Identifizerung von Komplexen aus kleinen RNAs und Proteinen

In den letzten Jahren wurden etliche kleine, nicht-kodierende RNA-Moleküle (sRNAs) in Bakterien entdeckt, jedoch ist noch wenig über ihrer Funktionsweise bekannt. Gerade bei jenen sRNAs, welche an mehrere mRNAs binden können, fehlen noch Einblicke in die molekularen Regulationsmechanismen. In Salmonella wird dem Protein Hfq ein wichtige Rolle in der Wirkung der drei sRNAs RybB, GcvB und InvR zugesprochen. Es ist jedoch anzunehmen, dass in vivo auch noch andere Proteine involviert sind. Um tiefergehende Erkenntnisse über die Regulationsweise zu erlangen, setzt sich dieses Projekt die Isolierung, Identifizierung und Charakterisierung jener Proteine zum Ziel, welche in vivo an die sRNA, die zugehörige mRNA oder den Komplex beider binden. Für die Isolierung solcher in vivo ausgebildeter RNA-Protein-Komplexe bietet sich die Reinigung mittels Affinitätschromatographie an. Für diesen Zweck wird ein Plasmidvektor konstruiert, welcher die Möglichkeit bietet, am 5` oder am 3` Ende des sRNA- oder mRNA-Gens eine RNA-Aptamersequenz einzufügen. Nach der Expression der RNAs und der Proteine in der lebenden Zelle, werden die mutmaßlichen Komplexe über Affinitätschromatographie aufgereinigt und mittels massenspektrometrischer Methoden analysiert. Abhängig von der Natur der isolierten Proteine können anschließend unterschiedliche In-vitro- und In-vivo-Experimente zur Charakterisierung des Zusammenspiels zwischen Protein und RNA durchgeführt werden. Dieses Projekt soll zu einem besseren Verständnis der Regulationsweise von kleinen, nicht-kodierenden RNA- Molekülen beitragen.