasser bindende Liganden untersucht werden. Die Ergebnisse dieser Arbeiten werden - neben der Darstellung in Form von " klassischen" Publikationen auch mittels einer vom Antragsteller und Mitarbeitern neu entwickelten Visualisierungssoftware (MOLVISION) auch in Form von Video-Clips dargestellt werden, die über das Internet zur Verfügung gestellt werden und die Dynamik der untersuchten Reaktionen besonders anschaulich zeigen.

Da die meisten relevanten chemischen Reaktionen in Lösung und praktisch alle biochemischen Prozesse in wäßrigem Medium ablaufen, ist das Verständnis von Solvatationsvorgängen entscheidend für das Verständnis der Chemie und verwandter Fachbereiche. Das trifft insbesondere auf die Solvatation von Ionen zu, die in Chemie und Biologie wichtige Aufgaben erfüllen. Experimentelle Untersuchungen von Struktur und Dynamik flüssiger Systeme sind äußerst aufwändig und kostspielig, in vielen Bereichen sind sie technisch noch kaum möglich. Klassische theoretische Simulationen von Flüssigkeiten wiederum sind zumeist nicht genau genug um alle Eigenschaften solvatisierter Ionen und Moleküle richtig wiederzugeben. Ziel des vorliegenden Projektes war es daher, die Methodik der gemischt quantenmechanisch-molekularmechanischen Molekulardynamik weiterzuentwickeln, die die erforderliche Genauigkeit gewährleistet, allerdings um den Preis eines etwa hundertfachen Rechenaufwands. Mittels dieser Methodik wurden zahlreiche chemisch und biologisch wichtige Ionen untersucht, mit besonderer Ausrichtung auf die Dynamik von Ligandenaustauschreaktionen, die für Reaktivität und die Wechselwirkung mit anderen Verbindungen entscheidend ist. Die 25 im Projekt untersuchten Metall-Ionen sind für alle wichtigen Bereiche des Periodensystems repräsentativ und umfassen extrem stabile Solvate ebenso wie äußerst labile Strukturbrecher. Außer Wasser wurden auch reiner und wäßriger Ammoniak als Medium betrachtet, speziell wurde auch der Einfluß von Hetero-Liganden in Metallkomplexen auf die Dynamik der Austauschreaktionen untersucht. Weiters wurden zwei Halogenid-Anionen untersucht und quantenmechanische Simulationen von reinem Wasser durchgeführt, die die Genauigkeit der Methodik durch volle Übereinstimmung mit den jüngsten und genauesten experimentellen Daten für Wasserstoffverbrückungen und Austauschraten bewiesen. Im Verlauf der Projektarbeiten wurden auch eigene Ideen für eine verbesserte Methodik von ab-initio quantenmechanischen Simulationen (sog. `Quantum Mechanical Charge Field Molecular Dynamics, QMCF MD`) erfolgreich in ein Programm umgesetzt. Die neue Methodik erlaubt die Simulation komplexer Verbindungen in Lösung ohne analytische Potentialfunktionen und erhöht die Genauigkeit der Simulationen für Systeme mit starken Ladungstransfer - und Polarisationeffekten. Aus dem Projekt resultierten 55 Publikationen, darunter 3 eingeladene Buchbeiträge, 2 eingeladene Übersichtsartikel und 3 eingeladene spezielle Artikel. Mehrere Einladungen zu Vorträgen (großteils Plenarvorträge) bei internationalen Tagungen dokumentieren das breite Interesse an den Projektergebnissen.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Innsbruck - 100%

Research Output

  • 1518 Zitationen
  • 41 Publikationen
Publikationen
  • 2019
    Titel Ab initio QMM/MM Simulations: A Powerful Tool for the Study of Structure and Ultrafast Dynamics of Electrolyte Solutions
    DOI 10.1201/9780429081385-282
    Typ Book Chapter
    Autor Rode B
    Verlag Taylor & Francis
    Seiten 1112-1114
  • 2007
    Titel Quantum mechanical/molecular mechanical simulations of the Tl(III) ion in water
    DOI 10.1002/jcc.20486
    Typ Journal Article
    Autor Vchirawongkwin V
    Journal Journal of Computational Chemistry
    Seiten 1057-1067
  • 2007
    Titel Quantum mechanical charge field molecular dynamics simulation of the TiO2+ ion in aqueous solution
    DOI 10.1002/jcc.20659
    Typ Journal Article
    Autor Fatmi M
    Journal Journal of Computational Chemistry
    Seiten 1704-1710
  • 2006
    Titel Structure and dynamics of the [Zn(NH 3 )(H 2 O) 5 ] 2+ complex in aqueous solution obtained by an ab initio QM/MM molecular dynamics study
    DOI 10.1039/b518223a
    Typ Journal Article
    Autor Fatmi M
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 1675-1681
  • 2006
    Titel Be( ii ) in aqueous solution—an extended ab initio QM/MM MD study
    DOI 10.1039/b603222b
    Typ Journal Article
    Autor D’Incal A
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 2841-2847
  • 2006
    Titel A Combined QM/MM Molecular Dynamics Simulations Study of Nitrate Anion (NO3 -) in Aqueous Solution
    DOI 10.1021/jp064779w
    Typ Journal Article
    Autor Tongraar A
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 12918-12926
    Link Publikation
  • 2006
    Titel A QM/MM MD simulation study of hydrated Pd2+
    DOI 10.1016/j.cplett.2006.05.132
    Typ Journal Article
    Autor Shah S
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 301-305
  • 2006
    Titel Structure and dynamics of La(III) in aqueous solution – An ab initio QM/MM MD approach
    DOI 10.1016/j.chemphys.2006.03.045
    Typ Journal Article
    Autor Hofer T
    Journal Chemical Physics
    Seiten 31-42
  • 2006
    Titel Hydrogen bonding in liquid water: An ab initio QM/MM MD simulation study
    DOI 10.1016/j.molliq.2005.06.002
    Typ Journal Article
    Autor Xenides D
    Journal Journal of Molecular Liquids
    Seiten 61-67
  • 2006
    Titel The dynamics of the solvation of Pb(II) in aqueous solution obtained by an ab initio QM/MM MD approach
    DOI 10.1016/j.chemphys.2005.10.041
    Typ Journal Article
    Autor Hofer T
    Journal Chemical Physics
    Seiten 473-478
  • 2006
    Titel The influence of quantum forces on molecular dynamics simulation results for hydrated aluminium(III)
    DOI 10.1016/j.cplett.2006.03.012
    Typ Journal Article
    Autor Hofer T
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 492-495
  • 2005
    Titel Structural and dynamical properties of Bi3+ in water
    DOI 10.1016/j.cplett.2005.02.082
    Typ Journal Article
    Autor Durdagi S
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 20-23
  • 2005
    Titel Structure-breaking effects of solvated Rb(I) in dilute aqueous solution—An ab initio QM/MM MD approach
    DOI 10.1002/jcc.20232
    Typ Journal Article
    Autor Hofer T
    Journal Journal of Computational Chemistry
    Seiten 949-956
  • 2005
    Titel An extended ab initio QM/MM MD approach to structure and dynamics of Zn(II) in aqueous solution
    DOI 10.1063/1.1996575
    Typ Journal Article
    Autor Fatmi M
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 054514
  • 2005
    Titel Structure and Dynamics of Solvated Sn(II) in Aqueous Solution: An ab Initio QM/MM MD Approach
    DOI 10.1021/ja052700f
    Typ Journal Article
    Autor Hofer T
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 14231-14238
  • 2005
    Titel Structure and dynamics of solvated Ba(II) in dilute aqueous solution – an ab initio QM/MM MD approach
    DOI 10.1016/j.chemphys.2004.11.023
    Typ Journal Article
    Autor Hofer T
    Journal Chemical Physics
    Seiten 81-88
  • 2005
    Titel The influence of heteroligands on the reactivity of Ni 2+ in solution
    DOI 10.1039/b419072f
    Typ Journal Article
    Autor Schwenk C
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 1669-1673
  • 2005
    Titel Influence of polarization and many body quantum effects on the solvation shell of Al( iii ) in dilute aqueous solution—extended ab initio QM/MM MD simulations
    DOI 10.1039/b417491g
    Typ Journal Article
    Autor Hofer T
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 1382-1387
  • 2005
    Titel Ab initio QM/MM dynamics of anion–water hydrogen bonds in aqueous solution
    DOI 10.1016/j.cplett.2005.01.017
    Typ Journal Article
    Autor Tongraar A
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 314-319
  • 2005
    Titel Structure and ultrafast dynamics of liquid water: A quantum mechanics/molecular mechanics molecular dynamics simulations study
    DOI 10.1063/1.1888465
    Typ Journal Article
    Autor Xenides D
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 174506
  • 2005
    Titel Ab Initio QM/MM Simulation of Ag+ in 18.6% Aqueous Ammonia Solution: Structure and Dynamics Investigations
    DOI 10.1021/jp0462916
    Typ Journal Article
    Autor Armunanto R
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 4437-4441
  • 2005
    Titel Temperature Effects on the Structural and Dynamical Properties of the Zn(II)-Water Complex in Aqueous Solution: A QM/MM Molecular Dynamics Study
    DOI 10.1021/jp0546655
    Typ Journal Article
    Autor Fatmi M
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 616-621
  • 2005
    Titel Structural arrangement and dynamics of the hydrated Mg2+: An ab initio QM/MM molecular dynamics simulation
    DOI 10.1016/j.cplett.2005.04.062
    Typ Journal Article
    Autor Tongraar A
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 304-309
  • 2004
    Titel Structure and dynamics of the Cr(III) ion in aqueous solution: Ab initio QM/MM molecular dynamics simulation
    DOI 10.1002/jcc.20085
    Typ Journal Article
    Autor Kritayakornupong C
    Journal Journal of Computational Chemistry
    Seiten 1576-1583
  • 2004
    Titel Structure and Dynamics of Au+ Ion in Aqueous Solution: Ab Initio QM/MM MD Simulations
    DOI 10.1021/ja037340f
    Typ Journal Article
    Autor Armunanto R
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 2582-2587
  • 2004
    Titel Gold(I) in Liquid Ammonia: Ab Initio QM/MM Molecular Dynamics Simulation
    DOI 10.1021/ja031740l
    Typ Journal Article
    Autor Armunanto R
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 9934-9935
  • 2004
    Titel Ag(I) ion in liquid ammonia
    DOI 10.1016/j.cplett.2004.03.035
    Typ Journal Article
    Autor Armunanto R
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 395-399
  • 2004
    Titel The Jahn–Teller Effect of the TiIII Ion in Aqueous Solution: Extended Ab Initio QM/MM Molecular Dynamics Simulations
    DOI 10.1002/cphc.200400019
    Typ Journal Article
    Autor Kritayakornupong C
    Journal ChemPhysChem
    Seiten 1499-1506
  • 2004
    Titel Influence of Electron Correlation Effects on the Solvation of Cu2+
    DOI 10.1021/ja046784o
    Typ Journal Article
    Autor Schwenk C
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 12786-12787
  • 2004
    Titel Cuii in Liquid Ammonia: An Approach by Hybrid Quantum-Mechanical/Molecular-Mechanical Molecular Dynamics Simulation
    DOI 10.1002/cphc.200300972
    Typ Journal Article
    Autor Schwenk C
    Journal ChemPhysChem
    Seiten 342-348
  • 2004
    Titel Structure and dynamics of hydrated ions—new insights through quantum mechanical simulations
    DOI 10.1016/j.molliq.2003.09.016
    Typ Journal Article
    Autor Rode B
    Journal Journal of Molecular Liquids
    Seiten 105-122
  • 2004
    Titel “Structure Breaking” Effect of Hydrated Cs+
    DOI 10.1021/jp037179v
    Typ Journal Article
    Autor Schwenk C
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 1509-1514
  • 2004
    Titel Dynamical properties of water molecules in the hydration shells of Na+ and K+: ab initio QM/MM molecular dynamics simulations
    DOI 10.1016/j.cplett.2004.01.010
    Typ Journal Article
    Autor Tongraar A
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 378-383
  • 2004
    Titel Ab initio QM/MM molecular dynamics simulation of preferential K + solvation in aqueous ammonia solution
    DOI 10.1039/b310825b
    Typ Journal Article
    Autor Tongraar A
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 411-416
  • 2004
    Titel Structure and dynamics of Co2+ in liquid ammonia: ab initio QM/MM molecular dynamics simulation
    DOI 10.1016/j.chemphys.2004.06.049
    Typ Journal Article
    Autor Armunanto R
    Journal Chemical Physics
    Seiten 135-140
  • 2003
    Titel Structure and Dynamics of Hydrated Ag (I): Ab Initio Quantum Mechanical-Molecular Mechanical Molecular Dynamics Simulation
    DOI 10.1021/jp027769d
    Typ Journal Article
    Autor Armunanto R
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 3132-3138
  • 2003
    Titel QM/MM Molecular Dynamics Simulation of the Structure of Hydrated Fe(II) and Fe(III) Ions
    DOI 10.1021/jp027007i
    Typ Journal Article
    Autor Remsungnen T
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 2324-2328
  • 2003
    Titel Structure and Dynamics of the Cd2+ Ion in Aqueous Solution: Ab Initio QM/MM Molecular Dynamics Simulation
    DOI 10.1021/jp0354548
    Typ Journal Article
    Autor Kritayakornupong C
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 10330-10334
  • 2003
    Titel Ultrafast ligand exchange rates determined by ab initio QM/MM molecular dynamics
    DOI 10.1016/j.cplett.2003.10.043
    Typ Journal Article
    Autor Schwenk C
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 460-465
  • 2003
    Titel Classical and QM/MM molecular dynamics simulations of Co2+ in water
    DOI 10.1016/j.chemphys.2003.08.006
    Typ Journal Article
    Autor Armunanto R
    Journal Chemical Physics
    Seiten 63-70
  • 2003
    Titel New Insights into the Jahn–Teller Effect through ab initio Quantum-Mechanical/Molecular-Mechanical Molecular Dynamics Simulations of CuII in Water
    DOI 10.1002/cphc.200300659
    Typ Journal Article
    Autor Schwenk C
    Journal ChemPhysChem
    Seiten 931-943

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